成吉思汗将萨满教定为国教的同时，对其他宗教流派采取了一视同仁、多教并存、自由信仰的政策，这一政策延续到元初。
元世祖忽必烈建立元王朝之初，汉传佛教、藏传佛教、道教、白莲教等都取得了较大的发展；东西方的商旅、传教士亦来往频繁，自西方传来的伊斯兰教、基督教与犹太教的影响力也逐渐增加。由于元初政府对境内各种宗教基本采取自由放任的态度，甚且优容礼遇之，这种环境比较有利于宗教的传播与发展。
在元初宗教多元发展的局面中，萨满教仍一度占据主导地位，凌驾于各种宗教之上。萨满教的巫师是汗室司祭者之一，每年的祭天祭祖等重大祭祀活动皆由萨满主持。祭天时大量泼洒马奶，祭祖时还用烧饭仪式，这使元代的祭天、祭祖仪式具有浓厚的草原情韵。
据《元史》记载，元代每年8月28日在元大都即现在的北京举行祭典，跪拜呼唤成吉思汗名。“由珊蛮一人面向北大声呼成吉思汗及诸故汗名，洒马乳于地以祭”。这一古老的信仰习俗延续至今。
元初的萨满教虽为国教，但因为它是个原始落后的教派，在实践中越来越不能适应于元王朝新兴的政治、文化和信教的需求。元世祖认为，获得子民之心，仅有一个萨满教是远远不够的，所以他根据当时的政治需要，采取措施，让其他宗教势力介入，以支撑新生政权。
元世祖曾经邀请西藏藏传佛教高僧贡嘎扎拉申到大都，封他为“国师”。
早在1253年，蒙哥汗命令忽必烈率领几万名将领进攻西藏，在高僧贡嘎扎拉申的配合下，很快征服了西藏地区的地域。因此，忽必烈早就对贡嘎扎拉申协助统一全国的功德十分敬佩。
贡嘎扎拉申在婉言谢绝忽必烈的同时，便推荐他的侄儿帕克巴即八思巴进朝。元世祖接受了贡嘎扎拉的建议，把18岁的帕克巴封为“国师”。从此，藏传佛教的“红教派”便传入了蒙古，同时也严重威胁着蒙古原始宗教萨满教的存在。
1577年，藏传佛教的黄教即格鲁派代表索南嘉措与土默特阿拉坦汗即俺答汗，在青海察布尔恰拉寺第一次见面，阿拉坦汗认他为第三世达赖喇嘛。三世达赖喇嘛逝世后，四世达赖喇嘛转世给了阿拉坦汗的孙子云登嘉措。从此，为蒙古地区大量传入藏传佛教奠定了基础。
1585年至1590年，正值喀尔喀蒙古、内蒙古、卫拉特蒙古分裂之际。察哈尔图门汗派使节赴西藏请达赖喇嘛。达赖喇嘛虽当时没来，却派出了代表。
当时在喀尔喀大库伦建立了第一座“额尔德尼召”寺，还依据佛教的教理，在蒙古地区制定了宗教教权、地位和法规。这样，不仅巩固了蒙古族贵族的政治地位，也为藏传佛教的大量传入铺平了道路。
藏传佛教传入蒙古地区，并逐步向东部地区渗透。黄教派为了在蒙古地区站稳脚，总结了红教派及萨满教失信于民的教训，加强了清规戒律，严禁淫欲食酒和结婚。与此同时，藏传佛教的黄教派还增强了同蒙古上层阶级的联系，处处维护贵族阶级利益。
当藏传佛教在蒙古族地区迅速传播、发展并构成威胁时，原有的萨满教当然不甘心被夺取自己享有的宗教地位。因而，对黄教进行巫术诅咒、作法祛崇等各种手段尽力抵制。
关于藏传佛教和萨满教之间的斗争，曾有这样一段神话传说：
当时的藏传佛教活佛奈吉陶音和浩布克泰都认为自己的佛法无边，神通广大。为了消灭奈吉陶音，萨满教代表浩布克泰用尽法术，奈吉陶音却安然无恙。
正当浩布克泰骑上法鼓欲逃之时，奈吉陶音恰好用手中的法铃撮了一撮土朝他扬了过去。顿时，那撮土化作了飞沙走石，浩布克泰被远远地卷落到了大兴安岭北麓的沉香树下。结果，他围裙的飘带只剩下6个，铜镜只剩了9块，双面红鼓只剩了1面。最终，浩布克泰投降了奈吉陶音，做了他的徒弟。
后来，萨满教的“鄂都干”即女巫或大神佩带9块铜镜，身着6个飘带的围裙，用单面法鼓的原委，均由此而出。其实这只不过是一种传说而已。
在藏传佛教的严厉打击下，起初萨满教还负隅顽抗过。后来藏传佛教占领了主导地位，萨满教便每况愈下。
元世祖对萨满教采取了不理睬或稍加抑制的倾向，表达了他对本民族传统宗教习俗的基本否定态度。自那时起，萨满教在蒙古地区走向衰微，可是在民间照例信奉不辍。
