尼安德特人发现三年后，1859年，英国生物学家达尔文就发表了《物种起源》，提出一个令人震惊的学说。达尔文宣称，也许人类不是由一个全能的神所创造的，而是由比较早期的生命演化而成的，这些早期生命可能包括穴居的原始人类。但经过激烈的争论后，科学界终于慢慢接受了“人类是由猿类进化而来”这一理论。然而人类起源于哪里仍然存在很大争议。达尔文曾在1871年出版的《人类起源与性的选择》中推测，非洲是人类的摇篮。另一位进化论者海格尔则在《自然创造史》一书中主张人类起源于南亚，还绘图表示各人种由南亚中心向外迁移的途径。为了证明人类的起源地，考古学家纷纷致力于发现猿和人之间的缺环。
事实上，在尼安德特人被广泛认为是欧洲人祖先之时，矛盾就隐约的存在着——就在尼安德特人被发现后12年，1868年，在法国西北部出土了另一种古人类化石，这些人体形细长，头盖骨较高、圆、四肢较长、身高约有180厘米，考古学家认为，这说明他们来自一个气候较为温和的地区，他们被称为克鲁马农人。根据放射性碳元素检测，这些克鲁马农人兴起于4万年到3.5万年前。然而尼安德特人也正是在这些人出现之后，仿佛退出了历史舞台。
克鲁马农人是谁，和尼安德特人又是什么关系？
根据研究，现在地球上的所有晚期智人都起源于非洲，然后扩散到世界各地，而走往欧洲这一脉取代了当时欧洲的原始人。现在欧洲人普遍拥有的一个名为M173的Y染色体变异来自于3万年前，这意味着大多数欧洲人的祖先在3万年来到西欧，这个时间与克鲁马农人出现的时间一致。这一研究确定，尼安德特人并非欧洲人的祖先，克鲁马农人才是。
其实，3万年前并不是这些“非洲人”第一次来欧洲，分子人类学家还发现，大约在10万年以前，晚期智人的祖先就尝试通过中东进入欧洲，当时人类祖先与尼安德特人的脑容量相差无几，在体力上却没有尼安德特人强壮，因此大约8万年左右，晚期智人可能面临绝种，尼安德特人在欧洲独领风骚长达数千年。但是当而4.5万年前，晚期智人再次出现在中东时，尼安德特人这时却要退让了。
1994年，根据线粒体DNA特征的分组结果，英国科学家布莱恩·赛克斯（Bryan Sykes）又提出，几乎每一个有欧洲本地血统的人都是由4.5万年前迁入欧洲的7位女性祖先繁衍而来的，这7位女性被称作“夏娃的七个女儿”。
2005年，一项庞大的多国合作计划启动：“追寻人类足迹计划”。这项计划由美国国家地理学会、IBM和韦特家庭基金会共同出资4000万美元，全球10个研究机构参与了研究。项目的目标是，在2010年前，在全球范围内收集10万人的DNA，从而描绘人类的迁徙地图。研究组发现人类起源的具体位置是东非，也就是今天的肯尼亚和坦桑尼亚一带。而目前地球上最古老的人种之一则是生活在非洲西南部的非洲原住民布须曼族，也被称为桑族人。
在现代人从非洲来到世界各地之后，地球上的其他古人类包括身体强壮的穴居人早期智人尼安德特人都去了哪里？科学家仔细研究出土的化石证据后发现，在古人类和现代人之间存在着化石断层，存在这种化石的断层也并非偶然，因为，东亚大陆在这一时期大多数的生物物种都已经离奇的灭绝了。5万—10万年前正是第四纪冰川期，这一时期包括中国内地在内的东亚，以及其他地区绝大多数生物种类难以存活，包括本土各种古人类。而非洲，因为靠近赤道，温度相对较高，那里的古人类得以繁衍存活。在冰川期，赤道地区的平均温度也就比现在下降1—2℃左右，而越往两极，温度就下降得更多。也许正是这个原因，使得生活在靠近赤道的这部分非洲人生存了下来，而大多数地区的古人都消失了。
从发现的文化遗迹看，尼安德特人性格温驯，已经会制造薄而锋利的石刀。他们集体生活，互相帮助，会用火和保存火种，用石器裁制皮衣，甚至有了原始的装饰美术，鲜花和礼品等殉葬品，也照料生病或受伤的人。甚至有某种原始的宗教。尼安德特人创造的文化被考古学家称为“莫斯特”文化。在10—20万年前，尼安德特人的足迹遍及亚、非、欧三大洲的广大地区。在中国南方，也曾发现过尼安德特人的遗骸。
过去有观点认为，尼安德特人横跨欧亚非三洲，数量一定很可观。现代人兴旺时，人数很有限，不可能把全世界的尼安德特人全部消灭，他们很可能与尼安德特人通婚，生下进步的杂交后代，尼安德特人的基因融化在智人中，现代人的身上也保存着尼安德特人的某些基因。
而据“维基解密”网站公布的内容，科学家分析现代人类与尼安德特人在DNA上的排序，并未发现DNA转移的遗传标记，证据表明尼安德特人和早期晚期智人没有发生过通婚，即尼安德特人并没有进化成现代人。
尼安德特人是如何消失的？一些科学家推测，由于自然选择的结果，尼安德特人被后起的智人消灭了。持此观点的学者认为，嘴笨让尼安德特人消亡，尼安德特人的发声系统与黑猩猩一样，是一种单道共鸣系统，这种系统的发音能力很差，影响了群体的生存能力。所以，当体质形态上更进步的智人崛起后，尼安德特人便在与智人的较量中被淘汰了。这种说法也被人质疑，德国马普进化人类学研究所的约翰内斯·克劳泽领导的研究团队证实了一点：DNA分析显示，尼安德特人拥有和现代人一样的语言基因FOXP2。
法国著名化石专家费尔南多·罗兹(Fernando Rozzi)推测，尼安德特人在历史上可能迎来一个令人可怕的结局，他们可能沦为更高层的智人的盘中餐。这一令人不可思议的结论是根据在莱斯·罗伊斯(Les Rois)发现的一块尼安德特人颚骨化石得出的。莱斯·罗伊斯发现的。腭骨上的切口与早期人类在石器时代猎杀鹿以及其他动物时留在骨头上的切口类似。据信，尼安德特人的肉被人类吃掉，牙齿则用来制作项链。研究小组领导人、巴黎国家科学研究院的罗兹表示：“尼安德特人遭遇了可怕的命运，从某种程度上说，他们是被现代人吃掉的。
多年来，人类一直试图掩盖嗜食同类的证据，但人们必须接受这种惨剧曾经发生的事实。作为胜利者的人类将他们的尸体带回洞穴，吃掉他们的肉或者将他们的牙齿和骨头充当战利品。”然而，这种观点遭到了一些学者的反对。他们认为，在智人出现之初，尼安德特人必定在数量上压倒了智人，作为在智力和体质略胜一筹，但在制造和使用工具等方面与尼安德特人文化差距还并不十分悬殊的智人，要彻底消灭尼安德特人是不可能的。同时，人数稀少的智人要同化为数众多的尼安德特人是让人难以置信的。果能如此，那么被同化的也只能是智人。况且，同化的假设还没有考虑到不同种属、种群人科动物在婚媾方面的社会障碍。
英国伦敦大学学院的地球物理学教授比尔·麦格在著作《走向世界尽头》一书中指出：“在近期地球历史上，大约73500年前，印尼苏门答腊岛附近发生过一件人类无法想象的可怕灾难。那是一场超级火山爆发，至今仍有一个62英尺长的巨洞留在那里。火山爆发的威力不是因为它的尺寸，而是因为它喷出的硫酸烟雾是如此之多，遮蔽了整个地球，长达好几年，地球处于一片如月色般的昏暗之中。估计，大约有1400立方英尺的火山灰被喷发出来，如果这些灰尘堆满美国，可以堆到2英尺高。苏门答腊岛托巴火山爆发，地球生命仍然能够幸存，如果这里面没有一个未为人知的秘密的话，那就存在着一个奇迹。”
把几万年前的人类比作这个世界上的旅行者，他们的迁移过程，就像在一系列相互交联的线路上移动，只是速度非常缓慢。在某一特定线路上，当地人都拥有共同的遗传标记，因此科学家利用字母和数字，为这些线路编号。
大概10多万年前，非洲的人开始向外迁移，第一个发现的非洲以外的人类，是生活在10万年前的某位男性，科学家给它起了个数字化的名字为M168，在女性远祖的基因谱系上也找到了线粒体L3，就是他们的后代走出了非洲。
大约9万年时，M168上分出一个新的标志，叫做M130，同时还有一个线粒体M，M130和线粒体M相伴随踏上了旅途。他们拿着旧石器和尖木叉，最有可能的路线是沿着海岸前进，因为海滩容易找到含有蛋白的食物，或者捕些易捉的鱼类。通过北非来到中东，沿着印度洋岸边向东走。在非洲之角东部的厄立特里亚，人们发现了距今12万年前的蛤和牡蛎壳化石，混杂着人类的石器，这说明人类曾以这里的海洋资源为生。
当时的海平面比现在低很多，澳大利亚和伊利安以及美拉尼西亚许多岛屿连在一起。他们在沿海捕捞的过程中，学会了使用木筏，木筏帮助他们从非洲到印尼半岛，再到澳大利亚和新几内亚等地。这次离开的人群，形成了人们后来所称的棕色人种，他们到澳洲的时间可能是6万年前，在东亚大陆散布开则是4万多年前，被称为早亚洲人。
棕种人到美洲还没有遗传证据，但许多古人类遗骨和考古遗迹的发现证明棕种人曾到达美洲。如果他们到达美洲，应该是使用木筏，因为当时白令陆桥一片冰雪覆盖，人类无法通行。
这些棕色人种文化程度相对较低，没有精湛的狩猎技术保证每次捕猎都有收获，因此他们不浪费任何食物来源，从安达曼到伊利安，棕色人种始终有着食用人类死尸的传统，但对棕种人来说却是自古流传下来的部落生存必需的准则。
大约与M130同时，出现了一个标记M89，表明人类通过北非由陆路进入了欧亚大陆。不久M89上分出了M9，这是所有欧亚人的祖先。他们的肤色比前者要浅。数十万年前，当古人类体毛开始减少时，皮肤开始转化为深色。这是因为黑色素沉淀可以保护皮肤不受有害紫外线辐射。后来，当人类移居至寒冷北方时，他们的皮肤也就自然而然地要进化，以适应变化的环境。因为在日照相对较少的地区，黑色素沉淀会阻碍皮肤中进行的化学作用，如维生素D的生成。白种人则形成于高纬度的寒带地区。如北欧寒冷地区，光照少，云气多，没有强烈的太阳辐射，体内无法产生保护身体的色素。因此，人的皮肤一般颜色浅淡。这种较浅的肤色却易于吸收微弱的紫外线，有利于身体发育。鼻梁较高，鼻子孔道长，可以使吸入的冷空气预先“温暖一下”。
M9的后代在旧石器时代晚期向东移动时出现变异，分化出了M20、M45和M175，M20主要在印度，M45向东迁徙时遇到了天山的障碍，无法进入中国的西北地区，成为中亚人和部分印度人的祖先。
而M45的后代M242，大概3—4万年前出现在中亚或南西伯利亚，并移民进入了美洲，他们带有的基因标记是M3。这批移民至少分为三批，在不同时间到达美洲：第一批是3万年前，由中亚来的部分人走过白令陆桥，到达美洲后南下，成为南美和北美南部大部分的印第安人；第二批在2万年前，从南向北经中国东北到白令陆桥，占据了北美北部；而大约3千年前，爱斯基摩人和阿留申人从白令海峡到美洲，这是第三批。
M175继续沿着喜马拉雅山南麓向东、向北迁徙，绕过中南半岛进入中国，他们是从东非来到东亚的第二波亚洲人：晚亚洲人，也就是黄色人种，初来乍到的黄种人还没有能力与棕色人种抗争。至少在南亚的时候，印度半岛南部生活着大量的棕种人，一小批的黄种人只能沿喜马拉雅山南麓匆匆路过，绕过中南半岛进入中国，形成了汉藏部落。他们的扩散速度很快，从西亚进入印度河流域，穿过南亚次大陆北端，大约3—4万年前到达东南亚地区，只用了棕色人1/5的时间，在两万年前的玉木冰河盛期，黄种人进入中国，由南往北分布，整个扩张开来。
由于棕色人种到达较早，最初到达的黄色人种还没有能力和棕色人种抗争，后来黄种人逐渐与棕色人种争夺地盘。由于黄色人种先进入了新石器时代，在技术和体力都占优势，他们逐渐得以对棕色人种进行屠戮和驱逐。尽管这一事件已经非常久远，人们仍能从考古或者历史记载中发现蛛丝马迹，和DNA的分析结果暗合——在商代的人骨材料中，人们可以发现棕色人种的成分，殷墟的祭祀坑里有大量异族俘虏的头骨，其中很大一部分可能是棕色人种。黄种人对棕种人的屠戮和驱逐导致现在东亚人群中，棕色人种的标记M130非常少见，但现在仍存在的少量棕色种人可以证明他们曾经的历史——比如菲律宾吕宋岛中部、马来半岛北部的山地、安达曼群岛的亚洲小黑人，印度半岛的达罗毗荼人。
