为了进一步独揽大权，康熙五年（1666），鳌拜借镶黄旗与正白旗调换土地之事发难，搅得朝野不安。事情的起因是这样的：早在顺治初年，睿亲王多尔衮就把镶黄旗应占的土地拨给了自己的正白旗，又将他处较差的土地调给镶黄旗，激起了镶黄旗旗民的义愤。但岁月的流逝逐渐抹平了换地带来的裂痕，两旗的旗民俱已在各自的土地上安居乐业，也无意再调换了。事隔20多年，身为镶黄旗人的鳌拜又旧事重提，执意更换土地，想借机扩大本旗的地盘并向外圈地，换取两黄旗臣民的支持，同时打击正白旗的苏克萨哈。他一箭双雕的计谋果然得逞。索尼历来不帮苏克萨哈说话，遏必隆也不发表异议，这样四大臣中倒有三人同意圈换土地，两黄旗大臣也纷纷支持。鳌拜又鼓动各旗上书，以土地不堪使用为名请求更换，向太后和幼帝施加压力。
消息传出后，旗民等待调地，汉族百姓惧怕土地被圈，一时人心惶惶，无心耕种，田野一片荒芜。被派去调圈土地的户部尚书苏纳海、总督朱昌祚和巡抚王登联等官员先后上书，强烈要求停止调圈土地。接到奏折，康熙立即召集四大臣面议。鳌拜见苏纳海等人竟敢对抗他的旨意，力主以藐视圣旨、阻挠国事的罪名逮捕苏纳海三人，并处以死刑。索尼和遏必隆又一次助纣为虐，而苏克萨哈一言不发。鳌拜转恨于苏克萨哈，恨不得一下子将其置之死地。尽管鳌拜的诬告在辅臣中占了上风，但康熙始终不同意重处苏纳海等人。然而，鳌拜欺皇上年幼，仗着辅臣中三对一的优势，竟矫旨将苏纳海等人处以绞刑，还籍没了他们的家产，反对调圈土地的其他大臣，有的被降职，有的被治罪，无一幸免。
鳌拜矫旨杀害苏纳海等人，对康熙的震动很大，使他对鳌拜有了戒备之心，并下了尽快亲政的决心。康熙六年（1667）六月，内弘文院侍读熊赐履上奏指出，不整顿国家积重难返之事，都急功近利，一味变更以便其私，其实已埋下无穷的祸根。鳌拜作贼心虚，请求皇帝以熊赐履妄言治罪。康熙回答：“他自陈国家事，与你何干？”驳得鳌拜无言以对。群臣闻知，暗暗称快。
这一年，在朝廷大臣要求皇帝亲政的呼声中，索尼等人上奏说：“世祖章皇帝于14岁亲政，如今主上年龄功德与先皇相同，对天下事务应付裕如，恳请亲政。”康熙得到祖母太皇太后的允许，遂于康熙六年七月初七举行亲政大典。康熙亲政前，索尼已去世，鳌拜的野心进一步膨胀，想越过苏克萨哈和遏必隆，占据索尼的位置，进而成为宰相。于是，他拉拢苏克萨哈同他一起干预朝政，苏克萨哈予以拒绝。旧恨新仇使鳌拜立意除掉苏克萨哈。苏克萨哈自知斗不过鳌拜一伙，为了免除杀身之祸，急流勇退，上书请求去守候先帝陵寝。康熙不理解苏克萨哈的行动，一面派人去询问原因，一面请议政王大臣会议议处。鳌拜怕苏克萨哈的要求一旦获准，自己也要效仿他交出辅政大权，便给苏克萨哈罗织了不欲归政等24条罪状，必欲处以极刑。议政王大臣会议在鳌拜的操纵下，奏请将苏克萨哈凌迟处死。收到奏章，康熙十分震惊。他认为苏克萨哈是前朝重臣，又勤勤恳恳辅佐七载，理应酬报，又何罪之有？便当即召见议政王杰书和鳌拜、遏必隆等人，指出复奏有误。鳌拜先发制人，强词夺理地说：“我同苏克萨哈本来没有什么怨仇，只是因为他欺君罔上，才秉公而断，要对他重重治罪。不然，再有人学他的样子就不好办了。”康熙却说：“欺君罔上的人眼下不是没有，苏克萨哈还是守规矩的。”康熙不允鳌拜所请，鳌拜恼羞成怒，嗔目挥臂，连日在金殿上强奏，他的党羽们也亦步亦趋，为虎作伥，终于威逼年少的康熙下了绞死苏克萨哈的命令。康熙对鳌拜已经忍无可忍了。
然而，鳌拜更加肆无忌惮地结党专权。在他的唆使下，大学士班布尔善竟敢在康熙下谕旨时忿然而出，公然抗旨妄行。他们的胡作非为遭到了康熙越来越坚决的抵制。一次康熙临朝听政，和辅臣共听读本，鳌拜却在心不在焉地闲聊。康熙当即指责他说：“这些都是人命关天的事，不可不慎。你们这些人不把杀人当回事，朕必须慎之又慎。”康熙的严责使老奸巨猾的鳌拜意识到，皇帝对冤杀数臣的事情不会善罢甘休。随着鳌拜的权势逐步受到限制，他与康熙的矛盾也日趋激化。他常常托病不上朝，进行要挟，继续在暗中策划阴谋。一次，康熙带着随从亲自去鳌拜府上探病，御前侍卫见鳌拜神色不对，便上前搜寻，结果竟在床席下发现了凶器。鳌拜吓得面无人色，无言以对。康熙却不动声色地说：“刀不离身是满洲人的老风俗，不必大惊小怪。”康熙七年（1668）九月，熊赐履上疏说：天下治乱系宰相。满朝大臣都清楚这是要求除掉专权的鳌拜。康熙认为为时尚早，指斥熊赐履“妄行冒奏，以沽虚名”，还说要对他进行处罚。
康熙深知鳌拜党羽众多，势力很大，因此先稳住杀机毕露的鳌拜，而不轻举妄动。天下大事，虑之贵详，他在暗中加紧了除掉这个权奸的筹划。由于原来的侍卫大多受鳌拜影响，不甚可靠，康熙从各王府中挑选了上百名亲王子弟做他的侍卫，组成善扑营，整天让他们摔跤弄拳，不出一年，这些少年便个个练得武艺高强。鳌拜听说此事，以为皇帝年少贪玩，并未放在心上。加之康熙又封鳌拜为一等公，鳌拜更觉得平安无事了。他哪里想到，重新回到宫中担任一等侍卫的索额图就是冲着他来的。索额图是索尼的儿子、康熙的叔丈人，他同康熙以下棋为名，制定了擒拿鳌拜的具体方案。为了保证行动万无一失，康熙事前把鳌拜的党羽先后差遣出京。他又召集善扑营成员进行动员。康熙问大家：“你们惧怕皇上还是鳌拜？”侍卫们齐声答道：“独畏皇上！”这一天，康熙召鳌拜单独进宫议事，鳌拜像往常一样大摇大摆地走进宫内，只见康熙端坐中间，两旁是威风凛凛的少年侍卫。鳌拜见势不妙，还想故伎重演，大发淫威，不料康熙一声令下，少年侍卫们一拥而上，七手八脚便拿下了鳌拜。这个横行数年、权倾朝野的权奸顿时成了阶下之囚。康亲王杰书奉康熙的命令审讯了鳌拜。不久，便公布了鳌拜结党专政的30条罪状。最后念其当年搭救清太宗皇太极有功，赦免了他的死罪，让他在监禁中度完了余生。康熙还依据罪行轻重惩处了鳌拜的党羽，罪大恶极的济世等人被处死，其余的被革职降级。与此同时，受鳌拜诬陷的苏纳海等人得到了昭雪。苏克萨哈的后人承袭了他的爵位和世职。康熙对各级官员大规模进行了调换，并下达了《圣谕十六条》，意在刷新朝政，彻底清除鳌拜的恶劣影响。
年仅16岁的康熙在战胜鳌拜集团的斗争中，显示出惊人的魄力和才智。从此，他便将朝政大权牢牢掌握在自己手中，开始充分施展自己的政治才能。
好学不倦
康熙爱好读书，据他自己说，他自5岁开始读书，至老不倦。他读书涉猎的范围很广，从中国的四书五经、词章、历算等传统文化到西方的天文、地理、医学、几何等自然科学知识，无不进行研读。而他特别留意研究的是儒家经典。
康熙八年（1669），年仅16岁的康熙便到太学祭奠孔子，研讲《周易》、《尚书》。次年，他下谕礼部为他举办专门讲习四书五经的“经筵”，开始了对儒家经典系统的研究。无论严冬酷暑，他都坚持经筵的学习。在三藩战争打得最激烈的时候，他仍然命令“每日进讲如常”。康熙学习儒家学说这样孜孜不倦，因为他深知马上得天下的满洲贵族，不可能再在马上治理天下，不钻研传统的儒家思想，通晓“帝王之学”，便不能有效地治理天下。抱着这种学以致用的态度，他要求讲官不要搞一些溢美称颂之辞，要抓住经典的要旨加以阐发，以利实用。对程朱理学，康熙特别津津乐道，大加推崇。康熙五十一年（1712），他将朱熹的灵牌供进孔庙，让其加入“十哲”之列。他把理学作为制定政策、驾驭群臣、教喻百姓的理论基础，重用了一批理学名儒，俨然以当时的理学领袖自居。在他的支持下，理学家李光地编成了《朱子全书》和《性理精义》，鼓吹程朱“存天理去人欲”和“忠孝节悌”的一套学说，很得康熙的赏识。康熙曾说：“知光地者莫若朕，知朕者莫若光地。”他们的这种相互了解显然是建立在儒家学说基础上的。
画面有桃枝、红蝠、松枝、珊瑚等象征福寿的吉祥物。
除了系统研究儒家学说，康熙对传统的中国文化也有很深的造诣。他能诗善文，写得一手好字，历史知识也很丰富。他的舅父佟国纲出征噶尔丹时战死，撰写祭文的翰林院学士用典不当，负责审查的翰林院掌院学士张英也未发现。这个失误却被康熙发现了，结果两人都受到了重重的责罚。康熙博闻强记，善于运用所学的知识处理政务。一次他批阅一件案子，案卷中原判罪为哄骗受害人吃药，致使受害人昏迷喉哑，判处绞刑。对《本草纲目》颇有研究的康熙当口批示，被害人食用半夏和鸡子造成昏迷喉哑的说法实属荒谬，应该据实改判。类似的例子在康熙一生中比比皆是。
对西方先进的科学技术，康熙从少年时代起就虚心进行学习。他曾经亲自述说自己学习西方历算的起因。事情起于汤若望与杨光先的争执。汤若望是在顺治朝就很受尊崇的耶稣会传教士，他知识渊博，精通天文历法，被任命为钦天监监正官，成了第一个担任这个职务的洋人。鳌拜专权时，杨光先告发汤若望的新历法不准，用妖言邪说惑众，是大清朝的隐患。他还偏激地说：“宁可使中国没有好历法，也不容许中国有西洋人！”杨光先狭隘的排外心理和守旧思想，正合鳌拜的心意。于是，汤若望等人受到审讯，一些钦天监官员还遭到枉杀。康熙亲政后，便为汤若望翻了案。此时，汤若望已经去世，已担任钦天监监正的杨光先就新旧历法的优劣，仍在同汤若望的助手南怀仁争执不休，互相参劾。康熙决定实地试验，一决胜负。康熙七年（1668）的一天，午门外聚集了不少王公大臣，他们都是来观看两人的现场试验的。按照南怀仁的要求，康熙将日晷赐给杨光先和南怀仁，让他们分别预测出第二天正午日晷的投影应处的位置，经过测算，南怀仁预测的投影位置与实际完全吻合，身为监正官的杨光先却一无所措，又讲不出令人信服的理由。于是，康熙罢免了不学无术的杨光先，起用南怀仁为钦天监监副，并重新颁行了西洋历法。少年康熙对这件事深有感触。他想，自己对西洋的学问浑然不知，又怎么能明察是非呢？从此，康熙开始了对数学、天文学、音乐等学科的学习，专门任用了一些传教士做他的老师。
南怀仁是康熙学习天文学和数学的启蒙教师。他为康熙专门编写了教材，康熙从中学到了天文历算的基础知识，了解了当时天文学的最新研究成果，还学会了使用天文仪器。康熙经常练习这些仪器的用法，巡行时也随身携带着，有时测量山高，有时又测算两地的距离。他熟练的操作和准确的测算常常使在场的朝臣惊叹不已。通过不断的学习和实践，康熙对天文学知识有了较深入的了解，他甚至能对钦天监天文推算中出现的错误进行指正。“天文历法，朕素留心”，这话并不是自诩之言。
数学也是康熙非常爱好的学科，他先后从师南怀仁、张诚、白晋，学习了几何、代数、三角等课程。由于语言上的障碍，有时他听不懂教师的讲解，便反复请教。他学习数学花费了相当大的精力，有时做习题一直到深夜，第二天清晨便传旨叫老师进宫为他检查作业，后来他组织数学家编写了《律历渊源》和《数理精蕴》，为传播西方科学知识做出了贡献。
在康熙的督促下，传教士们在皇宫内试制了一些西药。康熙下令将这些药装在用金银制成的旅行药壶里，时常作为御药赏赐给臣下。有一次，康熙得了疟疾，御医们都束手无策，幸亏服用了传教士进献的奎宁才转危为安。自此，康熙对西医西药更加信服了。他素来信任的曹寅得了疟疾，康熙派驿马星夜赶送奎宁。他还在信中嘱咐，如果不是疟疾，万不能用此药，要特别当心南方庸医用补剂伤人。可见，康熙对中西医学都留意学习。据张诚的记载，康熙告诫传教士们只准在家中翻译西方作品，不许带到衙门里去。康熙定名为《钦定各体全像》的巴多明翻译人体解剖学也只准留存内府，生怕传出去有伤风化。深受儒家思想影响的康熙，对西方自然科学的爱好也只能达到这种程度。
康熙对音乐美术也很感兴趣。根据白晋回忆，康熙曾经学习过西洋乐理，能演奏西洋乐器。他仿效法国科学院，在宫中建立了有画家、雕刻家、制造钟表和天文仪器的工匠等人参加的科学院，还举办过西方美术作品展览。他兴趣高雅，善于识别绘画的不同风格。他还下令科学院的成员随时将作品呈送给他观看。
康熙博览群书，又善于学以致用，在封建帝王中是一位思想开明、多才多艺的佼佼者。遗憾的是，他对于西方科学文化知识的学习还仅仅停留在个人的爱好阶段，并未影响到他治理国家的决策。与其同时代的彼得大帝乔装赴西欧考察、大刀阔斧地在俄国实行改革相比，当不难看出两人的距离。
为了清王朝的长治久安，康熙十分重视整饬吏治。他采纳了“民生安危视吏治，吏治贪廉视督抚”的建议，特别注意处置腐败的高级官吏。
山西巡抚穆尔赛一贯贪酷不法，康熙对他的劣迹也时有所闻。一天，康熙向大学士勒满洪等人查询穆尔赛为官是否清正，他们竟徇私包庇，欺骗圣听，妄图掩盖穆尔赛的丑行。康熙对外官与京官相互勾结、贪赃枉法的现象早已深恶痛绝。所以查明穆尔赛的罪行后，不仅将他革职收审，判处绞刑，还给勒满洪等人连降两级的处分。
湖广总督蔡毓荣在平定三藩时任绥远将军。接受攻打吴氏巢穴昆明的命令之后，他按兵不动；等他人攻破城池，他反而大肆抢掠本应充公的吴氏财物，对贵戚重臣广行重贿，将他人战功贪为己有，竟然升官晋爵。蔡毓荣的罪行败露后，也受到了康熙帝的严惩。
