天祐二年五月丁巳，朱温复西征。次于虢县，与岐军大战，自辰至午，杀万余众，擒岐将校数百人，朱温乘胜遂逼其垒。李茂贞倾其精锐复出求战，汴军不利。朱温见李茂贞的精锐全部在虢县，乃遣大将孔勍出师取凤、陇、成三州，孔勍以强击弱，皆下之。是时，岐人相率结寨于诸山，以避汴军；朱温分兵以讨，浃旬之内，并平之。鄜坊节度使李周彝屯军于三原，声援李茂贞，其势甚盛，朱温以岐军诸寨连结稍盛，因亲统千骑登高诊之。见李周彝军士无备，立即命康怀英讨之，康怀英率领骑兵如狂风般杀来，李周彝望而生畏，拔军而遁，康怀英追击至梨园，攻下翟州。李茂贞又出军屯奉天，想夺回翟州，康怀英攻之，再败之，李茂贞乃坚壁不战。朱温见李茂贞不战，且虑师老，思欲旋旆以归河中，因密召上将数人语其事。时亲从指挥使高季昌独前出抗言说：“天下雄杰，窥此举者一岁矣；今岐人已困，愿稍微等待时机进攻。”朱温嘉其言，因说：“兵法贵以正理，以奇胜者诈也，乘机集事，必由是乎！”乃命季昌密募人入岐偷袭李茂贞，寻有骑士马景坚愿应命，且说：“是行也，必无生还的理由，愿写下自己的妻子和儿女的名字，请汴王不要忘记他们。”朱温凄然止其行，马景固请，时因朱友伦总骑军且至，乃许之。明日军出，岐人诸寨屏匿如无人，马景因跃马西走，直叩岐人防御要地，马景诈言说：“朱温出师久矣，军士埋怨即将东遁，列寨尚留万余人，俟夕将遁矣，宜速掩之”。李茂贞信其言，遽启二扉，悉众来寇。时汴诸军以介马待之，中军一鼓，百营俱进，又分遣数骑以据其高地。岐人进不能驻其趾，退不能入其垒，杀戮蹂践，不知其数。李茂贞由是丧胆，但闭壁而已。
李茂贞的弟弟鄜帅李茂勋听闻其大哥兵败，乃统兵万余人屯于岐之北原支援李茂贞，与城中举烽以相应。翼日，朱温以周彝既离本部，鄜畤必无守备，因命孔勍乘虚而袭，孔勍攻下鄜畤。李茂勋闻之，收军而遁。李茂贞既失鄜州之援，愕然有瓦解之惧，诸将议还警跸，李茂贞乃丢车保帅，诛杀韩全诲和李继筠与朱温议和。
三年正月甲寅，李茂贞启壁，奉昭宗还长安，崔胤对昭宗说：“皇上落难皆宦官所为，臣请尽杀宦官。”昭宗从其议，于是朱温命军士尽杀宦官数百人，其出使在外监军者，令各地藩镇全部诛杀，只留职位低而幼弱者二一十人以备洒扫。唐昭宗降使宣问慰劳朱温，兼传密旨。寻又命翰林学士韩渥押赐朱温紫金酒器、御衣玉带。丁巳，昭宗遣中使押送军容使韩全诲已下三千余人首级以示朱温。朱温大喜，说：“韩全诲等宦官多行不义弊自毙，这是报应。”昭宗说：“此乃卿之功劳。”乃发离凤翔，幸左剑寨，权驻跸朱温营。朱温素服待罪，昭宗命学士传宣免之，朱温即入见称罪，拜伏者数四。既而促召升殿，密迩御座，且说：“宗庙社稷是卿再造，朕与戚属是卿再生。”因解所御玉带面以赐朱温；朱温亦以玉鞍勒马、金银器、纹锦、御馔酒果等躬自拜进焉。及昭宗华东行，朱温匹马前导十余里，昭宗宣令止之。己巳，昭宗至长安，谒太庙，御长乐楼。礼毕，对朱温说：“朕生入旧京，是卿之力也。自古救君之危，曾无有如是者。况今日再及清庙，得亲奉觞酒，奠于先皇帝室前，卿之德，朕知不能报矣！”即召朱温执手，声泪俱发者久之。翼日，昭宗以朱温为守太尉、兼中书令、宣武宣义天平护国等军节度使、诸道兵马副元师，加食邑三千户，实封四百户，仍赐回天再造竭忠守正功臣。
戊戌，朱温留亲信李振和侄子朱友伦留长安以宿卫，准备建旆东还，昭宗御延喜楼送之，既醉，遣内臣赐御制《杨柳词》五首给朱温。其中一首是：“一树春风千万枝，嫩于金色软于丝。不知黛眉是谁画，时人皆叹是西施。”
朱温率大军走后，宰相崔胤想重建神策军，乃书信一封给朱温说：“李茂贞辈近日又复故态，蠢蠢欲动。长安不可不为守御之备。而河东未宁，淮南仍嚣，大帅不能全力保卫京师。京师除贵贤侄所领之外，旧六军十二卫俱皆名额空存，编制实无。朝议拟召募壮士，恢复旧额，使北伐无西顾之忧，国家有根本之固。”写好信后，崔胤将李振请至中书堂，将信给其过目，然后封好，请李振转交。第二天，崔胤特在家中举行私宴，宴请李振。席间，崔胤说：“公祖上累世名臣，你我两家俱为唐室砥柱，当共框扶王室。”李振敷衍而退。李振将详情报告朱温，并建议将计就计，暗令汴军武士前去应募，以座实崔胤之谋。朱温从长安回到大梁，去信赞扬崔胤为国尽心，考虑周全。崔胤大喜，正式与昭宗计议此事，昭宗正求之不得，立即下勅书，在京师及三辅到处张贴露布，悬格招募。这是昭宗朝第三次召募禁军，虽然傍观者皆知朝廷比以前更衰弱，但新一批青年还是争相报名，以换取丰厚的薪金。
崔胤为慎重其事，特请出前朝老将军郑元规为六军十二卫副使，具体负责召募和组训，崔胤则被昭宗任命为兼“判六军诸卫事”，开创了唐王朝由首相兼职禁军统帅的先例。
朱友伦身为“宿卫军都指挥使”，却不参与新禁军的任何事务，其属下的两万名“宿卫军”也未纳入六军十二卫序列，但却仍在原先禁军营房驻扎。新兵暂时在城南地面操训。两方商洽营地换防，朱友伦态度骄慢，并未打算退出宫城。崔胤于是大怒，打算除掉朱友伦。
十月辛巳的一个下午，崔胤暗中派人约护驾都指挥使朱友伦击鞠，朱友伦见无事可做，于是答应和众将士玩玩。双方骑着骏马你来我往的追逐的时候，崔胤派去的将领一脚把朱友伦踢落马，朱友伦堕马而亡，时年二十五岁。朱温听闻朱友伦卒于长安，大怒，以兵七万至河中。昭宗涕泣，不知所为，将奔太原，不果。宰相崔胤遣人止朱温，朱温以为友伦为胤等杀之，奏请诛崔胤等，昭宗未从，朱温乃遣朱友裕至京师，以兵围开化坊，杀崔胤及京兆尹郑元规、皇城使王建勋、飞龙使陈班、阁门使王建袭、客省使王建乂、前左仆射张浚。
十一月丁酉，青将刘鄩举兗州来降。鄩，王师范之将也，师范令窃据兗州久之，朱温派葛从周攻打兗州，但是从周母落入刘鄩手中，刘鄩如亲儿子一样对待葛母，所以葛从周一直投鼠忌器不敢强攻兗州，及闻师范降，刘鄩乃归命。朱温以鄩善事其主，待之甚优，寻署为元帅府都押牙，权知鄜州留后。
李罕之投奔李克用后，自以功多，私谓晋将盖寓说：“余自河阳失守，来依巨廕，岁月滋久，功效未施。比年以来，倦于师旅，所谓老夫耄矣，无能为也。望吾王仁愍，太傅哀怜，与一小镇，休兵养疾，一二年间即归老菟裘，幸也。”寓为言之，李克用不对。每籓镇缺帅，议所不及，李罕之私心郁郁，盖寓惧其他图，亟为论之。李克用说：“吾于罕之，岂惜一镇；吾有罕之，亦如董卓之有吕布，雄则雄矣，鹰鸟之性，饱则飏去，实惧翻覆毒余也。”
光化元年十二月，晋之潞帅薛志勤卒，李罕之乘其丧，自泽州率众径入潞州，自称留后，以状闻于李克用说：“闻志勤之丧，新帅未至，虑为他盗所窥，不俟命，已屯于潞矣。”李克用怒李罕之先斩后奏，遣李昭嗣讨之，李罕之执其守将马溉、伊铎、何万友，沁州刺史傅瑶等，遣其子颢拘送于朱温以求援焉。朱温表李罕之昭义军节度使。
罗绍威见唐祚衰凌，群雄交乱，朱温兵强天下，必知有禅代之志，故倾心附结，赞成其事，每虑牙军变易，心不自安。天祐初，州城地无故自陷，俄而小校李公牷谋变，绍威愈惧，乃定计图牙军，遣使告朱温，求为外援。朱温许之，遣李思安会魏博军再攻沧州。先是，安阳公主薨于魏，朱温因之遣长直军校马嗣勋选兵千人，伏兵仗于巨橐中，肩舁以入魏州，言助女葬事。天祐三年正月五日，朱温亲率大军济河，声言视行营于沧、景，魏博牙军颇疑其事。是月十六日，绍威率奴客数百与嗣勋同攻牙军，时宿于牙城者千余人，个个死战，迟明罗绍威尽诛之，嗣勋战死。牙军凡八千家，绍威皆赤其族，州城为之一空。翼日，朱温自内黄驰至鄴。时魏军二万，方与王师同围沧州，闻城中有变，乃拥大将史仁遇保于高唐，六州之内，皆为勍敌，朱温遣诸将分讨之，半岁方平。自是绍威自弱。
晋和汴累年大战，李克用屡次向燕征兵，刘仁恭以各种理由拒绝，李克用以书让之，刘仁恭览书嫚骂，拘其使人，晋之戍兵在燕者皆拘之，复以厚利诱晋之骁将，由是亡命者众矣。八月，李克用讨刘仁恭，次安塞军，九日，渡木瓜涧，燕军见其半渡乃击之，燕军兵强马壮，晋军大败，死伤大半。刘仁恭告捷于朱温，朱温闻之喜，因表刘仁恭加平章事。刘仁恭又遣使于李克用，自陈边将擅兴之罪，李克用以书报之。刘仁恭既绝于晋，恆惧讨罚，募兵练众，常无虚月。
光化元年三月，刘仁恭令其长子刘守文袭沦州，卢彦威委城而遁，刘仁恭遂兼有沧、景、德三郡，以刘守文为留后，请节钺于朝。昭宗怒其擅兴，不时与之。会中使至范阳，刘仁恭私之说：“旄节吾自有，但要长安本色耳，何以累章见阻？为吾言之。”中使见其悖戾如此，怒走。刘仁恭兵锋益盛，每战多捷，以为天赞，遂有吞噬河朔之志。二年正月，刘仁恭率幽、沧步骑十万，号三十万，将兼并魏博、镇定。师次贝州，一鼓而拔，无少长皆屠之，清水为之不流。罗绍威求援于汴，汴将李思安、葛从周赴之，思安屯内黄。刘仁恭兵围魏州，闻汴军在内黄，戒其子守文说：“李思安怯懦，汝之智勇，比之十倍，当先殄此鼠辈，次掳绍威。”守文与单可及率渔阳精甲五万，夹清水而上。思安设伏于内黄清水之左，袁象先设伏于清水之右。思安逆战于繁阳城，伪不胜，徐退，燕人追蹑，至于内黄，思安步兵成列，回击之。燕人将引退，左右伏兵发，燕军大败，临阵斩单可及，守文单骑仅免，五万之众无生还者。时葛从周率邢、洺之众入魏州，与贺德伦、李晖出击贼营。是夜，仁恭烧营遁走，汴人长驱追击，自魏至长河数百里，僵尸蔽地，败旗折戟，累累于路。镇人又邀击于东境，燕军复败。仁恭自是垂翅不振者累年。汴人乘胜攻沧州，刘仁恭率师援之，营于乾宁军。汴将氏叔琮逆战，燕军逗挠，退保瓦桥，乃卑辞厚礼乞师于晋，李克用遣兵逼邢、洺以应之。十月，汴人陷瀛、鄚二州，晋将周德威将兵出飞狐救援刘仁恭，刘仁恭乃复修好于晋。
天祐三年七月，朱温自将兵攻沧州，营于长芦。刘仁恭师徒屡丧，乃酷法尽发部内男子十五已上、七十已下，各自备兵粮以从军，闾里为之一空。部内男子无贵践，并黥其面，文字曰“定霸都”，士人黥其臂，文曰“一心事主”。由是燕、蓟人民例多黥涅，或伏窜而免。刘仁恭阅众，得二十万，进至瓦桥，汴人深沟高垒以攻沧州，内外阻绝，刘仁恭不能合战，城中大饥，人相篡啖，析骸而爨，丸土而食，转死骨立者十之六七。自七月至十月，刘仁恭遣使求援于晋，李克用见刘仁恭乃屡败之人，本不想救，但是刘仁恭前后派使者百余辈前来哀求，李克用乃征兵于燕，刘仁恭遣都将李溥夏侯景、监军张居翰、书记马郁等，以兵三万来会，合晋师以攻潞州。
