公元546年，武帝到同泰寺讲般若经，并举行无遮大会。无遮大会结束后，武帝仍没有回宫的意思，太子和群臣不得不又拿出1万亿钱将他赎回宫中。然而，梁武帝的奉佛行为并没有感动神灵，就在他回到宫中的当天晚上，同泰寺九层佛塔被一把大火化为灰烬，引起建康僧俗一片哗然，但武帝认为“道高魔盛，行善障生”，接着他又在同泰寺建了一座12层佛塔。
二次舍身的又一年，梁武帝完成了他的第三次舍身。不用说，这次同泰寺又得到了1万亿钱的赎金。
梁武帝在奉佛的路上越走越远，从而酿成严重的国内危机。公元549年终于爆发了侯景之乱。叛军很快攻进了建康，侯景自称丞相。幽禁于台城的梁武帝忧愤成疾，连死前想要一口蜜吃竟不能得到。当时，这位86岁的老人举着干枯的老手，已不能说话，只是发出一声声的“嗬嗬”的呓语，谁也不再理他。
且不论皇帝僧人日后短长，公元540年，武帝诏命越州守臣萧察重修阿育王寺塔，规模扩大，楼宇巍峨，舍利常现瑞相。
各地来礼拜阿育王寺的香客信众常年不绝，在寺东北、东南各3里的山头和山坡上，有人发现了佛的左右足迹，硬石之上，两只足迹清晰可见，无不叹为稀有，但谁也说不上，那两个足迹是何年何月留在山石上的。
在寺北2里，有一潭深水，被称为圣井，也屡现神瑞。那池水中有一条鳗鲤鱼，极有灵性，人若到池水边念经朝拜，那鱼便会应声游上水面，摆尾答礼。当地人将这条鱼称作鱼菩萨。隋朝末年，有恶贼经过，听说此事后，动了歹意，来池边佯作礼拜，当鱼浮上水面时，猛然抽刀斩之，将鱼尾砍断。鳗鲤鱼沉入水底，从此再也不现水面，若有人真心来此朝拜，它至多在水中搅起一点水花而已。后来，有个出家人来拜阿育王塔，独居荒凉之地，乞食颇不易，有个患脚疾的老婆婆，不知打哪来的，天天来给这个出家人送饭食，送后就走。有人悄悄跟在这个老婆婆身后，想看看她住在何处，只见她走到池边，一眨眼就不见了。不禁恍然大悟，这位老婆婆正是此水中鱼菩萨的化现啊！
唐贞观十九年（公元645年），有个敏法师听说阿育王寺种种祥瑞，带了他的众弟子来此礼拜，同时跟寺里的僧众谈经论道，在寺里待了一个月。一天夜里，敏法师的弟子见夜色中影影绰绰，似有西域模样的僧侣百余人绕塔行走，颇感神异，白天便问寺僧，寺僧笑答：“在我们这儿，这是常有之事，不足为奇，很久以来，每逢佛教四大吉日或举办斋食，夜里便常可看见胡僧来此绕塔颂经赞呢……”
唐永徽元年（公元650年），会稽一个名叫张太玄的居士来阿育王寺礼佛，是夜挂褡，跟一个法号智悦的和尚住在一起，半夜，听到屋里有念诵金刚般若声，了了分明，两人静听不语，直至一部金刚经全部诵完，张居士与智悦和尚一起起床寻视，毫无踪影，始知这是神明显现。
南宋宁宗开禧初年（公元1205年），阿育王寺的主持僧见舍利殿有点损坏，发愿修复，向财力雄厚的沂亲王去募捐，不料遭冷遇，气愤至极，他在舍利殿前以斧断手，流血而死。沂亲王恰于其时生了一个儿子，初名与吕，后改赵晌。该婴儿终日啼哭，奶妈抱着游走，只要走到舍利塔图前，啼哭立止，一离开，又哭。奶妈就将这张舍利塔图取下，婴儿一哭时就拿出来，时间长了，也就不哭了。亲王听说后很奇怪，叫人去阿育王寺问问主持僧怎么回事，这才知道，该僧已为舍利殿殉志而死。亲王心中很受震动，就拿出大笔资金，将舍利殿修复了。20年后，宁宗去世，因无子，赵昀被继立为皇帝，就是宋理宗，在位40年，还有点作为。
今浙江宁波鄞县的阿育王寺塔，屡经兴衰毁建，其最初发祥地即由此而来。在该寺的舍利阁上，今日还珍藏着一颗绿豆般大小的舍利子，色白，略黄，据说即为当年慧达由鄮山地下祈出之物。
清朝嘉庆丙子年（公元1816年）春，无锡慈云庵的清月尼姑前往宁波鄮山恭诣阿育王塔，此时，距东晋慧达和尚从地下祈出阿育王塔已过去1400多年了。清月尼姑跪在地上，仰视舍利塔，心里默默祈祷，希望能让她见一见佛陀舍利。就在她虔心发想时，只见悬在塔里的小铜钟内，涌出一颗青金色的舍利，大小如豆，莹净明亮。
得见舍利，清月十分高兴。她以前听说，阿育王塔中的佛陀舍利，各人所见，颜色不同，以白色最为稀有殊胜，便跪在地上，再次叩首礼拜，虔诚恭请，希望示现更胜瑞相。而后数日，她每天都去阿育王塔稽首虔请。到第七日清晨，清月像前几日一样，点燃檀香，跪于塔前，双手合掌，一心谛观。这时，只见小铜钟青光白光齐射，青光托起的青金色舍利，形状如前，而个儿较前为大，青金舍利上且缀有一粒白珠，色若砗磲，光彩熠熠。至此，清月欢喜之心圆满无缺。
清月尼姑修行极精进。日诵弥陀经百遍、往生咒三百遍为常课，寒暑不怠。朝觐阿育王塔后，她又去天台山斋供五百罗汉。上山途中，她心中默诵阿弥陀经，从开头“如是我闻”念到“皆是大阿罗汉众所知识”句，忽从山坳中出现五六僧人，容貌苍古，衣服杂色，朝上山香客逆向走来，到清月跟前，清月向这几位僧人合掌致礼，有话想问问他们，可一眨眼，人已不见，抬头望，那几个罗汉已从山崖上腾飞入云。与清月同行的香客有十几人，可是除清月尼姑一人外，别人皆无所见。
清朝同治（公元1862年～1874年）年间，有一泰州报本庵的素文尼姑，听说宁波鄮县阿育王舍利塔十分灵验，与父母一起前往朝觐。设供斋养后，寺僧请出舍利塔，叫尼姑的父亲先看，他看见塔内小铜钟内悬有一珠，色如砗磲，雪白雪白，大小似一颗豆子。又请母亲看，却只看见黑糊糊一物，似炭非炭，不知是什么东西。素文知道这是母亲业障太重所致，当即在舍利塔前燃一指供佛，为母亲求忏。第二天一早，请母亲再去看，这回看见小铜钟内缀着一颗金珠，大如梧桐子，旁边还缀一白色小珠，像辣椒子那么大。素文自己看见铜镭内悬一水晶珠，大如弹丸，像镜子一样莹光闪烁。
素文是泰州曲塘人，从小不食荤腥，父母出于对女儿的钟爱，一家跟着茹素。女儿年稍长，父母想为她纳婿，她就躲在屋里数日不出，父母拿她没办法，只好暂时作罢。一日，女儿屈膝合掌告父母说：“我的前世是个僧人，因受你们供养，所以这辈子投生为女来报答你。但我这辈子绝不嫁人，想要出家。”父母别无子嗣，仅此一女，舍不得独女离去，干脆舍家宅为尼姑庵，素文削发为尼后，就留在报本庵中修行。
在女儿劝说下，父母也跟着受戒修行。其父修持尤精，临终遗言火化，得舍利子数十粒。其母跟着念佛而逝。素文逝于同治年间，享年89岁。
东晋时，京都金陵（在今南京）的长干寺，屡有瑞兆。约在公元326～335年，丹阳县令高悝得到一尊县民从河里捞上来的金像，制作十分精巧，前镌有梵文，说明这是阿育王第四女所造。高悝想把这尊金像献给晋成帝，可是驮像的牛走到长干巷，不管赶牛的人怎么驱使，也不肯往皇宫方向走，不再赶它，结果它自己跑到长干寺里去了。于是这尊金像就供在长干寺里。
过了几年，有个临海县的渔夫张系世，在海口发现一尊浮在水上不沉的铜制莲花底座，大为惊骇，就呈送官府，官府又送进京城，皇帝说：“长干寺里不是有尊河里捞上来的金像么，把底座送长干寺里去吧，看看能不能配得上。”结果，把莲花底座搁在金像下面，丝纹密合，契然相应！后来，有五个西域僧侣找到高悝说：“多年前我们有一尊从西域带来的阿育王像，来到邺地，适逢战乱，就藏在河边。现战乱已停，我们就来寻找这尊金像，最近得梦，菩萨告诉我们说这尊像已被丹阳高悝所得，所以我们千里迢迢找到这里，希望能让我们礼拜一下。”
高悝就把他们带到长干寺。5个僧人见到阿育王像，涕泪涟涟，欷不止，而金像居然大放光芒，将殿堂照得恍若白昼。
晋成帝有感于长干寺庙的种种瑞相，敕令在长干寺建了一座三层宝塔，专门供奉阿育王金像。
大约也在这一时期，广东沿海渔民发现海上常有神光闪烁，而且越来越亮，就报告了驻扎广州的东南镇守陶侃，陶侃前往详察，发现是一尊漂浮在海上的阿育王像放光，就派人将像迎请上岸，并送给了武昌的寒溪寺。有一段时候，寒溪寺的寺主僧珍离寺去夏日（在武昌北部）小住，夜梦寺院着火，唯置放阿育王像的屋上有神龙围护。僧珍急急赶回，发现寺院果然着了一场大火，屋宇尽毁，只有供奉阿育王像的屋子安然无恙。后陶侃奉旨调镇，考虑到阿育王像屡现威灵，想把它迎请到新的镇地去，可是几个民工居然抬不动那尊并不算大的像，动用了几十人才勉强抬起，等搬到船上，将船也压沉了！众人吓得赶紧把阿育王像又抬回去。陶侃是个力拔千钧的武将，勇猛善战，当时有一首民谣流传于荆楚之间：“陶惟剑雄，像以神标。云翔泥宿，邈何遥遥。可以诚致，难以力招。”不久，净土始祖慧远大师（公元334年～416年）在庐山创建东林寺，想把阿育王像请过去。
慧远第一次认识佛教，是在他21岁那一年。在此之前，他随着舅舅令狐氏从他的家乡山西楼烦（今宁武附近）游学来到洛阳。在此期间，他得知著名隐士范宣子正在江西南昌的一座深山里过着隐居的生活，这种不问世俗的生活使他十分向往，于是，他计划南下，与范宣子一同隐居。中原战乱，交通不畅，慧远不得不暂时滞留在太行恒山。而此时道安法师正在那里宣讲《般若经》，于是慧远便决定暂时留在这里，聆听道安的讲授。谁知一堂课听完，他被道安法师渊博的学识和《般若经》的博大精深以及深邃的意境深深地打动，慧远顿时感到，过去所学的儒道与佛法相比，实在如同秕糠一般。于是，他拜倒在道安的膝下，成为道安的一名出家弟子。由于他的天资颖悟，很快得到老师的赏识，道安逢人便夸他的这位弟子，说将来能让佛教流布于全中国者，非慧远莫属矣。
公元378年，前秦符坚部将攻入襄阳，道安被符坚所拘，于是，不得不将弘佛的重任寄托在追随自己25年之久的慧远身上。慧远决定前往罗浮山一带弘法。途经浔阳（今九江），偶见庐山雄姿，顿时生爱，再加上友人的盛留，于是便滞留于庐山脚下的西林寺，并开始倡导以观想之法念佛。
慧远的名声很快在浔阳传开，一批批当今名士前来西林寺拜访慧远，其中不乏达官贵人，此时的西林寺已不能容纳这越来越多的来访者。不久，江州刺史桓伊特意在西林寺东为慧远建一座新的寺院，名东林寺。慧远有了自己弘法的道场，从此他足不出山门达30年之久。在此期间，他除继续倡导观想念佛外，并开创译经道场。他亲自译经、写经和讲经，还专门延请一些在当时很有名望的译经师前来东林寺共同探讨佛经中的学术问题。
就在慧远想把阿育王像请过去时，金像竟然轻飘飘地自动飞至庐山东林寺！陶侃不得不佩服慧远大师神感及民谣证验。阿育王像的神威在荆楚一带流传愈盛。
由于佛教开始在中国境内大范围推广，敬佛附佛之风盛行，僧人的社会地位迅速攀升，这就必然引起关于沙门是否可以凌驾于王者之上的一场大争论。慧远认为，沙门并非朝中之人，沙门穿着也非朝中之服，因此可以不必致敬王者。
慧远善于与各种人打交道，每有来访者，必热情相接，客人走时，必热情相送。不过，每次送客，脚步必止于山门前的虎溪一侧。
据说有一次来访的客人是江东名将谢玄之孙、在当时名噪一时的青年诗人谢灵运以及不为五斗米折腰的陶渊明。三人就儒释道的一些问题展开争论，不觉已至黄昏。谢、陶二人起身告辞，慧远起步送行。走到山门口，三人仍在激烈争论，不觉过了虎溪。忽然一只猛虎从山门后窜出，一声咆哮，谢、陶二人猛然一惊。慧远笑说，二位莫惊，这是我的门头，因见我今天送客过了虎溪，故此咆哮。三人不禁同时大笑。于是，这一幕也为后人留下了“虎溪三笑”的典故。今东林寺内有“三笑堂”内供慧远法相，两边联曰：虎溪聚三人，三人三笑话；莲池开一叶，一叶一如来。
公元402年7月，东林寺香烟缭绕，佛号绵绵，池中的莲花也是这样放出阵阵迷人的清香，慧远法师与他的道友刘遗民、雷次宗等18位当时名贤发愿创立白莲社，于无量寿佛前建斋立誓，专心念佛，共期死后往生西方阿弥陀佛净土世界的日子。
誓词是刘遗民写的，这位有着名士风范的文豪在誓词中写道：
夫缘化之理既明，则三世之传显矣，迁感之数既符，则善恶之报必矣，推交臂之潜沦，悟无常之期切，审三报之相推，知险趣之难拔，此其同志诸贤，所以夕惕宵勤，仰思悠济者也……
刘遗民是写骈文的大家，他的文风继承了汉魏六朝以来词章工整、词面华丽的特点，然其意蕴深远，音韵幽切，是一篇不可多得的传世之作，更是一篇佛教莲宗的发刊宏论。誓毕，白莲社的倡导者慧远发话说，当令社会，满目疮痍，人心不古，世风计下，唯有西方净土，清净安逸，其一草一木，无不令人向往。于是，当下十八人对着阿弥陀佛像共同发誓，口中念佛，心中观想，期望久而日深，必能往生西方净土世界。这时的慧远已是一位68岁的老人。
后来加入白莲社的人又陆续增加到120余人。中国佛教之净土宗自始开宗，而其开创者慧远成为净土宗的开宗人，庐山东林寺也成为中国净土宗的发源地。从兹以往，净土宗成为生活在苦难世界中的人们一种崇高的精神追求。慧远后来又进一步倡导以罪福报应导以和以禅观念佛的见解，这些见解对于后世净土宗的发展有着十分深远的影响。
公元415年末，慧远念佛入定，直到17天后方才出定。人问他定中境界，慧远说，定中到了西方极乐世界，并亲见到阿弥陀佛。人便知道，慧远离世之日已不远了。果然，半年之后，慧远往生西方净土，享世寿82岁。
再说东晋宁康（公元373年～375年）年间，前文所叙的那位由猎户出家的慧达来到京都，登上城头，环顾城内。见晋成帝建于长干寺的三层宝塔独有异色，就晨夕往拜。一天夜里，忽见塔下有光泄出，当即请人开掘，从一丈深的地下挖出三块石碑，正中的石碑下面，埋着一个坚固的铁盒，铁盒里有一精制银函，银函里又有一更精致的金函，金函里放着三颗舍利子、一根指甲及一绺螺状头发，在夜色中熠熠放光。
慧达大喜过望，继几年前在鄮山从地下祈出一尊阿育王小舍利塔后，现在又在京都掘出金银函所盛佛陀舍利及指甲和头发，看来自己昏死中所遇的那个修行者说得不错，自己跟阿育王确有一段特殊因缘啊！虔诚礼拜毕，他发心在旧塔之西建了一座新塔，安放佛陀舍利指甲等圣物。
东晋太元十六年（公元391年），孝武帝忽有感触，觉得十几年前民间所建长干寺西塔太低，与先帝所建之长干寺东塔不相称，命加为三层，这下，东西两塔不相上下了。
隋炀帝（公元605年～617年在位）时，为镇守淮海，在洛阳敕建日严寺塔，因该寺塔未安舍利，听人说金陵长干寺塔下的舍利极有灵验，便叫人挖出，拿来京都，埋于日严寺塔下。
隋灭唐兴，唐高祖武德七年（公元624年），日严寺被废，僧众散去，其舍利塔无人看护。当时配住在西市南长寿、坊崇义寺的十来个僧人，便去日严寺，将塔下的大石函掘出，埋到崇义寺佛堂西南的宝塔下面。该石函内置铜函，铜函内贮当初取自长干寺的舍利三粒、指爪1枚、头发数十根，并杂宝、琉璃古瓶等物，都还完好如初。
金陵长干寺宋时改名天禧寺，元末毁于兵火。明洪武二十一年（公元1388年），朱元璋曾拨款重建佛塔，但不久又毁于火灾。明永乐十年（公元1412年），成祖朱棣下诏重建，并赐名大报恩寺，意为纪念先帝朱元璋夫妇。建成后的大报恩寺规模宏大，九级琉璃宝塔更是金碧辉煌、气势恢弘，被称为举世无双天下第一塔。四百多年后，毁于太平天国战争的炮火之中。
在益州（今四川成都一带）郭下县城西地区，有座古塔，相传是很久很久以前，鬼神奉阿育王之命所建，塔里供奉着释迦牟尼佛的真身舍利，其塔基乃是从万里之外搬来的整块巨石，浑然一体，凌空而至，非人力所能为也。当地人都称这座古塔的基石为大石，称塔为大石塔。
隋朝初，大石塔塔身已毁坏，唯塔基犹在，镇守蜀地的官员听到有关大石塔的传说，令人将塔基掘开，想看看里面有些什么东西。可是，掘塔的人仔细察看，从塔基上找不到任何一条缝隙，无从下手，原来这是一块整石。用铁镐刨，用钢锥凿，其石坚硬如铁，根本啃它不动。这时，天空突然电闪雷鸣，暴雨如注，掘塔者见天公发怒，不敢再捣鼓，匆匆撤走。回去后，他们将好不容易凿下的一小块黑色碎片，请行家看看，是什么石料，行家鉴定后说，这哪里是什么石头，是真正的错玉，乃世上稀有之物啊！
隋大业初年（公元605年起）以严于戒律闻名于世的洗法师，来蜀地游历，见到塔身已毁的大石塔，感应强烈，便发了个大愿，要修复古塔。经他四处募化，信众竭力相助，果在塔基上建起一座九层木塔，后又渐次盖起殿堂僧房。据道世说，他撰著《法苑珠林》时，此郭下塔寺还存于世。此塔十分灵验，益州若久旱无雨，官家请僧人于此塔下祈雨。多能如愿，因此这所寺院又被人称为福感寺。
有窃贼以为福感寺既然名气这么大，里面定有许多宝物，夜半入塔行窃，却找不到什么值钱的东西，就将塔顶铜铃摘了下来，往下刚走三级阶梯，忽被一股神奇的力量吸起在空中，同时塔内斗拱突然张开，将他紧紧夹在梁木之间，动弹不得，他痛得大声呼叫，寺僧赶来，几个人用大木撑起斗拱，才将他弄下来。
唐高宗永徽元年（公元650年），有个名叫王颜子的绿林大盗，入塔偷盗，忽被两根木柱夹在中间，他拼命挣扎，木柱越夹越紧，令他呼吸越来越困难，这时，有个西域装束的僧人出现在他面前说：“小贼，快呼救吧，不然你就没活命了。”言毕不见。大盗顾不得脸面了，大声呼喊，寺僧闻声而至，将他救了出来。
最令郭下人惊叹的，是发生在唐太宗贞观初年（公元627年起）的一桩奇事。那年蜀地发生地震，郭下一带大地震动也很厉害，民众怕房屋倒塌，皆从家里跑出来，很多人跑到大塔跟前，求神灵保佑。九层木塔因孤峰直耸，地震时摇摆幅度很大，像要倾倒的样子，这时，忽来4个力神，个个有木塔那么高，每神皆以背部抵住塔的一面，随着塔身的晃动，小心翼翼地乍倚乍倾，不让塔倒下。地震过后，力神隐而不见，僧俗登塔检视，塔身内外丝毫无损。
当地有一大户，家财万贯，产业累累，以往生活豪侈，从不相信什么佛道显灵之类，那天亲眼见到力神护塔的情景后，大为惊骇，对佛法顿然生起精猛信心。他见塔顶上的露盘，体形比较短小，跟整个塔身相比不太相称，就捐黄金300两，另造一个。等新的鎏金露盘造好，换上去时，有彩云绕着塔顶升腾激涌，继而香雾缥缈，络绎不绝，流泽整个郭下城邑，空气中的香气持续七日方散。
在塔西南，有三个小水池，深浅莫测，据说有三条龙住在里面。唐贞观十三年（公元639年），三龙不知为何事互斗，搅得雷霆振击、水火交飞，许久才平静下来。当地有人拾得龙身上掉下的鳞毛，长3尺多，颜色黄赤，世间少有。
郑州（在今河南省）西南百里，有个超化寺，寺东南角不远处有幢宝塔，传说为阿育王建，屹然耸立在一大片沼泽地上，极为奇特。
这一大片沼泽地，常年淤泞不堪，人畜皆难涉足。沼泽之西南，有泉数口，终年喷涌不断，汩汩流溢于低凹处，成为一潭沼泽。沼泽中间，以一层层炭沙和石灰，堆积成不知有多深多厚的一块地基，地基之上，铺有坚实的石基，石基由细腰状的大方石块紧密拼成，四周用生铁加固。宝塔就建在石基之上。
因年代久远，一块大方石有所松动，寺院请来工匠维护塔基，先将此块方石掘起，发现下面垫着一团团石灰，至少100团，抽出1团，长达3丈！工匠大惊失色，喃喃道：“我从来没见过也没听说过有这样打地基的，若非有神力相助，怎么可能在沼泽地上打下这样的地基啊！”
塔南的泉眼，虽终年涌沸鼓怒，却不出一点水声，凡见者莫不称奇。幽州（在今河北省）有个俗名李严的僧人，仙风道骨，相貌奇伟，隋朝时常应隋炀帝之邀入四道场作法事，后穿上了俗衣，仍独住深山老林，每年七月必来一次超化寺塔作供养。道世在《法苑珠林》里写到的这位奇人，当时已105岁，鹤发童颜，疾行如飞。该老者对泉眼喷水无声也颇奇怪，百思不得其解，有一次请了个善潜水的黑肤人，叫他从泉眼里游进去，看看里面是咋回事。黑肤人出来后说，那水洞很大很大，里面石柱林立，无边无际，水里有座宝塔，高约3尺，四面清水将塔团团围住，却在塔前凝然而住，使塔体外部形成了一个真空……老者和寺僧都猜想，这座奇妙的水中小塔，就像沼泽地上的大塔一样，除为阿育王所立，还有谁有那样大的能耐啊！
怀州（在今河南省）东部有个武陟县，县西7里，有个妙乐寺，寺中有一塔，塔高五级，上圆下方，边长15步。
其塔由白色石条砌成，石长5尺，阔3寸，一条条鳞次栉比地编砌在一起，缝隙极细极密，见者无不惊讶：若非鬼斧神功，凡间焉有人匠能造出此等浮屠？
相传此塔古时候从地下涌出，乃是阿育王所造八万四千塔中的一个，塔下有大水，为塔所镇。唐代有个怀州任上的刺史，自恃神灭论，不信佛道，听到这种传说后，以为是僧人故弄玄虚杜撰出来的故事，不足为道，但他想要杀杀僧人威风，就令人沿塔基边沿挖掘下去，看看塔下到底有些什么！
结果，工役越挖越深，越挖越深，沿塔基已挖至数人之深了，塔基犹不见底，工役们心中越来越惶恐不安，扔掉镐锹，无一人再敢挖下去。
