第二行星攻略战不出意料的以果核舰队一方的全面胜利而告终，放逐者势力被驱逐，遗留的人类世界深陷混乱与动荡之中。此时的第二行星与当初的果核舰队刚控制比邻星β时一样，政治、信仰、人道主义危机等等矛盾错综复杂。
当初果核舰队处理过这种战后残局。尽管他们对比邻星β上的普通人类进行过救援，也曾授予科技支持重建，还引导树立了唯一神信仰，但总体来说，他们与普通人类交流很少、行动隐秘，导致人们印象中众天使经常是一个旁观者的角色。
表面上看果核舰队的做法好像是无为而治，行星上的人类世界自行调节恢复了一定的秩序，但是如果没有弥赛亚降临，内战的悲剧也是不可避免的。因此林明远更相信另一种解释，阿赖耶识本来就是安排他来处理普通人类的问题，果核舰队的不作为是因为没有被分配任务。
使命在身，那么对于林明远眼下最重要的事就是收拾第二行星的战后残局。普通人类不会像先知和使徒们一样冷漠，他们受限于有限的生命，拥有强烈的情感波动，所以人类自由军首先要考虑的是如何救死扶伤、如何保护弱小，如何快速的稳定局势，减少社会重建的痛苦和代价。
从恶魔手中救出的孩子是最优先援助的对象，林明远给这些孩子安排照顾他们的家庭，由于第二行星局势未稳，这些孩子只能被送到比邻星β。为了做出表率林明远他们的神圣家庭也收养了一个孩子，这个孩子就是星美，星美和埃迪差不多年纪，所以认了伯爵夫人为母亲，和埃迪兄妹相称。
第二行星上人道主义救援行动取得了阶段性的成果，接下来人类自由军开始应对下一项挑战，建立新的政治秩序。这里的政治问题原本应该和比邻星β上一样，人类自由军运用以往的经验就可以轻松搞定，但是出乎意料的是这里的旧贵族并不好对付。
他们结成了更为强大的同盟，并且迅速的废除了旧的教廷，成立了新的信仰唯一神的教廷，老教皇被公开处决，而新任教皇就是老教皇手下曾经最受信任的一个主教。社会重建的进程大大加快，本来对人类自由军来说是个好消息，但是问题是他们不承认弥赛亚，也不承认真神在地球，而是把真神虚化成一个抽象意识体，这个意识体操纵着果核舰队和放逐者之间的战争。
林明远隐约已经猜到为何会出现这样一个局面，因为他用错了一个人。人类自由军内部这时出现了宗教狂热的倾向，大部分人主张武力讨伐，深谙政治的麦克斯借机成为了这些狂热分子的领袖，而监督则是躲在幕后推波助澜。
林明远十分为难，他不能接受再一次挑起内战，尤其还是宗教战争。可是对手是马林或者至少是马林一样的人物，单纯搞宗教他必然搞不过对方，何况对方手里很可能还有丽塔和奥古斯都做人质。
“我想到了一个办法，想跟你们商量一下。”林明远在弥赛亚号的舰长准备室里对莎拉和埃迪说道。
“什么办法？”莎拉问道。
“用我换回丽塔和奥古斯都。”
“你确定他们在那边么？”埃迪问道。
“不确定，但我只要提出这个建议，如果情况和咱们猜测的一样，就能救回丽塔他们，然后宗教上的问题也能解决。”
“宗教问题怎么解决？”埃迪问道。
“他们不承认弥赛亚，如果我不当这个弥赛亚，那么两边就可以开一次宗教会议，把对真神的理解统一一下。”
“对呀，但是你宣布退位不就行了？如果丽塔和奥古斯都在他们手上的话，谈判成功了，他们还不放人么？”埃迪说道。
“他们会担心林再变回弥赛亚，所以林才要把自己交到他们手上。”莎拉对埃迪解释完，用十分严肃的眼神看向林明远：“你想过你落到他们手里，他们会怎么处置你么？”
“呵呵，有什么关系呢，这是我的责任。”林明远苦笑着说道。
“不行啊，弥赛亚大人！你不能去，前任教皇就被他们送上了断头台。”埃迪冲过来跪在林明远面前，双只手抓着林明远的一只手恳求的说道。
林明远扶起埃迪，让他坐在自己旁边，然后握着埃迪的手说道：“丽塔他们面临的是一样的危险，咱们是四位一体，他们怎么对我也会怎么对丽塔。我看过老霍尔的量子推演，咱们四个只能回去三个。”
“这——”埃迪一时语塞。
“对方不会同意。”莎拉保持着严肃的语气，“你刚说咱们是四位一体，那么就算没有你，我们三个随便哪个都可以继承弥赛亚的身份，所以用你的牺牲去换来宗教和解是不行的，除非——除非咱们三个一起。”
“我同意，要死咱们就死在一块。”埃迪激动的说道，不过下一刻他看向莎拉又有些自责的说道：“莎拉姐姐，对不起我的意思不是让你也——”
“埃迪你说的没错，如果林做了决定，不管怎样我都陪着你们。”莎拉这时也走过来坐在埃迪身旁把他抱在怀里。
“莎拉、埃迪对不起，不过我想如果对方是马林的话。”林明远握住了莎拉的一只手说到，“他应该会放过你，到时不必为我们陪葬，人类自由军需要你这样的英雄。”
林明远向对方提出谈判邀请，同时他安排伯爵夫人去应付麦克斯和监督。伯爵夫人开始是坚决反对林明远的解决办法，她说她接受不了看着自己的孩子们去送死，但莎拉告诉她对方就是马林，他们判断马林不会伤害他们三个，夫人曾经和马林是情人关系，她似乎很容易的相信了莎拉善意的谎言。
夫人提出了要去和马林谈谈，被林明远他们拒绝后也没有坚持，她随后说自己没有把握能独自掌控大局，他需要一个在信仰上能随时继承弥撒亚之名的人物，这样才能在关键时刻弹压那些借宗教之名搞政治投机的野心家。
夫人的要求是弥赛亚必须留下子嗣。莎拉由于在突袭海伍德市的时候受到了过量辐射，所以婚后一直未能怀孕，而且即便现在怀孕也不可能在谈判之前生下孩子，所以夫人把星美带回了第二行星。
莎拉拒绝了通过基因技术让星美替自己代孕的方案，于是在夫人的主持下，在弥赛亚号巡洋舰上秘密举行了星美嫁入神圣家庭的仪式。第二次四个人的新婚和蜜月，林明远最终让星美怀上了埃迪的孩子，因为他觉得他可以去争取让马林也放过埃迪。
谈判如期举行，对方接受了林明远的提议，随后邀请林明远、莎拉和埃迪前往他们的教廷所在地色雷斯。在色雷斯三人见到了新任的教皇，教皇始终对身边一个穿着黑色斗篷带着面具的僧侣唯唯诺诺，随后教皇把他们交给了这名僧侣。
这名僧侣把林明远三人带到了一处豪华的官邸，他告诉他们这里就是老教皇的旧居，他带他们参观了老教皇一家被处决后挂满了整面墙壁的塑化人头。在这里这名僧侣摘下了他的面具，他正是马林。
林明远看着几个明显是少男少女的人头愤怒的质问到：“你太残忍了，连这些孩子也不放过。”
马林玩弄着一个少女头颅的麻花辫毫不在意的说道：“送上断头台的最小只有18岁。那些未成年的孩子们是服下毒药后睡死过去的，死的没有痛苦。”
“你这个禽兽。”林明远骂道，随后面对着人头墙闭上眼睛问道，“你准备怎么处置我们。”
“哈哈，别担心，弥赛亚大人又不是最大恶极的教皇，但是你不是一个合格的弥赛亚，你这样优柔寡断的人只会为人民带来灾难，所以还是像过去一样我来代替你完成你的使命。”马林走到林明远面前，用手背拂过林明远的面颊，“你只要配合，我会为你安排一个体面的结局。”
“说吧你想要我干什么？如果你还有一点良知的话，你就放过莎拉和埃迪，还有丽塔和奥古斯都。”说完林明远尖锐的目光射向了马林。
“呵呵。不愧是弥赛亚大人，你果然是已经想到丽塔在我手里，上次你们没有让果核舰队去追击恶魔我就猜到了。”马林说着走到了莎拉面前，用手捏着莎拉的下巴说道，“丽塔现在很安全，但我不能放她回去，她现在情况很特殊，至于我要弥赛亚大人做什么，呵呵”
马林再次回到林明远身边，凑到他耳边说道：“我要嫁给你。”
林明远没有任何意外的表情，他淡淡的说道：“然后让我消失，你来继承弥赛亚的名号。”
“你不愿意么？”马林又走到埃迪面前，摸着埃迪的头说道，“我也可以选择把你们挂在墙上。”
“我同意。”“我不同意。”林明远和埃迪分别说道。
“不用管他，我说了算，我在的场合只有一个弥赛亚。”
“弥赛亚大人！”埃迪激动的看向林明远。
“闭嘴。”林明远狠狠的说道。
再一次举行了四个人的婚礼，这次是在色雷斯大教堂金色大厅里举行的，并且通过媒体向两颗行星同步转播。婚礼过后马林的人在莎拉和埃迪的面前带走了林明远，埃迪默默的含着眼泪目送他离开，虽然他很想和林明远同生共死，但是莎拉替林明远告诉他为了星美和孩子他必须努力的活下来。
马林带着莎拉和埃迪回到比邻星β，随后马林对外宣布林明远死于一场罕见的疾病。他宣称这种疾病对普通人影响甚微，只对有着神圣基因的弥赛亚才会致命，另外从宗教的角度他顺理成章的把林明远的死说成是蒙神召唤重返天国。
林明远其实并没有死，他被马林软禁在了色雷斯那栋挂满人头的豪华官邸。在这里他见到了丽塔和奥古斯，他也知道了马林不放丽塔的原因，因为丽塔怀孕了。
丽塔在来到第二行星之后发现自己怀孕了，那时单纯的她便告诉了奥古斯都，因为她不确定孩子的父亲是林明远、埃迪还是奥古斯都。奥古斯都为丽塔的身体着想向当时是指挥官的马林汇报了这个情况，希望他不要让丽塔再去参与过于激烈的战斗。
丽塔看到恶魔巢穴里孩子们的惨状，然后跟马林提议攻击恶魔尚未撤离的基地，马林拿出了一个看上去十分可行的计划，但以人类自由军内部有放逐者间谍为由，要求丽塔他们必须全程隐蔽行踪。行动计划其实是一个圈套，丽塔他们落到了恶魔手中，马林为放逐者设计了帮助他们扭转战局的计划，因此恶魔没有杀害丽塔他们而是把他们交给了马林。
虽然反败为胜的计划最终破产，但聪明的放逐者并没有归罪于马林。马林因此得以继续借助放逐者的力量，快速整合旧贵族势力，提前废立教廷，和人类自由军分庭抗礼。丽塔他们也被马林转移到了色雷斯。
原本准备武力对抗人类自由军的马林，把丽塔和丽塔肚子里的孩子视为一张保命的王牌，直到林明远提出了超乎他预料的谈判建议。现在，对于已经获得了弥赛亚身份的马林，丽塔其实已经失去了价值。
继续软禁丽塔的原因是一来不好解释丽塔他们失踪的事，二来丽塔将来生下的孩子就是弥赛亚的子嗣，如果丽塔回归也不利于他控制这个孩子。林明远知道马林现在正是春风得意之时，将来如果因为林明远或这个孩子而危及他的地位，他会毫不犹豫的让他们三个和还在肚子里的孩子永远消失。
这个豪华的官邸虽然恐怖，但他们三个也是半死之人，和臆想中的老教皇一家的鬼魂同在一个屋檐下，他们反倒觉得获得了一种超脱生死的舒适和惬意。林明远请求在埋葬了老教皇孩子们的院子里种满了彼岸花，他恢复了原来在地球上冥想打坐的习惯，日复一日他好像更深刻的参悟到寻找彼岸花的意义。
丽塔的孩子顺利出生，三个人为此沉浸在巨大的喜悦之中。喜悦过后，林明远马上就想到了另一桩将要到来的喜事，但也可能是他们现在四个人生死攸关的一刻。过些日子星美那边也该生了，那时夫人如果凭借弥赛亚的子嗣对马林采取行动是完全有可能的，而且自己和莎拉分开前交代过，就当他已经死了，以后做事不必有所顾忌。
一段三人带娃的日子之后，丽塔的孩子快100天了，马林终于带人来到了这处开满彼岸花的官邸。丽塔抱着孩子，四个人在艳丽的彼岸花海中等待着马林，马林身边跟着一个拿着食盒的随从，他走到四人面前，让随从打开了装满各色菜肴的食盒。
林明远苦笑一声说道：“这是准备送我们上路么？”
马林走到丽塔面前逗弄了几下怀抱里的婴儿，丽塔怒目而视，若不是抱着孩子，丽塔必定会冲上去扭断他的脖子。马林并不在意，因为身后的武装士兵正对着四人举着枪，激光枪发出激射前的嗡嗡声。
马林走回林明远身边，从口袋里掏出了一个东西拿到林明远面前。林明远一看不由得一惊，这东西正是那个他用来联系先知的通讯水晶。
马林笑着说道：“我给你两个选择，拿着它，然后按照我的命令指挥果核舰队，或者你带着丽塔和孩子吃下我给你们准备的最后一餐，然后我带着奥古斯都回去给人民一个交代。”
奥古斯都听明白了马林要让自己当替罪羊的打算，喊着：“你这个卑鄙的小人。”然后冲着马林冲了过来，随后便被激光枪击中大腿栽倒在地上，当他挣扎着要爬起来的时候，他的另一条腿又被击中，他只能趴在地上一边咒骂一边哀嚎。
“住手。”林明远对着马林喊道，“把水晶给我！”
马林非常满意的把水晶交给了林明远，然后对林明远笑着威胁道：“不要在先知那儿说我坏话哦。”
说着马林抢过来士兵手里的枪指着此时正在丽塔怀里熟睡的孩子。
“你要我说什么？”
“让众天使派出战舰降临到海伍德市，然后用众天使的名义让海瑟安娜（伯爵夫人）那个蠢女人交出那个私生子。”
“唉——”林明远无奈的叹了口气，然后拿着水晶原地坐下，开始通过冥想进入了幻境。
过了一会儿，被林明远托在手中的水晶开始发光，光芒被限制在一个表面如水波流动的光球之内，然后光球的范围在不断扩大，逐渐把马林和林明远他们四个人全部都笼罩在内。
马林本能得用手挡着水晶发出的刺眼的光芒，当光芒消失他才重新看清了周围的情况。这时，林明远他们四个包括丽塔怀中的婴儿都已经躺倒在地上没有了气息，他们每个人的脸上都是同样的无比安详的模样。
马林知道他着了林明远的道，但事情已无法挽回，他歇斯底里的用手中的激光枪射击四个人的尸体，身后的士兵也跟着射击，庭院中立刻充满了混合着彼岸花香和血肉焦糊的味道。
