姚启圣担任福建总督，负责台湾事务，他十分重视对台湾军民的招抚工作。虽然没有顺利招抚郑经，但在他的支持下，一大批台湾军民得以返回大陆，对台湾造成了一定影响。他一贯主张剿抚并用，抚为主，剿为辅，但这种思路却不能完全解决台湾问题。
而郑经回到台湾后，心灰意冷，生活开始腐化起来。他筑造亭园，纵情酒色，日日与属下饮酒作乐，自己乐得清闲，政事则完全交给了长子郑克臧。好在郑克臧非常有才干，他虽然是郑经的妾所生，却刚断果决，很有乃祖郑成功的风范。郑克臧代理政事后，在他的岳父陈永华的辅助下，凡事坚持原则，不管是谁，只要触犯了礼法，必不肯徇私情，将台湾治理得井井有条。起初郑经还有些不放心，但看过了克臧平时所批复的文件之后，觉得件件都处理得很妥当，郑经很高兴，对克臧日益信任，自己则真正享清福去了。
但是，郑克臧果敢的作风却遭到以冯锡范为代表的一部分人的嫉恨。当初，郑经出兵大陆时，曾把留守台湾的重任交给陈永华。陈永华也很有才干，而且富有经验，郑克臧正是在陈永华的影响和培养下不断成长的。陈永华将后方打点得有条不紊，冯锡范等返回台湾后，见陈永华手握重权，而且颇得人心，心中大为不满，后来又见郑经把权力下放给了郑克臧，更加产生了一种危机感。冯锡范一向希望由自己的女婿、郑经少子郑克塽继任郑经，为此，他和大将刘国轩狼狈为奸，谋划着夺取权力。
为了让陈永华交出权力，冯、刘二人可谓不择手段。一天，冯锡范去拜访陈永华，他假装与陈永华坦诚相见，装出一副异常惭愧的样子，用低沉的语调对陈永华说，“我扈驾西征，寸功俱无”，实在愧对主子，准备“辞职解权，杜门优游，以终余岁”。性格耿直的陈永华信以为真，想冯锡范只是个武将，却这么懂得谦退，不由得想到自己，作为文官怎么能贪恋重权？于是他向郑经辞去了职事，而郑经同样轻率地把陈永华的权力交给了刘国轩，就这样，冯、刘二人掌握了军政大权，而郑克臧实际上已被架空。得知真相后的陈永华愤恨不已，但此时已无所作为了。
后来郑经病危，将郑克臧托付给了刘国轩和冯锡范。郑经一死，冯、刘二人便迫不及待地发动政变，杀害了年轻的郑克臧，立了郑克塽为台湾之主。刘国轩随后被封为武平侯，“专主征伐”，冯锡范为忠诚伯，参赞军机，掌握大权后，二人恣意妄为，搞得人人自危，台湾很快陷入了危机之中。
郑经刚死，台湾内乱，给了清廷解决台湾问题的最好时机。姚启圣马上向康熙上疏建议：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴。”康熙看到后，同意姚启圣的建议，并下令姚启圣等“宜乘机规定澎湖、台湾……同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机”。
但水师提督万正色却反对出兵台湾，他主张固守海疆，只要不使台湾侵犯即可，这显然不符合康熙的宏图大略，康熙要的是国家统一，成为一代英主。进兵台湾，海战是关键，而负责水师的提督更是关键中的关键，倘若让反对进攻台湾的万正色继续担任水师提督，肯定不能成事。反复考虑之后，康熙决定起用施琅作为水师提督去打这场仗。
施琅原来是郑成功的部将，因与郑成功产生矛盾，被迫投降清朝，其父及弟均被郑成功杀害。他熟悉海战，经验丰富，是一员不可多得的骁将，但在归降清朝初期，并不受康熙完全信任，因为施琅还有家人留在台湾，怕其会生异心，后来施琅的家人因事被郑经杀光，康熙这才对施琅放心。
为了起用施琅，康熙还反复征询了朝中大臣的意见。康熙二十年二月（1681），康熙问李光地：“施琅果有什么本事？”李光地回答说：“施琅自幼在行间经历得多，又海上路熟，海上事他也知得详细，海贼甚畏之。”康熙表示同意。后来李光地又向康熙推荐施琅，并说：“若论才略实无其比，至成功之后，则在皇上善于处置耳。”
这样，康熙才决定起用施琅，任命其为福建水师提督。尽管康熙打消了对施琅的疑虑，但朝中的许多大臣还是认为施琅若去，一定会叛走，劝康熙另定人选。这时候，康熙充分表现了对施琅的信任，对大臣们说，施琅不去，“台湾断不能定”。施琅离京时，康熙特意赐给他鞍马一匹，语重心长地对他说：“尔至地方，当与文武各官同心协力，以靖海疆，海氛一日不靖，则民生一日不宁，当相机进取，以副朕委任之意。”
施琅到了厦门之后，立即投入备战中，整船练兵，制备军器。朝廷对施琅也是十分优待，凡有所请，无不允诺。他害怕总督、巡抚不懂海战，却又横加指挥，会影响到作战。于是，他屡次向朝廷提出让自己“专征”，独自负责对台作战，但康熙不同意。
事情的发展却果然如施琅所预料的一样，福建总督姚启圣在制定作战计划的时候经常和施琅产生分歧，闹得不可开交。姚启圣也是非常有才干的官员，长时间守在前线，负责清廷对台湾事务，同样深得朝廷的信任。康熙十八年（1679）
九月，他就提出要直捣台湾，随后表示“臣必欲亲率舟师剿灭台湾，永除后患，以报国恩”。为了收台大业，当初姚启圣也力荐施琅出任水师提督。
所以当他得知施琅的“专征”主张后，不禁大为恼火。
得知二人矛盾后，康熙从中调和，下谕令说：“总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅进取澎湖、台湾。”但二人的矛盾并没有解决。
