康熙亲政后，索尼便去世了。后来苏克萨哈也死了。四大臣中就剩一个唯唯诺诺的遏必隆，鳌拜的地位更加得到巩固。按照班次，鳌拜居遏必隆之左，而遏必隆则居鳌拜之右，但苏克萨哈死后，遏必隆胆战心惊，一天上朝时，遏必隆特意后退数步，低头弯腰地向鳌拜谦让说：“我怎好上座！”鳌拜听了，淡然一笑，随即昂首上前而坐。鳌拜的党羽在列名启奏时，更索性将鳌拜放在遏必隆前面。鳌拜的爵位也不断提高，康熙六年（1667），授鳌拜一等公，康熙七年（1668），加鳌拜太师。而清朝直到灭亡，也只有鳌拜和遏必隆被授予“太师”称号。
鳌拜比以前更加嚣张了，他的势力蔓延至朝廷内外，“一切政事，先于私家议定，然后施行”，对于朝廷官员的任命，更完全按照自己的喜恶。如户部尚书一职缺员，康熙已经任命了马希纳，而鳌拜则让他的亲侄子玛迩赛补任，造成了一个部门两个尚书的情况，后来玛迩赛更是掌握了户部大权。由此可见鳌拜的飞扬跋扈。
尤其让康熙耿耿于怀的是，鳌拜经常当着皇帝的面，大声训斥下面的官员，一点也不给小皇帝留面子，而鳌拜“攘臂上前，强奏累日”的阴影也时常出现在康熙的脑海里。康熙意识到，如果不铲除鳌拜，他就无法名至实归地亲政，鳌拜是他独断乾坤的巨大障碍。
但是，鳌拜党羽众多，盘根错节且控制着中央各个要害部门，康熙也不得不叹息“其力难制”。为了夺回权力，必须要想一个完美的计划。
为了不引起鳌拜的注意，康熙假装醉心于游戏，挑选了一批年轻力壮的贵族子弟，充当自己的亲信，并和他们在宫内整日练习布库，布库是满族的一种游戏，跟摔跤差不多。鳌拜见了，果然认为是皇帝年少，只知道嬉戏，心中很是高兴。而另一方面，康熙亲自监督着侍卫们训练，直到他们具备了擒拿鳌拜的实力。于是，一天康熙问侍卫们：“你们都是我的亲信，那么你们说说看，你们是害怕我，还是害怕鳌拜？”众人马上异口同声地回答：“我们只知道害怕皇上！”
康熙八年（1669），解决鳌拜问题的时机终于成熟。为了万无一失，康熙先将鳌拜的亲信一一派出京城，以分化其势力，又以自己的亲信控制了京师。一天，康熙下诏令鳌拜入内议事，鳌拜一点也没有起疑，还跟平常一样，威风凛凛地就入宫了。当鳌拜独自进入武英殿的时候，刚一坐下就被小侍卫们一哄而上擒住了。这一年，康熙刚满16岁。
鳌拜一落网，其党羽也迅速地被控制起来，在康熙的指示下，对鳌拜的审判也马上展开。经过审判，最后判定：鳌拜罪行三十款，遏必隆罪行十二款，班布尔善罪行二十二款，那麻佛罪行十二款，赛本得罪行六款，均应处死刑。最后康熙念及鳌拜的功劳，特意下旨说：“鳌拜理应依议处死，但念效力年久，虽结党作恶，朕不忍加诛，著革职，籍没拘禁。”
公允地说，鳌拜辅政期间其实还是做了不少好事，况且鳌拜既没有犯上作乱，也没有巨大的贪污受贿，对于清室来说仍是有功之臣。康熙五十二年（1713），玄烨已到了晚年，却仍然想起鳌拜的功劳。一次，他在与诸王贝勒大臣的聚会上曾真诚地说：“忆及数事，朕若不言，无敢言之人，非朕亦无知此事者。”并说：“我朝从征效力大臣中，莫过于鳌拜巴图鲁者……鳌拜功劳显著，应给世职。”这些话的背后，透露出当初擒拿鳌拜只是迫不得已。雍正帝执政后，“赐鳌拜祭葬，复一等公，世袭罔替”，并于雍正九年（1731）加封鳌拜为超武公。这些事充分说明鳌拜并非是巨奸大恶，而仍是清帝褒奖的有功之臣。
就这样，此后康熙终于大权在握，但他发现，摆在他前面的路并不平坦。
