《红楼梦》开卷第1回就把石头和《石头记》紧紧地拴在了一起。书中说，女娲炼石补天，在大荒山无稽崖炼成高12丈、见方24丈顽石36501块，只剩下一块未用，弃在此山青埂峰下，谁知这石头经锻炼，灵性已通，因见众石都能补天，独自己无材不堪入选，遂自怨自叹，日夜悲啼，后得空空道人帮助，化为一块美玉，携入人间投胎，经历了一段离合悲欢、兴衰际遇的故事。“灵性已通”，即所谓“通灵”。这“通灵”，就是宝玉一生下来嘴里就衔着的那块玉。“玉，石之美者也”（《说文解字》），被贾氏大家族视为命根子的“通灵宝玉”，大如雀卵，灿如明霞，莹润如稣，五色花纹缠护，可大可小，可佩可拿，整个红楼故事就记在上面，“字迹分明，编述历历”，空空道人从头到尾抄录回来，才问世传了下来。所以曹雪芹在全书第一句话说是“借‘通灵’之说”撰成这部书。这书先后用过五个书名：《石头记》——《情僧录》——《风月宝鉴》——《红楼梦》——《金陵十二钗》。由此可见，《石头记》应是《红楼梦》最初的本名。
于是，种种众说纷纭、莫衷一是的说法就接踵而来。有人说《石头记》是石头所记之事，又可称“石头记事”；也有人说《石头记》是记那块经女娲修炼过的石头下凡历劫的经过；又有人说石头是作者曹雪芹自寓，《石头记》是记其生平，即曹家在南京的家史的。不管怎么说，反正多为这三者的组合。
“石头”—“通灵”—“宝玉”，还传递了一个信息，这就是自古以来中国文人对石头的推崇。这种推崇最初源于对石头的“观赏”，古人认为赏石能清心、能怡人、能益智、能陶情、能长寿，从而产生“山无石不奇，水无石不清，园无石不秀，室无石不雅”的传统观念。接着，石头又因有坚硬、灵秀、耿介的品格进而被神化，这最明显的莫过于“泰山石”，据说，泰山石置于门楣、屋角、屏障等地方，能驱鬼、避邪、消灾，能保国佑民。久而久之，这种草根习俗也得到了官方的认可，天安门广场的人民英雄纪念碑和人民大会堂的奠基石就用的是泰山石。石头这种特殊的内涵，使它在中国文学中成为一个承载着丰厚历史积淀和美的蕴涵的特定文化符号。故在作家的笔下，石头又被神化成为有生命的精灵。《西游记》描写东胜神州傲来国花果山上的仙石，高三丈六尺五寸，围圆二丈四尺，那仙石经风雨雕饰，吸日月精华，仰承天地山川灵气破裂，从中迸出一个赤身裸体的仙猴，自立为王，称齐天大圣，大闹天宫，于是，才有了后来护佑唐僧西天取经一路降妖除恶的神话故事。如果拿《石头记》中的顽石与《西游记》中的仙石作比，恐怕会给曹雪芹带来创作《石头记》时有无得力于吴承恩的嫌疑，但细细比去，则觉得前者更绝，因为《石头记》中的顽石是块人格化的石头，它投胎红尘之后，还有在富贵温柔乡和自己“半世亲睹亲闻”的“异样的女子”共同生活的一段亲身经历，因而比起孙猴子来，所“记”下的故事更具人情味。
石头城，南京的别称。石头城位于南京清凉山西侧，城头有一块红色的砾岩，奇石突起，形状怪异，酷似鬼怪面具，又称鬼脸城。南京的别称，还可以开出一连串来，如秣陵、金陵、建业、建邺、建康、白下、应天、江宁、天京等，但与《石头记》有关的只有石头城、金陵、应天和江宁。千百年来，奔腾不息的长江不仅孕育了长江流域的文明，也催生了这座江南名城。传说三国时，诸葛亮受刘备之命出使东吴，过秣陵，观察这里的山川形胜，曾发出“钟山龙盘，石头虎踞，此乃帝王之宅也”的赞叹，故后人也有以钟山、石头指代南京的。20世纪30年代，朱自清先生在散文《南京》中，曾评价说：“逛南京像逛古董铺子，到处都有些时代侵蚀的痕迹。你可以揣摩，你可以凭吊，可以悠然遐想……”
南京，六朝遗物厚载的历史与精湛的工艺，莫愁玄武的秀美与典雅，秦淮河柔波的恬静与委婉，其迷人魅力使历史上许多诗人骚客在眷恋中彷徨踯躅，他们以六朝遗迹为题材，怀古咏史，凭吊沧桑，感慨兴衰，以寄托哀思，借古讽今。曹雪芹也写南京，不过不是用诗，而是用小说。曹雪芹的时代，南京称江宁。南京的府衙，《石头记》中称应天府。曹雪芹的曾祖、祖父、父辈四人共在江宁任织造达58年之久，他自幼曾随祖父曹寅一起生活，从小生长在一个富贵煊赫而又文化气氛浓郁的贵族家庭，在南京度过了最美好的童年，祖孙两人的血脉里都流淌着石头城文化的基因。后来，曹家被查抄籍没迁回北京，家境潦倒，曹雪芹生活日益穷困，举家食粥，卖画度日，最后流落在西山黄叶村，贫病交困而死。当年南京的繁华生活给曹雪芹留下深刻的印象。他在寂寞与凄凉中黯然回首如梦如烟往事的时候，有对秦淮旧梦的追忆、思念与留恋，有对似水年华无法追回的怅惘、叹息和伤感，也有对人生的忏悔、愧恨与醒悟。家庭的巨变和强烈的反差，使他对现实和世态人情有了更深刻、更清醒的认识，从而为他创作《石头记》提供了坚实的基础。自古悲愤出诗人，曹雪芹要写南京这个家，写出他深切体验过的那个曾给过他幸福、又给了他忧愤、并给他带来痛苦的封建贵族大家庭衰败的家史，以抒发自己的情思。他“记”下了石头上的故事，这个故事可以说是作者在无路可走时为自己勾画的一个“梦”：一个描绘人生悲观、社会沧桑的人生之梦，一个感叹人生无常、生命如幻如觉的无可奈何之梦，一个寄托着人生理想但到头来又破灭之梦。红楼之梦是幻梦，是曹雪芹对自己身世的感叹，也是曹雪芹对自己家庭盛衰骤变的悲剧结局的寄寓。石头指代南京，宁国府中的“宁”既是江宁即南京的简称，也可能隐含着江宁织造一家，对曹雪芹来说，没有什么比自己的大家族彻底败亡、亲人四处流散更为痛心的事了。难怪他在《石头记》中说：“满纸荒唐言，一把辛酸泪。都云作者痴，谁解其中味。”
就这样，石头、《石头记》、石头城之间终于结下了不解之缘。
石头城是曹雪芹的故乡，是《石头记》的故乡。如果没有石头城，没有居住在石头城达60年之久的曹家的衰败和自身曲折的生活经历，没有发生在织造世家的一系列故事，曹雪芹也就写不出《石头记》。故《石头记》中叙事写人时屡屡提及石头城，提及南京，书中打下的这个印记是很深很深的。如第2回冷子兴和贾雨村在村肆中闲谈慢饮时，对话中有：“去岁我到金陵地界，因欲游览六朝的遗迹，那日进了石头城，从他老宅门前经过。街东是宁国府，街西是荣国府，二宅相连，竟将大半条街占了。”明明白白说荣、宁二府是在南京。另一句：“自荣公死后，长子贾代善袭了官，娶的也是金陵世勋史侯家的小姐为妻，生了两个儿子：长子贾赦，次子贾政”，是说贾母的娘家原本就是南京城里世代为官的家庭。第3回有：“不上两个月，金陵应天府缺出，便谋补了此缺”，写贾雨村通过巴结贾政，被选派为南京的府尹。第4回有：“这李氏亦系金陵名宦之女，父名李守中，曾为国子监祭酒”，写十二钗之一、贾政长媳李纨也系南京官家之女。第4回“护官符”中“阿房宫，三百里，住不下金陵一个史”，“东海缺少白玉床，龙王来请金陵王”，两句即写史、王两家在南京的财大气粗。第5回宝玉“游幻境”，看到封条上的字：“金陵十二钗正册”、“副册”、“又副册”，点明书中所记的是南京的一些女子……这样把书中写南京的例子罗列起来，也许有人会立刻举出相反的例子表示异议，他们说，那第3回回目“林黛玉抛父进京都”；第33回写宝玉被打，贾母责备贾政后，命人备轿道：“我和你太太宝玉立刻回南京去”；第46回写贾赦想娶鸳鸯为妾，鸳鸯拒婚说：太太说了，要是不同意，要去找我老子娘，“我看他南京找去”；第56回写史湘云对贾宝玉说：“你放心闹吧……闹急了，再打很了，你逃到南京找那一个去”；第75回写甄家犯了罪，被抄没家私，家人逃到贾府来，“听见说外头有两个南京新来的，倒不知是谁”？这些，不都是说贾府是在“京都”、在“都中”吗？对此，红学家蔡义江先生认为：《红楼梦》故事的地点，作者本想：既用自己家事为多，应说它是南京；但如果当真那样写，便太显眼了，难说没有明眼人会将它与曹家的荣枯联系在一起，所以不得已只好将地点移至都中。文本也告诉我们，南京的甄府与京都的贾府，两家“是老亲，又系世交”，两家各方面都一样，甚至还有一个从外貌、性情到境遇都相同的宝玉，也就是说，贾假甄真，甄府、甄宝玉其实就是贾府、贾宝玉的影子。曹雪芹写作时，“贾雨村”——假语存，“甄士隐”——真事隐，书中写的京都的贾府是虚构的，假的；而南京的甄府才是实有的、真的。更有力的佐证是，第1、5回中，写到“太虚幻境”时，作者两次提到一副对联：“假作真时真亦假，无为有处有还无。”清人王希廉谈到这个问题时说：“《红楼梦》一书，全部最关键是‘真假’二字。读者须知，真即是假，假即是真；真中有假，假中有真；真不是真，假不是假。明此数意，则甄宝玉、贾宝玉是一是二，便心目了然。”所以，以石头叙事，给读者造成书中故事发生的地点或南或北，像在北京，又像在南京的如梦如幻的感觉，这是曹雪芹在小说史上的伟大创造。
