陈炯明的叛变，激起人民群众和海外侨胞的义愤，纷纷通电声讨陈炯明，要求粤军退出广州，声援孙中山讨伐叛逆。陈炯明因有帝国主义的支持，军事上占着优势，加之陈炯明用重金收买海军各舰，瓦解了拥护平叛的海军，使孙中山指挥的海军力量受到了严重损失。在陈炯明的多方活动下，广东省议会和各团体举行联席会议，要求孙中山下野，迎接陈炯明回省。海军总长汤廷光也要求海军各舰勿向广州开炮。汤廷光、叶举、魏邦平三人以陆海军联合名义发出布告，吁请“孙公下野”。同时，袭击长洲要塞，占领鱼珠、中山炮台。孙中山只得率永丰舰进入白鹅潭，与叛军作战。在四面包围之中，孙中山奋斗不馁，等待北伐军的回援，同时令海防司令陈策率部进攻江门，牵制叛军。江西前线接到陈炯明叛乱的消息，立即由胡汉民召集紧急军事会议，决定许崇智、李福林、黄大伟各部班师讨伐，李烈钧率赣军留守赣南。陈炯明为阻击北伐军，令翁式亮率黄任寰师进驻韶关，同时密令北伐军中粤军第一师梁鸿楷率部倒戈回粤。许崇智等率部班师后，7月9日进攻韶关，与陈军相持激战。7月18日，北伐军分兵攻占翁源，接着，全力进攻北江重镇韶关。双方拉锯，战况激烈。7月28日，陈军翁式亮部在韶关受到打击，退往马坝。但在北伐军向马坝追击时，粤军第一师陈修爵因加入翁部作战，使陈军力量大增，北伐军因长途跋涉，久战疲乏，见到陈军中出现粤军的旗帜，内部也出现一些分化，加之饷弹供应不上，战斗力大为减弱，最后被陈军击败，退往江西。但此时留守赣南的李烈钧部也在北洋军蔡成勋的进攻下失败，许崇智等部只得辗转进入福建，朱培德、李烈钧等部则退入湖南。孙中山在极其困难的情况下在永丰舰上与叛军相持，表现了坚韧卓绝的革命精神。孙中山原待北伐军班师后从水陆两方面夹攻广州，恢复革命根据地。但北伐军韶关失败，收复广州已经无望。8月9日，孙中山等接受沙面英国领事的建议，离开军舰，乘英国舰只到香港，8月10日由香港乘船赴上海。孙中山到上海之后，发表宣言，自责任用非人，使北伐事业攻败垂成，当引咎辞职，号召同志继续奋斗，扫灭陈炯明叛军，完成护法事业。8月15日，陈炯明回到广州，次日复任广东总司令，控制了广东。
陈炯明叛变，是孙中山一生革命事业所遭受的最惨重的失败，对他打击极大。孙中山认为，历次革命失败，都是失败于敌人，而这一次则败于10余年卵翼之陈炯明。他非常痛心，从而重新考虑中国革命的一些问题。就在他陷入极端困境的时候，得到了中国共产党、苏俄共产党的帮助。孙中山重新振作起革命精神，坚持革命旗帜，从而走上了联俄、联共、扶助农工的革命道路，开始了他一生中的伟大转变。
非基督教运动
1922年3月，世界基督教学生同盟拟于中国召开第十一次大会。消息传出，在中国共产党领导下，由社会主义青年团发起反对帝国主义利用基督教侵略中国的“非基督教运动”。社会主义青年团首先在上海组织了“非基督教学生同盟”，并在青年团机关报《先驱》上发表宣言和通电，揭露帝国主义利用基督教侵略中国的反动本质。接着，北京、广州、湖南、湖北都出现了非基督教同盟组织，掀起了非基督教运动。
非基督教运动的爆发有着深刻的社会原因和历史原因。早在19世纪40年代，帝国主义列强的炮舰打开了中国的大门，在经济掠夺的同时，帝国主义还用传播基督教、开办医院、学校等手段对中国人民进行精神上和文化上的渗透。因此，随着帝国主义势力在中国的扩张，基督教的势力也迅速发展起来。据1923年中国基督教会年鉴报告：在全国1713个县中，只有126个县尚未接受基督的“洗礼”，而90％以上的县都有了基督教的旗帜。教会出版的书籍多至4400余种。到1922年，美、英、法、意等国在北京设立的基督教、天主教的教会、教区、教堂已经逾百，附属于这些教会的高等学校、中学、小学和幼儿园已达10个之多。有些学校并非教会所办，如清华学校是用美国退还的部分庚子赔款办的留美预备学校，但其教师和学校负责人也多有基督教徒。一些帝国主义的传教士们，打着上帝的旗号，以武力为后盾，依恃“传教自由”的特权，任意深入中国内地城乡。所到之处，竭力贩卖毒害中国人民的精神鸦片，还勾结官吏，结营教党，为非作歹，直接参与了许多侵略中国、干涉中国内政的活动。当时，北京各教会所属区的政治、经济和传教的权力皆操在西洋教士手中，实际上成了不受中国政府控制的独立王国。至于教会学校，更是把传授帝国主义的侵略理论，培植帝国主义的侵略工具作为首要任务。为了强化学生的宗教意识，教会学校在学生的一切活动中都渗进宗教的内容。在课程安排上，圣经课和英文课是各教会学校的必修课，而其他课程则听其自便。学校还禁止学生自由外出，禁止学生参加社会活动和爱国运动，违反者则受到记过、开除学籍、打手板、关暗房、禁止吃饭等处罚。因此，当时的教会学校多被人冠以“模范监狱”的称号。
有侵略就有反抗。自鸦片战争后，西方列强的传教士在中国各地进行侵略活动以来，各地“教案”不断发生，斗争此伏彼起，规模也日益扩大。中国共产党成立之后，迅速将中国人民的反帝斗争推向高潮。非基督教运动就是在这样的背景下爆发的。
非基督教运动的爆发还有其直接原因，就是世界基督教学生同盟定于1922年4月在北京清华学校召开第十一次大会。这是帝国主义对中国人民加紧精神侵略，企图扑灭新文化运动烈火的一次公然挑战。消息传来，立即遭到北京广大爱国青年的反对。1922年3月，即大会召开前一个月，在社会主义青年团的倡导下，北京、上海首先发起了非基督教运动。爱国青年组织了非基督教同盟或非宗教同盟，并发表宣言。3月15日，在社会主义青年团机关刊物《先驱》第4号（《非基督教学生同盟号》）上，刊登了非基督教学生同盟的《宣言》和《章程》。《宣言》深刻揭露了帝国主义利用基督教作为对外侵略的工具，指出：“各国资本家在中国设立教会……目的即在于吸吮中国人民底膏血。因此，我们反对资本主义，同时必须反对这拥护资本主义，欺骗一般平民的现代基督教及基督教会。”这一《宣言》在全国很多地方引起了反响。北京的党团组织对发动非基督教运动很重视，认为这在思想上是反对唯心主义，宣传唯物主义；在政治上是反对帝国主义；在教育上是反对文化侵略的运动。因此，在北京积极发动和领导了这一斗争。3月17日，由李大钊和北京青年团地委书记邓中夏等人发起，在北京成立了非宗教大同盟，在报纸上公布了非宗教同盟的纲领和宣言。与此同时，另一些青年也组织了非基督教同盟。不久，为了统一斗争的指挥，这两个反基督教团体合并为非宗教同盟。北京社会主义青年团的成员几乎全部参加了非宗教同盟的组织和活动。4月4日，是世界基督教学生同盟大会开幕的日子，李大钊、邓中夏、萧子升等几人在《晨报》上发表了《非基督教者宣言》，揭露了宗教对人精神上的摧残。指出：“在宗教的迷信之下，真理不能昌明，自由不能确保”，阐明了非宗教者的立场。
北京的非基督教运动势如疾风暴雨，很快波及全国。继北京非基督教同盟宣言公之于报以后，各地的声援电文纷至沓来。上海、武汉、天津、广东、直隶、杭州、保定、唐山、厦门、南昌等地大大小小的非宗教同盟、非基督教同盟如雨后春笋般应运而生，形成了“五四”以后又一次较大规模的青年学生运动。
4月8日，世界基督教学生同盟在中国人民的怒吼中收场。为了发展这次斗争的成果，北京社会主义青年团继续进行非宗教宣传。4月9日，非宗教同盟在北大三院召开讲演大会，到会中外人士千余人。会上宣读了蔡元培的演说词，李大钊、李石曾、张耀翔、吴又陵等人也先后登台演讲。5月10日，北京非宗教同盟在北大三院召开成立大会，到会500余人。会议通过了同盟章程，李大钊、蔡元培、邓中夏等30多人被推举为干事。6月18日，非宗教同盟第一次干事会决定召集全国各非宗教团体总同盟大会，筹备创办刊物，开展定期演讲等活动。不久，由北京非宗教同盟编辑出版的《非宗教论》一书问世。全书17000字，收入著名共产党员李大钊、陈独秀和北京团地委副书记罗章龙、青年团员萧子升等人的文章，还登载了马克思、培根、达尔文和其他科学家的照片，介绍了马克思关于宗教的论述。《非宗教论》一书是一本反映当时思想战线斗争的重要文献。
在非基督教运动过程中，许多党团领导人运用马克思主义的观点对基督教加以剖析、研究，不仅指出它在思想上是违反科学的、唯心主义的，而且揭露了它在当前的社会实践中已经成为帝国主义侵略的先锋队，从而得出要打倒帝国主义，必须反对基督教这一信服的结论。非基督教运动的开展对尔后反帝斗争的进一步高涨，起了重要的思想发动作用，为党团组织领导群众进行反帝文化斗争提供了有益的经验。
