由于创建目的不同、经济制度不同、经济发展水平不同等多种原因，专业技术企业孵化器在发展过程中形成了多种不同的运行模式。按照各种不同的划分标准和划分方法，专业技术企业孵化器具有不同的种类。
（1）按照专业技术企业孵化器的经营目标，可以将专业技术企业孵化器的运行模式分为非营利性专业技术企业孵化器运行模式与公司制（营利性）专业技术企业孵化器运行模式。
我国现有专业技术企业孵化器的运行模式有事业单位运行模式、事业单位企业化运行模式、公司制企业化运行模式等。其中事业单位的专业技术企业孵化器运行模式是我国在建立企业孵化器初期普遍采用的运行模式，后来有许多已经逐步被事业单位企业化运行模式所替代。其后，清华大学创业园出现了类似于美国创业孵化集团的“企业孵化器 风险投资”的运行模式（吴寿仁，2002；张景安，2001）。这样，现在我国专业技术企业孵化器的运行模式有事业单位运行模式、事业单位企业化运行模式、公司制企业化运行模式、“企业孵化器 风险投资”的运行模式等。
我们认为，国外专业技术企业孵化器的运行模式有相同的地方，这就是非营利性专业技术企业孵化器运行模式和公司制专业技术企业孵化器运行模式。至于创业孵化集团的专业技术企业孵化器运行模式、“孵化器 风险投资”的专业技术企业孵化器运行模式，实际上都是公司制企业化的专业技术企业孵化器运行模式。我国事业单位的专业技术企业孵化器运行模式是在专业技术企业孵化器引进和建立初期出现的特殊的运行模式，事业单位企业化运行的专业技术企业孵化器运行模式也只是一种专业技术企业孵化器运行模式的过渡形式。这两种专业技术企业孵化器的运行模式都将逐步转化为非营利性专业技术企业孵化器运行模式，或者公司制专业技术企业化的企业孵化器运行模式。因此，今后我国专业技术企业孵化器的运行模式可以归为两种，即非营利性专业技术企业孵化器运行模式和公司制企业化的专业技术企业孵化器运行模式。
（2）按照专业技术企业孵化器为在孵企业提供服务所需资源的归属和专业技术企业孵化器孵化能力建设与发展的思路，可以将专业技术企业孵化器的运行模式分为封闭式专业技术企业孵化器运行模式和开放式专业技术企业孵化器运行模式。
（3）按照专业技术企业孵化器的存在形式，可以将专业技术企业孵化器的运行模式分为：作为实体机构的企业孵化器运行模式和作为虚拟机构的企业孵化器运行模式。
目前，国内外关于专业技术企业孵化器运行模式的研究，主要集中在第一种分类方法方面，即主要研究非营利性专业技术企业孵化器运行模式和公司制专业技术企业孵化器运行模式。而对于后面两种分类方法，还没有见到专门的研究。我们认为，将专业技术企业孵化器的运行模式分为封闭式运行模式和开放式运行模式，以及作为实体机构的运行模式和作为虚拟机构的运行模式是很有必要的，也是具有重要意义的。明确这两种不同的划分方法，有助于我们对专业技术企业孵化器本质的进一步认识，有利于克服我国现在普遍存在的专业技术企业孵化器建设、运行方面的一些关键问题，转变专业技术企业孵化器建设和发展的思路，明确专业技术企业孵化器发展的方向，加强专业技术企业孵化器的孵化能力建设，促进我国专业技术企业孵化器的健康发展。
