这场战争的本质原因可以总结为：日益强盛的雅典方面想强迫斯巴达及其同盟承认提洛同盟的霸主地位——或者说承认雅典在整个希腊世界的“一哥”地位。
而面对雅典霸权扩张路线的斯巴达则担心如果自己不赶紧行动的话，那些本来就摇摆不定的盟邦会退出“帮派”跑到雅典那边去。这样一来，自己就会被孤立起来——被孤立就是灭亡的开始。
当时，除了这两大城邦联盟之外，希腊半岛上还有着许多的“中立城邦”，既不在雅典这边，也不在斯巴达这边。但是，大多数的城邦对雅典都抱着一种畏惧的心态，害怕被其控制。
冲突发生后，斯巴达立即集结了同盟城邦三分之二的兵力。步兵、骑兵约3.5万人。
雅典和斯巴达之间，仅仅相隔260公里。而斯巴达集结兵力的地方，在科林斯地峡，这里约是雅典和斯巴达的中间点。
面对斯巴达的先发制人，雅典方面早有了心理准备，当权者自前次冲突后，便知道与伯罗奔尼撒同盟之间必然诉诸战争。
雅典人手上有充足的牌——同盟国每年所缴纳的贡款还有大量结余，而兵力方面，有重装步兵1.3万名、各地守军1.6万名、骑兵1.2万名、徒步射手1600名。此外，还有300艘在波希战争中扬威的三列桨战舰——可以说，雅典通过波希战争得到的，要比斯巴达人多得多。
处于防守方的雅典人，将城外公民举家搬进城内，同时，从同盟城邦调集100艘战船。
公元前431年秋，斯巴达军队推进到了阿提卡，开始破坏平原区的农业。这里距离雅典不过6英里——即便是重装步兵，也只是抬抬脚的工夫就到。
陆战实力更强的斯巴达意图很明显——通过不断的骚扰，诱使雅典人出城，在平原地带搞定他们。
但雅典的伯里克利淡定地躲在城墙后头，就是不给斯巴达正面冲突的机会——在那个受限于攻城技术的年代，只要你有充足的储备，那么对方靠着重装步兵以及骑兵是很难攻破防御系统的。当然，雅典并不是完全的按兵不动，而是经常派骑兵频繁突击，防止斯巴达人破坏近郊农村。
此后几年里，伯罗奔尼撒盟军每年都会这么浩浩荡荡地到雅典附近打个酱油，看粮草差不多耗光了就撤退。
雅典不是傻子，不会这么一直吃亏——公元前430年，派战船向南绕伯罗奔尼撒半岛航行，趁斯巴达大军出征时打击其空虚的后方。这在没有火药的古战争中是很有效的策略，尤其是，在对方没有对等海军力量的情况下，能起到很好的作用——初尝海战的伯罗奔尼撒船队自然不是对手。
你敢抽我的脸，我就锤你的肚子。
战争的第四个年头，也就是公元前428年，伯罗奔尼撒盟军按照惯例，又到阿提卡平原去打酱油。这时，雅典的盟邦米提林反叛，成为伯罗奔尼撒的同盟——米提林位于爱琴海东岸。可惜的是，伯罗奔尼撒盟军粮食储备又用光了，只得撤回——雅典人避免了被夹击的危险。而腾出手来的雅典人赶紧四处找盟邦征收军费，以包围叛徒米提林。第二年，伯罗奔尼撒盟军兵分两路，一路按惯例进行“阿提卡打酱油之旅”，另一路从海路前往米提林“助拳”。
很有喜感的是，伯罗奔尼撒盟军再一次因粮草问题而退出阿提卡，而被雅典人围困多时的米提林人望眼欲穿，怎么也等不到伯罗奔尼撒盟军的海军前来支援，只得投降。结果1000人被处死，城堡被拆毁，海军被全部收编。
在这个时期，反叛强大的雅典，显然代价是惨重的。
出于东、西包围对方的战略目的，雅典的亚西比德煽动狂热的提洛同盟远征西西里。民众组成了134条战舰、5000名长矛兵的庞大海上远征队，整体兵将约32000人，还有成千上万打算发战争财的群众跟随。
伯罗奔尼撒战争的西西里战争部分，就这样爆发了。
西征路上，雅典人获得了第一次激战的胜利，但此时主将亚西比德被雅典“十二道金牌”召回——由于出征前“路人甲”将雅典市里的神像破坏，而有人怀疑这事情和亚西比德有关。虽然这事在出征前就发生了并且没有任何的证据，但给雅典人留下了印象。纠结了许久之后，宗教意识深厚的雅典人总算想明白了——还是得把这家伙叫回来审判一下，因为除了破坏神像的嫌疑之外，他还被控嘲笑宗教仪式。
这哥们儿很无语，心知回去不管答辩好与歹，都没啥好果子吃，便在半途逃到了伯罗奔尼撒盟军中。雅典方面最终因他的缺席，宣布了他以及同伴的死刑。
而这，成为了雅典灾难的开始——
亚西比德跑路后，继续征服西西里的远征军分为两部分，并且取得了叙拉古战役的初步胜利。在雅典增援部队加入后，叙拉古面临被重重封锁的局面。但斯巴达和科林斯人赶到西西里加入战局，从根本上浇灭了雅典人在陆地上围困叙拉古的意图。雅典主将只得向国内请求增援。
在投降的亚西比德一再煽动下，斯巴达人坚定了进攻雅典的决心，不但向西西里增兵，而且准备再一次进入阿提卡，并采取瓦解雅典同盟的策略。
这一回，斯巴达人学聪明了，不再搞“阿提卡打酱油半年游”，而是在高地长期驻扎，形成对雅典的陆上包围，由斯巴达王阿基斯亲自坐镇指挥。这一策略显然比十几年前的定期打酱油管用得多，很快，雅典人感受到了压力——全部人都撤到城里，土地就没人管了，外头来的粮食还必须得绕道。更让他们头疼的是需要两线作战：大本营被长期围困，而远征西西里的船队也陷入困境，像个无底洞，只见往里扔钱、扔人，却不见有好消息。
西西里战场上，雅典远征军的处境越来越不妙，不但面临着叙拉古人和斯巴达人的围攻，并且几乎整个西西里都站到了对立面。更可怕的是，对手们很快就有信心在海上对抗强大的雅典海军了。战争进行得很惨烈，在盟军面前，雅典的海上远征军遭到了灭顶之灾，丧失了约5万人，其中重装步兵1万余人，还有战船200余艘。
这对整个提洛同盟来说，是一场可怕的、令人恐慌的败战。西西里战败之后，雅典海军再没有回到以前的辉煌。
而这场战争的胜利，却带给斯巴达人称霸希腊的信心——斯巴达王阿基斯迅速向各盟邦筹款建造战船。他要打造一支在海上足以打败雅典海军的船队。此外，这场败仗也让希腊的许多中立城邦加入反雅典阵营，甚至于一些提洛同盟城邦，也开始脱离同盟。
人心乱了，队伍不好带了。
那个投敌的亚西比德没闲着，跑到东面帮着策动城邦叛变，并且找到波斯人，再三约定由波斯和斯巴达东西夹击雅典。随后又提出让希腊人互相摧残，以坐收渔翁之利的战略。
公元前408年，波斯王子居鲁士二世出任小亚总督。在他看来，希腊这场内战两败俱伤对波斯是最有好处的。于是他掏钱让斯巴达造船，还出高薪拉拢了许多有经验的水兵，这使得雅典舰队面临兵员不足的困难。斯巴达海军统帅莱山德利用亚西比德的麻痹轻敌，在雅典西面对岸的诺丁姆海角打了个胜仗，让悲剧的亚西比德又面临信任危机，亚西比德被罢官，并永远离开了雅典。
公元前405年，伯罗奔尼撒战争的最后决战来临——这一年夏末，莱山德率盟军从海上全面进攻雅典，雅典派出庞大的180艘战船。
双方在羊河口摆开战阵——这地方是黑海通往爱琴海的狭小海口。一连四天，面对雅典人的挑战，莱山德不为所动。第五天，雅典人照例挑战，完事之后驾船习惯性地返回，待雅典士兵离船登岸后，伯罗奔尼撒盟军发动总攻。顷刻间，强大的海上帝国舰队最后法宝被彻底瓦解，提洛同盟分崩离析，伯罗奔尼撒战争进入倒计时。
很快，通往黑海的道路也随之落入斯巴达人之手。莱山德接连发动攻势，把各地的雅典人驱赶回雅典城，然后对雅典进行海陆包围。长达数月的围困，使不堪饥饿之苦的雅典人终于乞降。
雅典城破，苦大仇深的科林斯人和底比斯人主张消灭雅典人，但斯巴达人不愿因此而致科林斯等城邦势力过大，他们需要利用雅典的力量来平衡科林斯、麦加拉等城邦的实力。
斯巴达人的说法是——雅典人在希腊人最危险的时刻曾立过大功，不宜处之过甚。结果，根据斯巴达人提出的条件，雅典人答应毁掉雅典城至港口的长城；交出全部舰队，只保留12艘用于警戒的船只；恢复被流放者的地位；服从斯巴达人的领导。
公元前404年4月，和约签订，伯罗奔尼撒战争结束。
在这次对希腊兄弟的战争中，显然雅典人对自己的同盟者压榨过甚，为自己埋下了祸根。所以在战争末期，随着雅典的落败，同盟者叛变速度比啥都快，不再有丝毫的留恋。
而斯巴达人喊着解放的口号，轻而易举地煽动到了许多支持者。但与波斯人的结盟，出卖了小亚细亚城市，也给自己、给整个古希腊城邦的命运，埋下了定时炸弹。战后，斯巴达人又不乐意对波斯妥协，因此他们不得不与波斯作战，一直到公元前386年，古希腊的黄金时期也随着战争宣告完结。在接下来的几十年里，希腊各城邦又陷于针对盟主斯巴达的内斗，极大地削弱了希腊的对外抵抗能力。最终，北方的马其顿崛起，迅速南下吞并了希腊。
