小说《达·芬奇密码》称，《蒙娜丽莎》是达·芬奇本人的女版自画像，因为达·芬奇很可能是个极其自恋的同性恋者，而从“蒙娜丽莎”的脸上可以看到达·芬奇本人的影子。1986年，美国《艺术与古董》杂志披露了这个让人震惊的说法：《蒙娜丽莎》是达·芬奇的自画像。理由是，人们将达·芬奇的自画像与《蒙娜丽莎》按一定比例合并相叠，以画中眼睛瞳孔一致为准，结果发现这两幅画的眼睛、发脚线轮廓都惊人地吻合。
但美国伊利诺斯大学科学家在对《蒙娜丽莎》一画分析后认为，蒙娜丽莎既不可能是男儿身，更不可能是达·芬奇的自画像。伊利诺斯大学研究人员利用面部识别软件对蒙娜丽莎神秘的微笑进行了分析，结果发现蒙娜丽莎的微笑中包含了喜悦、厌烦、恐惧和愤怒等各种表情。如今，电子与计算机工程学教授托马斯·黄利用他和学生共同开发的面部识别软件分析了《蒙娜丽莎》一画，以确定主人公性别，并在分析后同达芬奇的自画像进行了比较。
他认为，分析结果表明，画像主人公为女性的可能性达到40%—60%。即便画像主人公是男性，它与达·芬奇本人的画像也不相符。他说：“当然，分析结果没有得出最终结论，但起码表明这些推断纯属猜测。”
据英国《苏格兰人报》报道，福格特·吕尔森写了一本名为《谁是蒙娜丽莎？探询她的身份》的书，在德国发行后引起轰动。书中称《蒙娜丽莎》中的女子是米兰公爵夫人，一位婚姻不幸的达·芬奇的“红颜知己”兼秘密情人。她在米兰结识了当时为米兰宫廷作画的达·芬奇，后来两人成为交往密切的朋友。他根据画作本身和一些与达·芬奇同时代人的档案、日记研究得出的证据是：在《蒙娜丽莎》中，人物穿丧服、不佩戴首饰，这与达·芬奇作画期间米兰公爵夫人的母亲去世有着某种联系。此外，画中人所着服装上还有斯福尔扎家族的标志，这也与米兰公爵夫人的背景相同。
还有一种说法，是曼都亚侯妃伊萨贝拉·德斯娣。持这种观点的人拿卢浮宫博物馆收藏的《伊萨贝拉·德斯娣》和《蒙娜丽莎》加以比较。虽然一幅是侧脸，一幅大体是正脸，但却极为相似，甚至连大小也一样。两者的头部相同，都是21厘米，如果同英国牛津美术馆收藏的《伊萨贝拉·德斯娣》（卢浮宫摹本）比较，则连手部的位置都一样。
如果说《蒙娜丽莎》就是伊萨贝拉·德斯娣的画像，那又怎样解释前述的怀孕现象呢？
经考证，事实与分析完全吻合。1500年前后，达·芬奇访问伊萨贝拉·德斯娣的家乡曼都亚的时候，伊萨贝拉正好在怀孕。1500年5月17日，她生下了盼望已久的长子费德里柯，曼都亚侯弗朗西斯·贡扎戈有了继承人。
伊萨贝拉很早就想找一个名画家为自己作一幅肖像画，1498年4月26日，她在给米兰公爵洛德维珂的爱妾切切齐利亚·戈尔列科妮的信中，提出要达·芬奇为她绘制肖像画的要求，戈尔列科妮欣然同意曼都亚侯妃的要求。
1499年，达·芬奇路过曼都亚返回佛罗伦萨。这时，伊萨贝拉恰好怀孕了，她对自己正好怀孕而感到不快，但觉得画的是肖像画，这位著名画家的技巧是足以遮掩过去的。
达·芬奇给伊萨贝拉·德斯娣画了两幅肖像画，一副是现藏卢浮宫博物馆的《伊萨贝兰·德斯娣》，另一幅则是《蒙娜丽莎》的底稿，并且答应最后画成油画。可是，伊萨贝拉不但没看到这幅油画，而且始终也没有拿到这幅画。公元1501—1506年，她通过在佛罗伦萨的代理人，最后还通过达·芬奇的叔父一再提出索画的要求。尽管达·芬奇每次都作了肯定的答复，却一拖再拖，直至去世始终都没有交出这幅画。
根据上述分析，从瓦萨利以来一直以《蒙娜丽莎》命名的这幅肖像画的模特儿是侯妃伊萨贝拉·德斯娣的可能性的成分越来越多了。
但也有人对《蒙娜丽莎》模特儿的真实身分提出质疑。美国艺术作家麦可莫伦认为，这幅画没有署名，没有绘制日期，也没有订购线索的记载以及画款支付记录，因而此画来历显得十分古怪。另外，据称，画中的丽莎应在24—27岁之间，而人们仔细观察这幅画，发觉“候选”的女主人公们都应该在37—43岁之间。是文艺复兴时代的人们比现在的人看起来年轻得多？问题很难回答。有些专家推测：蒙娜丽莎绝不是某个人的写真，而是若干妇女形象的综合，既有名妓的影子，也有孕妇的影子存在。
几百年来，《蒙娜丽莎》受到太多的赞誉，有太多专门研究和品评《蒙娜丽莎》的文章或专著不断问世，包括各种推断与猜测。就这样，一幅画成了一门学科，许多人愿意耗费毕生的精力。未来的科学研究也许会为我们解答许多关于此画的疑问，然而神秘一旦消失，一切便如同猜破的哑谜一般索然乏味。其实，《蒙娜丽莎》只是一幅画，一幅美丽的肖像，我们带着虔诚，也带着无需解答的疑问去欣赏她，这也就够了。
莎翁的真实身份
几百年来，莎士比亚（WilliamShakespeare）的《威尼斯商人》、《罗密欧与朱丽叶》等名剧，在世界各国的戏剧舞台上久享盛名，屡演不衰。莎士比亚的作品深刻而生动地反映了16—17世纪英国的时代现实，他汲取欧洲各国的新文化新思想，集中代表了整个欧洲文艺复兴时期的文学成就。作者艺术修养高，生活感受深，善于思考，勤于创作，剧作情节生动丰富，语言精炼优美，塑造了许多性格鲜明的典型形象，描写了当时英国封建制度解体和资本主义兴起时期各种社会力量的冲突，
提倡个性解放，反对封建束缚和神权桎梏。人们称誉他的作品是“时代的灵魂”。莎士比亚的名字早已越出国界，他也成为世界各国人民所崇敬的文化巨人。专门研究莎士比亚生平及剧作的所谓“莎学”，已成为各国研究世界文化史的一个重要课题。
虽然莎士比亚是众人皆知的伟大剧作家，但他的身世却有许多不为世人所知之处，他未曾留下只字片言。莎翁的传记作者们唯一有把握的就是他在埃文河畔的斯特拉特福住过，是一个手套制造商的儿子，跑过龙套，还投资于一家名为“国王的人”的剧团。然而在斯特拉特福镇的文献中没有半点儿表明莎士比亚是个作家，更不用说是世界大师了。既没有作品手稿或信件，也没有任何签名。
在莎士比亚女婿霍尔医生的日记中，也找不到其岳父是著名剧作家的任何说明。不可思议的是，当时没有一个人能明确地说明那些作品是演员莎士比亚创作的，莎士比亚去世时也没有引起任何人的重视，没有一个人按照当时的习俗为他写一首哀诗。在其遗嘱中，莎翁对他的书籍、手稿或关于文学的任何东西只字未提。至于他是否上过斯特拉特福的文法学校，到国外旅行过，或与宫廷中的某人有过联系也无从考证。但从莎翁的戏剧、诗歌中判断，他对意大利和王室甚为熟悉；在哲学、文学、历史、法律和医药等方面知识广博。他出身于小市民家庭，何以知道那么多豪华宫廷与贵族的琐事？他文化水平很低，何以剧作中能有那么多细致的生活与心理描述？
唯一把这个来自斯特拉特福的人和剧作家联系在一起的，就只有“莎士比亚”这个名字。但即使是这一点也是迷雾重重。在斯特拉特福的各种文献中，莎士比亚一名有多种拼法，如“Shaxper”、“Shagsker”或者“Shakapere”。在莎翁出版的各种著作版本或当时的各种文献中，莎士比亚总被拼做“Shakespeare”或者“Shake—speare”。
《戏剧历史和悲剧》书影这也是问题疑点之一。
于是，人们开始怀疑剧作家兼诗人的莎士比亚与斯特拉特福手套制造商之子绝非一人。即使像拜伦和狄更斯这样的大作家也怀疑莎翁的真实身份，狄更斯曾在文章中表示，一定要揭开“莎士比亚真伪”之谜。
一些反斯特拉特福派的人把目光盯在了弗朗西斯·培根身上。因为斯特拉特福莎士比亚缺少的东西，培根都具备：他是一个哲学家、科学家、律师，一个经常出入伊丽莎白和詹姆斯时代宫廷的政治家。一个名叫迪莉娅·培根的美国人，是弗朗西斯·培根的狂热拥护者。她深信培根就是这些作品的真实作者，而能证明这一点的材料就埋在斯特拉特福莎士比亚的墓下面。1856年9月，她手持铁锹来到斯特拉特福，准备开挖证据。但到了最后一刻她却弃之而去。不过，她仍四处宣传她的信念。
后来，培根的崇拜者放弃寻找深埋地下的手稿，转而把精力放在现有的作品上。这是一项极为仔细的搜索工作。这些崇拜者集中精力寻找那些据称可以证明培根即为莎士比亚的各种密码、秘密文件或有特殊隐义的图形——他们相信这些东西都隐含在字里行间。其中，最主要的解密大师要数伊格内修斯·唐纳利。他是一位来自明尼苏达州的议员，从事各种稀奇古怪的研究，其中就包括对培根的这项研究。
1888年，唐纳利就这一问题出了一本书。但书中大部分内容错综复杂，晦涩难懂。例如，他分析了文中的许多字，像Franis（弗朗西斯）、William（威廉）、Shake（挥动）和Spear（戈）等，把它们所出现的页数、行数，做各种加、减、乘、除运算。但其中也有个别发现简明易懂，切中主题。例如，他在对《第一开本》——1623年莎士比亚戏剧全集研究时发现，bacon一词在历史剧和同一页的喜剧中都出现过。唐纳利认为，这绝非是巧合，而是作者在此揭示其真实身份。
追随唐纳利的人认为，不管莎士比亚的戏剧和诗歌出自谁手，起初他都精心策划了一些令人迷惑不解的问题，以待后人解决。例如，沃尔特·贝格利研究了莎士比亚的一首诗中的最后两行：“The Romaines plausibly did consent/To Tarquins everlasting banishment”，指出如果我们把最后一行诗最后一个单词的前两个字母（ba）和倒数第二行最后一个单词的前三个字母（con）联接起来，发现这首诗的真正作者是培根（Bacon）。在这里，贝格利和唐纳利一样，忽视了事物的偶然性。显然他并未意识到，培根（Bacon）名字中的字母都很普通，在其他不管是莎士比亚的还是非莎士比亚的作品中都会有前后紧挨出现的情况。
这些解密专家专抠字眼，最终难免被引到了莎翁《爱的徒劳》中小丑所用的一个毫无意义的“honorificabilitu—dinatibus”上。词中的字母足以包含各种各样的秘密信息。其中，埃德温·德宁·劳伦斯于1910年做出的解释最为合理。他将这些字母重新排序，即“HiludiF.Baconisnatituitiorbi”。这是拉丁文，翻译过来意为“这些剧本，弗朗西斯·培根的后代将为整个世界而永世珍藏”。然而，德宁·劳伦斯忽视了这样一个事实，“honorificabilitudinatibus”一词在《爱的徒劳》问世之前就已经存在，所以绝不是培根为了隐含其秘密身份而生造的。
而后又出现了一位似乎很有说服力的候选人——牛津伯爵爱德华·德韦尔。
1902年，英国人托马斯·卢尼提出了德韦尔这一观点似乎更令人信服一些。德韦尔是牛津伯爵，也是伊丽莎白女王的表兄，受财政大臣威廉·伯利的监护，后来成为了他的女婿。这些关系使他成了宫廷的常客，对宫廷生活甚为熟悉。并且，他还是公认的诗人和剧作家。1598年，当时的一位批评家——弗朗西斯·密尔斯，称德韦尔是“我们当中最出色的戏剧家”。
与培根相比，德韦尔有更好的理由隐瞒自己的真实身份。因为，在他出入的社交圈中，剧场被认为是不体面的去处。并且，伊丽莎白时期的宫廷中有许多人不喜欢他们或者他们的祖先在舞台上被描绘成那个样子。所以，卢尼认为德韦尔用了笔名。但德韦尔还是禁不住想留下一些关于其真实身份的暗示，所以他从他的一枚画有一头狮子正在挥戈的徽章中取了他的名字——Shakespeare（挥戈）。
德韦尔伯爵是一个贵族，所以有关他的生平记载比莎士比亚的仔细得多。其中，卢尼发现了许多记载可以将德韦尔和被认为是他写的各种著作联系起来。例如，众所周知，德韦尔1575年去过意大利，并在帕多瓦、热那亚、威尼斯和佛罗伦萨逗留过，而这一事实就可以解释莎翁戏剧中关于这些方面的具体内容。
卢尼相信，可以在莎士比亚——或者说德韦尔的最著名的戏剧《哈姆雷特》中找到最令人信服的证据。和哈姆雷特的父亲一样，德韦尔的父亲也是英年早逝；母亲也是在父亲死后闪电般地结了婚；他本人刺伤过威廉·伯利（英国财政大臣，德韦尔的岳父）的一个仆人，而哈姆雷特以同样的方式杀死了波洛涅斯；同时，德韦尔也和哈姆雷特一样曾被海盗俘获过，后来海盗又饶其一命。通过卢尼这一分析，我们发现，莎士比亚的这一剧本简直就是德韦尔的自传。
同时，卢尼也在莎士比亚的其他戏剧角色中找到了德韦尔的影子。像李尔王一样，德韦尔也是个鳏夫，有三个女儿，其中两个大女儿结了婚；像福斯塔夫一样，他机智聪明；像《暴风雨》中的普洛斯彼罗一样，在他的一生中也曾遇到过狂风暴雨，尽管这是从比喻意义上来说的。
至于莎士比亚的十四行诗，卢尼得出的结论是南安普顿伯爵亨利·罗塞斯雷，非常适合莎翁诗歌中“美少年（fair youth）”一角。后来，牛津派推测罗塞斯雷是德韦尔的儿子。“美少年”实际上是一个双关语，指的是“少年韦尔（Vere youth）”。这样，卢尼的这一观点又前进了一步。
到了20世纪中叶，牛津派已经彻底击溃了培根派，在反斯特拉特福派中占了首要地位。
其实，牛津派试图从德韦尔的生活和莎翁的著作中找到相似之处的努力，和培根派所做的解密工作也一样有过分之嫌。另外，他们所做的这些工作也完全是挑选性的，很不全面的。正如许多传统学者指出的，牛津派完全忽视了这样一个事实，莎士比亚将他的儿子起名为哈姆尼特，而不是德韦尔。
牛津派认为牛津伯爵就是莎士比亚的理论，面临的另一个主要问题是莎士比亚戏剧的年代问题。大多数学者认为，“国王的人”这一剧团直到1614年还在上演莎翁的新剧，但德韦尔在1604年就去世了。而此时，莎翁的38个剧本中只有23个出版过，或在出版物中提及过，其余15部——包括《李尔王》、《麦克白》、《安东尼和克莉奥帕特拉》、《冬天的故事》和《暴风雨》——直到德韦尔死后才搬上舞台。
一些牛津派对这一观点的看法是：德韦尔在死前已经开始了这些剧本的创作，死后这些剧本又由别人完成。更有甚者，提出这些剧本的创作年代都是错误的，大部分剧本应该说在1604年之前就完成了。
