明朝末年，随着农民起义和东北满族势力的日益壮大，明朝政府处境艰难，兵备废弛，西班牙、荷兰等西方殖民者于是乘虚而入，占领了台湾岛。1642年，西班牙人被荷兰人赶走，台湾沦为荷兰的殖民地。顺治十八年（1661年）四月，郑成功以南明王朝招讨大将军的名义，率两万五千名将士及数百艘战舰，由金门进军台湾。康熙元年(1662)二月一日，仍在坚持抗清的郑成功，经过激烈的战斗和围困，迫使荷兰总督揆一签字投降。郑成功从荷兰殖民者手中收复了被侵略者霸占三十八年的台湾，成为一位伟大的民族英雄。
郑成功收复台湾后，并没有归降大清王朝，而是将台湾变成了抗清的基地。也就在这一年，年仅三十九岁的郑成功突然病逝。这时，在台湾的黄昭以郑经得罪郑成功，没有资格继承郑氏王朝为由，联合其他将领，要拥立郑成功的五弟郑世袭代理招讨大将军。消息传到厦门，郑成功的长子郑经在厦门将领的支持下抢先宣布自己为嗣封世子。从此，叔侄双方形同水火，内部陷于分裂。福建总督李率泰、靖南王耿继茂见有机可乘，就在七月派总兵林忠前往厦门贻书招抚。这是郑经即位后朝廷进行的第一次和平统一尝试。当时，郑经考虑自己的叔父已经占据台湾，担心自己到时候腹背受敌，无路可走，就派郑泰、洪旭与清廷谈判，上缴明朝敕命、公伯爵印以及海上军民土地清册，以换取清廷的信任。郑经利用和清朝停战的机会，于十一月进攻台湾，次年五月，台湾内变平息，郑经此时又以各种借口拒绝招抚。
荷兰人自从被郑成功驱逐后，一直不甘心失败，借郑氏内斗之机，于康熙二年(1663年)十月与清政府联手攻取金门与厦门。金厦两岛失陷，郑经便撤退台湾，将“东都”改为“东宁”，并伺机反攻福建。
康熙三年，清廷想乘胜攻取台湾，授福建提督水师总兵施琅为靖海将军，统领水师前往征剿。这是清廷第一次出兵台湾，但前后三次向台湾迸发时，都因台风袭击而中途被迫返回。
康熙六年，皇帝亲政。清廷再次派福建招抚总兵孔元章携带郑经舅父董班舍的亲笔书信，前往台湾招抚。但郑经始终坚持“须援朝鲜例，不剃发，不易服”。而康熙则认为，台湾是中国的领土，不能与藩属朝鲜相提并论。这样，由于双方立场完全对立，招抚没有取得成功。此后，由于清王朝要集中力量削弱“三藩”割据势力，台湾问题便被暂时搁置起来。
三藩之乱中，郑经曾与耿精忠合谋，渡海反攻厂东，约定事成后平分秋色。在耿藩降清之后，郑经仍纠合1日部骚扰沿海一带。郑经这时已经背弃了郑成功据台抗清复明的初衷。在清军的打击下，郑经在东南沿海失去了立足之地，只好率部逃回台湾。从此，郑经沉湎于酒色，不问政事，令长子郑克壁为监国主政。
康熙二十年（1681年）郑经病故，他的长子郑克壁即位，但不久就被侍卫冯锡范等人绞杀。冯锡范又拥立自己的女婿、郑经的幼子郑克壤继位，篡夺了大权。此时，郑氏集团已经失去了人心，台湾政局更加动荡不安。
郑氏集团一直是清廷安定东南海疆的最大阻碍。康熙亲政后，对其采用了剿抚并用的策略，在平定三藩之前，以抚为主。从康熙元年至八年，清廷先后派人对郑经进行了四次招抚。但郑经自恃天险，坚持按朝鲜事例只对清廷称臣纳贡，康熙和平统一台湾的愿望未能实现。平定三藩期间，清政府也对郑经进行了五次招抚。康亲王杰书曾经致书郑经，允许郑氏“如朝鲜故事”，不削发易服，保持台湾的自主局面。但郑经认为当时的局势对自己有利，并不满足康亲王代表清廷做出的重大让步，进而提出了更苛刻的条件，包括占据沿海岛屿，由福建供应军饷，致使招抚再次失败。
三藩基本平定后，康熙接受福建总督姚启圣的建议，决定乘贼内乱的时机武力收复台湾。
姚启圣是浙江会稽人，康熙二年以举人任为广东香山（今中山县）知县，后因人参劾尚可喜失败受牵连被革职。三藩叛乱后投靠康亲王杰书。平叛中曾在康亲王杰书帐下供职，屡建奇功。康亲王对他十分器重，荐举他升任福建总督。姚启圣上任后与地方官员和各路军队通力合作，大败郑军主力，很快扭转了被动的军事形势。在军事打击郑军的同时，姚启圣全力贯彻康熙招抚郑经所属军民的谕旨。他广贴告示，宣传保护沿海百姓，欢迎海上投诚人员的主张，很快就收到了明显的效果。漳州的“修来馆”，就是他建议修建的。姚启至在这里安置了一大批郑氏的投诚官兵。姚启圣对来降者捐弃前嫌，给予高官厚禄，着意安置，而郑氏政权此时矛盾重重，连军饷都难以为继。
两相对照，郑氏官兵普遍不满，人民思降，投诚者与日俱增：康熙十八年(1679年)初，郑军五镇大将廖碘等率部一万两千余人归降，甚至连台湾来使傅为霖也被姚启圣招抚，暗中为清军传消息做内应。这期间大约有十三万郑氏官兵先后归顺清廷。姚启圣的招抚政策，对风雨飘摇的郑氏集团的确是釜底抽薪。为了表彰姚启圣的杰出功绩，康熙授予他兵部尚书头衔。
康熙用武力收复台湾的决心已下，任用得力的军事将领便成了当务之急。姚启圣曾经多次保举郑成功的旧部施琅任福建水师提督。
施琅，字尊候，号琢公，福建晋江龙湖镇衙口人，祖籍河南省固始县方集镇。早年，他是郑芝龙的部将，顺治三年(1646年)随郑芝龙降清。不久，由于郑成功的招揽，入海加入郑成功的抗清队伍，成为郑军中的一员虎将，积极参与抗清活动。后因与郑成功交恶，酿成父亲和弟弟被杀的大祸，他再次投清。
此时，由于施琅的子侄还在郑军中任职，施琅因此遭到猜忌，未能任用。姚启圣经过多方查实，了解到施琅的子侄因想投奔清朝，事泄被杀。。肥何JJ-Ul同上奏朝廷，施琅终于重新得到信任。
后来，施琅又得到李光地的大力推荐。康熙力排众议，于二十年(1681年)七月郑重宣布：任命施琅为福建水师提督，加封太子少保，前往福建。
施琅不仅是一员将才，而且还很有政治头脑。他深知朝中对收复台湾意见不一，对他出任提督更是众说纷纭，于是在行前就提请皇帝派遣侍卫吴启爵“随征台湾”。这一要求遭到兵部拒绝，后康熙特批准奏：“着依施琅所请行”。后来，深得皇帝信任的侍卫在关键时刻往来于前线与首都之间，反映前线情况，传达皇帝旨意，对施琅随时获得朝廷的指示和理解，起了不可替代的作用。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，一边训练水师，一边等待着适当的战机。这一等就等刭了康熙二十一年（1682年）。这期间，施琅与姚启圣在进剿安排上意见出现了很大的分歧，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他采取了十分慎重的态度。经议政王大臣议复，并征求大学士意见，考虑到总督、提督意见相左，的确对出兵不利，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
台湾的郑军在得知施琅出任水师提督后，也加紧了备战。澎湖列岛虽然是台湾的门户，但原来一直都未得到重视。当傅为霖被姚启圣招抚为内应的事情败露后，郑军从傅为霖的密件中了解到他向清军所献“先取澎湖、台湾便唾手可得”的计策。这时澎湖的设防便引起了郑军的极度重视，派战将刘国轩率重兵把守澎湖。郑克壤、冯锡范拜刘国轩为正总督，给予他对副将以下官兵先斩后奏的大权。刘国轩在岛上倚险构筑堡垒，安放大炮，还将战船修整一新，派遣小艇巡视周围岛屿。施琅对这一切都了如指掌，他据此制定了进剿方案，可谓万事俱备只欠东风了。
大战在即，清政府仍未放弃对郑军的招抚。姚启圣派使赴台后，郑克壤派专使回访，依然要求照琉球、高丽等外国的先例称臣纳贡，不剃发登岸。对此，康熙再度严辞拒绝，认为台湾的郑军都是福建人，不能与琉球、高丽相提并论，并下令施琅迅速出兵。
康熙二十二年(1683年)六月，施琅率领两万多名官兵，分乘二百三十多艘战船，直捣澎湖。由于清军战舰都想争先，导致互楣冲撞，反而影响了攻势。恰巧又赶上潮落风逆，施琅的指挥船顺流而下，陷入重围。提标署右营游击蓝理奋不顾身地冲入重围，与施琅合力攻打。激战中，蓝理腹部被炮火击中，肠子流出，稍加包扎之后，又投入了战斗。施琅右面也被敌炮的余焰烧伤，他不顾自己血流满面，仍然指挥着战船突围。
初战失利，反映出施琅轻敌麻痹的思想，以为敌军不堪一击而没有做好周密的组织安排。为了及时扭转战局，施琅对水师进行了短期的整顿。
二十二日，施琅与郑军展开了规模空前的澎湖决战。清军船队以五只船为一个作战单位，称为“五梅花”战术，相互配合默契，以五48比一的绝对优势进功敌船。战斗从清晨七时一直持续到下午四时，异常激烈，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空，清军的“五梅花”战术大显神威，郑军主力几乎全军覆没，只有刘国轩带着部分随从逃回了台湾。
澎湖决战全歼郑军主力，台湾的门户已被打开了，困守孤岛的郑克块见大势已去，台湾无力自保，不得不派人向清军送上降表。康熙接到由姚启圣转奏的降表后认为：如果不准许其投诚，郑军残部还可能流窜他处制造事端，不如招抚为善。诸臣一致赞成。他还决定对归降的郑氏大小官员加恩予以安置。
康熙的谕旨打消了郑克壤最后的疑虑。八月十三日，施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克壤率属下列队恭迎，台湾终于又回到了祖国的怀抱。
为了表彰施琅收复台湾的功勋，康熙封他为靖海侯，还破例授予他花翎顶戴。奋不顾身的蓝理也受到了康熙的特别褒奖。康熙曾将他召至御前，亲自看视他的伤痕，并把御书“所向无敌”的横幅赐给蓝理。
按照康熙当初的许诺，郑克壤及他的属下都得到了妥善安置。郑克壤被封为正黄旗汉军公，刘国轩和冯锡范被封为上三旗汉军伯，还得到了户部分拨的房屋土地。郑军官兵及文职官员四万余人也得到了妥善的安置。
台湾回归后，在对台湾的弃守问题上，朝廷中叉出现了严重的分歧。有人以台湾孤悬海外为理由，主张把台湾人全部迁进内地，放弃台湾。李光地竟然主张把台湾赐给荷兰人，令其世守输贡，以示圣朝天威。
针对这个看似豁达、实则荒谬的主张，施琅专门在台湾进行了实地考察，然后有理有据地驳斥了弃台的论调。他在康熙二十二年（1683年）十二月二十二日上《恭陈台湾弃留疏》，力陈台湾为江、浙、闽、粤四省安全的要害，为东南之保障，弃之必酿成大祸，留之则永固边防。因此，台湾不仅不能放弃，还必须加强防务。
康熙接受了施琅的建议，认为“若徙其人民，又恐致失所，弃而不守，犹为不可。”令大学士会同议政王、贝勒、大臣，九卿、詹事、科、道等再行确议具奏。大臣们一致赞成皇帝上谕，议定在台湾建制，设立台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，并向台湾派遣了八千名驻兵，向澎湖派遣了两千名驻兵。
收复台湾，康熙并没有御驾亲征，但他独具慧眼，知人善任，选任了像姚启圣、施琅这样智勇双全的文臣武将，在历史上写下了值得纪念的一页。
顺治十八年，清廷实行大规模迁海，本来也只是权宜之计。伴随台湾的统一，展界开海已经势在必行。康熙在接到两广总督有关奏疏后，于二十二年(1683年)十月十九日谕大学士等说：“前因海寇未靖，故令迁界。今若展界，令民耕种采捕，甚有益于沿海之民。其浙、闽等处地方亦有此等事。”此事不可稽迟，遣大臣一员，前往展立界限。“勿误来春耕种之期”。
翌年五月展界开海顺利结束。两省沿海居民七万余人都得以复业。
正如过去迁界同时严申海禁一样，展界也必须同时考虑开放海禁，允许贸易。康熙鼓励开海贸易，适当征收商税，补充闽粤兵饷，减轻内地各省的负担，同时他也戒谕收税官员不得“任意加征以致病商累民”，应“从公征收，无滥无苛”；“采捕鱼虾船只，及民间日用之物，并糊口贸易，俱免其收税。”直隶、山东、江南、浙江、福建、广东各省，先定海禁处分之例，除私贩硝磺、军器照例处分外，其他尽行废除。展界开海及轻税政策，极大地促进了我国东南沿海地区贸易及中外贸易的迅速发展。
