以萨，长两藩军队为主为主力的新政府军和旧政府军在西南的鸟羽，伏见爆发了激烈的战斗，同时标志着内战的开始。新政府以仁和为征讨大将军，下令征讨旧政府。这个命令深得人心，人们自发组织起来，与征伐军一起进攻旧政府，新政府军士气大增，使得一些藩脱离旧政府，战争的结果是旧政府军大败，撤退至坂城。坂城是华山国军事重镇，而此时旧政府很多掌权人都保持中立，在这种情况下，庆喜抛下了尚在顽强战斗的队伍，与旧政府的重要官员潜逃回了京城。
执权者逃回京城的消息传出去后，极大的挫伤了旧政府军的斗志，很多旧政府军偷偷的逃离了战斗。面对这种情况旧政府军最强大的军事力量海军不得不放弃自己原来的阵地，海军武扬将城中藏金十八万两搬上了军舰，并接载了部分伤兵驶向京城湾，。就这样新政府军顺利攻入坂城，完全控制了这个军事重镇。
南方的决战的失败使得旧政府的军事实力受到了严重削弱，在加上至尊下达的“征讨庆喜令”，紧接着又撤掉庆喜前内大臣职务，剥夺顽固支持旧政府派的封地和官职，宣布将旧政府领地列为朝廷领地，打倒旧政府运动基本取得胜利。在旧政府方面，自庆喜逃到京城海角后，旧政府内部分裂成两派：“恭顺派”和“主战派”。“恭顺派主张”用温和的方式保住旧政府最大的利益，庆喜采取了“恭顺派”的建议，解雇了支持“主战派”，主张先争取古山国的援助再进行决战的古山国军事教官，任命奉行“绝对恭顺”的海舟为陆军总裁，主持旧政府事务。
此后，在战争中新政府军取得节节胜利，不久，政府军进入京城海角，统治华山国几百年的旧政府政权被彻底推翻了。内战一直持续到武扬被迫投降才告结束。
