正在清廷和吴三桂相持于湖南的时候，陕西提督王辅臣成为两面都竭力争取的对象，他的态度成为影响战局的关键。王辅臣，山西大同人，绰号“马鹞子”，作战十分勇猛，原来在李自成军中效力，后来投降于清，被编入汉军正白旗，授御前侍卫一等衔。王辅臣随洪承畴平定河南，深受见赏，后来洪承畴把他推荐给吴三桂，也深得吴三桂的信任，凡有上等的衣食器用等物，不赐别人，但赐辅臣。
后来王辅臣被调任为平凉都督，吴三桂知道后，如失左右手，叹息不已。临行前，三桂拉着他的手，颇为动情地说道：“老弟，你去了平凉可别忘了我啊，你为官清廉，家里人口又多，关山万里，我无以为送，这里二万两银子，给你权当路费。”令王辅臣大为感动。
对于王辅臣，康熙也深知其才，曾多次在京接见他。有一次，康熙恳切地对王辅臣说：“我很想留你在朝廷里，朝夕相见，但国家大事，平凉重地，一天也离不得你。”在赴任前，康熙还送他一支顺治帝用过的蟠龙豹尾枪，王辅臣拜伏于地，万分激动，当即表示要为康熙肝脑涂地，在所不惜。
陕西地理位置十分重要，吴三桂设想，王辅臣一旦从平凉起兵，控制西北，自己在湖南，耿精忠在东南，这样就能从全局上影响清廷，使清军疲于应付，从而扭转战局。面对吴三桂的招降，王辅臣虽然有所触动，但他明白吴三桂跟康熙是不可同日而语的。在康熙手下，不失为朝廷命官，前程远大，而吴三桂则是引他叛逆。于是他立即命义子王继贞将吴三桂的信使押往京师，听凭朝廷处置。
康熙见王辅臣忠于自己，不禁大喜，更加信任王辅臣了。可是没想到的是，王辅臣的这些举动却引起了同僚张勇的嫉恨。起初，康熙同时起用王辅臣还有张勇统领陕西的军务，王辅臣私自做主，避开张勇把吴三桂的招降书送给了康熙，康熙见信后非常高兴，封其子王吉贞为太仆卿。张勇的军功本来在王辅臣之上，现如今王辅臣累受皇恩，自己心里非常不高兴。
正在这时，四川提督郑蛟麟在成都响应了吴三桂的叛乱，危及陕西，康熙遣重臣莫洛到陕西，赋予他全权调动山西陕西的兵马，但王辅臣之前和莫洛有过节，因此莫洛一开始对王辅臣就很不友好，处处掣肘。
于是王辅臣向康熙请求调往湖南立功，康熙不准，王辅臣闷闷不乐。莫洛本不知兵，又与属下的将官不和，在进兵的时候，竟将王辅臣军中的好马尽数换走，替以劣马。这件事使得王辅臣大怒，终于成为王辅臣兵变的导火索，随着兵事陷入僵持，莫洛屡屡不听王辅臣的计谋，王辅臣对莫洛的耐心亦到达极限。
康熙十三年（1674），莫洛率兵到达宁羌州，王辅臣突然发起攻击，莫洛猝不及防，当场被流弹击中死亡。王辅臣兵变给康熙以极大震动，原先的部署被打乱且不说，一旦王辅臣和吴三桂合流，将会对整个局势产生重大影响，甚至会直接威胁京师。康熙一面重新部署兵力，一面派其子王吉贞进行招安，希望王辅臣及时悔悟，并表示对他既往不咎。王辅臣看了康熙文辞兼备的敕书，尽管康熙表示可以宽恕他，但他却仍疑虑重重，担心被秋后算账，于是王辅臣在回复中要求朝廷派使臣重申保证其无罪。
康熙看出了王辅臣的缓兵之计，他一面命定西将军贝勒董额和陕西总督哈占相机进剿，一面仍然派人到王辅臣的军营宣布他无罪。果然，王辅臣看见吴三桂进展迅速，已经被吴三桂气势汹汹的表面迷惑了，两股势力一拍即合，导致西北局势急剧恶化。清廷经过艰苦卓绝的战斗，才扭转了局势，但由于前线指挥不力，围困平凉一年有余却不能攻下。在这紧要关头，康熙起用了经验丰富的图海为抚远大将军。图海，字麟洲，马佳氏，满族正黄旗人。父穆哈达，世居绥芬。图海自笔帖式历国史院侍读，是个投笔从戎的军政双才。顺治年间，图海消灭李自成余部郝摇旗、刘体纯等部非常卖力，特别是康熙三年的茅庐山战役，和鳌拜的弟弟穆里马一起把最后的抵抗势力李来亨一部送上了覆灭的归途，满族人一提茅庐山战役都是非常惊恐的，京师人言事情难办总说：“又上茅庐山了。”可见图海的厉害。
图海到达前线后，“明赏罚，申约束”，激励士气，取得了良好效果，诸将纷纷请兵攻城。但图海却说：“仁义之师，先招抚，后攻伐。今奉天威讨叛竖，无虑不克。顾城中生灵数十万，覆巢之下，杀戮必多。当体圣主好生之德，俟其向化。”然后，图海又指挥士兵断了王辅臣的粮道。粮道一断，王辅臣就成了瓮中之鳖，但他还想负隅顽抗。
这个时候，周培公登场了。周培公，名昌，字培公，荆门诸生。好奇计。佐御前侍卫吴丹有功，以七品官录用，周昌的同乡是王辅臣手下的总兵黄九畴和布政使龚荣遇，图海就以周培公为使者，透过这层关系把朝廷不准备为难王辅臣的意思和康熙希望王辅臣迷途知返的愿望传达给了王辅臣，王辅臣犹豫再三，最后不得已投降图海。至此，西北战事已了，使清廷得以集中兵力对付吴三桂。五月克复虎山墩，六月初七王辅臣出降，前后不过用兵三个月而已。王辅臣投降后，康熙为了安抚他，仍然授给王辅臣太子太保的封号，授靖寇将军，命令和图海一起镇守汉中。但经过这么多事，王辅臣非常害怕，后来自杀了。
这时，各路叛军或被消灭，或投诚，尤其是耿精忠和尚之信问题的解决，使得形势顿转，就剩下吴三桂一股力量还死撑着，清廷最后平定三藩之乱的时机终于到来。
