大将冯异，颍川父城人，本来是刘秀的俘虏，后来归顺光武，本人长于谋略，号令严整，用兵进止有序；为人谦让，诸将会聚论功之时，冯异常独自避于树下，故军中称为“大树将军”，冯异苦心经营，连续数年镇抚西方，威权日重，关中瞩目，称“咸阳王”，有人告发冯异准备自称咸阳王，刘秀把这个书信交给冯异，冯异惊恐异常，上表自辩，刘秀回复说：“将军之于国家，义同君臣，恩犹父子，何忧之有也？”后来冯异入朝觐见，刘秀向满朝文武做介绍。“是我起兵时主簿也。为吾披荆棘，定关中。”并且还回忆几年前的困难时期，大概豆粥吃得很香，仍然念念不忘。“仓卒无蒌亭豆粥，滹沱河麦饭，厚意久不报。”感动的冯异涕泪涟涟，顿首拜谢说：“臣闻管仲谓桓公曰：‘愿君无忘射钩，臣无忘槛车。’齐国赖之。臣今亦愿国家无忘河北之难，小臣不敢忘巾车之恩”。
为了联络感情，刘秀还经常和群臣开一些无伤大雅的玩笑，以为笑乐调节君臣之间的关系。《后汉书》曾经评说到，刘秀称帝后，拜为侍中、骑都尉，封山都侯。刘秀有一次和功臣饮宴欢聚，他问道：“如果你们没碰上时局大变动，会取得什么样的成就？”高密侯邓禹先答道：“臣小时候致力于学问，可以当个文学博士（一种官位）吧。”刘秀说：“你太谦虚了，你是世家大族的邓家子弟，志行修整，肯定会有更大的出息。”其他人也依次答对。到马武时，马武说：“以臣的勇武可以当个守尉督，查盗贼。”刘秀笑道：你不当盗贼的话就差不多了。”马武生性好酒，阔达敢言，有时喝醉酒在御前当面批评同列，直斥他们的短长，无所避忌。君臣相对大笑，宴会尽欢而散。从这个其乐融融的场面上我们可以看到光武在处理和功臣的微妙、复杂的关系时的良苦用心所在了。
大臣有功，就封赏财物，但不加升官职。所以手下功臣皆保其福禄，没有被杀的人。名将马援曾经称赞刘秀“恢廓大度”、“开心见诚，无所隐伏，阔达多大节”是符合实际的。赐予功臣们厚禄高爵，而不让他们参予军国大事。吴汉征蜀凯归，完成最后一统，光武欣慰，大为封赏，一次达三百六十五人。对功在汉室之文武将相，均予列侯就第，加位进爵。其中有封食邑四县以上者，遭人反对，光武却说：“自古皆以无道亡国，未闻以功臣地多亡国者”。
建国初年，刘秀尚遵守西汉旧制，对任三公职者，依然封授列侯爵位。如建武二年，宋弘“代王梁为大司空，封相邑侯。建武三年，伏湛“遂代邓禹为大司徒，封阳都侯。”但是，从建武五年以后，这项制度便开始改变。“朱祐等荐复宜为宰相。帝方以吏事责三公，故功臣并不用。”
侯霸代替伏湛为大司徒后，仅封为关内侯。侯霸很有能力，家里很有钱，“霸矜严有威容，家累千金，不事产业。”做官也很有能力，遣使征霸，“百姓老弱相携号哭，遮使者车，或当道而卧。皆曰：“愿乞侯君复留期年”。每春下宽大之诏，奉四时之令，皆霸所建也。明年，代伏湛为大司徒，封关内侯。在位明察守正，奉公不回。十三年，霸薨，帝深伤惜之，亲自临吊。下诏曰：“惟霸积善清洁。视事九年。汉家旧制，丞相拜曰，封为列侯。朕以军师暴露，功臣未封，缘忠臣之义，不欲相逾，未及爵命，奄然而终。呜呼哀哉！”
于是追封谥霸则乡哀侯，食邑二千六百户。刘秀对不封侯霸为列侯的原因，曾在建武十三年，侯霸死后，刘秀以“功臣未封”，而不封侯霸为列侯，只是一种托辞。其实，他的意图正是要打破任三公，即封列侯的旧制。因为自侯霸不封侯的事例一开，以后凡无列侯爵位，而任三公者，都没有再被封为列侯的。如戴涉、禁茂、玉况、冯勤任司徒职，均无列侯爵位。赵营任太尉，仅封关内侯爵。社林、张纯、冯纺任司空，也无列侯爵。诚如袁梦隙说：“自是之后，位三公者，皆不复有茅土之封。”在全国基本统一后，刘秀在国家重要官职的任用上，也改变了从前的措施。他总的原则，是不任用功臣担任国家的重要官职。正如《后汉书·光武帝》说：“虽身济大业，竞竞如不及，……退功臣而进文吏，虽以征伐济大业，及天下既定，乃退功臣而进文吏，明慎政体，总揽权纲，量时度力，举无过事，故能恢复前烈，身致太平。”
自建武五、六年以后，由于关东的各割据势力逐渐被平定，形势开始好转，因此刘秀对国家内政的建设。他对三公的选择，即注意任职者的实际能力，同时，也防止这些任职者难以驾御。刘秀所选拔的司徒，自侯霸以后，大多数来自有地方统治经验的郡太守。十三年，霸薨，帝深伤惜之，亲自临吊。下诏曰：“惟霸积善清洁。视事九年。汉家旧制，丞相拜曰，封为列侯。朕以军师暴露，功臣未封，缘忠臣之义，不欲相逾，未及爵命，奄然而终。呜呼哀哉！”于是追封谥霸则乡哀侯，食邑二千六百户。子昱嗣。临淮吏人共为立祠，四时祭焉。以沛郡太守韩歆代霸为大司徒。这同司徒主管国家民政事务有关。司空，则主要投自九卿。司马的任职，建武二十年以前，主要由功臣吴汉担任。吴汉死后，长达八年时间，刘秀没有任命正式担当者，一直让刘隆代理此职。刘隆是南阳安众侯宗室，曾随同刘秀平定河北。南方骆越人叛乱时，他作为马援的副将，“击交趾蛮夷征侧等”。立下战功。“还更封大国，为长王侯。王莽天凤年间，刘秀曾到长安跟随中大夫庐江人许子威专门攻读《尚书》，在天下未平、战事频起的时代，他也力争做到一有空闲便学习和研讨儒经文艺。他给人的印象便是“经学博览，政事文辩，前世无比”。
有鉴于西汉晚期大臣权势过重，皇帝丧失政柄的历史教训，刘秀特别注意严加防范。首先，他从制度上压低三公品级，不用功臣外戚。朝中虽保留三公名位，却不授实权。处理政务的尚书台及六曹（相当于六部）则是皇帝的喉舌，“出纳王命，赋政四海，权尊势重”。但尚书令品级，仅为“千石”，相当于大县的县令，尚书仆射（副职）和六曹尚书令品级仅为“六百石”，只等于中小县的县官。这样一来，有位的无权，有权的无位，低官高职，为的就是防止大臣擅权。在具体人选上，刘秀不用开国功臣出任公卿掌管大政，以防擅权，但给他们以高爵重赏，在生活上充分优待，对一般过失也加以宽容。避免了西汉初年兔死狗烹、鸟尽弓藏悲剧的重演，可算是一种安排功臣的成功经验，为后世所效仿。
尽管如此，刘秀仍只是奖功封侯，而不授予实际权力。为了避免功臣权力过大带来的问题，他不让功臣掌握实际的权力，而是“退功臣，进文臣”，把治理国家的事交给了文臣。这样一来，既解决了如何对待功臣的问题，又利于国家的治理，是古代皇帝在如何处理功臣方面做得最好的皇帝之一。
对待外戚
在刘秀夺取天下，进行统一战争时，外威也是刘秀的重要依靠力量。
建国之初，对外戚的任用和加封，说明他考虑到外戚是他进行统一战争相巩固其统治的依靠力量，所以对外戚并不排斥。
可是，到刘秀统治后期，他已感到对外戚势力有加以限制的必要，西汉后期，外戚专权，已是很严重的问题。尤其是王莽凭借外戚的地位，最终篡夺西汉的最高权力。这样的历史教训，对刘秀来说，是极为深刻的。《东观汉记》称：“初，世祖闵伤前世权臣太盛，外戚预政，上浊明主，下危臣子。”这说明刘秀看到外戚对集权统治的危害，因而他对外戚势力是加以限制的。但是，刘秀在限制外戚上，所实行的措施，却是因时因人而异，手段比较温和。
阴识，南阳新野人也，是光烈皇后阴丽华的前母兄，据说是管仲的后裔。刘秀兄弟起兵时，阴识游学长安，“闻之，委业而归，率子弟、宗族、宾客千余人往诣伯升”，阴识到达洛阳后，就被刘秀任命为骑都尉，改封为阴乡侯。“建武元年，光武遣使迎阴贵人于新野，并征识。识随贵人至，以为骑都尉，更封阴乡侯。
可见，在统—战争进行时，刘秀对外戚是积极加以利用的。还任命外戚为官职，并加封他们爵位。在这一期间，刘秀重用外戚，对外戚的品格，是很注意的。建武二年，阴识“以征伐军功增封。可是，阴识却推辞说：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不可以示天下。”阴识的这种谦让态度，很受刘秀的赏识。因此，刘秀先任命阴识为关都尉，镇守函谷关。二年，以征伐军功增封，识叩头让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不可以示天下。”帝甚美之，以为关都尉，镇函谷。迁侍中，以母忧辞归。”
