谭嗣同的后期思想以《仁学》和《以太说》为代表作。《仁学》5万余字，尽管字数不多，却是谭嗣同最重要且最大部头的著作。《以太说》则是一篇短文，也是谭嗣同留在世上的天鹅之歌。《仁学》和《以太说》表明，与早期相比，谭嗣同的思想已然发生了巨大变化。仅从题目上看，《以太说》就是对以太的阐发，表明他已经从对西学的拒斥转向了接纳、借鉴。《仁学》更是佛学、中学与西学和合的产物，《仁学》书目单包括“佛书”“西书”“中国书”三大类。在《仁学》一开头，谭嗣同就为读者列出了一张书目单，书目单上除了以《周易》为首的四书五经、《墨子》、《庄子》、《史记》，以及“陶渊明、周茂叔、张横渠、陆子静、王阳明、王船山、黄梨洲之书”【34】，还有“佛书”和“西书”，并且内容丰富。其中，“佛书”包括“《华严》及心宗、相宗之书”；“西书”更是包罗万象，包括“《新约》及算学、格致、社会学之书”【35】。这传递出一个重要信号，即谭嗣同已经接纳佛学和西学，对于佛学的态度转变更大。《仁学》书目单将“佛书”置于首位，并宣布佛教在孔教和耶教之上。《仁学》是“北游访学”的产物，标志着谭嗣同的哲学转变即心学的完成。《以太说》在谭嗣同生前于1898年5月6日发表在《湘报》上，《仁学》在谭嗣同生前并未出版。谭嗣同在牺牲前将《仁学》托付给梁启超，由梁启超后来在《清议报》上刊出。
“不敢专己而非人”“书此尽变西法之策”是谭嗣同在甲午海战失败后痛定思痛的心得，也预示着他经过转变的哲学建构和心理意趣摈弃了固守中学之念，转向接纳西学，笃信佛学。此时，谭嗣同将救亡图存的希望和路径寄托于平等、自主、民权，并由此对三纲展开批判。他对平等、自主的论证和对三纲的批判所运用的理论武器是佛学、庄子，以及被他说成是庄子后学的明清之际早期启蒙思想家黄宗羲、王夫之等人的思想，同时包括对西方民主思想的向往和借鉴。在哲学上，谭嗣同宣布仁是世界万物的本原，尽管他所讲的仁是慈悲，仁学以佛学为主要来源，然而，不可否认的是，仁学体系是借助以太、电、力、元素、脑科学等名目繁多的西方自然科学成果完成论证的。很难想象，抽掉了其中的自然科学知识和概念，仁学建构能够完成。尤为重要的是，谭嗣同断言：“仁为天地万物之源，故唯心，故唯识。”【36】这意味着他所推崇的仁就是心，正由于心仁互证，《仁学》才能达到“以心度一切苦恼众生”的目的。谭嗣同所讲的心主要指佛学的慈悲之心，这与仁学的佛学主旨相映成趣。与此同时，西学在其中发挥了重要作用。除了力与心并提、推崇心力、电与脑相混、借助电解释脑以及人与人之间的关系、论证意识的精微神妙之外，还有宗教学和心理学知识——前者表现为对基督教的“爱人如己”、灵魂不死、天堂地狱等教义的吸收和对教阶制度的借鉴，后者的集中表现则是对乌特亨立的《治心免病法》的发挥以及对人的各种心理、意识现象的分析。
谭嗣同后期思想的最大变化是由唯物论走向了唯心论，体现在对世界本原的看法上则是由早年恪守元气论转向推崇仁、心、识。伴随着这一转变，他推崇的经典文本和中学人物均发生了变化：在经典方面，除了《周易》外，增加了《春秋》等书；在人物方面，除了王夫之外，庄子、黄宗羲取代了王充和张载等人的位置。《周易》和王夫之无论在早期还是在后期都给谭嗣同以重要影响，实质内容却已经发生转变。对于谭嗣同的后期思想来说，二者的作用除了宣扬平等，主要是与庄子的思想、佛学的微生灭、以太说、元素说等一起论证宇宙的变化日新、万物的“旋生旋灭，即灭即生”【37】。
一方面，近代哲学家从严复到孙中山、章炳麟都经历了从早期的唯物论到后期的主观唯心论的哲学嬗变和心路历程，这使心学成为中国近代哲学的主流和归宿。在这方面，以善变著称于世的梁启超始终如一地恪守心学，尽管没有由物学（气学）到心学的转变，哲学以心学为主流和归宿则是不争的事实。就谭嗣同的哲学而言，它经历了由物论到心论的嬗变轨迹，呈现出近代哲学的一般特征。中国古代哲学的重镇是以天命论、理学为代表的客观唯心论，此外则是以元气论为代表的唯物论，心学并不发达，始终没有成为“显学”或主流。概而言之，古代心学可以分为三种形态：第一，道家式的超越心学，以庄子为代表，注重个人的内心体验和顿悟，以此彰显个体生命的价值。第二，儒家式的道德心学，以孟子、陆九渊和王守仁等为代表，主要侧重由“自存本心”的内圣开显出外王之道的修养工夫。第三，佛教式的宗教心学，在万法皆空、“三界惟心”中凸显真如恒常。古代心学的三种形态相差悬殊，分别代表了追求个性自由、道德完善与精神解脱的立言宗旨和人生目标，却共同指向了个人的超凡入圣、由俗向真或超拔脱俗。与此不同，近代心学并非个人的超越之路、修养之方或解脱之道，而是改造社会的理论武器，肩负着救亡图存、思想启蒙的双重历史使命。这决定了近代心学不可能像古代哲学那样侧重修养或解脱工夫，而是贯穿本体哲学、认识哲学、人生哲学和价值哲学等诸多领域。作为近代心学的一部分，谭嗣同的心学也不例外。他由早期的物学走向心学正是出于“以心挽劫”——凭借心之力量拯救中国劫运的动机，皈依心学是由于以心拯救中国劫难的需要。心学是近代哲学家拯救中国的精神支柱和理论武器，凭借人的精神力量来救亡图存、启迪民众是近代哲学家的共识。在这个问题上，谭嗣同与其他近代哲学家的初衷别无二致，这也是心学成为近代哲学的主流和归宿的根本原因。
另一方面，无论是谭嗣同早年所讲的物学还是后期所讲的心学，都具有迥异于他人的独特意蕴和理论内涵，故而带有自己的鲜明个性和特色。就后期的心学来说，他所推崇的心，名之曰仁。从这个意义上说，谭嗣同与康有为一样奉仁为世界本原，两人一起建构了近代心学的仁学形态，也由此成为仁学派的领军人物。所不同的是，谭嗣同所讲的仁不是康有为所推崇的儒家的不忍人之心，而是佛家的慈悲。这使谭嗣同所讲的仁与佛教所讲的识、慈悲异名而同实，也使他的仁学建构以佛学为主要来源和主体内容，从思维方式到价值旨趣都是佛学式的，而并非像康有为那样是儒学式的。这不仅意味着谭嗣同的仁学与康有为的仁学不可同日而语，而且印证了此时的谭嗣同已经由早期批判佛学转向皈依佛学。分析至此，大致可以得出如下认识：以佛学为主体的仁学建构既是谭嗣同后期哲学的基本形态，也是他的心学有别于其他人的独特之处。
问题到此并没有结束，谭嗣同的仁学与以太说密不可分，给人一种仁与以太如影随形的感觉：在《仁学》中阐发仁学时用以太论证仁，声称“学者第一当认明以太之体与用，始可与言仁”【38】；在《以太说》中厘定以太时多次提到仁，甚至明言以太精而言之就是仁。无论如何理解谭嗣同所讲的仁与以太的关系，有一点是可以肯定的，那就是：以太与仁一样是谭嗣同后期哲学的基本范畴。《仁学》和《以太说》共同证明，谭嗣同建立了中国哲学史上最系统的以太说，以太说与仁学一样是他后期哲学的重要组成部分。
由唯物论转向唯心论的谭嗣同也讲天，只是这时的天不再像在早期哲学中那样是元气构成的天地之天，而是变成了夹杂基督教之上帝等观念在内的宗教之天。与此同时，天在谭嗣同后期哲学中不再像在早期哲学中那样属于格致之学，而是成为宗教哲学特别是政治哲学的一部分。在这一时期的哲学中，借助上天的权威，“称天而治”成为他宣传平等的手段。
总而言之，谭嗣同既热衷于同时代人共同关注的话题，又对这些话题抒发了自己有别于他人的独到见解。他的思想既带有近代哲学的共性，又拥有鲜明的个性。谭嗣同的思想展示了近代哲学的多样性和丰富性，成为中国近代哲学的独特风景。因此，谭嗣同的哲学思想对于近代哲学史和思想史研究不可或缺，应予以重视，并加强研究。
