四大臣辅政拥有极大的权力，实际上是代行皇权，凡是由四辅臣已定或未定的国家要事，都要以“辅臣称旨”名义，或是谕令诸王、贝勒、大臣会议与各部院和地方督抚定议奏上，或是命他们执行，因此“辅臣称旨”如同诏令，不得违抗。虽然四辅臣代表着国家最高意志，但国家大事必须要经由四辅臣集体讨论决定，共同向皇帝上奏，个人是不能上疏或朝见皇帝的。这在一定程度上维持了四辅臣之间的权力平衡，但却不是万全之法，后来鳌拜擅权便是证明。
不得不说的是，四大臣辅政初期，尚能齐心合力，基本上遵照顺治制定的方针，继续完成统一中国的事业。康熙元年（1662），在四辅臣的命令下，平西王吴三桂执杀了桂王朱由榔，消灭了南明政权。西南各地纷纷归顺，偏居台湾的郑氏也受波及。康熙三年（1664），四辅臣命将军穆里玛和图海率领八旗劲旅及各地绿营兵，镇压了农民军余部李来亨领导的抗清势力。到此为止，大规模的战争宣告结束，清王朝进入了相对稳定的发展阶段。
多年的战争使社会经济遭受了极大破坏，面对百废待兴的局势，四辅臣大力恢复和发展生产，力求妥善地安置流民，奖励垦荒，施行赈济蠲免政策，以恢复经济。同时，他们还将顺治年间改设的内阁和翰林院撤销，重新恢复内三院名称，并加强对官吏的管理，裁汰了十三衙门，扩建了内务府，并注重地方督抚的楷模作用。短短几年间，经济发展，五谷丰登，社会秩序趋向安定。这些跟四辅臣的努力是密不可分的。
但时间一久，四大臣之间的矛盾就暴露了出来。正白旗与正黄、镶黄两旗同属上三旗，地位尊贵，但正白旗与两黄旗却积怨甚久，而索尼、遏必隆和鳌拜同属两黄旗，正白旗的苏克萨哈自然被视为异己，受到打压。在辅政的四大臣中，要数索尼的资望最高，位列班首，他本来能做一番大事，但这时的索尼年老多病，对朝局已经有心无力。遏必隆虽有才华，却是天生的胆小怕事之人，缺乏主见。
鳌拜本身是个武将，性格强悍，一时间，朝中大臣“多惮之”。这种情况下，鳌拜乘机攫取了大权，主宰了整个朝政。接着，鳌拜不断排挤和自己政见不和的苏克萨哈。
苏克萨哈也是个才能突出的人，他文武双全，曾经追随顺治皇帝驰骋天下，多次镇压农民起义军，而且为人和蔼，喜欢结交朋友，凡是有才干的官员，他都虚心对待，收为门下。值得一提的是，鳌拜和苏克萨哈是儿女亲家，有姻娅之谊，但却政见不同，互为仇敌，矛盾一触即发。
值得注意的是，康熙也在这样的变化中成长起来，逐渐掌握了一些策略。面对索尼，康熙发现索尼经常称病休息，起先还在朝堂之上询问索尼的病情。可是随着时间的推移，康熙逐渐看出了鳌拜在对待他关心索尼的友好态度上有些不愉快，于是康熙就改变了策略。此后，康熙经常当场训斥索尼以私废公、不顾大局，但康熙却在下朝的时候常到索尼家里去看望索尼，并且还将鳌拜在朝中的所作所为向索尼述说，以便征询对付鳌拜的策略。后来在康熙五年，太皇太后和康熙决定立索尼的孙女赫舍里氏为皇后，极力拉拢索尼。
对待鳌拜，则以安抚和麻痹为主。康熙假装对鳌拜结党营私的行为毫不知情，而且他还在朝堂之上，当着文武百官的面大加夸奖鳌拜以及其党羽，从而稳住鳌拜一党，使其不敢犯上作乱。
康熙清楚地认识到，遏必隆党附鳌拜集团，只是胆小怕事而已，所以康熙就让遏必隆办理一些重要的军务，并且将他的孙女立为皇贵妃，从而可以抑制他和鳌拜集团串通一气。
苏克萨哈经常会在朝廷上当面指出鳌拜一伙的不法行径，这样虽然合康熙的心意，但鳌拜势大，不可以顺着苏克萨哈，于是康熙多次当面训斥苏克萨哈，从而很好地抑制住鳌拜集团的向外扩张。
由此可见康熙的不断成熟，已经懂得利用四大臣的不同特点对症下药，表现出了一个成熟政治家的风范。
然而就在这时候，令康熙担心的事还是发生了。
康熙五年（1666），鳌拜借口多尔衮时期将镶黄旗应得之地给予正白旗，以坏地换好地，使本旗镶黄旗领得田地十分“不堪”，应该马上改正，进行圈地调换。他的意见遭到了正白旗大学士户部尚书苏纳海、汉军镶白旗人直隶山东河南三省总督朱昌祚、汉军镶红旗人保定巡抚王登联的联名反对，他们以圈地扰民为由上疏力谏。
但鳌拜纠合索尼、遏必隆，坚持圈地，矫诏诛杀了苏纳海、朱昌祚、王登联三人。鳌拜靠着权势威压众臣和朝廷，在京畿十几个州县大规模地圈占民地，给广大人民带来严重灾难。
这场斗争表面上针对多尔衮，其实是鳌拜为了打倒对手苏克萨哈，为实现个人擅权的目的扫清障碍。面对来势汹汹的斗争，苏克萨哈力不从心，他对自己的政治前途感到担心，逐渐心生退意。
索尼眼见鳌拜势力坐大，又与苏克萨哈水火不容，而自己垂垂老矣，心中十分忧虑。于是他策动三辅臣与他一起奏请皇上亲政。这年，康熙十四岁。经过一番推辞，在索尼等人的不断请求下，经过太皇太后答应“择日亲政”之后，康熙决定亲政，但他仍下令，鳌拜等人仍以辅政大臣身份处理国家军政。不久，苏克萨哈上奏请求为先帝守陵，保全余生，鳌拜见机大肆攻击苏克萨哈“怀抱奸诈、存蓄异心、欺藐主上”、“不愿归政”等二十四条罪状，将苏克萨哈灭族。
康熙虽然知道这是鳌拜刻意制造的冤案，却经不住鳌拜“攘臂上前，强奏累日”，最后苏克萨哈被处以绞刑，家人全被处死，连刚出生的婴儿也不能幸免。鳌拜如愿铲除了政敌，取得了胜利。
