1509年，来自格拉纳达一个穆斯林贵族家庭的学生哈桑·穆罕默德·瓦赞·扎亚提同叔叔一起来到廷巴克图（摩尔人被驱逐出西班牙之后，他们一家便定居在非斯[13]）。扎亚提当时仅十六岁，他的叔叔是摩洛哥的外交官。在这里，他们见识到了廷巴克图作为商业与文化中心的活力。1526年，扎亚提以笔名利奥·阿非利加努斯写下了经典旅行著作《非洲及非洲重要事物的历史和描述》（The History and Description of Africa and of the Notable Things Therein Contained）。在该书中，他描绘了廷巴克图堆满世界各地货物的市场，塞满欧洲织物的织布店，以及一座雄伟的石灰岩宫殿，里面住着“廷巴克图富甲一方的国王，他拥有数不胜数的金杯银盏、金权杖，有些重达一千三百磅”。
扎亚提对他在廷巴克图感受到的学术氛围感到惊讶。当时，廷巴克图这座城市的人口约为十万，而约四分之一都是从诸如阿拉伯半岛一样遥远的地方前来的学生，只为师从桑海帝国的大师们学习律法、文学和科学。国王阿斯基亚·穆罕默德·杜尔将土地分赠给学者们，给他们提供财政支持，并邀请建筑师到廷巴克图建立清真寺和宫殿。桑科雷大学——一个由众多清真寺和私家宅院组成的松散联盟，就在这时发展成为该城一百八十所学术机构中最负盛名的一所。一句在当时流传甚广的苏丹谚语这样说道：“盐来自北方，黄金来自南方，白银源自白人的国度，但神的教诲和智慧的珍宝却只能在廷巴克图找到。”根据写于17世纪的关于廷巴克图历史的著作《廷巴克图编年史》（Tariq al Fattash）记载，廷巴克图的学术繁盛，声名远播，以至于当一位小有名气的突尼斯教授来到桑科雷大学担任讲师时，很快意识到自己并不能胜任该职位，并退隐至非斯，在那里度过了十四年时光。
最让扎亚提印象深刻的，是他观察到廷巴克图市场上的手稿交易十分兴盛。这些手稿均由布料纸制成，售卖手稿的商人穿越沙漠来到廷巴克图，他们大部分来自摩洛哥、突尼斯、利比亚和阿尔及利亚等地。用布料造纸的技术从中国和中亚传过来后，便在这些地方生根发芽、蓬勃发展。到12世纪末期，非斯城共有四百七十二家造纸作坊，所制作的纸张一路出口至南边的萨赫勒地区，往北一直输出至马略卡岛和安达卢西亚[14]。更高级的意大利纸张在地中海港口如开罗和的黎波里等地转运后，很快就渗透到马格里布地区，那是北非靠近埃及西部的一带，“马格里布”来源于阿拉伯语的“日落”（有些意大利牌子的纸张因为印有基督教十字架的水印，很难在伊斯兰市场上销售）。当扎亚提来到廷巴克图的时候，纸张多半是从威尼斯进口的——典型的水印标志就是三个新月[15]——也就是从现在的利比亚地区转运过来的。工匠们从沙漠中的植物和矿物中提取墨汁和染料，从山羊和绵羊身上获得羊皮来做成封面。但是，当时北非的人们并不知道如何进行装订，因此只好将没有编号的散落书页装在皮革材质的夹子中，再用丝带或绳子绑起来。扎亚提发现贩卖手稿的利润要远比售卖其他商品的高。
在扎亚提访问廷巴克图四百年以前，撒哈拉沙漠里戴着头巾、四处放牧的图阿雷格族部落中有一队人马，每年夏天都会一如既往地从遍布盐碱与沙丘的贫瘠之地迁徙到南边一百五十英里之处、靠近尼日尔河畔的绿色平原。他们待的地方蚊虫为患，癞蛤蟆成堆，腐烂的草堆散发着恶臭，让人忍无可忍。于是，他们挑选出重要的物件，赶着骆驼、牛羊来到他们发现的更宜居的地方，这里位于他们原来的居住地北边几英里处，是一处由尼日尔河支流的季节性洪水冲积而成的平原，一口浅井可以提供干净甜美的饮用水。当9月份他们往北迁徙的时候，将大件行李留给一个叫作巴克图（Bouctou）的图阿雷格族女人保管——巴克图是大肚脐女人的意思。越来越多的人听闻了这个骆驼和独木舟汇聚的友好之地。第二年，其他游牧民问他们要去哪里。“廷—巴克图（Tin-bouctou）。”他们如此回答，意指前往巴克图女士的水井处。
在接下来的数百年里，廷巴克图从原本只有几个帐篷和泥砖屋组成的河岸聚居点发展成了一个世界枢纽和两种文化的碰撞地带——沙漠文化和河流文化不断扩大，相互交流。农民、渔民、被称为贝拉（bellas）的图阿雷格族黑奴、他们的图阿雷格贵族主人，以及阿拉伯和柏柏尔族[16]商人都来到这里并安顿下来，他们都是为了逃离衰落中的加纳王朝（位于现在的毛里塔尼亚南部和马里西部）一位泛灵论[17]暴君的统治。骆驼大篷车队载满盐、蜜枣、珠宝、马格里布香料、熏香、欧洲纺织品和其他从像英格兰一样遥远的地方运来的货物，历经数周穿越撒哈拉沙漠，来到廷巴克图。在尼日尔河上，船只往北航行，为廷巴克图这个位于尼日尔河最高弯曲处的城镇带来丰富的丛林和草原产品：奴隶、黄金、象牙、棉花、可可豆、蜂蜜、几内亚香料，以及乳木果油产品，一种从非洲牛油果树的果实中提取出的象牙色油脂。商人、中间商、君主从主要货币——黄金中获得了财富。曼萨·穆萨，也被称为穆萨一世，是当时马里帝国的国王，他统治的地域包括几乎瓦解的加纳王朝的领地和现在的几内亚与马里北部的广大领土。他在1324年从廷巴克图前往麦加朝圣，带着数千名穿着丝绸衣服的奴隶和八十头骆驼，每头骆驼各自载着三百磅的金砂。“国王在开罗大施恩惠，”当时的一位阿拉伯历史学家写道，“每一位宫廷贵胄和拥有王室职位的官员都得到一大堆黄金作为礼物。”他还补充说，国王在开罗停留期间送出的黄金之多，让那里的黄金市场在十多年间都一直保持低迷的状态。
14世纪末期，廷巴克图开始成为该地区学术与文化的中心。曼萨·穆萨从他的朝圣之旅带回一位西班牙安达卢西亚地区的著名诗人，并从开罗邀请来一位杰出的建筑师设计廷巴克图最壮丽的清真寺，也就是津加里贝尔大清真寺。1375年，这座城市出现在马略卡犹太制图师亚伯拉罕·克雷斯克所制作的欧洲地图上，这幅地图是专门为法国国王查理五世绘制的，因而凸显了廷巴克图这座城市的重要性。但是，这股知识与文化发展的热潮并没有持续下去。1468年，军阀桑尼·阿里和他的军队准备攻击廷巴克图。桑尼·阿里出生于加奥，一座位于廷巴克图以东大约两百英里的尼日尔河港口。其家族首领自14世纪30年代就开始了对加奥地区的统治，但是桑尼·阿里的野心更大。伊斯兰史料将他描写成杰出的军事战略家，善于骑兵作战的骑术高手，同时也是泛灵论的亲身实践者。他反对伊斯兰教，擅长施行法术、利用护身符和动物的身体来祈福和占卜，他也是一个狂热的奴隶主，一个没有安全感的统治者。在刚占领廷巴克图的时候，他表明欢迎学者们前来廷巴克图，但后来又坚信这些学者在策反，因而拒绝他们来到廷巴克图。一名廷巴克图的历史学家宣称：“桑尼·阿里是个大暴君，是个十恶不赦之徒……他杀人无数，只有真主才清楚他究竟杀了多少人。”“他压迫学者和圣人，杀害他们，污蔑他们，羞辱他们。他在这座城市里犯下滔天罪行，纵火焚烧，劫掠并屠杀大量平民。”最后他建立了一个王国——桑海帝国，其版图沿着尼日尔河延绵两千多英里。
桑尼·阿里在他的统治期间没有遇到可以与之一较高下的对手。但在1492年他逝世后，一场血腥战役发生了。一位四十九岁的虔诚的穆斯林将军——据说是桑尼·阿里的外甥——穆罕默德·杜尔组建了一支军队，并于1493年4月在加奥附近打败桑尼·阿里的儿子领导的军队。历史在廷巴克图不断重演，暴力镇压的噩梦结束之后，迎来了开放和宽容的黄金时代。穆罕默德·杜尔宣布自己成为桑海帝国的新领导者，并在前往麦加朝圣之后，将自己的王号改为阿斯基亚·穆罕默德·杜尔王朝，带来了延续一百年的和平与繁荣。
尽管桑尼·阿里不断迫害伊斯兰学者，但在阿斯基亚·穆罕默德成为廷巴克图的统治者并开始巩固他的政权之时，这座城市的文学传统已经深入人心。外来的访问学者从开罗、科尔多瓦以及更远的地方带来伊斯兰学术经典，如《古兰经》《圣训》（即先知穆罕默德的言行汇编）、苏菲教派释疑以及马利基法学派的著作等。马利基法学是萨赫勒的主要法律制度，以突尼斯的凯鲁万大清真寺为中心。人们对这样的作品的渴望激发了家庭手抄作坊的兴盛。抄写员为教授和富有的主顾精心制作了进口书籍的复写本。他们在廷巴克图小巷的工作坊里肩并肩地工作，最高产的抄写员也需要一到两个月才能完成一本书——每天平均抄写一百五十行——并接受金块或砂金作为回报。这些抄写员会聘请校对，校对员会小心翼翼地逐字核实阿拉伯字母，以此获得一定比例的佣金。每一处“科洛芬”（colophon）——希腊语中的“最后一笔”，也就是每部作品的结尾部分，记录着手稿抄写的起止日期、抄写地点以及抄写员、校对者和第三经手人的姓名——这名经手人负责将一些通常不在阿拉伯文手稿中体现的“短元音”标记出来。委托做这项工作的经手人也经常会被提及。抄写员还会制作所谓的“阿贾米”手稿，即将多种当地语言翻译成阿拉伯文，如图阿雷格族的塔玛舍克语、富拉尼语、豪萨语、班巴拉语和索宁克语。
尽管致力于宗教学术研究，但在廷巴克图扎根的伊斯兰教从来都不是非常严苛。利奥·阿非利加努斯（扎亚提）写道，许多居民“大半个晚上都在街道上唱歌跳舞”。一个旅行者指出，廷巴克图的大部分居民没有遵守斋月的斋戒规定，他们饮酒，对伊斯兰教法的遵守仅限于割礼和周五的清真寺祈祷。廷巴克图的伊玛目[18]和普通民众都乐意接受世俗的观念，其中许多观点是被温和派伊斯兰学者从开罗带到撒哈拉沙漠的——比起廷巴克图，开罗更为国际化。随着时间的推移，抄写员们扩大了他们的业务范围。他们开始抄写代数学、三角法、物理学、化学和天文学等学术报告。他们将最伟大的希腊学者托勒密、亚里士多德、柏拉图和“医学之父”希波克拉底的著作，还有11世纪的波斯哲学家、学者阿维森纳撰写的数十篇关于伦理学、逻辑学、医学和药理学的手稿，翻译成阿拉伯语。抄写员甚至复制了一位安达卢西亚学者创作于11世纪中叶的长达二十八卷的阿拉伯语辞典《木卡姆》（The Mukham）。还有一部由9世纪伊拉克语言学家和文学史学家哈利勒·伊本·艾哈迈德创作的诗歌赏析作品，则使用了复杂的圆形图表来描述阿拉伯诗歌的韵律模式。
廷巴克图当地也涌现出许多伟大的原创著作，科学家、历史学家、哲学家和诗歌创作者纷纷涌现。诗歌选集的内容包罗万象：从先知的预言到浪漫爱情故事，甚至还有写绿茶这种平凡物件的题材。《苏丹史籍》（Tariq Al Sudan）共三十八个章节，是对桑海国王统治下的尼日尔中部平民生活进行的无可比拟的历史记载，以丰富的细节描述了贸易路线、战斗、敌军入侵和城市里的日常生活，例如以兴建于13世纪的大清真寺而著名的杰内市。“杰内富裕而繁荣，人口分布密集，几乎每天都有大小的集市。据说在那片土地上有七千零七十七个村庄，彼此隔得很近。”这位作者观察到，“如果该地的苏丹[19]想将住在德博湖（杰内北部的一个湖泊，由尼日尔河流域季节性洪水灌入而成）的人传唤至杰内，苏丹的信使只需上城门那里大叫那个人的名字，人们将信息从一个村传到另外一个村，随即就会到达那个人耳朵里，然后他就动身来到苏丹的面前。”
廷巴克图的法律专家们汇编了大量的伊斯兰教法学书籍，即费格赫（fikh），一些文章洞察到廷巴克图社会进步的一面。“我已经研读过你的问题并进行了仔细的思考。”其中许多手稿都以这句话开头，然后再给出相应的伊斯兰教法上的裁决，从继承权的分配到剥夺婚床上的性特权等。一份裁决支持一名妇女不与丈夫同床的决定，因为男人也常行使同一种权利。另一份裁决是篇冗长的讨论，探讨施舍的义务，即天课[20]，宣称接受来自盗贼和压迫者的施舍形同教唆他们犯罪，并且认为任何有基本盈余的人，不只是贵族，都应该承担施舍给予的义务。
廷巴克图的天文学家还研究了恒星的运动及其与季节的关系，并在书稿中配有精心制作的天文图。他们根据复杂的数学计算，在书稿中画出了精准的行星运行轨迹图。天文学家教导读者如何使用日晷，或根据日晷的阴影投射边缘来确定一日五次的伊斯兰祈祷时间；如何使用球形三角法来计算朝拜的方向；还提出太阳系以地球为中心的论据；测试了计算闰年的公式；绘制出了月球围绕地球运转的月宿，以追踪夜晚时间、农历和季节流逝。他们记录了一系列天文现象，其中包括1593年的一次流星雨：“在991年的赖哲卜月[21]，午夜过后，流星四处飞舞，天际仿佛被火海点燃——东西南北都一片明晃晃。”一位天文学家写道：“流星将午夜照亮成了白天，人们变得紧张不安。这种景象一直持续到天亮之后。”
廷巴克图的医师们还发布了营养知识的说明，描述沙漠植物的治疗功效。他们提到药草能帮助妇女减轻分娩的痛苦，用蟾蜍肉来治疗毒蛇咬伤，用混有黄油的黑豹粪便来缓解烫伤的痛苦；伦理学家就一夫多妻制、借贷和奴隶制等议题进行了辩论；还有咒语和法术大全、占星术、算命、黑魔法，通过召唤灵魂来揭示未知的秘密，用土占术、水占术（将石头扔进水里，依靠涟漪来判断未来），以及其他一些让廷巴克图未来的圣战分子占领者尤为深恶痛绝的神秘主题。
其中最令人大开眼界的一卷手稿叫作《男女行房私密手册》，教导男性如何激起情欲、治疗不孕症，以及如何让冷淡的妻子心回意转。在当时的西方对女性性行为等知识几乎一无所知的时候，这份类似于“高潮指南”的手稿里面竟然提供了一些让男女双方性乐趣最大化的技巧。“喝牛奶，或者将牛角烧成粉末，与食物或饮料混合在一起服用，都能增强性能力。”手稿中这样建议，“那些性活动更频繁，且想要享受更多性高潮的男人，则必须服用用公牛睾丸做成的粉末。如果一个男人出现阳痿等情况，可以取公鸡的右脚趾，将其燃烧后用烟熏自己，他就会得到治愈。”这份手稿中还提到很多奇特的药水和治疗方式，其中有些是泛灵论人士采用的方法，在当地已经流传数千年。这份手稿里宣称：“将晒干的蜥蜴睾丸制成粉末，加入蜂蜜，让男性服用，可以大幅度地提升他们的欲望和满足感。”同时，这份手稿声称，伊斯兰教是允许享受性快感的，甚至建议将祈祷作为延长勃起和增强性高潮的一种手段。该手稿继续写道：“为让阴茎更加坚挺，享受性的乐趣，丈夫必须吟诵以下《古兰经》经文，‘安拉将你从软弱无力中创造出来，从软弱中创造了力量’，必须继续吟唱‘哦，穆罕默德，哦，你们这些不信者’，直到最后。”该作者建议要每天吟诵上述经文，连续一周，而且吟诵的时候，旁边要放上七片泡过水的合欢树叶子，并在行房之前将水喝下。吟诵《古兰经》的经文，以提高人们的性乐趣，可以看出宗教已经深入到廷巴克图人的日常生活之中，以及这里伊斯兰教徒的大胆作风。后来几个世纪中占领了廷巴克图的狂热分子们认为这样一种吟诵方式是对《古兰经》的亵渎，是大不敬之举。
廷巴克图手稿的美学价值可以与其内容主旨相媲美。抄写员们会各种不同且复杂的书法字体：西非传统的豪萨文，以粗笔画为显著标志；来自波斯的库菲体，有着夸张的横线和棱角分明的字母，弯曲和倾斜，好像在真主面前俯首一样；还有最受欢迎的马格里布体，其特点是圆形、碗形的字母和广泛使用的曲线和圆圈。传统的中东书法家一般使用一整条芦苇枝，将其削尖，因此写出来的字母非常干脆，有着坚硬的边缘线，与之不同的是，马格里布抄写员则用钝刀将芦苇切成厚条，两端钝而圆，因而写出的字更加圆润、柔和和容易辨认，对许多人来说，也更加赏心悦目。还有书法家使用当地的灌木树枝或鸟的羽毛做成的笔来书写。
他们一般使用由木炭或阿拉伯树胶制成的标准黑色墨水，再加入各种土壤的颜色——黄色来自俗称雌黄的硫化物，在热液矿脉[22]、火山喷口和温泉中可以找到这种矿物质，这种物质以前在罗马帝国和古代中国被作为箭尖的毒药；深红色则来源于朱砂，或者从一种叫作胭脂虫的蚧壳虫中提取，胭脂虫会分泌出一种红酸来吓唬捕食者，把这种红酸混入铝或钙盐之中，就可以当颜料使用。绘图者还加入了其他原料，如利用胶质物让字体更加明亮，或者利用铁锈让图文不褪色。最精美的手稿中还一页接一页地装饰着金箔图案，通常是将22K金打成薄片，再小心地压在书页上。
由于《古兰经》中不鼓励人类形象的出现，手稿艺术家只能用与书法相同色调的几何图案填充页边的空白处，或者用这些图案打破文本块。那些错综复杂、缠绕交织、不断重复的阿拉伯式花纹——树叶、藤蔓、棕榈叶和花朵——让人一看就联想到大马士革大清真寺和格拉纳达城的阿尔罕布拉宫，这些图案传达了在真主的国度里无边的恩惠和无限之感。那些像万花筒一样千变万化的钻石、八角形、星形和其他几何形状则表现了平衡和对称。有些图案是模仿了中东或柏柏尔族地毯的图案——长方形里面充斥着奶油色、红色和绿色的同心圆，装饰着环形的花瓣、圆圈和抽象的毛笔字体。手稿的四边代表了生存的基本要素——火、水、土、空气——而圆圈则象征着物质世界。在《古兰经》的手稿中有一页精确地描摹出摩洛哥阿特拉斯山区一种名叫曾莫拉地毯的图案；另一种图案外围是长方形，里面是对角线和曲曲折折的线，这种图案和伯格蓝非尼布——在马里地区非常普遍的一种泥染布图案极其相似，由棉布缝制而成。偶尔，抄写员们也会采用现实的图像，使文本活跃起来，如用钢笔细致描画出来的清真寺、中世纪的弦乐器、山脉、撒哈拉沙漠中有着闪闪发光的水池和椰枣树的绿洲，而那些镶嵌着琥珀、绿松石和白银的皮革封面则是由山羊、绵羊或骆驼的皮制成。
廷巴克图城里学者云集，在众多人才中有一位特别突出，他就是艾哈迈德·巴巴·马苏菲·廷巴克提，一个学识渊博却性情古怪的黑人。1556年，他出生于撒哈拉沙漠的阿劳安这片盐矿丰富的绿洲，以其聪明才智和郁郁不乐的外表为众人熟知。因为他经常涂抹黑色的眼影，同时又穿着一身黑色的衣服，别人纷纷给他取绰号为“苏丹尼”（像苏丹一样）或“黑人”。那些赞赏他的人则称他为“时代的珍珠”。他为桑科雷大学图书馆编写了六十本书——包括一本空前绝后的天文学专著（以诗歌的形式撰写而成）、关于《古兰经》和《圣训》的评论，以及一本非常详尽的北非马利基苏菲教派学者的传记大辞典。
在《论烟草的合法性》一书中，他思考了吸烟的道德问题，并在书中回应了廷巴克图一项禁止吸烟的宗教运动。也许是受到了商业考量的影响，艾哈迈德·巴巴非常坚定地认为，抽烟既不刺激也不会让人上瘾，因而是可以接受的。他还提出了一种解决方案，主张对话、宽容和谅解。他最为著名的手稿是《艾哈迈德·巴巴有关摩洛哥蓄奴答问》，即《上升的梯子》。在书中，他提出，自由是人类最基本的权利，但在一些伊斯兰教法规定的稀有场合中除外。在这方面，他提倡怜悯和同情：“真主下令，无论奴隶是否黑人，他都应该受到人性化的待遇。”他继续写道：“人们必须同情他们的厄运，不要对他们施以残忍惩罚，因为光是成为一个人的主人，将另外一个人当成奴隶，就已经让人很是痛心。奴役他人是与暴力和强权统治密不可分的，特别是针对那些被迫从家乡来到遥远地方的奴隶。”
在廷巴克图的黄金时代，如果说有一种倒行逆施的思想，产生了很恶劣的影响，破坏了城市形象的话，那就是对待犹太人的主流态度。公元1世纪，数千名犹太人被罗马人从巴勒斯坦地区驱逐出去后，来到马格里布安顿下来。15世纪时，尽管伊斯兰教已经成为该地区的主要宗教流派，但犹太人还是可以正常从事食盐贸易等活动，被摩洛哥的统治者封为“苏丹王国的商人”，而且还以希伯来文撰写了该地区最杰出的一些手稿。但到了1495年，犹太人脆弱的地位就非常清晰了。那一年，一名叫作穆罕默德·马格希利的激进主义学者，也是一个狂热的反犹太传教士，不满犹太人取得的重要经济地位，于是策划摧毁位于撒哈拉盐路上的图瓦特绿洲（也就是现在的阿尔及利亚）的犹太教堂，并将犹太人从城里驱逐出去。“起来，杀死犹太人。”马格希利在发动对犹太人的攻击后这样写道。当时也正值阿斯基亚·穆罕默德国王掌权后不久开始巩固权力之际。“犹太人无疑是反抗穆罕默德国王最为激烈的敌人。”在执政早期，阿斯基亚·穆罕默德国王赴麦加朝圣时，在开罗遇到了一位温和派的埃及学者，学者向国王进言要容忍其境内的非穆斯林人士。但遇到激进的马格希利后，国王的立场完全变了。他听从马格希利的建议，将加奥的犹太人和桑海帝国的官员都囚禁起来，并下令将他们从他的领土上驱逐出去。后来，来自廷巴克图的使节造访他在加奥的行宫——一座庞大的围篱式建筑，在此受国王接见之前，来访者必须将灰土撒在头上——劝说他要仁慈一点，他对犹太人的态度才稍稍缓和下来。
两种伊斯兰意识形态的针锋相对——一种开放、包容，另一种则僵化、暴力——将在接下来长达五个世纪的时间里困扰着廷巴克图。以国王阿斯基亚·穆罕默德为例，他是一个复杂的人，一方面鼓励在世俗观念和伊斯兰价值观之间取得平衡，另一方面又表现出对非穆斯林人民的不宽容，这两种倾向似乎都体现在一个人身上。“穆罕默德国王坚定地与犹太人为敌，”利奥·阿非利加努斯观察到，“他不希望任何一个犹太人住在他的领土上。如果他知道北非商人……跟犹太人做生意，就会没收他们的商品。”
1591年，就在利奥·阿非利加努斯记录下廷巴克图的文学与知识繁荣的八十二年之后，廷巴克图的黄金时代戛然而止。摩洛哥苏丹要求桑海帝国的最后一位独立国王阿斯基亚·伊沙克二世将塔阿扎[23]的撒哈拉盐矿交给摩洛哥。国王拒绝了这个要求。于是，四万两千名摩洛哥士兵、共计一万匹马和骆驼横跨一千七百英里沙漠，将廷巴克图包围起来。他们配备了大炮和火绳枪——发明于15世纪的一种威力强大的火枪，需用支架发射，而对面的抵抗者却是对机械化战争一无所知的人：一万名拿着弓箭的桑海步兵和一万八千名持长矛的骑兵。阿斯基亚·伊沙克二世在逃亡中被杀害，他的弟弟继位后宣誓效忠摩洛哥苏丹。
艾哈迈德·巴巴与其他学者一起，鼓动民众抵抗入侵者。为了报复，摩洛哥军队突袭了桑科雷清真寺，将艾哈迈德·巴巴的图书馆洗劫一空，并将他戴上镣铐，关了起来。“你们为什么要攻打廷巴克图？”他这样质问着。与数十位廷巴克图的学者一道，艾哈迈德·巴巴被押着走上了跨越撒哈拉沙漠的艰苦旅程，途中他被铁链绊住，从骆驼上掉下来，摔断了一条腿。“跟你们一样，我们都是穆斯林，我们应该像兄弟般彼此友爱。”趁着与摩洛哥苏丹见面的机会，巴巴满腔痛苦地抱怨他最为珍贵的手稿遭到破坏。“相比我其他的朋友，我的图书馆规模已经是最小的了，”他说，并拒绝在国王面前卑躬屈膝，“你的士兵从我的图书馆里掳走了一千六百卷手稿。”在这之后，他在马拉喀什的监狱里被囚禁了两年。其他学者则被流放至沃尔特河[24]盆地、加纳和科特迪瓦北部——廷巴克图作为世界学术之都的繁荣盛世也就此告一段落。
但廷巴克图这座城市在学术方面的努力从未消失。1660年，摩洛哥国王放弃了对廷巴克图的直接统治，管辖权最初落入了图阿雷格人——主宰撒哈拉沙漠的柏柏尔部落——手里。他们人高马大，肤色较浅，裹着靛青色的长袍，头戴五英尺长的蓝色或白色棉布，将脸整个蒙住，只露出两只眼睛。在始于17世纪中期的《苏丹史籍》里有这样的记载：“他们是撒哈拉的流浪者，居无定所的游牧民族。”他们也是能写会读的民族，廷巴克图城里的部分手稿就是用提非纳文（Tifinagh）写成，这是一种由柏柏尔族人发明并在撒哈拉地区广泛流传、如今已有两千多年历史的文字。在摩洛哥人占领期间，城里的学术活动渐次衰退，但一群叫作凯尔·苏克的图阿雷格族隐士——也被称为智者——继续保持了这种学术传统。
19世纪初期及中期，来自尼日尔河三角洲的苏菲派改革分子发起了“剑之圣战”，蔓延至廷巴克图。圣战分子杀害异教徒领袖，禁止烟草、酒类和音乐，开设伊斯兰学校或古兰经学校，要求男人和女人在学校和公众场合完全隔离，以伊斯兰教严厉禁止浮夸作风等为由，将杰内大清真寺强行关闭，查封和捣毁那些被认为令人不能专心敬拜真主的手稿。极端分子掠夺了廷巴克图所有图书馆，也闯入民宅去搜索并捣毁手稿。
圣战分子的行动让廷巴克图的藏书家谨慎万分，但并没有打消他们继续从事手稿收集与交易的热情。1853年，德国探险家海因里希·巴尔特历经千辛万苦穿越撒哈拉大沙漠，到达廷巴克图。他在书里这样写道：“廷巴克图稍有学识的人，也常常为自己能写出几句《古兰经》的经文而引以为豪，他们全都如饥似渴地想求得几张残破的手稿，我很高兴自己仍有能力提供这样一些小礼品。”圣战分子捣毁了不少手稿收藏，但这位德国人很是欣赏一本到处是折页的希波克拉底著作的阿拉伯语译本。他还找到了一本写于17世纪50年代、异常珍贵的、有关桑海帝国的《苏丹史籍》。“我很幸运能见识到桑海帝国自发轫到1640年的完整历史。”他在自传《中北非旅行与发现》中这样写道。
紧接着，1879年，法属苏丹总督路易·费代尔布宣布包括塞内加尔和尼日尔河在内的领土将成为建立“一个新印度的基础”，并从那里一路延伸至红海。1883年，法国占领了当时最为繁荣的奴隶交易中心巴马科。1894年2月12日，约瑟夫·塞泽尔·霞飞上校率领一支陆军军队，在行军四十九天、穿越了五百英里的沙漠之后，占领了廷巴克图，随后建立了城防工事，将马里撒哈拉带入法国殖民时代。
在法国军队抵达之后，法国记者费利克斯·迪布瓦也到达了廷巴克图。他发现几乎不可能说服这座城市的藏书家拿出他们的藏书。“他们害怕我会像圣战者一样行为狠毒。”他在《神秘的廷巴克图》（Timbuctoo the Mysterious）一书里这样写道。当他登门拜访廷巴克图知识分子家庭的时候，他们才逐渐向他敞开心扉。“这些手稿中既有诗歌和极富想象力的作品，也不乏独一无二的阿拉伯文学作品。”他观察到，“关于摩洛哥、突尼斯和埃及的历史和地理作品在廷巴克图也为人熟知（伊本·白图泰常被引用），从纯科学的角度探究天文学和医学的书籍也很多。”廷巴克图的藏书家仍然致力于“热切搜寻那些还没找到的手稿，如果穷得买不起原稿，他们就会买手抄本或者自己手抄一份”。迪布瓦特别提到：“他们的收藏……从七百本到两千本不等，而且……当这些藏书家分享他们最珍贵的手稿时，你能感受到他们发自内心的喜悦。”
然而，随着法国人在北边大肆巩固他们的控制，自由贸易与书籍交易的日子也结束了。士兵们和访问学者将手稿偷走并带回法国，在那里它们最终成为大学和政府对外展出的藏品，其中包括巴黎的国家图书馆。三本在廷巴克图找到的《苏丹史籍》被送到巴黎，由奥克塔夫·乌达翻译成法文，并于1900年得以出版。人们将手稿藏在马里的各个角落，它们被放进皮袋子里，藏在后院或者花园里挖的洞里，或者藏在沙漠中废弃的洞穴中，或者用泥土将图书馆的门给糊起来，将宝藏掩藏其中。在新的殖民统治下，法语成为马里学校教授的主要语言。因此，在廷巴克图和其他几个城镇里，几代人都没有学过阿拉伯语，使得这些手稿逐渐丧失存在的意义。
这些曾在图书馆、市场或者是家里被自豪地陈列展示的记载历史、诗歌、医学和天文学的书籍，变得日益稀少，渐渐销声匿迹。伟大的写作传统也几乎被完全遗忘了。“也许将来会有非洲历史可以教与学。但是目前没有。”1963年，在一次BBC的采访中，英国历史学家休·特雷弗—罗珀这样表示，“非洲只有欧洲的历史。其余的均是一片黑暗。”
