此后，孟昭月乘胜追击，兵分三路向钱塘江上游的兰溪、衢州、龙游方向前进，企图合力围攻衢州。周荫人此时也率领残部的千余人左右抵达金华，并在兰溪与孟昭月成功会师，两部合为一部，继续向龙游方向推进。此外，富阳以东各部的前锋部队已顺利渡过长江，并占领了萧山、绍兴，进而向宁波行进。皖南方面的孙军刘宝题、谢文炳部也已到达淳安、寿昌、开化地区。前方捷报频传，这让孙传芳很是得意，整个孙军也士气高涨，大有一举收复浙江，并反攻江西之态势。
北伐军的连连挫败让蒋介石有些乱了阵脚，他命令向衢州方面增派兵力，准备发动反攻。中下旬，东路军总指挥白崇禧到达衢州。一到这里，白崇禧便马不停蹄地召开紧急军事会议，商讨攻取浙江的大计。此时的孙军对衢州虽有围攻之势，但并未采取行动，因此会议决定趁孙军未攻打衢州之前，先发制人，主动出击。第2军任侧翼部队，占领延州、浦江，掩护主力军第1、第26军一举歼灭金华、兰溪、寿昌地区驻守的孙军。
1月的最后几天，冷空气突然侵入长江沿岸，连日来的雨雪天气给行军带来了不小的困难，可是北伐军风雨无阻，仍旧继续前进。龙游附近的孙军难敌北伐军的汹涌之势，纷纷败退，撤至汤溪。皖南的刘宝题部也恐于革命军，遂倒戈投降了，剩余的陈修爵、谢文炳只得仓皇逃往芜湖一带，寻求援助。
在取得龙游之后，北伐军再次兵分三路由左、中、右三个方向，向北进攻。
与浙江西部和中部的北伐军同步，浙江东部的北伐军三个纵队，第1军中一部，第14、第17军的部队正由福建进入浙江，已连续占领了江山、温州、处州等多处地方。
孙传芳的五个方面军中有四个军都在以不同的速度向后缓移，同时，皖南的孟昭月也由兰溪撤退了。2月1日，北伐军的中路部队成功地接手了兰溪。次日，已投靠北伐部队的周凤岐占领了金华。原本驻守开化的冯绍闵和白宝山部也在北伐军的强大攻势下，向淳安方向退去，紧接着北伐军又在不费吹灰之力的情况下占领了开化。至此，孙传芳在浙江已经痛失了兰溪、开化、金华等诸多要塞，形势对他大大不利。
随着北伐形势的大好，这几天天气也开始转晴了，接连几天的雨雪之后，路面开始泥泞不堪，即使这样仍然无法阻挡北伐军的脚步。中路部队在占领了延州之后，开始向桐庐推进；右路部队在占领了浦江之后，向诸暨推进；左路部队占领淳安后，向分水推进。这三路部队犹如滔滔江水一般向杭州聚拢过来。
中路部队与孙军在桐庐一役中，发生了可谓戏剧性的一幕：在东路总指挥白崇禧的指挥下，北伐军高举绣有“白”字的大旗在桐庐附近不断地叫嚣着前进。驻守此地的孙军以为白宝山的部队已投靠了北伐军，正在反过来打他们，顿时军心涣散，无心再守，甚至一些士兵还愤怒地大叫：“反了！反了！都他妈的反了！老子也不干了，不跟你这儿玩命儿了，老子要撤了！”随后，不再防守，孙军一哄而散，退向杭州。
早在四个月前，孙传芳还在九江作战之时，浙江省长夏超就密谋造反，投靠了他的死对头蒋介石，孙传芳继而改任陈仪为浙江省长，其实她在这里打了一个小算盘：陈仪也是浙江绍兴人，算起来同蒋介石还是同乡呢。孙传芳打算利用这层关系促使陈仪暗中同蒋介石建立联系，以缓冲战事。哪成想，孙传芳的算盘又打错了，陈仪一向主张“浙人治浙”，他对孙传芳早已是离心离德。当何应钦率领东路大军进入浙江后，陈仪不但不挡，反而敞开大门，欢迎北伐军的到来。就这样，孙传芳等于是借着陈仪的手，将浙江送了出去。
眼看着掌握在自己手里的地盘越来越小，孙传芳不觉心慌起来，尤其当他听说部队在看到绣着“白”字的旗后竟然不战而走，更是愤怒不已。2月上旬，孙传芳命令部队全力反攻。可是，在这样的形势下，单单依靠余下的力量夺回失地谈何容易？况且这个由多省联军组成的部队隐患重重。
孙传芳
周荫人和孟昭月为了争夺浙江地盘，一直以来明争暗斗不断，甚至为了浙江总司令一职还曾大打出手，此次联合抗击北伐军不得不捏到一起，可是他们仍旧拒不合作。内部尚且不合，外部就显得更加无力了，所以这次的反攻也是空有架势，并无实际作战能力。北伐军抓住周、孟这一矛盾，看准时机，仅用两天时间便攻下了新登和富阳，几乎全歼驻守的孙军。接着右路的第26军则占领了诸暨、萧山，左路第2军也攻占了余杭，两路部队共俘虏了孙军达8000余人。
孟昭月和周荫人一看，反攻是没什么希望了，于是匆匆率领残部约两万人，逃到了嘉兴、松江两地。此时，北伐三路大军仅用了一个月的时间久已成功地完成了对杭州的包围。2月中旬，北伐军第一支先前队进驻杭州城。第26军也于次日占领了绍兴，其先头部队也已抵达嘉兴附近。此时，北伐各路大军正一步一步向上海逼近。
此时的孙传芳真的感觉到了什么叫做四面楚歌、腹背受敌了，他本想全力保住浙江一地，在以此作为根据地再谋发展，可是如今在北伐军的强大攻势之下，连浙江也不保了，这怎能不叫孙传芳心痛。他亲眼看着自己的版图在一点点儿地缩小，这犹如在一刀刀地剜他身上的肉，那是种锥心刺骨的疼。可是此时，他有心再战，也无力了，清点一下人数，也只有寥寥2万余人了。用这2万鸡蛋去碰北伐军那颗大石头，恐怕是在自取灭亡吧，因此孙传芳将残部集结于沪杭、沪宁线的松江、青浦、上海、苏州一线，他得等着张作霖和张宗昌来救他呀！
自从浙江一役之后，孙传芳是既不得军心，也不顺民意。成千上万的士兵不是投降，就是不战而走，再加上各地的人民群众纷纷加入了反孙浪潮。总之，当前的局势对孙传芳来说是越来越不利了，他妄图恢复以前的霸业是万万不可能的了，孙传芳自己也突然意识到了这一点儿，不觉为这个发现打了个寒颤。
从1926年10月到1927年3月，仅仅五个月的时间里，上海工人阶级为了配合北伐进军，推翻北洋军阀的反动统治，共举行了三次武装起义，这给孙传芳带来的震惊不只一点点。1926年10月，北伐军占领武昌以后，立即把主力调往江西战场。夏超投靠了革命军，并很快向上海展开进攻。为了里应外合，帮助夏超夺取上海，下旬，国民党上海政治分会主席钮永健结合一部分资产阶级、小资产阶级和一部分流氓，准备暴动，中国共产党决定与钮永健合作，发动起义。夏超的部队很快为孙传芳所败，工人的战斗力也较为薄弱，很快起义失败了。工人领袖陶敬轩、奚佐尧等10余人牺牲，百余人被捕。
可是革命热情和斗争精神是任何人也扑不灭、浇不息的，陈独秀和罗亦农等共产党人认真吸取了第一次起义失败的经验和教训，于1927年2月下旬发动了第二次武装起义。上海总工会发布了总同盟罢工令，截止到起义当天，参与罢工的人数已达36万多人，这次起义的宣传口号为“倒孙拒张”。上海防守司令李宝章，勾结公共租界工部局帝国主义势力，对罢工工人进行了残酷镇压，将工人代表蔡建勋、史阿荣杀害“示众”，继又逮捕54人，杀害31人。最后由于起义计划被泄，各区工人纠察队失去统一指挥，加上北伐军在上海郊区停止前进，钮永健的便衣队也按兵不动，致使工人陷于孤立无援的境地，起义再次失败。
虽然这两次的起义均以失败告终，可是却有力地打击的孙传芳的反动气焰，他刚刚丧失了浙江，现在连上海也摇摇欲坠了。所以孙传芳当下决定，他的军队马上撤离上海，由奉鲁联军毕庶澄部接防。就这样，孙传芳垂头丧气地离开了上海。
孙传芳意识到再这样继续下去，他失掉的地方会越来越多，2月下旬，孙传芳召集周荫人、孟昭月等人在松江前线开了一次会议，他们要进一步明确孙军撤防和奉鲁联军布防的计划。
会上，孙传芳对张宗昌苦苦相求，希望吴江、松江一带由鲁军人马继续防守，而他的军队要撤往后方重新调整。如今的孙军军心涣散，士气低落，再不休整可能会真的就此一败涂地。张宗昌答应了孙传芳的请求，决定由鲁军第八师毕庶澄部镇守吴江、松江一带。张宗昌心里明白，镇守此地恐怕会九死一生，可是既然孙传芳求到了他的面前，念在兄弟情分上他不得不帮。于是，鲁军前敌总司令聂嘉夫率领鲁军3000人，来到了松江。同一日内，该线的孙军一律调往南通、盐阜、高宝、徐海一带休整。
这时，正如此前孙传芳担心的那样，当北伐军打到江苏的时候，陈调元投降了。听到这个消息，孙传芳后悔呀，悔不该当初信了陈调元的“死忠”，更不该在本已穷困潦倒的情况下，还给他拨了20万军饷。想到这些孙传芳除了后悔还是后悔。
当北伐军夺取江苏以后，一鼓作气又占领了安徽，再鼓占领南京。孙传芳见大势已去，不得不逃亡扬州。3月上旬，东路军开始精工淞、沪两线，此时通往上海的道路已经完全畅通了，孙传芳的主力兵团也已全部撤往江北，北伐军似乎已经无仗可打了。
孙军剩余部队盘踞扬州之后，便给当地的百姓来了个下马威：有一个警士花某，因冒领了一袋军米，就被卢香亭的部下砍下了脑袋挂在教场上示众。之后又接连对孙军的抵抗者进行了残酷的镇压。扬州人生来胆小怕事，一看他们如此杀人如麻，便产生了无限的畏惧。整个扬州城里，无不人人自危。
3月中旬，北伐军向苏州、常州和松江进军，对上海形成了包围之势。北伐军薛岳第1师进入上海近郊龙华，严重率第21师占领苏州，上海守军军心动摇，工人和民众革命情绪高涨，中共上海区委决定发动第三次上海工人武装起义。这次起义由中央军委书记兼特别军委书记周恩来担任总指挥。周恩来同上海区委负责人罗亦农、赵世炎和上海总工会委员长汪寿华等，在特别委员会领导下，对第三次武装起义作了周密的准备，在工人中建立了严密的组织，组成了约3000人的工人纠察队，其中有武器的150多人，并秘密进行了武装训练。他们召开市民代表会议，争取和团结广大市民群众。
为了切实吸收第二次起义的经验和教训，使第三次起义的计划和政策更加正确，瞿秋白于起义前几天起草了《上海“二·二二”暴动后之政策及工作计划意见书》。他鲜明地指出了党在领导第二次起义工作中的错误，对第三次起义日出了重要意见，强调党应加强政治领导，掌握领导权。这个意见书，被提交中央特别委员会讨论。
当晚9时，中央特别委员会举行会议讨论军事、工运和党务工作等问题。瞿秋白在发言中说：在军事方面，应当解决“怎样动摇敌军，怎样联络军队与保卫团二个问题”。“纠察队之组织，应由工会与党一块工作，要宣传武装使群众心理安定，要有作战计划，有主力军之训练。”中央特别委员会，每天晚间举行会议，讨论分析形势，研究制定政策，指挥起义的准备工作。
早在这次起义之前，陈独秀就已经看到了蒋介石屠杀共产党人，企图独揽政权的野心，因此，在中共中央制定的武装企业总方针时提出了“反对蒋介石个人独裁”口号。可是又碍于国共两党目前正处于合作时期，一旦这一口号发布出去，势必会造成两党关系的破裂，那样北伐大业将无法再继续。所以，在文字宣传上并没有提到蒋介石的名字，而是仍以“援助北伐军，打倒孙传芳”为口号。
这次起义较前两次比较，布置得更加周密和完善。在中央特别委员会的领导下，起义前发动铁路工人举行大罢工，破坏了张宗昌向上海运兵的计划，断绝了其对上海的增援。
这场轰轰烈烈的运动，几乎使80万工人都参与其中，很快总罢工转入了武装起义，连租界里的中国工人也集合到了华界参加起义。随即工人纠察队分别从上海的七个区向反动军警据点发动猛攻，广大的市民群众也主动帮助纠察队筑街垒、运弹药、送食物。经过30个小时的浴血奋战，工人武装力量成功地攻克了敌人的全部据点，占领了上海，取得了第三次工人武装起义的胜利。
正当上海的起义闹得热火朝天的时候，南京方面也是捷报频传。西路军指挥程潜率第2军、第6军和独立第1师由江西沿着长江南岸东进，并于3月上旬攻克芜湖后对南京发起总攻。经过两日的激战，程潜的部队扫清了江宁镇、秣陵关、龙都等外围据点。下旬，第2军逼近中山门、光华门。独立第2师进攻通济门、武定门，第6军进抵雨花台后，第19师由中华门冲入城内。当晚，程潜部的其余各路人马全部进城，占领了南京。
