如果说，在宗教和科学的冲突中，中世纪是宗教构成了冲突的根源，因为它要限制科学的范围，那么，启蒹时期则是理性构成了冲突的根源，因为它要颠覆教会的权威。在批判宗教的运动中，法国的百科全书派显得尤为突出，他们向宗教及宗教的真理公开宣战，认为宗教从来就是阻碍理智进步特别是科学进步的障碍。例如，伏尔泰就对天主教教会和宗教裁判所进行了猛烈抨击，认为基督教的历史就是残暴的血腥史。梅叶和霍尔巴赫都认为，宗教是无知和欺骗的产物。正是启蒙时期思想家对宗教的激烈批判给人们造成了这样的印象：在启蒙时期这个科学思想非常活跃的时代，宗教信仰和科学理性处在严重对立之中，启蒙时期的基本精神就是反宗教和敌视宗教的。但这种观点就像认为中世纪是敌视科学的观点一样不确切，或者说，容易误导人们。这是因为，首先，许多启蒙思想家批判的是现实的宗教和传统的宗教，如天主教教会及其各种具体做法，而不是宗教本身；其次，许多启蒙思想家并没有彻底放弃宗教而是在自己的思想中为新的宗教形式保留了位置。众所周知，许多启蒹思想家，如伏尔泰、孟德斯鸠、卢梭等都是自然神论者。自然神论者承认上帝是世界的创造者，但认为上帝在创造了世界之后就不再千预世事，而是任凭自然规律支配一切。自然神论的本质就在于，通过理性驱除传统宗教中的神秘和超自然的竒迹，不是依赖《圣经》和教会，而是通过纯理性的证据去发现上帝的存在。并且，通过把上帝和自然规律分开，也使得宗教和科学彼此独立。也就是说，科学的任务就在于认识上帝所安排的宇宙秩序，而对这种宇宙秩序的认识并不会危及上帝的至高无上性一一这一点，在孟德斯鸠的自然神论中体现得非常明显。在此意义上，卡西勒的说法十分中肯，他说：“启蒙运动最强有力的精神力量不在于它摈弃信仰，而在于它宣告了新信仰形式，在于它包含的新宗教形式。”
鲁不过，我们也必须承认，启蒙时期又的确过分强调了科学和理性的作用，从而削弱了宗教特别是传统宗教及其教义在人们心中的影响和地位。
但这样做的结果却使启蒙思想家给自己造成了两个无法解决的悖论。根据托马斯匕汉金斯的说法，这两个悖论就在千：一是由于自然规律必须通过实验和观察被发现，所以，对它们的认识即科学是纯描述性的。正因如此，科学揭示的只是“是什么”而不是“应当是什么”。就此而言，自然科学尽管无比成功，但它却永远不可能给人们提供道德规范。启蒙思想家如果以科学理性为至高无上的权威并试图让自然科学为人们提供道德法贝1那只能是徒劳的。就西方传统而言，在道德规范的问题上，宗教仍具有科学所无法代替的地位。二是18世纪的思想家认为，通过科学理性就可以发现普遍的自然规律；自然规律的意义就在于，人们可以根据它们去预言未来的事件。但如果我们把人也作为自然的一部分时，自然规律所预定的必然性就和人的自由意志发生冲突。或者说，它们就无力对人的意志自由做出解释。就此而放弃自己的自由，就是放弃自己做人的资格，
放弃人的权利，甚至于是放弃自己的义务。《卢梭论社会契约》言，科学仍不能取代宗教对人的意志自由的解释。
启蒙时期所造成的这两个悖论，在康德那里得到了解决。康德在其《纯粹理性批判》中试图限制科学理性的范围，认为科学理性只能关乎现象界，只能为人们提供具有普遍性和必然性的知识，而和人的道德与自由意志无关。要确立普遍的道德法则，只能通过实践理性。但恰恰是在实践理性这里，康德又重新恢复了上帝作为道德基础的地位。在康德看来，上帝的存在是至善实现的必要条件，因为只有上帝才能最终确保幸福和德性的统一，但幸福和德性的统一对一个人短暂的一生而言也许是难以实现的，所以它又必须以灵魂不朽为前提，而人之所以能有道德，就在千人有自由意志。虽然康德的上帝和传统宗教中的上帝己经大为不同，但就宗教的一般意义而言，康德无疑恢复了宗教在道德生活中的核心地位，而其道德哲学也是对启蒙时期过分强调科学理性的一种矫正。很显然，科学的不断进步与成功，并没有间断人们追寻上帝的脚步，不论人们对这样的上帝如何理解。
鲁如果说，即使在理性至上的时代，在思想家当中宗教仍有自己的一席之地。那么，在当时的科学家当中又是如何呢？
按照汉金斯的说法，我们今天所说的科学在启蒙时期经常被人们称为自然哲学。也就是说，其中不仅包含着我们今天所说的科学内容，也包括我们今天所说的哲学内容。正因为科学和哲学是结合在一起的，所以，我们就不难理解为何当时的许多科学家同时也是思想家。也就是说，他们在进行科学研究的同时，也在思考者一些哲学问题和宗教问题。例如，荚佩尔蒂就试图用他的理性力学的“最少活动原理”证明上帝的存在，而德沙特莱夫人也坚持认为，茱布尼茨的力学理论可以说明人的意志自由。更普遍的状况是，启蒙时期的科学家普遍接受的机械论的世界图景，其基础是上帝对宇宙的设计。例如，对机械论的创始人之一笛卡儿来说，上帝把宇宙创造得像一个完美的时钟装置，它此后无需任何千预就能运转。很显然，在这种被科学家所普遍接受的机械论的世界图景背后，隐藏着的仍是形而上学的宗教动机。这也反映出科学家的普遍困境，那就是，他们可以描述世界的如此在，但却不能解释世界为什么会如此在。因此，一旦从形而下的对世界如此在的研究进入形而上的对世界为什么会如此在的思考，科学家们就会不由自主地形成自己的宗教意识。就当时的情况而言，宗教意识之所以仍顽强地存在者，一方面是因为它能给科学认识提供形而上学的基础，另一方面是因为它能给人们的道德提供基础并给人的精神带来慰藉。
鲁我想把你的意思再总结一下。你想说的是，无论是在中世纪还是启蒙时期，科学和宗教、理性和信仰都处在双重的关系之中。两者虽然不是完全和谐，但也不是绝对对立；相反，相互之间都有某种包容和通融。就它们之间的冲突而言，其原因主要在于彼此的误解和不成熟。宗教和信仰的不成熟体现在它的血腥和专制中，体现在宗教政治化后对自己权威的维护和对科学的不理解中。科学和理性的不成熟体现在它的盲目骄傲中，体现在它试图抛开信仰用科学的方式解决人类一切问题的努力中。在各自的不成熟状态中，宗教以为它能完全代替科学的认识功能，结果遭到了科学的戏弄和嘲笑；科学以为它能代替宗教的精神功能和道德功能，但它对人的灵魂和道德问题却爱荚能助。是这样吗？
是的。一般来说，从起源上看，宗教要早于科学。由于最初的宗教是由两个体系构成的一根据涂尔干的说法就是膜拜体系和观念体系，所以，宗教就兼具认识功能和行动功能。就宗教的认识功能而言，任何宗教都有它的基础，那就是对世界、人及自然的解释。在这种解释中，宗教试图通过概念和逻辑将事物联系起来，使世界能有系统、有秩序。正是在这一点上，涂尔千说：“宗教在本质上和科学并无不同之处，两者都力图将事物联系起来，建立它们的内部关系，将它们分类，使它们系统化。我们甚至己经看到科学逻辑的观念是起源于宗教。”不过，虽然科学在认识世界这一目的上和宗教有共同之处，但两者的方法却大相径庭。科学始终基于经验观察和理性推理，而宗教却更多是通过启示真理对世界做出解释。从我们的角度看，由于宗教认识缺少科学所追求的那种精确性、客观性和必然性，所以，科学必然会对宗教采取怀疑和批判态度。在认识问题上，相对来说，越是形而下的认识问题，它们离科学就越近，离宗教就越远。反过来说，越是形而上的认识问题，它们离科学就越远，离宗教就越近。由于如今认识所要解决的更多是形而下的问题，所以，仅就认识功能而言，科学己经并且应该取代宗教的位置。
但是，正如涂尔千所认为的那样，虽然宗教具有认识功能，但它的主要目的不在千丰富我们关于世界的知识，而在于给人们提供生活的理想、信念、勇气、力量和信心，促使人们去行动，并帮助人们找到活者的根据和理由，使人生菖有意味，使人们的内心充满欢乐、平和、安宁和热烈。涂尔干说：“信仰不是别的，而是温暖、是生命、是热情，是整个精神生活的迸发，是个体对自身的超越。”就此而言，宗教的行动功能和精神作用是科学所无法替代的。这是因为，精神生活不可能服从科学所研究的自然规律，科学方法也不能处理人的道德问题。当然，说宗教可以给人们以勇气、力量和信心，并不是说宗教是人充满生活的勇气、希望、信心和力量的唯一源泉，而是说它至少给人们提供了一种可供选择的生活方式，使人们能在这样一种生活方式中实现自我的道德存在和价值存在。
既然宗教己经将自己的认识功能更多地让位于科学。所以，在当今社会，我们不能再像过去那样，简单地把宗教完全当成一种认识，然后以科学为尺度宣判它是无知和蒙昧的产物，是迷信。
参照你的理解，就科学和宗教的关系而言，在认识问题上，特别是形而下的问题上，宗教应该站在科学一边，或者说和科学保持一致；而在形而上学问题和道德问题上，科学应该承认宗教有其不可取代的作用？
。是这样的。不过，需要指出的是，并不是只有宗教才能承担形而上学问题和道德问题的思考，或给人提供稍神的慰箱。事实上，还有其他的途径，如哲学和伦理学等。
所有宗教，哪怕是最粗陌的宗教都是精神至上的，因为它们所运用的力童首先是精神力童，它们的主要目的就是对精神生活施加影响。——涂尔千《宗敦生活的基本形式》
