如上所述，谭嗣同极力凸显仁与以太的相似性和相通性，并在将仁与以太相提并论的前提下借助以太建构了仁学体系。尽管如此，一个不争的事实是，仁与以太原本属于两个不同的领域，是风马牛不相及的。即使是在谭嗣同的哲学中，二者之间同样存在着不容忽视的差异。这不禁令人疑窦丛生：既然他的目的是建构仁学，为什么非要利用以太进行论证？为什么谭嗣同在利用以太的同时，还在仁学中加入了五花八门的自然科学概念和学说？这一切都与中国近代特殊的历史背景和文化语境密切相关。
大致说来，西学在中国近代的传播经历了由工艺技巧到自然科学再到社会科学最后到哲学的传播过程，这使西学在近代中国的传播呈现出明显的阶段性，也先天地决定了不同时期的近代哲学家所能接触、了解到的西学内容大不相同。无论是西学的大量东渐还是救亡图存的现实需要都使中国近代成为中西文化交融、贯通的时代，也促使近代哲学家利用东渐的西学来建构自己的哲学。从这个意义上说，谭嗣同利用以太及各种自然科学概念和学说论证仁学，除了他本人的兴趣爱好之外，还要从中国近代的文化环境和学术资源中寻找原因。由于自然科学传入中国的时间早，戊戌启蒙思想家借鉴的西学中不仅包括自然科学，而且时间越早，自然科学的比重越大。谭嗣同的哲学建构便处于戊戌启蒙思想家早期对西学的借鉴时期，也就是属于以自然科学为主的类型和阶段。正是这一点使谭嗣同的哲学在西学来源上与康有为相近，而与同为戊戌启蒙思想家的严复、梁启超迥然相异。
出生于1865年的谭嗣同恰逢“学问饥荒”（梁启超语）时代，所能借鉴、利用的西学实在是少得可怜。梁启超在回忆19世纪80、90年代即谭嗣同创建仁学的时期中国译书的情况时，曾经有一段精辟概述：“彼时所译者，皆初级普通学，及工艺、兵法、医学之书，否则耶稣经典论疏耳，于政治哲学，毫无所及。”【127】依据梁启超的披露可以想象，特殊的历史背景和文化语境决定了较早输入中国的西方自然科学对于谭嗣同哲学的重要性和特殊性，由于无法直接用西方的哲学、政治思想或社会学说为仁学、平等思想进行辩护，他只能利用东渐较早的自然科学概念和学说。正是在对当时输入中国的西方自然科学的借鉴中，他首选了以太说：第一，当时传入中国的西学是以自然科学为主的“初级普通学”，这决定了谭嗣同的哲学建构就西学渊源而言不可能与严复、梁启超一样以进化论为主，更不可能直接渊源于孟德斯鸠、卢梭和斯宾塞等人的天赋人权论、社会契约论和社会有机体论，而只能像康有为那样借鉴以太、电、力等较早输入中国的西方自然科学概念和学说。简言之，特定的历史背景和文化语境注定了谭嗣同没有条件像严复、梁启超那样直接吸收西方的哲学和社会科学来建构仁学，而只能对当时传入中国的点滴的西方自然科学知识加以改造或利用。机缘巧合之间，谭嗣同遇到了傅兰雅，接触到以太说，于是便对以太痴迷不已。第二，从中国近代的知识背景和学术资源来说，客观形势决定了谭嗣同缺乏对西方自然科学的全面了解和把握，即使是对西方近代物理学领域的以太说也只能是一知半解、知之甚少。第三，从谭嗣同接触、学习包括以太在内的西方自然科学的途径来说，他主要是通过传教士、报纸和杂志的介绍接触到点滴的自然科学知识，所得到的不过是一些对自然科学的皮毛之见、耳食之谈。这决定了谭嗣同不可能对西方自然科学形成一个系统、完整的认识，甚至没有对作为自然科学的以太说形成一个客观、完整的把握。
问题到此并没有结束，西方自然科学素养和对以太的认知程度注定了谭嗣同无法洞彻自然科学的真谛，更不可能有效地消化、吸收西方的自然科学，而是一味地根据自己哲学的论证需要，对包括以太在内的西方自然科学概念和学说大肆改造，最终导致对自然科学的过度诠释。这突出表现在两个方面：第一，热衷于搬来名目繁多的自然科学概念和学说，而淡化这些概念和学说的学科背景，甚至全然不顾它们所在的学说体系。第二，热衷于对形形色色源自西方自然科学的新概念、新学说进行自由发挥或过度诠释，既不在意对这些新概念、新学说的原初含义的求真和还原，也不关注这些新概念、新学说之间的内在关联。这两个方面共同证明，谭嗣同对于西方传入的自然科学概念和学说始终处于食而不化的状态，即使对于以太也概莫能外。正因为以太在他的哲学中只不过是作为名词的“点缀”，谭嗣同才可以在对以太“无以名之”——尚且不知如何称谓的前提下酣畅淋漓地予以发挥。谭嗣同的做法看似匪夷所思，实则在意料之中。
进而言之，受制于以自然科学论证哲学的理论初衷、致思方向和价值旨趣，谭嗣同眼中的以太充其量只是论证工具，根据目的而对工具进行改造亦在情理之中。在他的价值天平上，以太从属于仁学，自然科学从属于哲学，归根结底是为仁学、平等在内的哲学和政治思想服务的。正因为如此，对于以太代表的自然科学处于何等地位，谭嗣同明确规定说，以太等自然科学只是“托言”，并在这个前提下一面将仁与以太相提并论，一面凸显其间的本末、精粗之分。循着他的逻辑，既然各种自然科学概念说到底无非都是托词，那么，便可以运用这个概念托，也可以运用那个概念托。反过来也一样，对于仁，可以这样称呼，也可以那样称呼；可以用这一自然科学概念代言，也可以用那一自然科学概念代言。既然如此，便可以将仁称为以太，也可以另呼他名。于是，便不难理解谭嗣同将仁与在西方自然科学中原本并不相关的、令人眼花缭乱的自然科学概念相提并论，在论证平等时罗列众多自然科学概念和学说的做法了。他对以太的这种自由发挥甚至随意命名淋漓尽致地暴露出对待自然科学的主观性和随意性，不仅预示了对自然科学的过度诠释，而且使包括以太在内的众多源自西方自然科学的概念最终沦为点缀，甚至是徒有其名而无有其实。
综上所述，谭嗣同宣传以太的过程是一个为以太“赋义”的过程。这就是说，他赋予以太前所未有之新义，也就意味着以太丧失在西方物理学中的原义。既然如此，便不能够对谭嗣同的以太说与西方物理学所讲的以太说等量齐观，当然也不可以将二者混为一谈。在这个前提下，如果再以西方物理学中的以太属性来审视甚至判定谭嗣同的以太说，则未免离题太远了。
