中法战争之后，光绪十一年（1885年），醇亲王建议设海军。清廷遂设立海军衙门，以醇亲王为总理大臣，节制沿海水师，由李鸿章专司其责。
光绪十三年（1887年）的一天傍晚，慈禧躺在摇椅上，对为她捶腿的李莲英幽幽地说：“小李子，皇上年满16岁了，该成亲了。”依照清制，成亲意味着皇帝亲政。李莲英明白主子的心意，说：“老佛爷，按老规矩该给皇上成亲了。不过，到18岁册立皇后也不算晚呀！”
“对，到18岁。再过两年也不晚。不过，皇上16岁了，我再垂帘听政，似乎说不过去。”
“奴才知道。但16岁的孩子还不大懂事。”李莲英凑近主子耳边嘀咕一阵，慈禧便高兴地拍了他的腮帮子。
隔日上朝后，慈禧下谕道：“明年归政。”醇亲王及大臣们相继上疏，光绪帝亦再三恳请太后继续训政。一番文章做过之后，慈禧便应许了。
慈禧仍然心事重重，两年训政总要结束的，这以后的日子怎么打发……她想得直叹气。李莲英见主子愁眉不展，便传来李三顺学狗叫狗跳，想博主子欢颜一笑，结果使慈禧更心烦，斥令都滚蛋。李莲英叩头如捣蒜，连称“奴才该死！奴才该死！”过了一会儿，慈禧见李莲英坐在宫外流泪，满脸委屈之相，不由心生怜爱。“小李子，起来，咱们去御花园溜弯儿去。唉！这宫内也太闷人了。”
来到御花园，李莲英叫道：“老佛爷，快看，多漂亮的牡丹花！”慈禧过去一看，“真是白带你来这么多趟，连牡丹和海棠都分不清。”“我的眼怎能和老佛爷比呢？”李莲英的话，使得一旁的李三顺若有所悟，明白了师傅为何在老佛爷面前久宠不衰的原因。
回到储秀宫，已是掌灯时分。李莲英伺候主子漱洗上床，试探地说道：“老佛爷，您日理万机不辞辛苦，皇上也该体谅才是。南方长毛闹事那些年，多亏老佛爷您镇得住，否则半壁江山不保了。如今您又教导成一位皇上，照历朝祖宗的规矩，皇上该修座园子，奉养老佛爷才是。”
“我何尝不想，可是钱呢？如今朝廷正在难处，又是赔款，又是办海军，我怎能提修园子的事呢？”
“说到这一层，奴才就更不平了。朝廷处处想省，打了胜仗，还要老佛爷拿出自己钱赏他们。就说马尾那里吧，办了个船政局，造了十几条船，半天工夫就叫洋人轰了个精光，几百万银子扔进了大海。奴才真正心疼。钱扔在水里，还听个响声。几百万银子造兵船，影儿还没见，就都没了。也不知那是些什么船，值不值那些个钱？由得他们胡花，还不如老佛爷您来花。”李莲英边说边看主子的脸色，这是他早想好的话，果然正对主子的心思。
“难为你这么明白，可同治十二年（1873年）的事你也知道。一想起来，我就伤心。”
李莲英知道这是指那年重修圆明园引起的风波。当时，恭亲王和东太后极力反对，事情泡了汤。“就依老佛爷您的功绩，即便今天恭亲王仍在军机，也不便说什么的。况且如今是老佛爷您一人拿主意，事情一定能办得顺顺溜溜的。”
“对，趁这会儿我一个人拿主意，我一定为自己好好拿个主意，可是钱呢？”
“找七爷和李中堂他们要呀。李中堂上折说办海军，一条铁甲船就是一两百万银子。不过也不见得真要那么多。只要七爷和李中堂手紧一点，无论如何也可以省得出一座园子来。”
这句话使慈禧恍然大悟：是啊，可以用偷梁换柱的办法，一面办海军，一面修园子，一切工料费用，都开在海军经费中。等生米煮成熟饭，还有谁敢拆园子不成。这夜，慈禧睡得香甜，美梦接连不断……
次日上朝，发下两道上谕：一是大建海军以张国威；二是修缮三海以奉慈养。
有个叫立山的蒙古人，籍属内务府，与李莲英关系非同一般，因而连续四年外放苏州“织造”之职。这是个肥缺，向来是一年一任。但这立山颇为能干，在织造的绸缎花样上下工夫，不断翻新，专门送往宫中供慈禧和皇上之用，颇得慈禧嘉奖。他每次进京，总少不了以高级绸缎和银票孝敬李莲英。吃利之下，李莲英客气地与立山兄弟相称，有时还留他在宫中一起吃饭。立山外放四年，发了不少财，但这毕竟不是长久之计，便产生回京打算。有李莲英关照，慈禧将立山调入京师，派任内务府堂郎中，这是握内务府实权的职位，勤勉一些，几年就可升为二品的内务府大臣。立山是内务府的红人，修缮三海一事由他一手经办，醇亲王名为主持而已。明眼人一看便知办海军是虚，修三海也别有文章。但慈禧真意是在大修清漪园上，连醇亲王也蒙在鼓里。
在三海工程进行中，李莲英和立山就已踏勘好了清漪园的工程，图纸、材料等一切都在暗地里准备妥当。在三海的修缮即将竣工时，清漪园也动工了。
三海工程由户部、内务府和海军衙门拨款。因此，清漪园的资金只能暗地筹措。起初，由立山挪用内务府的款子，又借修三海之便，为清漪园买了许多木料，但这远远不够。于是，慈禧和李莲英打上了李鸿章的主意。
光绪十三年（1887年）夏，西太后单独召见醇亲王，告知清漪园修缮一事。醇亲王已有所闻，心中虽不愿意，但却不敢像恭亲王那样公然顶撞这位心狠手辣、喜欢奢华的太后嫂子。
见醇亲王欲言又止，慈禧不给他思虑机会，说道：“户部已拨巨资给了北洋，可海军到底建成什么样子，我想让莲英跟你一道去李鸿章那里看看。别是把银子白白扔了才好。你就通知李鸿章准备准备。”
醇亲王一听让李莲英随行，忙说：“莲英乃三品顶戴，随臣视察，怕太招摇。”“那就让他戴六品顶子去好了。”慈禧这么一说，醇亲王也就明白了此行的目的，只得勉强答应下来。
消息一出，朝野大哗。太监出京检阅水师，岂不是唐朝宦官监军之祸重现吗？但自从慈安暴毙，慈禧在朝中唯我独尊局面形成已久。言路上曾喧嚣一时的张佩纶等一班清流，亦因中法战争中马尾之败而灰头灰脸。只有贝子（宗室封爵的第四级）奕谟向醇亲王据理力争，醇亲王只好将责任全部承担下来，说李莲英随行检阅是他自己的奏请。
北洋舰队中最大的舰是定远舰，购自德国。舰上最大的一间舱房是管带（舰长）室，经过布置作为醇亲王卧室，次大的舱房，原为李鸿章专用，特意留给李莲英。醇亲王与李莲英抵达天津后，李鸿章就用定远舰接待他们去旅顺检阅海军。
天津海关道周馥，亲自带李莲英进舱，他原以为会听到几句好听的客气话。一身灰布行装的李莲英问道：“周大人，这间舱如此讲究，大小也跟王爷那间差不多，莫非舰上的舱房都是这个规格？”
周馥回答：“舰上的规矩是最好最大的一间给管带，就是王爷那间。其次大的这一间是给管驾的。”
“那李中堂呢？”
“中堂是主人，用的比这两间小些。”
“那怎么可以？我怎敢僭越，破坏朝廷体制。请周大人替我换一间小的。”李莲英直摇手。
周馥大感意外，想这“皮硝李”是假客气吧，若信以为真可就太傻了。“李总管不必过谦，这是李中堂交代布置的。”
“李中堂看我是太后跟前的人，敬主而尊仆，但我自己明白轻重分寸。若真没地方可换，也不打紧，我看王爷舱里那间套房，四白落地，倒很清爽，我就在那里打个地铺吧！”
周馥欲笑不敢，这李总管不认识白瓷抽水洋马桶，竟要睡在那洋茅房，传出去岂不是大笑话！只好去请示李中堂再说。
李鸿章一听，脸色郑重，对一班心腹道：“他是三品大员，却肯委屈戴这六品顶子，此人不比安德海，你们须小心侍候。”周馥便将自己的舱房让了出来。
次日早上六点钟，醇亲王一觉醒来，李莲英已在侍候洗脸水了。看他有条不紊，联想到太后，醇亲王立生警觉。“莲英，歇着吧！你也是李中堂的客人，不必为我张罗。”
“老佛爷交代过我，让莲英侍候七爷。就是老佛爷不交代，莲英也该如此呀。”
醇亲王再三劝说，李莲英才歇手，但已将一应所需物品放在醇亲王床前，并规矩地垂手侍立一旁。这与传闻中飞扬跋扈的样子相去甚远。李鸿章来给醇亲王请安，李莲英也给李鸿章请安，一点也无大总管的架子。这倒使李鸿章想起几年前的一件事。
光绪初年，李鸿章已是朝廷要员，他进京想面见两宫太后，陈奏与日本交涉及台湾和沿海防务事宜，请求拨巨款振兴洋务以张国威。进京时他带了不少银子，从军机到六部小堂官，都备有“红包”。依照定制，疆臣进京未见驾前，不会客亦不拜客，由崇文门直接往宫门请安，然后回贤良寺行辕歇息，等待陛见。可李鸿章的请安折子上去三天仍不见宣召，索性又上第二道折子，仍不见音。莫非两宫太后故意冷落？只好破例面见恭亲王问个究竟，恭亲王气愤而言：“八成又是那狗奴才作梗！”李鸿章再问是谁？军机大臣宝鋆才说：“是太后身边的太监李莲英，大概是上次你觐见时少给了见面礼，招来如今的报复。”恍然大悟之后，李鸿章差人送去5万两银票。第二天，即召陛见，但李鸿章心中气愤难遣：堂堂一品大员，文华殿大学士竟受制于搞皮硝出身的阉人，有机会非出这口恶气不可！接到醇亲王要来的消息，李鸿章觉得吐这口恶气的机会来了，可以利用言路上参他一本，即使不至安德海那般下场，也可煞煞他的威风。不料，这“皮硝李”谦让有礼，如此毕恭毕敬，与安德海的张狂截然不同，反倒让李鸿章改变了初衷：此人城府之深，非一般可比，只可笼络交结，不可马虎大意。于是，他派周馥接待，借机探其此行真正目的。
周馥哪是李莲英的对手，反让借此行来探摸北洋实情的李莲英套出了不少秘密。他喝着周馥特意送来的上等法国葡萄酒，漫不经心地问着北洋的收支、购船的经费等问题。周馥卖弄地说出北洋的款子都存在汇丰银行，买船通过银行进行。
“外国银行的利息比咱们的银号钱庄要高一些吧？”
“也不见得。主要是因为银行可靠，洋人做买卖最看重主顾。如果你有钱存在银行，不仅靠得住，即使有人去查问，他们也会保密。”
“就是说，钱存在洋人银行里，除了本主外，无人知道？”
“是的！李总管想把钱存到那里？在下愿代为引见。”
“难道奉旨去查也不行吗？”
“是的！”
“那不成了抗旨吗？”
这时周馥的心眼才活动了，开始有所警惕，暗自后悔把北洋的“底子”抖给了李莲英。他急忙解释道：“其实也不全是我说的那个样子。外国银行由他们的公使管辖，咱们太后的懿旨行不到洋行那里，也谈不上什么抗旨。”
“周大人，我想讨教一下，跟外国银行借款行不行？”
“是不是李总管有用？如果需要，只要您说一声，李中堂和我一定想办法。”
“谢谢周大人美意，到时我会求二位大人的。”
这番谈话，李莲英明白了两件事：一是北洋的存款在汇丰银行；二是可以通过李鸿章向外国银行借款。
第二天，李鸿章陪同醇亲王奕和李莲英检阅海军。李鸿章下令会操，全部舰队、大小船只，庄重地演示了一番。不过无论是醇亲王，还是李莲英，都是门外汉，根本不懂得海军操练是怎么回事，只是看得眼花缭乱，二人也说不出个所以然来。第四天，李鸿章又引导奕、李莲英出巡北洋海口，醇亲王不敢坐船，只让李莲英一人巡视，李莲英便趁机装腔作势，大摆威风。待巡视结束，二人该回京时，醇亲王奕把脸拉得老长，不置可否。李鸿章晚上便密见李莲英，询问：“这回来津阅兵，太后有何懿旨，需要做些什么？”李莲英这才对李鸿章说：“所抽海军经费用做修建清漪园的款项，仍然不够，太后之意，要中堂大人想办法，再抓紧筹措些。”李鸿章听完哪敢说半个不字，只好点头答应。
等醇亲王奕和李莲英启程之前，李鸿章为了讨二位欢心，又从海军军费中抽出二十万两白银，十万两馈送王爷，另外十万两背地给了李莲英。李莲英得了银子，小心翼翼，背着王爷把这笔银子留在天津，托人备置砖瓦木料，运回故里，修建庄园。待返京以后，李莲英在慈禧太后面前，讲起李鸿章操练海军之事，滔滔不绝，说得天花乱坠。然后又说抽款的事情，李中堂答应立即筹办。慈禧听了很是心满意足，并对李莲英的“才干”倍加赞许。
而此刻，总管太监刘多生，眼看着慈禧太后对李莲英越来越宠爱，担心自己一旦失宠，前景不堪设想。因为乾隆七年（1742年）曾有过明确规定：太监官职不能高出四品，且这规矩永不可改。李莲英随醇亲王去天津阅兵，却赐穿黄龙马褂，戴二品花翎顶戴，虽未明确品级，但是谁都明白，这黄龙马褂、二品顶戴，穿戴上是不会脱下来的。刘多生便以上了年纪为理由，奏请慈禧太后准许他出宫，去白云观做道人。果然一请便准。然后马上就把李莲英晋升为二品花翎顶戴，内廷大总管。
尽人皆知，慈禧太后为了自己个人政治上的需要，对祖宗家法时常置之不理的，这就是她所谓的“我行我素”。从此，人们便称李莲英为“九千岁”。满朝文武议论纷纷，怕重蹈唐代覆辙，开太监监军之例。御史朱一新，耳闻目睹，忧心忡忡，遂冒死上疏慈禧太后，参劾李莲英，他在奏折中说：“从古阉宦，巧于逢迎而昧于大义，引援党类，播弄语言，使宫闱之内，疑贰渐生，而彼得售其小忠小信之为。皇上明目达聪，岂跬步之地而或敢售其欺。顾事每或于细微，情易溺于近习，侍御仆从，罔非正人，辨之宜早辨也。”
结果，朱一新被慈禧太后痛责一番，并降旨，革职回籍，永不起用。
慈禧太后之所以这样做就是要杀一儆百。也就是说，谁敢弹劾我的心腹，下场与朱一新一样。这就给李莲英权倾朝野大开了方便之门。难怪李莲英后来曾大言不惭地说，天津阅兵，令我名利双收，而御史朱一新却自讨没趣，被革职回籍。
根据历史记载，经李莲英和李鸿章之手，为修清漪园，以各种名义挪用的海军军费多达2000多万两。李鸿章哑巴吃黄连有苦不能言，到中日甲午海战时，北洋舰队只有七艘像样的舰船，所用经费只有700多万两，仅是被挪用军费的1/3.中日之战，中国的失败于此也就可想而知了。而监修清漪园的李莲英，伙同立山，私吞经费达60余万两，并且偷工减料，借机大修私第，以至京城内有好几处“李宅”。
光绪十五年（1889年）正月，光绪帝举行大婚。一应的准备工作，从上年就开始了，慈禧指名李莲英为大婚的“专司传办”。这其中的用心在于利用职务之便，挪用户部、内务府拨的“大婚专款”去修万寿山和昆明湖。光绪大婚费用1000余万两，其中400万两被李莲英挪用给立山去修园。光绪十四年（1888年）年底，紫禁城太和门失火，言官认为是天象示以警诫，慈禧才不得不有所收敛。
李莲英借修三海与清漪园、总司大婚之机，实在捞得太多了，盈满之惧，时刻萦心，唯恐言官再把矛头指过来，因而也顺水推舟说：“几件大事搁在一起办，是显得花钱多了些。”慈禧知众怒难犯，且也“寅畏天威”，特地让立山缩小园子的工程范围。到光绪十五年（1889年）年初，工程总算完工了，依照慈禧之意，改名为“颐和园”。修颐和园及三海，耗资总计4000万两，是当时清政府一年财政收入的1/2.
颐和园在京城西北郊，包括万寿山、昆明湖两大部分，占地4300多亩，原为乾隆所修，后毁于英法联军入侵。重修之后的颐和园，有三层楼高的大戏台，相对着平行于戏台的三间大屋，供慈禧看戏、休息、待客；还有供慈禧烧香敬神的大佛堂。在李莲英建议下，园内拉了电线，装了电灯，夜晚更显得金碧辉煌。是年二月，慈禧正式宣布撤帘归政，移住颐和园，惬意享受为她准备的一切。
李莲英当上内廷大总管的第二年，即光绪十三年（1887年）十月十七日，是他四十岁生日。慈禧为了给李莲英抬高身价，就亲传口谕，要给李莲英庆祝“四十大寿”。李莲英生日当天，慈禧亲赐蟒袍一件、白银两千两、大福寿字画各一幅、玉猫一个。慈禧这一举动，满朝上下无不效仿，上至皇帝、下到文武百官、外省督抚，无不以厚礼祝贺。一时李家门庭若市，人来人往，所得寿诞礼品举不胜举。珍奇古玩、名人字画、金银器皿等，应有尽有。这时李莲英在北京的外宅已多至五六处。据说，是在后公用库的宅院内举办的生日庆典（此处宅院当时的门牌是八号和甲八号，1940年为其嗣长子李成武卖掉）的。生日当天，李家张灯结彩，大摆筵宴三天，宾朋满座。不仅如此，慈禧太后还在宫中大开筵席，明摆着把李莲英凌驾于王爷、朝臣之上，宫中品级低于李莲英的官员、太监、侍女等都要给李莲英磕头庆祝生日。对于一个太监来说，这是前无古人，后无来者的。弄得满朝文武大臣无可奈何，对慈禧太后大破祖宗家法、我行我素的做法，个个敢怒而不敢言。此举不仅再一次提高了李莲英的身价，助长了他的气焰，而且使李莲英在众目睽睽之下，攫取了一大批金银财宝，装入私囊。
自此以后，李莲英比以前更嚣张跋扈、目空一切。
