李克用派李嗣昭再次出兵攻潞州，朱温派大将丁会、贺德伦和张归厚支援潞州。汴军进潞州城后，朱温令丁会代李罕之为潞州留后，移罕之为河阳节度使；李嗣昭与丁会战于含口，丁会大败，被俘三千，李嗣昭执汴将蔡延恭；李克用乃令李嗣昭代李君庆为蕃汉马步行营都将，进攻潞州，李嗣昭遣李存质、李嗣本以兵扼天井关。汴将泽州刺史刘屺弃城而遁，李嗣昭下泽州，收李罕之家属，拘送晋阳，李克用乃以李存璋为刺史。晋军来到潞州城下，贺德伦闭壁不出，李嗣昭日以铁骑环城，汴人不敢刍牧，援路断绝。八月，贺德伦、张归厚弃城遁去，晋复取潞州。
朱温听闻潞州大败，乃解沧州之围。三月，汴将葛从周、氏叔琮自土门陷晋承天军，又陷辽州，进军榆次。李克用令周德威击之。周德威，字镇远，小字阳五，朔州马邑人。为李克用帐中骑督，骁勇，便骑射，胆气智数皆过人。氏叔琮有骁将名陈章，以虓勇知名，众谓之“夜叉”，陈章对氏叔琮说：“晋人所恃者周阳五也，愿擒之，请赏以郡。”氏叔琮许之。陈章尝乘骢马硃甲以自异，李克用戒德威说：“我闻陈夜叉欲取尔求郡，宜善备之。”周德威怒说：“陈章大言，未知鹿死谁手！”两军对垒，周德威戒部下说：“如阵上见陈夜叉，尔等但走。”周德威微服挑战，部下伪退，陈章纵马追之，德威背挥铁楇击陈章堕马，生获以献，败汴军于洞涡驿，叔琮弃营而遁，周德威追击，出石曾关，杀千余人。
昭宗回到长安，登上皇楼远望，感叹这些年来受到的屈辱，乃写下菩萨蛮一首：“登楼遥望秦宫殿，茫茫只见双飞燕。渭水一条流，千山与万丘。远烟笼碧树，陌上行人去。安得有英雄，迎归大内中。”朱全忠见太子李裕眉目疏朗清秀，年纪渐渐成人，总是感到畏惧，于是对枢密使蒋玄晖说：“德王曾经窃取皇帝宝座，普天下人尽皆知。皇上应大义灭亲，怎么能让他久留人世？这是用不孝的先例来教后代人，请明公秘密启奏皇上。”蒋玄晖同意这样做，但唐昭宗不予采纳。过了一些日子，唐昭宗对朱全忠讲到这件事，朱全忠说：“这是国家大事，微臣哪里敢私下随意议论？这完全是蒋玄晖诬陷我。”不久，唐昭宗委派第九子李柷担任天下兵马大元帅。李茂贞被朱温围困了三年，山南（汉中）诸州尽为王建所陷，泾、原、秦、陇、邠、鄜、延、夏皆降于汴。李茂贞只能够独据凤翔孤城，自是兵力殚尽，垂翅不振，李茂贞惧朱温复讨，请去王号落为尚书令，昭宗许之。李茂贞经过半年的休养，的元气稍微恢复，后听闻朱温率大军逼宫，复率邠、岐兵士侵逼京畿，朱温因是上表，坚请昭宗幸洛阳，昭宗不得已而从之。
朱温派张全义率诸道丁匠财力，同构洛阳官，不数月而成。朱温令朱友恭乃和氏叔琮为昭宗护卫，再令心腹蒋玄晖为枢密使，控制昭宗，昭宗驻跸于陕，朱温自河中来觐，谒见行营。朱温因洒涕而言说：“李茂贞等窃谋祸乱，将迫乘舆，老臣无状，请陛下东迁，为社稷大计也。”昭宗命延于寝室见何皇后，面赐酒器及衣物。何后对朱温说：“此后大家夫妇委身于全忠矣。”因欷歔泣下。朱温说：“皇后请放心，臣一定尽心保护。”后数日，朱温开宴于陕之私第，请驾临幸。翼日，朱温辞归洛阳，昭宗乃与何后谋，昭宗说：“朱温狼子野心，朕的江山一定毁于其手，其劝朕东迁就是想‘夹天子，令诸侯’。”何后怒说：“朱温喜欢女人，皇上明日开宴招待朱温，本宫向其敬酒，等朱温喝醉，一刀结果了他，再割下其头颅示三军，看谁敢造反！”昭宗喜，乃准备了一把利刃于袖中。
明日，昭宗开内宴，召朱温与韩建侍宴，宫妓奏乐，何皇后举觞以赐朱温，朱温开怀畅饮，韩建见气氛不对，乃蹑朱温足，朱温遽起说：“臣醉不任。”伪若颠仆即去。韩建私对朱温说：“上与宫人附耳而语，幕下有兵仗声，恐图王尔。”朱温知道昭宗图己，因连上章请车驾幸洛。唐帝乃遣间使以绢诏告难于南吴、西川及河东等，令纠率籓镇，以图匡复。诏有云：“朕至洛阳，则为全忠所幽闭，诏敕皆出其手，朕意不得复通矣。”
六三月丁未，昭宗制以朱温兼判左右神策及六军诸卫事，想加恩以脱身。昭宗想拖延时间，累遣中使及内夫人传宣，对朱温说：“皇后方在草蓐，未任就路，欲以十月幸洛。”朱温说：“陕州小籓，非万乘久留之地，期以四月内东幸，否则后果自负。”闰月丁酉，昭宗发自陕郡，次于谷水。是时，昭宗左右惟小黄门及打球供奉、内园小兒二百余人，朱温犹忌之。是日，密令医官许昭远告变，乃设馔于别幄，召而尽杀之，小兒正开怀畅饮、大鱼大肉的时候，士兵们突然涌入，一刀一个将他们全部杀死，皆坑于幕下。朱温又选二百余人，形貌大小一如内园人物之状，至是使一人擒二人，缢于坑所，即蒙其衣及戎具自饰。昭宗初不能辨，久而方察。自是，昭宗左右前后，皆梁人矣。
甲辰，车驾至洛都，朱温与宰相百官导驾入宫。昭宗以朱温为宣武、宣义、护国、忠武四镇节度使。朱温请以郓州授张全义，昭宗许之。昭宗自己起草了两份赦书，一份副本。没想到第二天就全部不见了。昭宗问身边的人：“谁拿了朕的文书？”身边没有人敢回答，朱温笑说：“臣昨天拾得一个文书，不知道是不是皇上的。”昭宗看了一下说：“正是此文书。”昭宗宴群臣，说：“昨来御楼前夜失赦书，赖梁王收得副本，不然误事，宰执不得无过矣。”朱温冷笑。是日宴次，昭宗入内，召朱温于内殿曲宴，朱温不测其事，不敢奉诏。昭宗令人传旨说：“卿不欲来，即令敬翔人来。”敬翔乃朱温手下第一谋士，朱温密遣翔出，昭宗乃止。己巳，朱温奉辞东归，至大梁，听闻节度使杨崇本叛，乃遣朱友裕率师讨邠州。崇本初归顺于朱温，朱温封其为河中节度使，迁其族于河中。其后，朱温因统戎往来由于蒲津，以崇本妻素有姿色，嬖之于别馆。其妇素刚烈，私怀愧耻，遣侍者奚落崇本说：“丈夫拥旄仗钺，不能庇其伉俪，我已为朱公妇，今生无面目对卿，期于刀绳而已。”崇本闻之，但洒泪含怒。及昭宗自凤翔回京，崇本之家得归邠州。杨崇本耻其妻见辱，因兹复贰于朱温。乃遣使告李茂贞说：“朱氏兆乱，谋危唐祚，父为国家磐石，不可坐观其祸，宜于此时毕命兴复，事苟不济，死为社稷可也。”李茂贞乃遣使会兵于太原。六月，时西川王建亦令大将出师以助之，岐、蜀连兵以攻雍、华，关西大震。朱温遣郴王朱友裕帅师御之，会友裕卒于行，乃班师。天祐三年冬十月，杨崇本复领凤翔、邠、泾、秦、陇之师，会延州胡章之众，合五六万，屯于美原，列栅十五，其势甚盛。朱温命同州节度使刘知俊及康怀英帅师拒之，刘知俊等大破杨崇本，杀二万余众，夺马三千余匹，擒其列校百余人，杨崇本、胡章仅以身免。崇本大败，复归于邠州，自是垂翅。刘知俊连克鄜、延等五州，朱温乃加刘知俊检校太傅、平章事。康怀英乘胜引军攻下鄜州，以功授陕州节度使。
辛巳，昭宗命朱温为相国，总百揆。以宣武、宣义、天平、护国、天雄、武顺、佑国、河阳、义武、昭义、保义、武昭、武定、泰宁、平卢、匡国、武宁、忠义、荆南等二十一道为魏国。进封朱温为魏王，入朝不趋，剑履上殿，赞拜不名，兼备九锡之命。朱温坚让九锡之命。昭宗乃命宰相柳灿来使，且述揖让之意焉。丁酉，朱温又让九锡之命，诏略曰：“但以鸿名难掩，懿实须彰，宜且徇于奏陈，未便行于典册。”昭宗改朱温诸道兵马元帅为天下兵马元帅。
是时，天子播迁，中原多故，刘仁恭啸傲蓟门，志意盈满，拜师道士王若讷，祈长生羽化之道。幽州西有名山曰大安山，仁恭乃于其上盛饰馆宇，僭拟宫掖，聚室女艳妇，穷极侈丽。又招聚缁黄，合仙丹，讲求法要。又以瑾泥作钱，令部内行使，尽敛铜钱于大安山巅，凿穴以藏之，藏毕即杀匠石以灭其口。又禁江表茶商，自撷山中草叶为茶，以邀厚利。改山名为大恩山。仁恭有嬖妾名罗氏，美姿色，其子守光烝淫之，事泄，仁恭怒，笞守光，谪而不齿。
朱温和李克用、刘仁恭常年交战，罗绍威飞挽馈运，自鄴至长芦五百里，叠迹重轨，不绝于路。又于魏州建元帅府署，沿道置亭候，供牲牢、酒备、军幕、什器，上下数十万人，一无阙者。及朱温回自长芦，复过魏州，罗绍威乘间对朱温说：“邠、岐、太原终有狂谲之志，各以兴复唐室为词，王宜自取神器，以绝人望。天与不取，古人所非。”朱温深感之。唐昭宗到洛下，一天，游览福先寺，他对枢密使蒋玄晖说：“德王是朕的爱子，朱全忠为什么一定要废黜他，还想把他杀掉？”说罢，伤心落泪，还将中指咬得血流。蒋玄晖将以上情况一五一十地全都报告给朱全忠知道，由此，朱全忠转而愤恨唐昭宗。乙丑，朱温西征，朝于洛阳，发东都，至河中，密令氏叔琮与朱友恭弑昭宗。朱友恭害怕不已，氏叔琮说：“汴王暴烈，不听其命令只有死路一条。”天祐元年（904年）八月十一日壬寅夜，朱友恭乃与氏叔琮和枢密使蒋玄晖入率兵提剑入大内，玄晖每门留十人，至东都椒殿院，斩杀河东夫人裴贞一，昭仪李渐荣在门外道：“院使莫伤官家，宁杀我辈。”昭宗闻讯，身着睡衣绕着殿内的柱子逃命，被朱温的史太追上，朱友恭和氏叔琮双双拔剑，李渐荣以身体护昭宗，一起被杀。何皇后向蒋玄晖跪地求饶，免得一死。蒋玄晖矫诏称李渐荣、裴贞一弑逆，立辉王李祚为皇太子，更名李柷，监军国事。又矫皇后令，命太子于柩前即位。即唐昭宣帝。
十月，朱温返回洛阳，得知昭宗已死，故意假装震惊，伏于棺材大哭说：“奴辈负我，令我受恶名于万代！”乃以不理军政责氏叔琮，流放为白州司户，寻赐自尽。以慢于军政，贬朱友恭为崖州司户，复其本姓名，与氏叔琮同日赐死。叔琮将死，呼说：“卖我性命，欲塞天下之谤，其如神理何！”朱友谅临刑诉天说：“天若有知，朱温他日亦当如我。”杨行密听闻朱温杀昭宗，痛哭。明年，朱温命令蒋玄晖杀害德王李裕、棣王李祤、虔王李禊、沂王李禋、遂王李祎、景王李秘、祁王李祺、雅王李禛、琼王李祥，沉尸于九曲池水中。昭宗诸子仅剩下昭宣帝，昭宣帝害怕不已。甲辰，昭宣帝遣御史大夫薛贻矩来传禅代之意。薛贻矩拜见朱温，陈北面之礼，朱温揖之升阶。贻矩说：“殿下功德及人，三灵所卜已定。皇帝方议裁诏，行舜、禹之事，臣安敢违。”朱温让之。
天佑二年（905年），杨行密去世，唐朝谥武忠王，长子杨渥遂袭伪位，自称吴王，委军政于大将张颢。
