两年后，咸丰皇帝觉得自己做得有点绝，就恢复了奕新都统职，又是两年后，再授内大臣职务。此时启用奕訢已是他离开政坛五年了，正直第二次鸦片战争爆发，英法联军由天津进逼北京，清军在京郊八里庄溃败，咸丰帝在离开京城逃往热河之前，任命奕訢为钦差便宜行事全权大臣，留京善后。奕訢受命于危难，开始多方和洋人打交道。
通过多次与西方列强在战场上的武力厮杀，在谈判桌上的唇枪舌战，在合作中的利益纠葛，奕訢明白了这样一点：和洋人打交道与和中国人打交道完全是两回事。当然，与洋人打交道无论如何都是要吃亏的，但如果明白怎样与他们周旋，就会少吃亏。1861年，他力排众议，上书咸丰帝请设总理衙门。总理衙门的设立，一方面使得清政府有了专门与外国人打交道的机构，另一方面，作为核心成员的奕訢除掌握清廷外交外，还逐渐总揽了财政、军事、教育、矿务、交通等方面的大权，成为决策与管理一切涉及洋务的机构，使得他的权力如日中天。几年后，他兴办洋务就是以此为基础的。
总得来讲，在他四哥——咸丰皇帝在世的那段岁月，奕訢虽然以亲王身份总理过各种朝廷事务，但归根结底，他并没有上升到权力高层。咸丰皇帝虽然愚蠢，但在对待六弟，这个曾经是皇位争夺者的人却还是很有心计的。奕訢的真正左右清朝政局是在咸丰死后，确切地说，是在辛酉政变以后。
3、历史的错误
1861年8月22日，久患虚痨的奕詝终于病死在承德。在临终前，他立载淳为皇太子，同时召见他所倚重的王公大臣，口授遗诏，命怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书协办大学士肃顺、御前大臣景寿、军机大臣兵部尚书穆荫、史部左侍郎匡源、礼部右侍郎杜翰、太仆少卿焦佑瀛等八人为赞襄政务王大臣，希望他们能尽心辅佐载淳“赞襄一切政务”。
奕訢听到这个消息后，气得死去活来。他已经失去过一次当皇帝的机会，如今又失去了进入权力高层的机会。你叫他如何不生气？
咸丰皇帝死的消息一传到北京，他就匆忙地赶到承德，为了证明自己的伤心，他进入山避暑山庄就趴在地上大哭，哭声震天。一旁站着的人无不为他这种悲痛而落下了眼泪。哭了很长时间后，那拉氏召见他。那拉氏，出身于满洲贵族官僚家庭，咸丰元年她十七岁时被选入宫，由于她很会卖弄奉迎，又在咸丰六年生了儿子载淳，很快晋封为懿妃。由于咸丰帝爱美人不爱江山，所以对朝政大事不是很关心。而那拉氏却热衷政事，常代皇帝批阅奏章，天长日久，对权势就有了欲望。
奕訢跟她只谈了几句话，就明白这个娘们想要夺权，从八大臣手中将权力夺来。奕訢当时也觉得八大臣手握辅政的大权，对自己并不是一件好事。皇帝太小，什么都不懂。还不是这八个老家伙说得算吗，自己的前途还不知怎么样呢。
当时，奕訢所主持的总理衙门已经在北京形成了一个权力中心。奕訢很清楚八大臣之首的肃顺是个什么样的人，这个一心排外的老顽固一旦回到北京，定会撤消总理衙门。而奕訢此时的梦想全在总理衙门上。他绝对不允许有人将他的梦想扼杀掉。
所以，他决定帮助那拉氏夺权。他跟那拉氏建议道：要想发动政变必须回北京。
但当时的北京已经住满了洋人，那拉氏很担心这些喜欢管别人闲事的洋人会因此而闹事。奕訢凭着他几年来对洋人的了解，信心十足地道：不会有事，若有事，我一人负责。
那拉氏信了，并不是说他真的相信奕訢有这么大的本事，而是她迫不及待地想要夺权，所以，她希望这是真的。
1861年10月26日，那拉氏不顾八大臣的反对，起运咸丰帝的灵柩回京。但他却命肃顺护送灵柩行御道回京，她则携幼帝、亲信大臣及载垣、瑞华等人从小道回京。当肃顺这个笨蛋还在路上行走的时候，那拉氏已经到了北京，奕訢也与大将军胜保和驻防北京周围的僧格林沁密谋了政变的军事部暑，并且准备好了一切。
该年11月2日，奕訢派兵分别逮捕了载垣、瑞华、肃顺等人，那拉氏即刻发布“上谕”宣布载垣、端华、肃顺的“斯蒙”“专擅”之罪，解除三人职务。
景寿、穆荫、巨源、杜翰、焦佑瀛退出军机处。当天又发“谕旨”说：“前旨仅于解任，实不足以蔽辜。著恭亲王奕訢、桂良、同祖培、文祥即行传旨：将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士、九卿、翰、詹、科、道严行议罪。”
11月9日，那拉氏再次发布“上谕”将肃顺抄家处斩；载垣、端华因令自尽；其余五名赞襄政务王大臣及一批支持肃顺等人的官员、太监也都分别判处革职或充军之重罪。八大臣辅政的局面还没有完全铺开就宣告了结束。
政变成功后，奕訢被任命为议政大臣，内务大臣，并掌管军机处和总理各国事务衙门，并将自己的亲信桂良、文样、周祖培等人推荐到了军机处和各部重要职位上。此时的奕訢已经掌握了大清的内政外交，成了当时举足轻重的人物。他开始了他人生里最辉煌的篇章。
早在总理衙门初建时，奕訢所挑选的成员就是在中央的一直与他同呼吸、共患难的心腹。桂良、文祥与他一起筹划国家自强和长治久安的策略，积极上折请办洋务和实施“自图振兴”的国策。在地方上，一批通过镇压太平天国运动而受到他重用提拔的汉族官僚、有真知灼见的一些封疆大吏如李鸿章、曾国藩、张之洞等人也被他招揽进来，自强运动由此展开。
在地方上，1861年曾国藩在安徽创办了安庆内军械所，主要制造弹药﹑炸炮。1862年4月，李鸿章在上海大量购买洋枪洋炮装备淮军，并相应地改变操练技术；同时聘请英国人马格里在松江筹建洋炮局，还下令在苏州办了两个洋炮局，制造弹药和短炸炮﹑前膛枪等武器。而这一切的出现都是恭亲王奕訢的功劳。
从1862年到1884年二十余年里，奕訢一直处在中国政治前台的大旋涡里，不停的旋转。他那让人敬畏的精力似乎永远都不会枯竭。
直到那拉氏那颗疑虑的心出现，奕訢才第二次退出历史舞台，也是永久的退出了晚清的舞台。
事实上，那拉氏一直就不太放心奕訢，于是就有了1865年4月和1874年9月的两次严谴。第一次以御史蔡寿祺弹劾为由，那拉氏亲笔拟了一份旨，称恭亲王妄自尊大，诸多狂傲，要革去议政王、军机大臣及其他一切差使。但这种理由显然不充分，诸多王公大臣坚决反对，那拉氏只好收回成命，只免去了奕訢的议政王头衔。第二次是为了重修圆明园，那拉氏与奕訢又爆发了激烈冲突，那拉氏恼羞成怒，撤去了他的职务，最后全体军机大臣再次站在奕訢一边抗命，迫使那拉氏退让。这两件事显示出了奕訢班底强大的政治实力。
但这强大的政治班底终于在1884年的中法战争爆发那一年随同军机处一起被那拉氏摧毁。奕訢从此在恭王府里闲居了十年，直到甲午战争的爆发。
1894年，中日甲午战争爆发，形势对中国越来越不利。九月，赋闲十年的奕訢再度被启用，掌管总理衙门，不久又令督办军务，掌管海军，出任军机大臣。
但让所有人意料之中，也意料之外的是，奕訢并没能挽救中国战败的局面。经过十年的清闲岁月，那个曾经的恭亲王早已雄风不再。他老了，和大清一样，彻底的老去。1898年，奕訢在宗人府任宗令，却对已兴起的维新运动十分不满了。他病卧家中时，光绪皇帝前来探望，他用他苍老的手指数落起康有为等维新派分子。
想当年，他大力主张办洋务的，而此时却对维新运动大加阻挠。“戊戌变法”的前夜，当年四月十日，奕訢病死，享年六十七岁。
光绪皇帝和那拉氏都亲临祭奠，并赐谥“忠”，举行了隆重的葬礼。有人说，道光朝是清王朝由盛转衰的转折点，拿后来历史发展的结果反观道光力储的得失，确实也可看出此点。假如奕訢在1851年继承皇位，中国同样面临西方资本主义列强汹涌东来的滔滔博览，太平天国起义也照样爆发，但奕訢的眼光及处理方式肯定是完全不一样的。这可由1861年咸丰帝去世后，奕訢以议政王身份，辅佐两宫太后平定太平天国起义和发动洋务运动为证。
