经过八年的艰苦斗争，三藩之乱终于宣告平定。在这八年中，康熙成熟了不少，面对挫折，他学会了从容不迫，面对不同的意见，他同样学会了倾听。但是考验似乎还没有结束，在这之前，台湾便屡次进入了他的视线，但这次，他决定再次挑战自己。一个个困难，也激发了康熙的雄才大略，他似乎看到了伟大的事业，就在前方。
明末清初，荷兰殖民者乘明清战争之乱，双方均无暇顾及东南沿海之际，出兵侵占了台湾，并以台湾为据点，不断袭扰沿海各省，对沿海当地的经济造成极大的威胁。顺治十七年（1660），明将郑成功力排众议，亲率官军两千五百余人自金门料罗湾渡海出发，决心收复台湾。在台湾人民的配合下，经三天激战，三战三捷，把侵略军驱逐到其苦心经营的赤嵌城，但在形势上，已是孤角。郑成功拒绝了侵略者的一切要求，迫使荷兰殖民者无条件投降。不久，荷兰殖民者又派出大批舰队增援，企图夺回台湾，但都被郑成功击败，终于在年底向郑成功投降。至此，被荷兰侵占38年之久的宝岛台湾，重新又回归祖国怀抱。然而不幸的是，郑成功入台不到半年便因操劳过度去世，年仅39岁。值得赞扬的是，郑成功一直声明：“台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也！”郑成功不愧为民族英雄。
然而，郑成功去世之后，继承其父的郑经却公然背弃其父的遗愿，宣布：“台湾远在海外，非中国版图！”当时康熙还年幼，国家多事，无暇顾及台湾。与此同时，郑经则把台湾当作自己的领土，进行治理。郑经的所作所为，等于把台湾从中国这个大家庭中割裂出去，与其父郑成功治理台湾的性质发生了根本变化。
在郑经主政台湾期间，清政府则坚持招抚态度，屡屡派大员与郑氏谈判，力争和平解决台湾问题。为了争取台湾，从康熙元年至康熙十九年郑经病死，清政府主动与郑经的重要谈判活动，达十几次之多，并多次致函、派官，争取郑经，但郑经却坚持分裂立场，到死也不悔改。
康熙虽看到郑经企图独占台湾，但仍希望能够通过谈判的方式解决。郑经为达到长期占据台湾的目的，认为：“逆之，则指日加兵，内外受困，岂不危哉！不如暂借招抚为由，俟余整旅东平（指台湾）再作区处。”于是，郑经假意和谈，一边佯称接受招抚，一边则率师入台。果然，到达台湾后，郑经立即宣布拒绝谈判，坚持台湾独立，只向清廷纳贡。
清政府见郑经宣布受抚，却又率部入台，开始意识到如果只是招抚，并不能解决问题。于是，清廷命令福建总督李率泰进攻被郑经占据的厦门，结果郑经战败，失了厦门，退守铜山。清廷则认为郑经已经知道了清军的厉害，命李率泰停止进攻，至铜山再次招抚，但郑经仍固执地坚持叛国立场，表示如不让其独立治台则“虽死不允”！
郑经更公开宣称台湾已经“非属清版图”，他甚至说：“王侯之贵固吾所自有，万世之基已立于不拔。”企图让清廷承认台湾独立，以平等之国待之，互通信使，互相通商，方可使“彼此无虞，波浪不惊”。“今日东宁（指台湾），乃版图之外，另辟乾坤，幅帧数千里，粮食数十年……何羡于中土哉！”并且叫嚣，如果清廷真以苍生为念，就应“以外国之礼见待”，否则，只能是白费气力不讨好。其分割台湾之野心昭著，气焰十分嚣张。
康熙八年（1669），康熙清除鳌拜集团，亲理朝政，但对台湾问题仍然主张招抚。康熙接连派刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣至泉州与靖南王耿继茂商量招抚之事，随后派员持诏书至台湾。但郑经拒不接旨，强调台湾“远在东海之外，与中国版图渺不相涉”。
到康熙十九年（1680），三藩之乱已经平定，郑经失了靠山，而清廷也终于可以腾出手，有了对付郑经的力量。姚启圣进兵厦门，一举收复，郑经完全失去了在大陆的地盘，他见大势已去，不得不败归台湾。回到台湾后，郑经转而致力于发展经济，分配诸镇垦荒，寓兵于农。他在台湾建立了一套完整的行政体制，并设立六部管理政务。郑经把政事托付给陈永华。陈永华其人才华出众，善于治国，在他的治理下，台湾经济得到很快的发展，国用日足。郑经又采纳陈永华“建圣庙，立学校”的建议，“自此台人始知学”，提高了台湾民众的知识水平。他还听取洪旭“文事、武备，两者不可缺一”的建议，命令各镇于农隙时教习武艺，“春、秋操练阵法”。在一段时间内，“台湾日盛，田畴市肆，不让内地”。应该说，郑经为建设台湾做出了一定贡献，但郑经自恃台湾海峡和他的水师，仍妄图与清朝分庭抗礼，康熙也逐渐认识到单纯的招抚政策并不能使台湾回归，于是，清廷开始准备武力收台。
但清朝以马上取天下，擅长步骑作战，但对付郑经，骑兵显然发挥不了作用，清廷于是着手建立一支精锐、庞大的水师部队。以往，清廷对水师建设不够重视，水师的长官一般由陆军提督兼任。康熙十七年（1678），江南提督杨捷和福建总督姚启圣先后上疏指出：“水陆万难兼顾”，要求朝廷“另设水师提督，令其专练水兵，熟习惯战”。这时，三藩之乱已基本平定，朝廷胜利在握，解决台湾问题便成了康熙心头上的大事。康熙采纳了他们的建议，任命原岳州水师总兵官万正色为福建水师提督，统辖福建全省水师。福建水师建立后，日夜操练，规模也不断扩大，后来这支部队为收复金厦和台湾贡献了巨大力量。
