总的来说，欧盟司法审判的诉讼阶段可以分为行政阶段和司法阶段两个阶段。不过，在不同的诉讼形式下，这两个阶段的进展不尽一致。
1．欧盟司法审判主要形式的诉讼阶段
欧委会对有关成员国提起诉讼的阶段
在欧盟的机构中，欧委会是独立于成员国的政治机构(欧盟法学界将欧盟组织分为政治性组织和非政治性组织两大类。前者包括欧委会、欧盟理事会和欧洲议会；后者包括欧洲法院和审计院)。欧盟法的一个突出特点就是，赋予欧委会提起针对成员国的诉讼的权利。具体来说，如果某一成员国没有履行欧盟法规定的义务，欧委会为了欧盟整体的利益，可以在欧洲法院提起针对该成员国的诉讼。
欧委会对成员国提起的诉讼可以分为四个阶段：第一阶段是欧委会与成员国之间非正式讨论的阶段；第二阶段是欧委会向成员国发出正式通知信件的阶段；第三阶段是欧委会提出附理由的意见；第四阶段是向欧洲法院起诉阶段。通常，前三个阶段可以统称为行政阶段，后一个阶段可以称为司法阶段。
行政阶段。
其一，非正式讨论阶段。
非正式讨论阶段就是案件的调查阶段。在这一阶段，欧委会往往会与成员国的官员进行磋商。为了避免有关成员国难堪，欧委会的调查非常谨慎。一般地，欧委会的有关书记处(the Commission direcrate)的秘书长(the director-general)会写信给成员国驻欧盟的常驻代表。
如果欧委会认为有足够的证据说明有关成员国存在违法行为，就会作出相应的结论，并要求成员国在一个特定的时间内给予答复。通常，欧委会希望在1年内完成非正式讨论阶段。但是，欧委会常常不能遵守自己制定的这个期限，并且承认，“由于档案文件的复杂性，许多案件已经证明在1年内完成是不可能的”。成员国作出的选择有两种：要么改变自己的法律，以遵守欧委会对其法律违反欧盟法的决定；或者试图向欧委会说明，本国法律是与欧盟的法律相一致的。
非正式讨论阶段所起的作用有如下几点：
首先，有些案件可以在这一阶段得到解决，而不必进入下一阶段。有学者认为，85％的案件可以在非正式讨论阶段得到解决。但是，进入20世纪后，这个百分率已经降到10%～40%左右。
其次，在欧洲法院决定是否可以接受起诉的时候，非正式讨论阶段是比较重要的。在判断欧委会是否已经使成员国完全明白所诉的违反欧盟法的性质时，一个广泛的非正式讨论阶段将发生重要的影响。如果在欧委会与成员国之间开始讨论时，已经存在了一个广泛的非正式讨论阶段，那么，成员国在较短期限内对正式通知的信件和对欧委会附理由的意见作出答复，就被认为是正当的。
例如，在欧委会诉比利时一案中，比利时只有15天的时间提交关于正式通知的资料，还有15天的时间来遵守附理由的意见。欧洲法院认为，这个期间在当时的情况下是合理的，因此受理了这个案件。
从另一方面说，如果非正式讨论阶段很短或者根本没有，欧洲法院可能会认定这样短的期限是不合理的，并且宣布不受理此案。
例如，在另一个欧委会诉比利时的案件中，欧委会仅仅给成员国8天时间来答复其正式通知信件，以及15天时间来答复其附理由的意见。“比利时王国在被起诉前，并没有(通过正式信件)被告知欧委会的确切观点。”欧洲法院认为，诉讼之前的程序并没有被有效地进行，因此，该起诉不能受理。
再次，在非正式讨论阶段中，欧委会与成员国交流中使用过的观点可以弥补欧委会在通知信和附理由的意见中没有提出的观点。
例如，在欧委会诉英国一案中，欧委会在向欧洲法院提交的一份申请中认为，根据牛奶的不同用处来决定牛奶价格的不同违反了欧洲共同体的规定，不论这种做法会对市场共同组织的功能产生什么后果。虽然在正式通知信和附理由的意见中，欧委会并没有“明确地主张”这一点，然而，在非正式讨论阶段，欧委会向英国常驻欧盟代表送交的信中已经表明其观点。欧洲法院最终还是受理了欧委会的这份申请。
其二，正式通知信件阶段。
如果案件在非正式讨论阶段问题还没有得到解决，欧委会就会给该成员国送交正式通知信。
从20世纪70年代末起，欧委会加大了提起不履行义务之诉的力度，发出的正式通知信的数量也呈现出上升的趋势。
欧委会的正式通知信要详细说明对成员国提起诉讼的案件范围。该范围已经确定，便不能被欧委会随意扩大，即使在附理由的意见阶段也是如此。
例如，在欧委会诉意大利一案中，正式通知信件只涉及关于进口用于甜食的动物胶的意大利法律。在附理由的意见中，欧委会把这一案件扩大到包括保存肉制品和冰淇淋所用的动物胶进口方面。欧洲法院决定，不受理关于保存肉制品和冰淇淋部分的诉讼，理由是，在这些问题上，虽然在答复欧委会的附理由意见时，意大利政府已经做了一些说明，但意大利政府并没有获得公正听取意见的机会。
欧委会一般给成员国2个月的时间来答复正式通知信，在紧急案件中，这个期间可以适当缩短。欧委会一般都努力在发出正式通知信后的1年之内结束案件或者送交附理由的意见。但是，由于案件的复杂性，实际需要的时间通常要更长。
在非正式讨论阶段之后仍然继续的案件，大约有一半在欧委会没有发出附理由意见的情况下就得到了解决。如果有关成员国未能与欧委会合作，这一事实可以作为欧洲法院后来认定该国违反条约的根据。
例如，在欧委会诉希腊一案中，欧委会在非正式讨论阶段向希腊政府要求一些有关进口谷物的特定信息。在正式通知信发出之后，欧委会再一次提出了类似要求。希腊没有提供相关信息，也没有充分解释为什么没有提供这些信息。欧洲法院认定希腊构成了没有履行《欧共体条约》第5条规定的每个成员国应当配合委员会完成任务的义务。
保证条约执行《欧共体条约》第5条规定，各成员国应采取一切一般的或特别的适当措施，以保证使本条约所产生的义务或来自共同体各机构的决议的义务得以执行。各成员国应为共同体提供为完成其使命所必须的便利。各成员国应避免采取可能危害实现本条约目标的任何措施。
其三，附理由的意见阶段。
在前期阶段中没有得到解决的少量案件，欧委会将提出一份附理由的意见，说明自己是如何认定该成员国违反了欧盟法规定的义务的。
如果正式通知信中确立了诉讼主题的范围，那么，附理由的意见就确立了欧委会依据的法律观点。在欧委会诉荷兰一案中，欧洲法院指出，本法院一直认为，委员会的一项诉讼申请必须与附理由的意见基于同样的理由和意见。欧委会向欧洲法院提出新的理由或者意见的任何尝试都会被拒绝。
一般说来，欧委会将提出尽可能有说服力的意见，因为它很清楚，当案件提交到欧洲法院之后，它就不能再提出新的理由和意见了。不过，如果在非正式讨论阶段或者在正式通知信中，欧委会已经让有关成员国明白了它提出的理由和意见，欧洲法院也可以接受委员会缺乏说服力的附理由的意见。
在欧委会诉意大利一案中，意大利政府暂停从任何国家进口特定的猪肉。欧委会的正式通知信认为，意大利政府违反了《欧共体条约》第31条规定的数量限制要求。对此意大利政府没有作出答复。随后，欧委会向意大利政府提交了附理由的意见。在欧委会所给予的时期终止之前，意大利政府以国内猪肉市场的严重经济问题为由，要求欧委会根据《欧共体条约》第226条向其提供保护措施，并且取消根据《欧共体条约》第169条启动诉讼的程序。但欧委会坚持向欧洲法院提起了诉讼。意大利政府反对这一诉讼，其理由之一就是，欧委会附理由的意见中没有提供诉讼推理。欧洲法院指出，委员会根据《欧共体条约》第169条中提出的意见，必须被认为是包含了充分的用以满足该法的理由说明，只要它包含了——如在本案中的那样——一个连贯导致欧委会相信有关国家没有履行条约规定的义务的理由说明。
显然，欧洲法院希望，一方面，欧委会应当指出成员国的法律用什么方式违反了欧盟法。如在本案中，欧委会就说明了意大利政府构成了一种违反《欧共体条约》第31条规定的数量限制。另一方面，欧洲法院不期望欧委会能够预见到成员国的辩护理由。本案中，尽管由于欧委会的原因，在附理由的意见规定的期限之前，意大利政府未能提出其在抗辩中的观点，欧洲法院不要求欧委会反驳意大利政府在抗辩中的观点。
在附理由的意见中，欧委会规定成员国必须在一定的期限内作出答复。通常，在向欧洲法院提起诉讼之前，欧委会将向成员国提供2个月的期限，让其遵守附理由的意见，但是，在紧急案件中可以只给2周时间。如果成员国要阻止欧委会向欧洲法院提起诉讼的话，它必须在规定的期限内改变其立法。
在欧委会诉爱尔兰一案中，欧委会在附理由的意见中，给爱尔兰政府的时间只有5天。欧洲法院不赞成欧委会的这种行为，因为本案中并不存在特殊的紧急需要。此外，欧洲法院认为：“正如爱尔兰政府指出的，让一个成员国在5天之内修订曾适用了40多年的法律，并且该法律在该成员国加入欧洲共同体的期间内未曾引起欧委会方面的任何诉讼，这确实是不合理的。”
在欧委会又给予爱尔兰政府更多的时间来答复附理由的意见，并且延缓了向欧洲法院提起诉讼的行动后，欧洲法院受理了该案，但是明确地警告欧委会，如果在下一个案件中缺乏充分的关于紧急性的证据，它将不再可能受理在这样短的期限内要求成员国履行附理由的意见的诉讼。
司法阶段。
在1980年之前，根据《欧共体条约》第169条提起的诉讼进入第4阶段的比较少。欧洲法院一年大约只受理10个左右这样的案件。然而，这个数字在80年代后戏剧性地上升了。截止1990年底之前，根据第169条和第93条起诉到欧洲法院的案件大约有800起，其中有491个案件是在1985年到1990年之间提起的。
对于是否根据第169条对成员国提起诉讼，欧委会拥有自由处置权，并且这一权力在这个程序的每一阶段都可以运用。因此，即使在成员国不完全遵守欧盟法义务的情况下，欧委会也没有义务先发出正式通知信再起诉。在提出附理由的意见阶段或者将问题提交欧洲法院的阶段，情况同样也是如此。欧委会可以在遵守附理由的意见规定的期限终止之后的任何时间内，向欧洲法院起诉。欧洲法院在一个判决中确认了这一点。它认为，针对欧委会没有根据第169条提起诉讼或者没有将该案进行到底的行为，不能根据《欧共体条约》第175条这种没有进行的行为提起不作为之诉。
在一个案件提交欧洲法院之后，欧洲法院并不一定都以判决的方式结案。有些案件在诉讼过程中通过调解的方式就能得到解决。例如，1990年底之前，欧委会依据《欧共体条约》第169条或者第93条向欧洲法院提交的649个案件并且已经结案的，就有 288个案件不是以判决形式作出结论的，其比例约占44%。另外，在欧洲法院作出判决的那些案件中，只有1/10的判决是有利于成员国的。成员国在欧洲法院的低胜诉率是不足为怪的，因为大量的案件在诉讼之前的阶段就已经得到解决，这样，几乎所有对欧委会不利的诉讼，在向欧洲法院起诉之前就已经被排除了。
成员国对有关成员国提起诉讼的阶段
成员国对没有履行欧盟法义务的另一个成员国提起诉讼的阶段，也要经历行政阶段和司法阶段。欧委会的作用仅仅是在成员国将案件提交欧洲法院之前，提供一个3个月的延长期限。
但是，根据《欧共体条约》第170条提起的诉讼极少。截止1990年底之前。只有两个案件提交到欧洲法院，其中一个未经欧洲法院作出判决就解决了。在欧洲法院作出判决的那一个案件中，即法国诉英国，欧洲法院认定英国关于渔网网眼规格的法律是不符合欧盟法的。
很明显，成员国是愿意让欧委会而不是自己采取反对其他成员国的行动的。这样既可以节省成员国卷入诉讼的费用，也可以避免举证责任的困难和外交上的难堪。
2．欧盟司法审判次要形式的诉讼阶段
欧委会和成员国还可以根据其他条约条款提起对成员国的不履行义务之诉。这类诉讼可以不经过行政阶段而直接进入司法阶段。
例如：《欧共体条约》第93条第2款规定：
在已邀请有关方面提出意见的情况下，当理事会依据《欧共体条约》第92条所定标准确认某一成员国给予的或利用该成员国的国家财源给予的援助同共同市场相抵触时，或者确认此项援助的给予是滥用权力时，欧委会应作出决定以使该成员国在欧委会所指定的期限内停止或修改此项援助。
如果有关成员国在规定的期限内不遵守上述决定，欧委会或任何其他成员国可不受《欧共体条约》第169条和第170条的约束而直接向欧洲法院提起诉讼。
另外，《欧共体条约》第225条第2段、《建立欧洲原子能共同体条约》第38条第3段和第82条第4段的规定也大致相同。
