引进、建立和发展企业孵化器是我国“火炬计划”的重要举措。国家把企业孵化器作为国家创新体系的重要组成部分，作为促进科技成果转化、发展高新技术产业、培育新创企业和科技企业家的重要基地。按照这种定位，我国初期的企业孵化器几乎全部是由政府投资建设的，并且全部建在各地的高新技术产业开发区。由于全部由政府投资主办，投资主体单一，很自然地就采用了事业单位的企业孵化器运行模式。
在我国经济转型时期，事业单位的专业技术企业孵化器运行模式对新创企业特别是新创科技型中小企业的建立、培育和成长具有无可替代的优势，也确实发挥了重要作用。按照事业单位运行的专业技术企业孵化器的主要管理人员大多具有政府背景，便于专业技术企业孵化器与政府的沟通和协调，可以充分利用各种政府资源。作为具有深层政府背景的国有机构，采用事业单位运行模式的专业技术企业孵化器是新创企业的保护伞，可以帮助中小企业获得资金、技术、市场、协作甚至人事方面的支持，提升中小企业的竞争地位。但是，随着市场经济的发展和完善，按照事业单位模式运行的专业技术企业孵化器的弊端逐步暴露出来：（1）投资主体单一，政府后续投资严重不足，影响专业技术企业孵化器的发展和功能发挥；（2）具有政府背景的管理人员普遍缺乏经营管理经验，缺乏创业经历，难以对新创企业提供有效的帮助；（3）政府行政过度干预，影响专业技术企业孵化器的决策，加大了专业技术企业孵化器决策的随意性和风险；（4）专业技术企业孵化器的组织机构不严密，隶属关系复杂，部门分割严重，权责不清，冗员过多，运行效率低下，服务质量不高；（5）政府行为具有天然的非营利性。具有政府背景的专业技术企业孵化器管理人员在经营理念上，不关心专业技术企业孵化器营利模式的建立，缺乏价值创造的紧迫感和相应的压力感，而政府行为必须承担国有资产保值、增值的责任。这样，往往使专业技术企业孵化器的管理人员在使用孵化资金时格外慎重，不敢也不愿拿自己的政治前途去冒风险，而只会把资金投资到收益有保障的企业或项目中。这种行为与专业技术企业孵化器培育和支持高风险、高成长、高收益的新创科技型中小企业的初衷和宗旨是不相符的。随着这些问题的逐步暴露，事业单位的专业技术企业孵化器运行模式难以为继，并将最终逐步退出历史舞台。
