随着时间的推移, 距离实施跨海突袭的时间, 己经剩下不到两个月了。而且一但跨海突袭行动开始，也就意味着收复南京的军事计划开始正式启动。因此这一段时间里，浙江的各项准备工作也在紧张的筹备当中。
而且现在商毅不仅仅要考虑战事的计划，而且还有军队的扩大和编组、各种军用器具的制造和积攒，以及实行跨海突袭的军队规模，战船组合、士兵、弹药、物资等等事情，也都需要他来费心，因此每天也都忙得不可开交。当然也不仅仅是他一个人，整个杭州，乃致整个浙江地区的官员, 军队, 工人，也都在紧张的忙碌之中，就连商毅的妻妾们，也不例外。
当然到了这个时候，叶瑶瑱的腹部己经明显凸起，现在己经完全是一付孕妇的样子，因此也得到了全家的重点照顾，虽然这时叶瑶瑱还要付责相当一部份政务工作，但朱媺娖和陈圆圆也帮她分担了不少，到还不算很辛苦，而由其是商毅，无论的公务有多忙，每天也要抽出一些时间来，陪着叶瑶瑱散步说话，每天如此，绝不间断。
而时间就在这样紧张和忙碍中一天一天的渡过，到了七月下旬，统战部也正式拿出了一份军队扩编之后的正式编制，除了现在的五军都有一定程度的扩大之外，还新成立了两个军。
首先是湖北战区的商家军正式编制成为第六军，由李定国出任军长、黄庆文任副军长，李牟任参谋长，原来九师的副师长李汉军接任李定国，出任九师的师长，三旅的旅长，也由副旅长丁其兵接任任，另外还扩编师、旅各一个，番号为十八师，二十二旅，由李成栋任新编十八师师长、李本深任新编二十二旅旅长，扩编之后，第六军佤总计兵力为三万六千人左右。
下一步第六军的任务是进攻黄州、蕲州等地，全面占领黄州府地区，然后向两侧扩张，为下一步浙江地区进攻南京，吸引淸军的兵力。
加上驻守扬州的第二军，共计兵力约五万七千人。现在整个江北的兵力己经达到了九万左右。
而在浙江地区，把驻守浙南的军队编制为第七军，由段鹏出任军长，特种兵旅扩编为特种兵师，旅长何冲升任师长，并兼任第七军副军长，把原属第一军的第十师划归第七军，别外还有两个新编旅，番号为十六、二十一旅。总计兵力为三万六千人。现在驻守在浙江南部与江西、福建交界的地方。
第七军成立之后，第三军又补充了一个步兵师，二个步兵旅，现在总兵力将达到四万五千人左在，加上成进的第一军兵力七万四千人，驻守浙江北部。商家军在浙江的总兵力已经达到了十五万以上。
江北、江南相加，正式部队的兵力差不多己经达到二十五万左右，从部队数量上来说，收复南京的兵力，差不多是足够了。
同时执行跨海突袭计划的部队也己经决定下来，这次将出动海军的第一、二分舰队，共计大小战舰五十八艘，水手士兵达到近六千人，另加运输船五十三艘，组成全部的突袭舰队。而新建成的一级战列舰岳飞号, 现在己经完成了基本的各种试航、调校工作，也将正式参与这次跨海突袭行动。
其实这次海上突袭中，打大海战的机会并不大，而岳飞号参与，更多是出于像征意义，另一方面也是因为岳飞号的运输能力强大，除去全船配备的水手士兵以后，还可以装纳三个营的士兵。这么强大的运输力量，在这次跨海突袭中，也是非常有用的。
而除了海军部以外，参加这次跨海突袭行动的，还有从第一军抽调第五师，从第七军抽调一个特种兵团张达江随舰队北上，付责登陆之后的战斗。这次跨海突袭行动由海军的统领成钢担任总指挥，而登陆部队由第五师程培经，和特种兵团团长张达江担任。
整个跨海突袭分两个阶段完成，首先由突袭舰队在辽东登陆成功, 攻取了盛京，然后再由山东战区发动跨海突袭的第二阶段作战，在大沽口登陆，攻取天津卫，给淸廷形成双重打击，迫使淸廷必须从南方调兵。
现在整个突袭舰队也在做着最后的准备工作。
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商家军在准备，清军这时也同时在做准备工作，当然清军是准备对湖北再次发动进攻。
就在洪承畴和勒克德浑南下江西督战的时候，清军在湖南战场上，又取得了一连串的胜利。
自从何滕蛟和堵胤锡夹击荆州的战役失败以后，在湖南的南明军也被迫转入防守，何滕蛟和堵胤锡分兵驻守长沙府和崇德府，以抵挡清军向湖南的进攻。
清军对湖南的进攻釆取东进西守的战术，由耿仲明首先派部将徐得功、连得成从岳州出兵，进攻新墙县。何腾章旷部署新墙县的防守，章旷派出招募的督、抚标下亲军守卫新墙县，由吴承宗、姚友兴、龙见明、满大壮四人率军两万驻守新墙县。
但被何滕蛟寄于厚望督标亲军根本就是一群乌合之众，等清军杀到之后，一下孑就被打得大败，结吴满大壮阵亡，龙见明被清军活捉，吴承宗、姚友兴等闻风丧胆，弃地南逃，新墙也被清军占领。
何腾蛟和章旷闻迅之后，也都大为震惊，为了挽回败局，两人又聚了五万大军，准备复夺岳州，由章旷督兵由湘阴进军，王进才和王允成部带领的水师由湘水进军，两路大军浩浩荡荡水陆并进，企图一举攻下岳州，进而收取湖北。并且还移文堵胤锡，让他从常徳出兵接应。堵胤锡接报之后，也命忠贞营马进忠出兵，北入长江顺流，进攻嘉鱼，配合何腾蛟作战。
清军的岳州守将马蛟麟见南明军势大，一面守城，一面向武昌请援。耿仲明也立刻派儿子耿继茂率部将石明雄、宋国辅、潘孝等人来救援岳州。
那知清军的援军还没有到达岳州，马蛟麟带着副将李显功率六百名骑兵出击，在万由桥迎战明军的先锋黄朝宣、刘承胤部的一万人马。结果一战下来，明军又被杀得大败，而这时清军的援军也赶到战场，趁势追杀五十余里，接着又击败王允成部的水师。章旷一直败回了湘阴。
幸好这时，受堵胤锡节制的马进忠部率军由长江东下，直至嘉鱼县六矶口，使清军回军相救，这才使章旷得以守住了湘阴。但章旷败阵，使马进忠也不敢在嘉鱼县久留，只好也回兵崇德。而这一战又遭失利，使章旷、何腾蛟更是愧恨交加。
而这时耿仲明又亲自率大军，乘着大胜明军之势，出动大兵直取长沙。清军进迫，明军根本就不堪一击，纷纷如鸟兽散。章旷率军放弃湘阴逃往长沙，同督师何腾蛟商量对策。但何滕蛟这时也是策手无策，只能向驻守常德的堵胤锡救援。
堵胤锡收到了何滕蛴的求救之后，立刻派造马进忠、王允才部赶来救援长沙。但马、王二部还在途中时，清军就已经直趋长沙城下。何腾蛟、章旷眼看援兵未到, 也不敢于清军交战，只好乘船南撤，弃城而逃，结果清军兵不血刃, 就占领长沙。
随后清军又乘势两路进军，一路进攻常德府, 一路逅击何滕蛟。
因为这时长沙己失守，堵胤锡在常徳府也是孤掌难鸣，因此也守不住常徳，和忠贞营一起，败退到菱东地区，暂时驻守, 等待时机。而何滕蛟却是兵败如山，连续放弃衡州、宝庆、辰州等地，一直败退到永州。章旷在败退途中染病，死于永州，偏沅巡抚傅上瑞、部将董英、黄朝宣等人都向清军投降。
到这个时候,湖南之地仅仅只剩一个永州, 其他的地方基本都被清军占领了。
而耿仲明正要乘胜进军，夺取衡州，与尚可喜在湖南南部会师的时候，洪承畴的命令传来，令耿仲明把湖南交由韩岱管理，率领本部人马，立刻返回武昌，准备参加清军第四次征剿湖北商家军的战斗。
三次进攻湖北都惨惜失败，相反还使湖北地区的商家军实力越来越强，地盘越来越大，由其是第三次进剿失利之后，整个黄州府都差不多被商家军占领了。尽管在这个时候，清军在湖南、江西、福建的战场上都连连得手，但洪承畴依然是忧心忡忡，毕竟现在清廷最大的敌人还是商家军，而不是其他的南明势力。这也让洪承畴觉得，如果再不尽快剿灭湖北的商家军，以后恐怕就越来越难了。
现在湖南、江西、福建都己经平定了下来，而且鳌拜部也己经到达南京，洪承畴还从江西带回来五万人马，兵力是足够了，因此洪承畴也觉定，立刻再对湖北的商家军发动新一轮的进攻。回到南京，把郑芝龙送走
而这一次把耿仲明也调回来进攻湖北，主要是不想让他和尚可喜顺利在湖南南部会师，因为当初分派吴三桂、尚可喜、耿仲明三人进取南方的时候，就作了精心的安排，把他们三人分割开，现在吴三桂远在四州，不足为患了，但一定不能让耿仲明和尚可喜再汇合了。同时洪承畴也打算借这次进剿商家军的机会，消耗耿仲明的实力，不过洪承畴自然不可能向阿济格做得那么明显。
虽然耿仲明心里不愿意，但这时只有他一个人，可不敢违抗洪承畴的命令，只好把湖南的事情和韩岱做了交接，然后带着本部的人马，返回武昌。
韩岱则带领大军，继续向永州发动进攻，然后与尚可喜、金声桓等人会师，继续南下，进攻两广地区。
