发病日期是12月12日，也就是宣布任命德川庆喜接任将军职务一周之后的日子。当日的前一天，天皇在常御殿迎来睦仁亲王（明治天皇），二人站在温明殿中一同欣赏了神乐仪式。随后，二人再次返回常御殿，围绕日课的和歌进行了交流。
当时，亲王年仅十五，尚未到能穿成人礼服的年纪，头上还梳着蝴蝶髻，身穿木纹绯色绫衣，外套白绢短褂，唯有身材颀长，颇似成人。
这里必须要好好地解说一下亲王的学业。对于其他学问，天皇从各个领域挑选了讲师来教授亲王，但唯独和歌，天皇认为这是将来继承皇位的亲王必须掌握的重要教养，因此一直很认真地亲自教授。
当日，二人从言灵谈到和御魂、荒御魂，甚至还谈到年纪轻轻便守寡的和宫，当时名号已改为静宽院宫。
天皇对静宽院宫的不幸感到无比哀怜，“为何这样的不幸会接连不断地出现？或许都是因为我这个天子自身的德行不足吧……”天皇如此责备自己，一直将亲王挽留到黄昏时分，然后方才分别。
这是天皇生前的最后一次道别，或许正如俗话所说的“秋风未动蝉先觉”，女官们也表示，天皇当时显得格外恋恋不舍。
接下来，12日天皇身患微恙。起初以为只是疲劳引发的风寒，因此并未在意，但天皇一直高烧不退，到了16日，身上还出现了疱疹。17日，御医山本典乐大允和高阶少允进行了详细的诊察，最终诊断结果为天花。
当诊断结果为天花时，连周围的女官们似乎都松了口气。天皇持续异常发热时，众人都很担心。但等到出现疱疹，诊断为天花时，高烧已经消退，病情也度过了最危险的阶段。
众人自然无暇担心疱疹会否留下疤痕。
“起初不知何症，令人十分担忧。”17日，山本、高阶和伊良子等御医宣布结果，“过程十分顺利，高烧已经消退。”
剩下的只是静待康复了。睦仁亲王的生母--中山一位局（庆子）当时负责看护，她在写给父亲中山忠能（大纳言）的信中也详细汇报了此事。
然而，17日之后，就在众人等待天皇逐渐康复的时候，却发生了令人难以置信的事情。
便是通常所说的探病之人不请自来。
所有人都在担心天皇的健康，可以说这是理所当然之事，但同时也是无比危险。之所以这样说，是因为朝廷在当时已直接掌控政治，出于政治上的各种微妙理由，许多侍从和宫女都不得不反复更换调动。
三奸二嫔等人便是很好的例子，而天皇身边的侍奉之人无一例外地提出，无论如何都要探望天皇，确认天皇无恙。当时的长桥局也无法擅自拒绝。长桥局是住在常御殿旁边的老女，负责处理所有面向深宫内院的事务。
“天皇病倒了。”
仅仅这一句话，便令无中生有的传言如流星般四散，以至于许多人都强硬地要求探望天皇，以确定御体无恙。倘若一一引见给天皇，天皇或许并不会拒绝，但如此一来，便会有更多的不速之客接二连三地接近天皇左右。
到了20日，天皇的恢复十分顺利，因此负责加持祈祷的天台宗护净院的湛海僧正得到了高达二十两黄金的赏赐。负责加持祈祷的自然并非仅有湛海僧正一人，真言宗的上乘上人也在宫中伺候祈祷，与湛海隔日轮换。
连这些人都得到了赏金，可见天皇确实“已经趋近痊愈”，这令众人颇感放心。但就在周围众人皆舒展愁眉的时候，24日的深夜，天皇的病情却突然再度恶化，众人急忙派遣使臣，传唤护净院即刻进宫。
“您说什么？再度恶化！”
湛海惊愕不已。
“是的，还以为很快就会痊愈……”
我们不知道那位负责传唤的公卿的名字，但此人当时脸色铁青，焦急地催促湛海即刻进宫。
24日，天皇食欲大振，到了晚膳时分，除了米粥之外，还吃了几道菜肴。
“天皇用过晚膳后，再次感到恶心，脉搏亦逐渐微弱。”
随着脉搏逐渐变得微弱，天皇的手脚也开始变冷，身上渐渐地出现了紫色斑点。大惊失色的典侍与久世经过商量，决定立刻将护净院的湛海唤来。
湛海被直接带进寝宫，隔着竹帘架起祭坛，再次诚心祈祷。其间，竹帘后的天皇毫无动静。
（莫非祈祷生效，天皇已经睡着了……）
正当湛海擦着额头上的汗水时，典侍走了进来，用眼神示意他先退下，去其他房间略作休息。湛海退到由住在常御殿附近的长桥局所管理的一个房间内，只见屋内已备好膳食。
湛海双手合十，用过膳食之后，又吸起了侍从递过的烟。正当此时，久世走了进来，看上去面色凝重，迅速说道：“方才的加持已然见效，圣上自今早起便不断生痰，如今终于好了。圣上吐出痰后，典侍皆感欣喜，趁机上了菜肴。如今正是关键时刻，您吸完这袋烟，可否再次加持一次？”
“明白了，我立刻准备。”
湛海立刻推开烟盘，整理好仪表，然后再次入内晋谒天皇。一旦开始祈祷，湛海便逐渐进入忘我之境。他感到有人在身旁吵嚷，但并未因此而自乱心境。
然而，加持尚未结束，便有人缓缓走来，用力拉扯湛海的衣袖。
“天皇……天皇病危。”
当他回过神来，只见几名老女正在啜泣，枕边一片狼藉。
后来，据枕边的老女所言，在临终之际，天皇一直呼唤生母大典侍的名字，但大典侍当时并不在场。天皇就这样逐渐手脚冰冷，停止了心跳……
天皇其时全身出血，令中山一位局惊恐不已，在写给中山忠能的信中也详细描述了当时的情形：
七窍流血，着实令人惊惧。（中略）此次天花非真正疱疮，当是服下诱发恶性天花之毒所致。至于证据，天皇仪容极其保密，纵是宫内之人亦无一知晓，且敏宫（天皇之姐）曾于25日晋谒天皇，遭遇阻拦后强行闯入，此举颇值怀疑。不知今后尚有何种诡计，实令世人万分担忧……
天皇曾露出迅速恢复的迹象，并赏给护净院的湛海二十两黄金，但到了24日夜里，却突然再次发病。而到了25日清晨，又以“七窍流血，着实令人惊惧”的模样驾崩。
天皇驾崩后，一位局带领梳着蝴蝶髻的睦仁亲王前来与天皇的遗体告别。由于天皇驾崩时的模样过于凄惨，亲王着实惊恐不已，此事在除一位局以外的人的信中亦有记载。
（前略）所述谣言不足为信，然念及当前形势，委实不可疏忽，故甚为担忧。无论如何，但愿今后一切顺利，令清明之光当空照耀之日尽早到来。
由此可见，当时不仅流传着针对天皇的无中生有的谣言，连亲王也未能幸免。
这些谣言究竟意味着什么？正当天皇恢复顺利，众人皆感放心之时，事态却突然发生逆转。宫廷欲隐瞒这一消息，连天皇的姐姐敏宫想要见他最后一面都遭到拒绝。
当宫廷拒绝敏宫时，众人心中大概还留有一丝希望，以为“或许还有救”。然而，可以想见，湛海的祈祷尚未结束，天皇便至危笃，以至于连皇太子睦仁亲王都被迅速召至枕边晋谒天皇。
然而，当亲王来到病榻前时，天皇已经停止了呼吸，其临终的模样成为了亲王长久以来的噩梦。在睦仁亲王登基成为新帝以后，这种恐惧仍然持续了一段时间，此事在《朝彦亲王日记》和千种有文写给岩仓的信中曾多次提及。千种有文于正月十七日写的信中有如下字句：
新帝每夜均觉有人来到枕边，或是叱责，或是诉苦……
《朝彦亲王日记》中则有如下记载；
唯新帝可见先帝，不分昼夜，着实令人无计可施。
也就是说，孝明帝的鬼魂在不分昼夜地叱责新帝。难道这仅仅是因为当时尚且年幼的亲王因目睹父皇临终的凄惨模样，受惊过度以至精神错乱？但若是有人针对新帝窃窃私语，认为若是先帝不死，新帝的时代便无法来临，因而才会引来鬼魂……
正如中山一位局所言，当时的大内简直无异于百鬼夜行，血腥的流言席卷了整个皇宫。流传最广的谣言自然是“毒杀”说，但除了毒杀说以外，还有刺杀说。
宫廷内外被一股阴暗无比的恐怖紧紧笼罩。
倘若此事并非发生在宫廷，而是发生在武将或豪族家中，未尝不可说只是一个司空见惯的阴谋。然而，皇室信奉天长地久的生命观，从太阳到伊势神宫，再从伊势神宫到万世一系传承的皇位，这是民族生命的核心。此事发生在皇室之中，理应视作不祥之事，绝不能忽视。
在战国时代，确实有过不少毫不理解日本皇室传统和理想的人，只知乱叫“管他呢”。然而，以飓风般的武力实现“天下布武”，高高凌驾于这些狂徒之上的织田信长，对皇室不也是满怀着一片纯真崇敬之心的吗？比睿山也好，念佛信教的信徒也好，普通的神社也好，佛堂也好，信长通通不屑一顾，但对于伊势、热田和皇室，他却一直有着特别的敬慕。信长的勤皇成为了复兴皇室的开端。他以三千石的供奉，向皇室献上日本人的忠诚。
秀吉则将供奉改为约六千石，无条件地追随信长的勤皇。到了家康，又将秀吉的六千石供奉增至一万石，算上公卿及其他人所领，所献生计米粮约达十万石之多。
其间皇室的衰微自不必说，但无论何等狂暴之徒，都不曾有过让德富猪一郎写下“最终为了日本帝国而牺牲”一般令人慨叹的残酷之事。
水户学扎根于家康的遗志，以尊皇勤皇为绝对的政治改革也是立足于此，不断向前推进，而如今却发生了如此惨剧，与上述精神完全背道而驰。
倘若日本帝国是生于如此血腥之中，那么这种扭曲势必会在某一天对日本国体造成巨大影响。因为，被歪曲的历史甚至会左右整个民族的发展。
幸运的是，明治大帝是拥有伟大品质的罕见人物，集明治时代的万民景仰于一身。然而，后来的勤皇却逐渐被“文明东渐”的阴影所遮挡，导致日本自古以来的一君万民思想变得愈发淡薄。
对源流的扭曲加以掩饰，纵然不停高呼天皇绝对，也无法令所有民众理解。而且，为了令民众无法了解真相，关于孝明帝驾崩的传言被下了禁口令，天皇再次沦为政治斗争中的一个弱小无力之人。此事在民众心中广泛地留下了极为恶劣的印象。
针对此事，学习水户的西乡也不禁慨叹道：“如今看来，戊辰（明治元年）战争亦不过是一味营私之举，愧对天下，愧对战死之人……”
究其原因，其实尽在孝明帝驾崩的秘密之中。
有些人认为必须以皇室为核心实行亲政，却导致政治斗争的毒牙伸向了万世一系的天子。究竟是否可以允许天子身边存在这种不合理的现象？不用讨论，其结论也显而易见。
这只能说是民族自古以来的长远理想已经败给了低俗的马基雅弗利主义。而且，传言所描绘的所谓“内情”，无一不是阴险之徒四处活动的景象，正如中山一位局所说的“百鬼夜行一般”。
当然，无人知晓这一阴谋出自何人指使，但风传直接下手之人便是能够自由接近天皇的“女官”。
天皇要写东西时有个习惯，一定会先用嘴咬顺笔尖，因此有人认为，是熟知天皇这一习惯的人将蘸了剧毒的笔放在了天皇身边。当然，也有人怀疑是在晚膳中掺进了剧毒。
由于天皇尸体上遍布可怕的斑点，兼且七窍流血，故而也流传着“刺杀说”。
据说，某位外科医生深夜突然受到召见，蒙着眼睛来到了濒死的天皇身前。
但其时，天皇的侧腹部已被短枪之类的东西刺中，出血惊人，医生还未加以救治便被屏退，不久天皇即告驾崩。
传言经常会忽略理性面，但有时，近似于直觉的传言却更加接近真相。总而言之，人们大多相信，天皇先是被人下了毒，又在如厕后洗手之时被潜藏在地板下的刺客跳出刺中……这一传言似乎也传入了埃内斯特·萨托的耳中。
而且，众人还认为下达暗杀命令之人便是与萨长联系密切的岩仓具视，而直接下毒者则是岩仓的亲妹妹--卫门局（堀河纪子）。
然而，问题并不在于其直接犯罪的手段，而在于思想的变化。人们最终抛弃了水户学以尊皇为绝对的信仰，为了夺取政权，甚至不惜侵犯万世一系的天皇玉体。
以日本自古以来的生命观来看，天皇和子民同样是受到太阳恩惠的生命，是紧紧联系的“一体”，这便是国体的表现形式。日本人道主义和民主主义的根本便在于此。因此，对国体的侵犯便相当于对民众的虐杀，是对整个民族的背叛。立足于日本即为神州这一信念之上行动的人们对此事必定有着超越常识的切身体会。
而如今，形势一片混乱。有人趁乱做出了叛逆之举，而且事情就发生在德川庆喜遵从诏书重新继任曾一度不复存在的征夷大将军的二十天后……
对于深知神州天子高远无私理想的庆喜而言，此事给他带来的惊愕和恐惧非同小可，仿佛脚下的整个日本都已坍塌。
