11月26日，林森等抵达重庆。30日，国民党中央执行委员会秘书长叶楚伧、中央监察委员会秘书长王子庄及中央委员吴稚晖、丁惟汾、钮永建等率中央党部职员40余人抵达重庆。
国民政府迁都重庆后，府址设在曾家岩原重庆高级中学内。这是由重庆市政府工务科组织工人于11月25日加紧改建完成的。12月1日，国民政府正式在重庆开始办公。
12月7日，国民党中央党部也正式在范庄办公地举行迁渝后的首次执监委联席会议并开始在渝办公。
虽然此时国民政府已正式宣告迁都重庆并开始在重庆办公，但这时迁到重庆的只是国民政府、国民党中央的少数部门，多数部门，特别是那些主要职能部门，诸如军政、外交、经济、财政、内政、交通等部暂时迁到了武汉或长沙等地，政府的主要负责人蒋介石、汪精卫、孔祥熙、何应钦、张群、白崇禧、徐永昌、陈诚等均齐集武汉。一方面是为了便于指挥前线的抗战，另一方面蒋介石对于四川的政局还不放心。
1938年夏，随着日军侵略的加紧，华中重镇武汉岌岌可危。国民政府军事委员会于7月17日紧急命令国民政府及国民党中央驻武汉各机关，限五天内全部移驻重庆。奉此，先前迁到武汉的各党政首脑机关开始了又一次大规模的西迁：7月18日起，中央各部门纷纷迁往重庆，11月中旬，军事委员会又决定驻南岳各军事机关全部迁往重庆。12月8日，中国国民党总裁、国民政府军事委员会委员长、国防最高会议主席、海陆空军总司令蒋介石也率军事大本营由桂林飞抵重庆，从而结束了中国近现代史上第一次最大规模的政府首脑机关和国家都城的大迁徙。
2.中国的大后方战略
11月16日，蒋介石在国防最高会议上作了《国府迁渝与抗战前途》的讲话，在明确宣布国民政府迁移到重庆去的同时，他告知与会者，“国府迁渝并非此时才决定的，而是三年以前奠定四川根据地时早已预定的，不过今天实现而已。”
事实正是如此：迁都重庆是与以长江为战略重心，以四川为抗战总根据地，沿长江节节抵抗作持久抗战的国防战略计划紧紧联系在一起的，它是这个战略中重要的一环，而以四川为抗战大后方的战略思路在几年前就已经在蒋介石的头脑中形成了。
1932年“一·二八”事变时，为免除党政各首脑机关直接暴露于日军的攻击与威胁之下，国民党中央政治会议开会决定把政府迁移到洛阳。1932年3月国民党四届二中全会在洛阳召开，鉴于日本帝国主义对华侵略的势在必行及首都南京在对外战争中所处的不利地位，与会代表综合当时中国国内多方的具体情形，讨论通过了国民党中常会提交的《以洛阳为行都以长安为陪都》议案。国民党中央依据孙中山早年的构想及当时国内的实际情形，做出了一旦华东地区战事扩大，政府将退守中原与西北的打算。
将中国的西部地区作为中国对外战争时期的根据地，从长远与全局观点看，也是有失偏颇的，蒋介石很快就意识到了这点。地广人稀的西北地区虽然资源丰富，但地瘠民贫，经济普遍落后，粮食更为稀缺，缺乏作为战时首都的经济基础和物质条件。而且，西北地区毗邻华北，日本对华北垂涎已久，志在必得。一望无际的华北平原易于受到日本强大武力的威胁，且又有陇海铁路与西北地区相接。华北一旦不守，西北地区将完全暴露于日军的威胁之下，如此看来，西北地区在国防上并不具备多少优势。
另外，西北地区与苏联接壤，对于当时尚未与苏联恢复正常外交关系，仍坚持反苏反共政策的国民政府来说，苏联的潜在威胁并不小于日本。更值得忧虑的是西北地区西大门并不牢固：新疆虽然很早就宣布接受南京政府的领导，但是中央从来就没有真正控制过新疆。统治新疆的盛世才反复无常，而且，一直拉拢苏联抵抗中央势力入疆，此点对于国民政府来说，无疑也是一块心病。凡此种种，足以证明将西北地区作为中国的战时首都所在地，是极为不利的。因此之故，作为国民党中央负主要军事与国防责任的军事委员会委员长蒋介石认为：抵抗暴日，即使将中枢机构迁到洛阳，“而政府所在地，仍不能算作安全”。
对日一战或迟或早，总之是不可避免的，九一八事变后，日本在满洲所作所为已经使得蒋介石隐隐意识到了这点。不过，不只是因为内部纷争没有结束，自己的权威还没有完全树立，就是首都南京的安全对蒋介石来说也是一个头痛的问题。中国要下定对日抗战的最后决心，就必须寻觅一个比洛阳、西安更为安全，而且地大物博、资源丰富的地区，来作为战时国家与政府的根据地。
其实在蒋介石的心中已经有了一个比较理想的去处，那就是四川。早在民国初年蒋介石即认为：在中国各省之中，能作“革命根据地”的，“只有两省可当选，第一是广东，其次就要算是四川了。因为四川人口众多，物产丰富，都在任何各省之上，而四川同胞的天性，富于民族的情感，一贯的忠于主义，勇于革新。”自此之后，蒋介石就始终看好四川，始终坚持其“蜀粤并重”的思想。只是由于川地军阀联合抵制中央势力入川，加之西南其他几省也不稳定，这一直阻碍着他的计划。
（重庆国民政府外景）
四川，位于中国西南部，北以岷山山脉与陕甘二省分界，西和西藏高原毗连，南以金沙江与云南、贵州接壤，东以巴山山脉和湖北、湖南相连。四面山岗起伏，更有河流湍急、地势险要的金沙江拱卫，如此险峻的形势，深得地利天险之胜。其面积广阔，人口更在中国各省中位居第一。盆地内气候温和，风调雨顺，土地肥沃，物产富饶，自古以来即有天府之国的美称。因为四川的这个地理环境，也因为四川的这种物质环境，从而使得四川在整个中国历史上占有十分重要的地位，起着举足轻重的作用。在蒋介石之前，国学大师梁启超就曾经指出：“在中国地理上，具有独立资格的，只有广东和四川。”
南京国民政府成立后，蒋介石仍以极大的兴趣关注着四川的局势，想尽办法力图消除四川这个中国的重要省份的割据状态，只因长时期陷于与各地新旧军阀及中国共产党的战争之中，他也觉得力不从心。
1934年10月，共产党领导的红军在第五次反“围剿”中失利，被迫开始长征，在湘江被阻击后转向进入贵州，一直觊觎着西南的蒋介石发现控制西南的机会到了。他在电令西南各地军阀调兵围追堵截红军的同时，派出大量的中央军向西南地区进发，企图乘机统一包括四川在内的大西南。蒋介石宁愿红军少吃败仗，而要让西南地方军阀多吃败仗，以达到将中央势力伸入当地、消灭地方割据、完全控制西南的目的，蒋介石的“追剿红军”是醉翁之意不在酒、一石双鸟。
不过四川等地的军阀很快就识破了他的用心，在“剿匪”问题上也是三心二意的，不愿与红军拼个你死我活，在发现红军有很强的战斗力后，更是不愿恋战，只是希望他们走得越快越好。
这些地方军阀的伎俩又怎么能瞒得过精明的蒋介石呢？四川，他是志在必得。1935年3月，蒋介石打着督导剿匪的公开旗帜，怀着“追剿红军”、统一川政、寻觅对日抗战最后根据地的三重目的，率其高级幕僚陈诚、顾祝同、杨永泰、晏道刚等飞抵重庆，开始了他长达半年之久的西南之行，也开始了其策定四川抗日根据地的历程。四川等地的军阀毕竟不敢公开地与蒋介石为敌，对他的到来当然只得强作笑颜，勉力欢迎。不过，彼此都心照不宣，倒也相安无事。
1935年3月4日，在抵达重庆的第三天，蒋介石就在重庆作了《四川应作复兴民族之根据地》的公开讲演，再次表示了他对四川的高度重视和殷切希望：“就四川地位而言，不仅是我们革命的一个重要地方，尤其是我们中华民国立国的根据地。无论从哪方面讲，条件都很完备。人口之众多，土地之广大，物产之丰富，文化之普及，可说为各省之冠，所以自古即称天府之国，处处得天独厚。”正因为这些优势，所以“四川应作民族复兴之根据地。”
这以后，随着蒋介石在西南三省逗留时间的延长，他进一步加深了对西南三省地势、气候、矿藏、物产、历史、民风民俗的了解和认识，国民党中央势力也加速了对西南诸省的深入渗透及控制。
这年5月，蒋介石关于对日战争的国防布局渐渐地有了轮廓，“应以长江以南与平汉路以西地区为主要阵地，以洛阳、襄阳、荆州、宜昌、常德为最后阵线；而以四川、贵州、陕西三省为核心，甘肃、云南为后方。”这个构想实际上吸收了蒋百里的抗日战略思想。蒋百里是民国时期中国著名的军事家与战略家，早在20年代，蒋百里就已预见中日之间必会发生大战，认为抗战的根据地应设在三阳（洛阳、襄阳和衡阳），决战将在平汉、粤汉铁路以东。蒋继承古典兵法，分析日本军国主义必然采用“速战速决”的作战方针，我则应事事与之相反，进行“彼第一，我第二”的“持久战”，以空间换取时间，相机予以打击。战力预置华东，引敌由东向西，轴向攻防。蒋介石特别敬重蒋百里的远见卓识，多次向他征求对日作战的意见，蒋介石的长江防线战略构想就是在蒋百里思想的影响下逐步完善的。
为了加强对四川的渗透，让川地军官多了解外界情况，增强与中央的亲和力，削弱川地军阀对地方的控制，蒋介石发起组建了峨眉山军官训练团。8月11日，蒋介石在峨眉山军官训练团又讲：“辛亥革命发端于四川。四川既为革命的发祥地，就应该做革命永久的根据地。革命之花，既由四川而放，亦要由四川来收革命最后成功之果。”他说：“我们本部十八省哪怕失去了十五省，只要川滇黔三省能够巩固无恙，一定可以战胜任何的强敌，恢复一切的失地”。
（蒋介石在主持每天早晨升旗仪式）
同年10月6日，蒋介石又在成都四川省党部扩大纪念周上作了题为《建设新四川的根本要道》的讲演，再次强调了四川地位的重要及其与国家治乱、民族兴衰的密切关系，再次公开、明确地强调了四川是中国首屈一指的省份，“天然是复兴民族最好的根据地”的观点。
两天后，蒋介石又以《四川治乱为国家兴亡的关键》为题，进一步阐述了四川在中国抵御外来侵略的战争中所处的重要地位。在讲演中，他比较明确地提出了对日作战的问题，不再笼统地说什么民族复兴了。
蒋介石说：“现在我们就中国政治、经济、文化各方面来讲，中国的精华——国家生命的根基是在长江流域。长江流域不能统一安定，无论是华北或华南都不能统一安定。我们四川既居长江上游，又有本部各省之中拥有最广的土地，最多的人口，最大的富源与最好的形势之所在，所以四川的治乱，不但影响长江流域的治乱，而且可以定整个国家的治乱……大家要晓得：今后的外患，一定日益严重，在大战爆发以前，华北一定多事，甚至要树立伪政府都不一定。但是我们可以自信：只要四川能够安定，长江果能统一，腹地能够建设起来，国家一定不会灭亡，而且定可以复兴！日本人无论在东四省或者将来再在华北弄什么伪组织，都不相干，都不足以致我们的死命。我们今后不必因为在华北或长江下游出什么乱子了，就以为不得了，其实没有什么！只要我们四川能够稳定，国家必可复兴！”
他明白无误而又颇为自信地宣称：在中日战争正式爆发后，无论中国的东北、华北及长江下游出现什么乱子，产生何种困难，但只要川滇黔三省存在，国家必可复兴。他还强调，即使“只剩下了我们四川一省，天下事也还是大有可为。”
蒋介石以四川为中日战争的后方基地的思想，就这样确立下来。从此，他开始督导四川军政当局为之做准备，要求他们改革政治，整顿军队，统一币制，转移风气，开发交通，巴山蜀水由此也揭开了历史的新的一页。
一年多时间马不停蹄地巡视、考察，对蒋介石来说终于没有白费，他在1935年10月做出了将战时国家的最后根据地定在西南四川的决策。正如蒋本人所说，几年来虽经“苦心焦虑，都不能定出一个妥当的方案来执行抗日之战”，直到1935年才“终于定下了抗日战争的根本计划”，“找到了真正可以持久抗战的后方”，并初步提出了以长江作为战略中心、以西南（尤其是四川）为后方战略基地，沿长江节节抵抗的战略构想。
1936年，他的构想便第一次正式以文件形式明确规定于中国参谋本部拟定的《国防计划大纲草案》：“以四川为作战总根据地，大江以南以南京、南昌、武昌为作战根据地，大江以北以太原、郑州、洛阳、西安、汉口为作战根据地。”“长江以南与平汉路以西为主要线，洛阳、襄樊、荆宜、常德为最后三线，以川、黔、陕三省为核心，甘滇为后方。”国防计划中还就重要工厂内迁提出了积极设想，要求设法迁移到根据地或总根据地。
其实，在此之前，国民政府已经开始有意调整经济部署了。早在1932年11月，蒋介石接受钱昌照的建议，在参谋本部设立了国防设计委员会，着重进行国防经济资源的调查研究，筹划在内陆地区建立战时军事、经济工业的计划，谋求战时供应国防需要和经济自给自足。1934年1月20日，国民党四届四中全会上通过了《确立今后物质建设方针案》，规定：于经济中心区不受外国兵力威胁之区域，确立国防军事中心地；全国大工厂、铁路及电线等项之建设，均应以国防军事计划为纲领，由政府审定其地点及设备方法；大工业今后避免集中于海口，须首先完成铁路西向内地之干线。
1935年4月国防设计委员会与兵工署资源司合并，成立资源委员会。该会经过大规模的调查研究和实地考察后，拟订了建立“国防工业”新布局的第一个蓝图——《重工业五年建设计划》。该计划“拟以湖南中部如湘潭、醴陵、衡阳之间为国防工业之中心地域，并力谋鄂南、赣西以及湖南各处重要资源之开发，以造成一主要经济重心。”同年，国民党五大通过《请兴筑滇省通江通海通缅铁道以应国防需要而辟经济泉源案》，指出“中日战祸一触即发之际，沿江沿海随时有被封锁之虞。”因此，国民党五届一中全会通过《确定国民经济建设实施计划大纲》，明确规定基本工业、重大工程建筑，均须择国防后方安全地带来建设。国民政府资源委员会拟定的三年重工业计划，也均分布于云南、四川、青海及湘鄂赣等内地。
