根据《明史》记载，这句谶言出现在明王朝的第二位皇帝——建文帝朱允炆中期。
朱允炆是明太祖朱元璋的嫡孙，他的父亲朱标被立为太子后，不待即位就死了，按古代皇权传承“立嫡”原则，朱允炆被朱元璋立为皇太孙。公元1398年，朱元璋死，朱允炆继承皇位。
前文提到过，有相士认为建文帝丢掉帝位是因为他的头不够圆，而本节则要讲另一个预示他丢失帝位的谶言。
在朱元璋时期，为了加强朱氏皇权，他一方面大力诛杀功臣，另一方面大封朱氏子弟，他的24个儿子和一个重孙都被分封到各地为王。这些藩王拥有自己的军队，各自为政。尤其是燕王朱棣（朱元璋第四子），长期驻守北平（今北京），形成一支强大的军事力量。分封之初，就有人担心，大明王朝会重蹈汉王朝八王之乱的旧辙，藩王们总有一天会尾大不掉，危及中央王朝。但朱元璋没有当回事，结果为日后“莫逐燕、逐燕日（起）高飞，高飞上京畿”这则谶言，创建了现实的基础。
朱允炆一上台就感受到了他的这些叔叔们的威胁。他毕竟年轻，不顾自己即位伊始，威望尚不足以服天下，贸然接受大臣齐泰、黄子澄等人的建议，用“削藩”的办法解决问题。手握重兵的燕王朱棣不干了，他于建文帝元年七月举“靖难之师”，以“清君侧”为名向首都南京进兵，史称“靖难之役”。其时距离朱元璋驾崩不过10个月时间。经过4年的激烈战争，朱棣打败了建文帝，攻占南京。建文帝在战乱中不知所终，朱棣便自立为帝，是为明成祖，迁都北京。
据说“莫逐燕”这则谶语就出现在建文帝削藩之始。当时许多人都看到一个疯疯癫癫的道士，嘴里反反复复地唱着这则谶歌，但没有人把这件事与眼下正在进行的叔侄大战联系起来。到朱棣夺取帝位后，人们才明白这首歌谣是预示“靖难之役”的，“莫逐燕”是提醒建文帝不要削夺燕王的爵位，“高飞上帝畿”是预言燕王将攻占京都。
客观地说，建文帝撤藩之举过于迫切，“靖难之役”多少有点官逼民反的意思。再加上，他的叔叔们，特别是燕王，都曾经跟随朱元璋身经百战，无论经验、威望都高过他。此外，他任用的齐泰、方孝孺这些人迂阔有余，才略不足，比不得朱棣手下姚广孝等人，他的失败是可以预知的。所以，可以猜测，散布这则谶言的道士很可能是一位对时局很清醒的世外高人，他以歌谣的形式作出了隐晦的政治预言，可惜建文帝一方没人能听得明白。
