乾隆二十五年十月，命于敏中在军机处任职，以后在此职位上二十载。在此期间，他又兼任户部尚书、协办大学士、大学土，乾隆三十七年，安徽学政朱筠上疏《开馆校书析》，奏请搜书及校办《永乐大典》，当时内阁大学士刘统勋认为此非政务要事，不与动议。而于敏中对此奏议则深为赞赏，他力排异议，据理力争，认为朱筠所奏“合我朝文治天下之大计，应予纳用”。乾隆皇帝亦认为“真合朕意”，即被采纳，下诏开四库全书馆，并命于敏中为《四库全书》正总裁，主持其事。于敏中在办理其他军政职事的同时，十分重视《四库全书》的编纂工作，从分别部类、厘定体例，到制定取舍标准及纂修规则，都提出了许多建议，做了大量工作。当朝廷在全国范围搜访征集图书时，他还亲自进献珍本图书17种。可惜的是，他在乾隆四十四年腊月初八（1780年1月23日）因哮喘病去世，两年之后第一部《四库全书》才编纂结束。乾隆三十八年，刘统勋、刘纶年后，他即为首席军机大臣。此后六年半中，他是当朝第一权臣，深为乾隆皇帝所眷顾，常以国家之大计相垂询，他拟旨亦极为得体。皇帝召见他时，经常吟出诗作，而于敏中就必须在事后凭记忆录下并编辑成册，这是一件丝毫不能出差错的事。但即使如此，于敏中也很少发生错漏。
无论在京城或出巡外地，于敏中经常陪伴乾隆，乾隆朝中叶的许多重要决策，都是皇帝采纳了他的意见做出的。与其前任张廷玉、鄂尔泰、傅恒及其后继者和珅一样，于敏中虽为朝中的掌权者，但于敏中既不像前任备受尊崇也不像其后任和珅独获宠幸。他年纪比高宗皇帝小三岁，用事正当乾隆盛年，因而他大小事都是谨慎奉旨行事，他当然不是廉吏，也曾接授贿赂，但比起大贪官和珅来就显得微不足道、乾隆三十九年，太监高云把皇帝对几名官吏的评价泄露让几位大臣知道，因此高云被拘。高云称他在某案中曾求助于敏中，并曾向于敏中透露过皇帝对某官吏的批语。皇帝获悉于敏中与内交接，非常生气，对他严加斥责。乾隆说：“金川之役，于敏中襄赞有功，本欲赐以世职，今则免颁以为惩处。”但乾隆四十一年金川平定后，诏仍嘉其劳，授其轻车都尉世职，图其像于紫光阁，与金川之役诸有功战将并列，又赐戴双眼花翎，赏穿黄马褂，而此等荣耀赐予汉人文官即自于敏中始。乾隆四十五年，于敏中因病喘而亡。死后谥“文襄”，入祀贤良祠。然而死后数年，又被撤出贤良祠，剥夺子孙世职。
书外人评：于敏中任军机大臣近二十年，堪称乾隆时力秉钧轴的重臣之一。而他的人品因为交接内监，获取消息迎合上意，就落入了下乘，至于他一生最大的贡献，应该是促成和亲自领导了《四库全书》的编纂工作。
统兵多年奢侈无度--福康安传
福康安（？~1796），字瑶林，满洲镶黄旗人，富察氏，大学士傅恒之子，高宗孝贤皇后之侄。福康安生于乾隆十八年（1753），因为是富察家族的子孙，乾隆皇帝在他身上看到了自己早殇的皇二子永琏和皇七子永琮的影子，再加上福康安相貌英俊，所以自幼乾隆皇帝即将他带到内廷，亲自教养，待之如同亲生儿子一般。作为一名将领，福康安无疑被认为是清军中最有才干的统帅之一。他戎马一生，生命中最光彩的地方都是体现在军旅生活中。
一、镇压台湾林爽文起义
乾隆五十二年（1787），台湾爆发林爽文起义。林爽文，原籍漳州平和县，来台后居住彰化县，因募众垦田致富。1783年，大陆的秘密结社“天地会”传入台湾，很快就遍布全台，拥有广泛的会众。林爽文入会后，成为了天地会在台湾北部的首领。1786年，清政府严令解散“天地会”，并缉捕会党。11月底，知县俞峻率兵300人到大屯，勒令庄民擒献会党，并焚烧附近村庄，这激起了群众的极大愤慨。林爽文乘机在27日夜起兵，率众攻入清营，短短几日，连续攻下彰化、淡水、诸罗诸县，完全控制了台湾北部。林爽文在彰化被推为盟主，奉明制度，建元“顺天”。凤山天地会首领庄大田起义响应，自称“南路辅田大元帅”，于12月13日攻下凤山，19日与林合兵围攻台湾府城，声势大振。
林爽文起义爆发后，清廷即派提督黄仕简、任承恩带领官军万余人渡台。数月之间，军事上毫无起色。乾隆皇帝下令更换统帅，调闽浙总督常青为将军，赴台湾统一指挥。此时，林爽文邀约庄大田围攻府城。南北两支起义军集中兵力十万，于乾隆五十二年（1787）三月开始大规模进攻府城。激战中由于庄锡舍率部众倒戈相向，使攻城受挫。以后，南北两支起义军又曾数次联合进攻府城，但均未成功。乾隆五十二年（1787）八月，清廷免去常青职务，另派协办大学士、陕甘总督福康安为将军，名将海兰察为副将率军乘600艘战船向台湾进发。于十一月初一到达台湾。福康安到台湾后，对起义军进行分化瓦解，以优势兵力分五路解嘉义之围，又接连攻下斗六门、大里木弋、集集埔等军事要地。将林爽文等人逼入番社。接着在在台湾各地进剿，于乾隆五十三年（1788）正月初五日生擒林爽文于老衢崎，解往北京，后在北京菜市口就义。一个月后，庄大田亦被福康安、海兰察俘获，在台湾府城被杀害。林爽文起义以失败而告终了。
二、击退廓尔喀入侵
18世纪中叶，廓尔喀族统治了尼泊尔，建立起新王朝，不断向外扩张势力。乾隆五十三年（1788），以西藏当局征收贸易税太重为口实，派兵进犯我国西藏，先后占领西藏南部边境城市聂拉木、济咙宗（今西藏吉隆东南）、宗喀宗（今吉隆）等地，围攻协噶尔宗（今西藏定日）。此后清军队反击，命驻藏大臣雅满泰率驻藏绿营兵及驻达木厄鲁特蒙古兵，前往札什伦布（今西藏日喀则）慰问班禅，并与班禅之兄仲巴呼图克图部署沿边防御；命驻藏大臣庆麟主持前藏地区之防御；命四川总督李世杰、四川提督成德，抽调满、汉、藏兵4000余人，由成德统领，驰赴后藏，命尚在热河之成都将军鄂辉速返成都，至西藏统兵。为保证作战军队粮草，暂拨达赖、班禅库存，并于藏内买粮。
乾隆皇帝命令自己的御前侍卫巴忠为钦差大臣，赴藏主持用兵。这时西藏驻有清军500人，藏兵1600人，台站兵1300人。庆麟在接到朝廷谕旨之前，便调藏内500人绿营兵及察木多、达木等兵700人，分路阻击廓尔喀侵略军。四川总督李世杰亦于成都抽调满兵500名，绿营兵1300人，屯练降“番”兵1200人，俱交提督成德、总兵穆克登阿率领，经由打箭炉（今四川康定）、巴塘、里塘（今四川理塘）、察木多，驰赴后藏。但是，当清军日夜兼程，奔赴藏廓边境之时，达赖喇嘛、仲巴呼图克图和噶布伦班第达、庆麟、雅满泰等，已私下同廓尔喀议和，后得到巴忠、鄂辉、成德等赞同。乾隆五十四年（1789）初，西藏地方政府和廓尔喀签订协议，由西藏噶布伦每年向廓尔喀交纳元宝300锭，作为聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地的赎金，廓尔喀退兵。此事，巴忠、雅满泰等隐瞒不上报。
当年三月，鄂辉等率清军“收复”失地。因廓尔喀兵先已陆续撤回，故未遇任何抵抗。六月，清廷调整西藏之防务，加强札什伦布等地防兵，于宗喀宗、聂拉木、济咙宗等要地修砌卡碉。并调整与廓尔喀贸易之政策。清军此次出兵虽未交战，已耗费军饷百余万两白银。巴忠以有功之臣离藏回京。
乾隆五十六年（1791）六月，廓尔喀人以藏方未按约付足银元为由，出兵千余，再次侵略西藏，夺占聂拉木。噶布伦丹津班珠尔等被裹往廓尔喀。八月初，廓尔喀兵向西藏发动进攻。一路由济咙进入，围攻宗喀，遇到教习汉兵陈谟、潘占魁率400名藏兵坚守，久攻不下后退回济咙。一路由乌咙入侵，滋扰定结。入侵聂拉木之廓尔喀兵逐渐增至千余人，抢占定日。第巴济仲喇嘛噶冲带领藏兵退守胁噶尔。八月二十一日，廓尔喀兵侵据后藏首府札什伦布，肆行抢掠。七世班禅丹贝尼玛退居拉萨，全藏大震，达赖、班禅飞奏朝廷告急。
此时的巴忠正在避暑山庄护驾，得知此事畏罪自杀。鄂辉、成德等将罪责推给巴忠一人，仍骗得朝廷信任，率领川军4000人，由打箭炉前往西藏，抗御入侵者。乾隆五十六年（1791）九月，廓尔喀兵3000余人由兴萨开进，夺占定结。十月十二日，都司严廷良率藏兵、汉军及达木兵700余名，连打三仗，于十一月初收复定结。乾隆五十六年（1791）十月，乾隆皇帝命黑龙江将军都尔嘉在索伦（鄂伦春、鄂温克）、达呼尔（今达斡尔）兵丁内挑选1000人，齐赴京师。
乾隆五十六年（1791）十一月，乾隆皇帝任命福康安为将军，海兰察、奎林为参赞大臣，统兵经青海入藏作战。随后又免去鄂辉、成德的职务，任命惠龄为四川总督、奎林为成都将军。乾隆五十七年（1792）正月，当福康安率领大军抵达前藏时，西藏境内清军和藏兵已收复拍甲岭、聂拉木等地。廓尔喀国王遣使乞和。乾隆皇帝决心攻其腹心，捣穴擒首，故拒绝和议，于三月十五日任命福康安为大将军，统领劲旅进剿。三四月间，游击关联升、总兵袁国璜等部3000人先后抵达前线。而廓尔喀侵略军则在济咙、绒辖尔（今定结南，中国境内）等处砌卡筑碉，添兵据守。闰四月二十五日，福康安、海兰察率清军6000人，由拉子（今西藏拉孜）出发，开赴绒辖尔、聂拉木等处，五月初，福康安所部攻下擦木要隘，收复济咙，同时成德、岱森保等部收复聂拉木以南要隘木萨桥。至此，清军扫清擦木至济咙段边境。十三日，福康安率军由济咙热索桥进入廓尔喀境内，直捣廓尔喀首都阳布（今加德满都）。十八日，清军抵旺噶尔，已深入廓尔喀境内170里，未遇任何阻拦。而廓尔喀兵已收缩至阳布以北地区，严密布防。十九日至二十七日，清军突破横河防线；六月初九日，又突破东觉防线。之后，清军在雍雅山受阻，前后受敌，损失严重，且不服水土，粮饷不济。阳布以北尚有重山大河，防范森严。廓尔喀当局也再度致书清朝政府请和，福康安奉旨与廓尔喀议和。八月二十一日，清军撤军回国。
此次战役，福康安率兵所向披靡，几乎打到加德满都，是我国反侵略战争中非常漂亮的战役，是使国人扬眉吐气的战役，因此，福康安也应归于民族英雄之列，还为名垂青史的爱国将领。
这次廓尔喀入侵事件，虽然取得了反侵略战争的胜利，但也暴露出如下两个方面的问题：一是西藏地方政府的极端腐朽性，内豁纷争不息而又没有能力防止外来的侵略；二是地方政治体制仍不够健全，如关于驻藏大臣与达赖、班禅以及噶厦之间的相互关系等职权范围，并不十分明确，其他各项政治、军事、财政、宗教、外事制度等也存在不少弊端。总之，清政府还没有在西藏地区形成一个强而有力的政治统治中心。针对这种情况，清政府决心大力整顿和改革西藏的政治与宗教制度。
乾隆五十七年（1792），清政府命福康安会同八世达赖、七世班禅等共同筹议西藏善后章程。从当年十月起，经前后会商共提出一百零二项条款，第二年，经清政府修订为二十九条，正式颁布执行，这就是著名的《钦定西藏章程》。这个《章程》，不仅吸收了以前一些行之有效的制度，而且还大大地加以、充实和改革，成为中央政府为西藏地方政权所规定的最高法律。
三、平定大小金川
清代中叶以后，黔、湘地区的苗族人民发动的一系列反清起义。其中大起义三次，小暴动约二三十次。雍正十三年至乾隆元年（1735～1736），贵州古州（今榕江）九股河地区苗族农民，不堪清朝官吏和土司的剥削压迫，在苗民包利等人领导下，为反抗征粮、派伕发动起义。包利等于雍正十三年二月，以“苗王出世”为号召，在古州的八妹、高表、寨篙等苗寨商讨起事，遍传鸡毛火炭信，联合清江（今剑河）、台拱（今台江）等地苗民，一起围攻厅城，捣毁营汛。暴动迅速扩大到黔东和东南各地，丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）、黄平、凯里等地苗民纷纷响应，起义农民增至四十余万，陆续攻克凯里、重安江（今属黄平）、岩门司、黄平、余庆县以及台拱、清江营汛。同年六月，清政府调集两湖、两广及云贵川七省兵力数万人，由哈元生、董芳率领，进行镇压。七月，又任命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，并调河北、河南、浙江等省官兵作后援。起义军凭借有利的地理条件继续打击清军。乾隆帝即位后任命张广泗为七省经略兼贵州巡抚，总管镇压事宜，大举进攻。乾隆元年，起义军被围困于牛皮大箐（今雷公山），终因起义领袖先后被俘或牺牲，起义失败。乾隆六十年（1795）正月。贵州松桃、湖南永绥（今花垣）、凤凰、乾州（今吉首）等地苗族农民在白莲教反清宣传的影响下，为反抗官府、地主、高利贷者的剥削与压迫，由石柳邓、石三保、吴八月、吴半生（本名吴天半）等人领导，发动起义。起义苗民提出“逐客民（指满、汉地主、官吏）、收复地”的口号，“穷苦人跟我走，大户官吏我不饶”为号召，各地苗、汉、土家族人民奋起响应，起义势力很快发展到黔东北、湘西及川东三省接壤的广大地区。
乾隆六十年（1795）二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。福康安、和琳采用剿抚并用的措施。九月，吴半生被俘获。十二月，吴八月被俘。初战告捷，乾隆皇帝破格封福康安为贝子，他是第一个宗室之外，活着被封为如此显爵的人。
嘉庆元年（1796）由于长途跋涉和紧张作战，福康安病倒在军中，但他仍继续督战，终因积劳成疾，于乾隆六十年（1795）五月，病逝军中。同年六月，石三保被诱至坳溪被俘。起义领袖相继遇害，起义军开始失利。九月，额勒登保代替先后病死军中的福康安与和琳为统帅，调集重兵围攻起义军，至十二月，起义军的最后据点石隆寨失陷，石柳邓战死于贵鱼坡，苗疆至此平定，可惜这一切福康安却永远不能看到了。
