可是斯坦因的第二次远征，还远没有结束，诚然，到现在为止，他在前进的道路上已经取得了伟大的胜利。比如说，他已得到了华丽的米兰壁画；发现了万里长城向西延长的部分；而现在又从千佛洞买得了洋洋大观的东西。所有这一切都足以使大多数的考古学家感到心满意足。然而斯坦因却还是不懈地继续进行他的探索工作。在长城方面，他还有更多的、重要的工作需要去完成；大面积的南山需要去测绘；沿着丝绸之路北路的一些新的遗址需要去探索，而且也有可能还要进行发掘。现在去探查塔克拉玛干沙漠北部废墟，是斯坦因的第一良机。尤其使他急切要看的是，他的德国对手们在吐鲁番周围的那些了不起的遗迹中，究竟干了些什么勾当。当他最后到达了这块洼地，巡视了戈伦维德尔、范莱考克和巴塔思所清除的那些遗址时，对他们所采用的那种粗野的方法，感到十分惊愕。在斯坦因出版的作品中，对他们的这种做法，虽然没有提出任何批评，但在私人的通信中他却并没有放过。他对一个在英国的亲密朋友抱怨说，这些德国人“对于一些大的寺院庙宇等，竟用一种学者派头的觅宝者方法去进行挖掘，而不是用考古学上认真彻底的态度去进行处理。一些看起来很可以有‘发现物’的地方，都用这种方式方法来进行……”。莫蒂默·惠勒爵士（Sir Mortimer Wheeler）有一次说：“考古学并不是一门科学，它是一种经年累月的争斗。”此言不无道理。
斯坦因一方面在他的《中国沙漠中的废墟》一书中，谈到戈伦维德尔时，很有礼貌地称他为“一个佛教艺术的权威”，并把范莱考克称作是“一个杰出的东方学专家”。但在另一方面，他同时也指出——显然是针对吝啬的加尔各答当局说的——他的敌手们的发掘活动，是“在丰厚的国家资力帮助下进行的”，更不必说还有德皇私人的捐助了。
斯坦因决定把这些曾经受到破坏的遗址弃而不顾。但是他在德国人所没有挖掘的扣切克—海撒（Kichik-hassar），发现了一小组寺庙，并从中挖出了一些壁画和粉饰塑像的残片，另外还有一些汉文、维吾尔文和藏文手稿。然后向西转移到喀喇先尔（Karashahr）。在这个市镇西南大约15英里之处的叫做七个星的地方，他访问了一处德国人曾经作过粗略搜索的石窟群。在这里，他再一次对他所看到的一切而感到惊愕。他在给一个朋友的信上说：
“他们留下了多么痛心的痕迹，把优美的、粉饰塑像的碎片不是扔的到处都是，便是堆在垃圾堆上；把无法搬走的、太大的塑像，扔在外面，任凭日晒风吹和过往行人的任意糟蹋，如此等等。我简直无法想象，以他们那有限的劳动力，为什么在这个地方进行发掘，又为什么对于他们所遗留下来的东西，又是这样漠不关心。”
接着在谈到他自己时，他认为他是道德高尚的人，说他在挖掘他称之为“真正沙漠”的时候，尽管在体力上已消耗殆尽，但在事后，他总是要费去一些时间和劳力把现场收拾好。人们不禁怀疑，把这个特别的遗址弄得乱七八糟的，是不是那个干杂活的巴塔思学着闯了祸就跑的司机那样（引用斯坦因的传记作者珍妮特·米尔斯基的话），在一次单独一个人挖掘时所干下的。尽管是这样，斯坦因在这里还是获得了极其丰富的收获。他带着十只沉重的、满装着文物的箱子，心满意足地离开这里了。
这个特别的石窟群，人们都把它叫做“缗屋”（Ming-oi，意思是“千间屋”）。这种叫法很容易引起混淆，因为这个石窟群仅仅是考古学家在沙漠周围所发掘的几个“缗屋”中的一个。正如范莱考克所解释的那样，根本没有“缗屋”这样的地方。突厥语的“缗屋”指的是近处有人居住的地方，如黑孜尔缗屋、宫杜勒缗屋、肖秋克缗屋等等。任何人在中国的土耳其斯坦地图上都找不到有叫做“缗屋”的地方，虽然英国博物馆仍然认为是有这样一个地方的。
斯坦因的两年半的远征，即使到现在也还是没有完毕，但是没有时间再一一提及了。在这里我们只想谈几件最突出的事情。其中之一是，他勇敢地向南越过了塔克拉玛干沙漠，这远比向北越过它要危险得多。在海定当时越过那里时，他首先是沿着向北流的凯利亚河前进，这就保证了他在进入沙漠时的饮水问题。在这之后，如果他要继续向北行进，迟早他会接触到向东流的塔里木河的。要想胜利地从北向南穿越这块沙漠，就必须恰好能碰到凯利亚河的河口。这是沙漠旅行中的一种绝技，但却需要有绝对的准确性。在他穿越那里的最后几天，真好像是度日如年。那时用水已实行严格的定量供应。接着就是在人身上所发现的两件不幸事件。第一件是，他的印度助手之一乃克·莱姆辛突然害了青光眼，一只眼睛已失去了视力，痛苦万状。那里正在和田包装收集品的斯坦因，委托他去负责摄影和从米兰搬走更多壁画的使命。莱姆辛顽强地继续坚持他的工作，尽管他的一只眼睛已经看不见东西，同时还忍受着可怕的痛苦。只是最后到了完全失明时，他才承认失败，被人带领到惊惶失措的斯坦因那里。这时虽然他已经看不见任何东西，但是为了保持印度的等级制度，坚持自己做饭，直到到达和田后，斯坦因为他雇用一个印度厨子为止。莱姆辛一直没有恢复视力。后经斯坦因施加压力的结果，印度政府给他一笔养老金，可是不到四个月他就死了。
现在轮到斯坦因遭受不幸的时候了。他有一次在华氏温度计下降到零下16度的情况下，勘测昆仑山高处一条冰川时，突然感到两只脚已完全失去了知觉，旋即引起剧烈的疼痛。这时他意识到已经遭受了严重的冻伤。他的医药手册告诉他，把雪放在患处加以摩擦，可以作为一种急救的治疗办法。他知道，如果这种方法仍不能恢复血液循环时，就会变成坏疽，那时就需要施行外科手术。当时这种雪疗办法，对于左脚发生了作用，可是对右脚却无效。斯坦因一看到当前他的生命所面临的威胁，便立即放弃了他的勘测工作，骑着牦牛有时又改骑骆驼，最后坐在用两匹矮种马抬着的临时凑合的担架上，急忙赶往拉达克。经过了几天翻山越岭的痛苦旅行，最后到了列城，在这里一个摩拉维亚教会的医生为他切除了他的右脚脚趾。他这时所无法摆脱的忧虑，则是关于他的将来。至于肉体上的痛苦，对他来说并不是一个大问题，因为他的坚忍不拔的意志，一直是人所共知的。但是这次手术究竟是拯救了他的脚呢，还是意味着他的探险生涯从此宣告结束？经过了几个星期的焦急不安，他的刀口终于慢慢地愈合了。这时使他感到无限安慰的是，这次手术进行得非常及时。
无论就痛苦或焦虑来说，他所付出的代价，无疑是巨大的，但是从正在等待着他的胜利还乡来说，他所付的代价又可以说并不是太高的，英国国王授予他以印度王国武士勋位（两年后又提升为骑士勋位）；皇家地理学会授予他以金质奖章，牛津和剑桥大学都赠以名誉博士学位；而德国（毫无疑问，还不知道他对于范莱考克采用的方法所进行的责难）则给他一笔巨额的现金以祝贺他的成就。在布达佩斯他被捧为立了大功的好儿子。此外使他感到喜上加喜的是，那个以机灵巧妙的手段操纵了王阿菩，从而为斯坦因从敦煌书库中得到了大批文物而立有殊勋的蒋师爷，也获得了他所渴望得到的奖励：当上了喀什的英国领事馆的汉文秘书。
但即使到现在，斯坦因的工作也还是没完。他除了要物色文物修补人员，来揭开和清理从千佛洞中得到的数百幅佛堂的神幡和唐代的绘画外，还必须招聘合格的学者为他所发掘的或者是从王某手里买来的几千卷用半打以上的语言文字所写成的手稿和书本来进行工作。此后不久，有18位国际上有名的专家——包括赫伦勒·查凡斯和莱昂内尔·贾尔斯——来从事翻译和鉴定这些敦煌文学上的珍宝。此外，他还必须从他的收集品中，帮助挑选和准备一些最好的文物，以供大英博物馆所准备举行的一次特别的展出；还得帮助布卢姆兹堡（Bloomsbury）布卢姆兹堡（Bloomsbury）：伦敦大英博物馆所在地。
和加尔各答发起人之间的分赃工作；最后还得开始写作，来叙述与这次远征有关的两卷集《中国沙漠中的废墟》。
尽管斯坦因在三次远征中（第三次尚待进行）从中国运走了大量的别的艺术珍宝，但他的名字和敦煌的秘密书库将是永远分不开的。这主要有两个原因。首先的一个是，显然是因为它的性质引人注意——人们一向把这个发现比作是死海卷轴（Dead Sea Scrolls）死海卷轴（Dead Sea Scrolls）：古埃及、希腊、罗马人用纸草（Papyrus）制成纸张，写在上面的文书叫做死海卷轴，这是在沙漠的洞窟和古代废墟（在现今的以色列境内）中发现的，这种手稿的年代极为久远。它的发现在近代考古学上是史无前例的。
的发现，因为同样都是在石窟内发现的。第二个原因是，斯坦因是在有争论的情况下获得这些图书的，这就使他也像埃尔金爵士那样，将要受到永久性的谴责。可是因为这个缘故，使得大英博物馆不得不以痛苦的心情取消了对他可能引起回忆的事物。他不像别的考古学上的英雄如莱亚德和莱萨姆那样，他们所作出的贡献，得到了骄傲的承认。因此在中亚细亚艺术品陈列室内，参观者看不到斯坦因的肖像——即使简单的提示也没有——当前在那里展出的他所发现的文物只是少得可怜的一些选品。
且不论斯坦因获得敦煌手稿的是非功过，但对这个伟大书库中的最精彩的一些东西还是值得我们看上一眼的。其中最有名的一项，无疑是《金刚经》。它的声望与它的经文毫不相干。因为这部佛经有数不清的版本（单从斯坦因在敦煌所一次猎获的来看，完整的与不完整的，就超过500多种）。可是斯坦因所得到的这一部，乃是人们所知道的最早的一种印刷本。它是在1000多年以前用木版印出来的。在1961年北京国立图书馆出版的一本有关中国印刷史的当代作品中是这样说的：“在公元868年印刷的这部《金刚经》……是世界上最早的印刷本，它是由连贯在一起的七张纸条组成的，在第一页上印有极精美的插图。”作者接着说，“这部驰名的《金刚经》是在五十年以前为英国人斯坦因所盗走”，对英国人恨之入骨。它现今在英国博物馆展出，地点离西方最有名的书《古腾堡圣经》（Gutenberg Bible）《古腾保圣经》（Gutenberg Bible）：1456年以前在德国西部梅斯因城所印的第一本用活字印刷所印的拉丁文《圣经》，据传为古腾堡（德国活字印刷发明人）所印。只有几步远。这份敦煌手卷长约16英尺，上面不但有委托办理和分发人的姓名，还有确实的日期——公元868年5月11日。这就不是像人们所说明的那样，他是世界上最早的印刷者，而是最早的出版者。
在王的秘密窖藏中所发现的大批文书经卷都是汉文的大约有7000份完整的和6000份残篇散页。需要半个世纪的时间，才能把这些东西编成目录（只是完整的部分）。从事这一艰巨任务的莱昂内德·贾尔斯博士在他的专题文章《敦煌600年》中估计，总共他还要涉猎约有10至20英里长的写得密密麻麻的经卷。由于斯坦因不懂汉文，而蒋对于佛教文字又全然无知，因此他们带走的经典很多是重复的。举例来说，《莲花经》的经卷和残篇就超过1000多份，其中极大一部分是公认的古代书法的良好典范。尽管是这样，在这些手稿中间，不但包括了长时期失灭的经文以及存留下来的各种各样的变文，而且同时也包括了许多为西方学者所已知、未知的文字所写成的新东西。
从这个巨大的藏书室中的许许多多珍奇的手稿中，发现一封在1000年以前用汉文书写的“典型的”谢罪信。这封信是为喝醉酒的宾客们写给东道主的。贾尔斯把这信翻译如下：“日昨饮酒过量，酩酊大醉。以致语无伦次，莫知高低。惟狂言呓语，胥出于神志失清，诚非有意使然。比闻流言，愧悔交迸，几至无地自容……”书信接着说，写信人得为他的饮酒无状，亲自登门谢罪。代庖人同样为盛怒的主人设计了一封十分得体的回信。贾尔斯的译文是：“畴昔先生沉湎于酒，置社会礼仪与道德风尚于不顾，甚矣，诚属有辱君子之称。余亦深感无可救药。拜读来书，足下深表忏悔，人孰无过。余亦尽释前嫌，不为已甚，尚希惠驾，重修旧好……”（贾尔斯同时发现一份似乎是邀请参加足球“蹴鞠”比赛的便笺。）
另一个有名的英国东方学专家阿瑟·韦利（Arthur Waley）从千佛洞的文稿中收集了大约26首中国民歌和故事编成一都选集叫做《敦煌民歌故事选》。看起来，尽管他乐于利用斯坦因所盗窃的手写文稿，但他对于他们那种窃书的方式，则表示强烈的不满，认为这无异是对“敦煌书库的劫掠”行为。他进一步解释说，这就是为什么中国人对于“代表英国博物馆和印度政府”的斯坦因把窃取的中国手写文稿运往欧洲一事，表示万分的愤慨。他又说：“我认为要了解他们对于这个问题的情感的最好方法是去设想一下，假使一个中国的考古学家来到英国，在一座废弃的寺院内，发现了中古时代文书的一个窖藏。他贿赂这里的看守人，把这些东西拿出来运到北京去。那时我们将作何感想。”可是韦利忽视了一个问题，那就是，如果这些书窖仍然保留在王某“那个老宝贝骗子”手里，最后所要遭到的命运将是不堪设想的。
但是敦煌的故事尚未完结。斯坦因对王的讨好，无论如何，并没有就此结束。这位道士还得很好考虑对付的方法。紧接着这个英国人的脚后跟，就来了难以对付的法国人伯希和。
