就在洛基努力掌控纤原体时，为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人在小遥挑战秋叶大会后就立刻前往将举办庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。
深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。他们跑到悬崖处，发现那正是载着摩天轮和其他游乐设施的流动游乐场的车队。
车队在空地中央停了下来，工作人员开始架设、布置游乐场。小智一行人的失望一扫而空，跑下斜坡激动地看他们建设。
铺设路轨的工程车驶入游乐场，最后而至的小火车将第一拨游客带到了曙光下的游乐场。
小智一行在游乐场尽情玩耍，忽然捡到三个小丑散发的传单，那是大魔术师巴特勒的魔术表演，于是四人决定前去观看表演。
表演在大帐篷进行，巴特勒以将青绵鸟从礼帽中变出来开场，之后又变出了奇鲁莉安。紧接着巴特勒又变出一支一段喷火的魔术棒，一把点燃了红布，红布爆出一团粉色烟雾。待烟雾散去，巴特勒的助手，那位红衣女子黛安抱着一块结晶从桌上站起来。就当她举起那块结晶的时候，坐在观众席的小胜忽然看见结晶发出耀眼的光芒，同时听到一声细微的呼唤。
“正在……呼唤我……”
巴特勒走向舞台前，向观众致意并介绍助手们。在这时小胜又听见那个声音说。
“听见星星的声音……”
“是谁在说话？”小胜疑惑不解，随后那个声音又响起。
“是我，基拉祈”，是助手黛安手里的水晶发出的声音！小胜想一探究竟，把爆米花扔到一边，跑向舞台。小智见状，也把爆米花塞给小遥去追小胜。小胜爬上舞台，打断了巴特勒和黛安，告诉两人自己听到了声音，小智也随后赶到，边道歉边拉小胜回去。不过巴特勒决定顺着他们继续表演，让小丑推出一只箱子，请两个小朋友和皮卡丘坐进箱子，要他们想办法从箱子里逃出去。看着小智和小胜“狡猾地”跑上舞台参加表演，台下的小遥和小刚嫉妒不已。
两人被关进箱子，两个小丑把箱子转了几圈，巴特勒请出了夜巨人。在巴特勒数完十后，夜巨人的破坏光线将把箱子炸个粉碎，所以小智他们必须在这之前逃出来。倒计时开始，灯光聚集在夜巨人和箱子上面，激动人心的时刻开始了，但是箱子里的小胜还在对刚才发生的怪事百思不得其解。不过就在夜巨人的破坏光线发射的一瞬间，箱子下面一空，小智和小胜掉到一块垫子上，随后两人被藏在舞台下的传送装置送走。箱子爆炸了，从浓烟中飞出许多花束。而在这时，小智和小胜已经被运送到观众席后面去了。
小智和小胜在观众的掌声中跑上舞台，就在这时一只机械手突然伸过来抓走了皮卡丘，那两个打工的小丑原来就是武藏和小次郎。两人脱去小丑服，表明了自己的真实身份，皮卡丘想逃脱却因为是绝缘球所以毫无效果。两人乘上飞艇准备逃走，顺手还带上了巴特勒的土狼犬和奇鲁莉安。原来在控制灯光的喵喵也打开了大帐篷顶上的开口，并跳到飞艇上。
眼看三个小偷就要扬长而去，小智决定放出小精灵把他们打下来，却被巴特勒制止。巴特勒对观众说这是最后一场表演，然后就让夜巨人对飞艇使出鬼火。鬼火烧断了一根缆绳，喵喵三人组只好扒在另一根缆绳上，关皮卡丘的绝缘球也掉下来，被小智接住了，随后皮卡丘使出十万伏特解救了土狼犬和奇鲁莉安，两只小精灵漂亮地落在过道上，赢得了一片掌声。最后夜巨人使出黑夜魔影，让三个小精灵小偷彻底消失在蓝天中。观众们以为这是表演里的一部分，全部投以热烈的掌声和欢呼，巴特勒出色地完成了救场表演。
表演结束后，小智一行人留下来，巴特勒告诉了他们关于基拉祈的传说……
据说基拉祈氏只有一千年才会醒来一次，助人达成愿望的小精灵，现在它就沉睡在那块结晶中。至于小胜听到的声音，那是因为基拉祈只有在千年彗星出现的七天里出来活动。据说在那期间，它会选择心地纯真、能够保护自己的少年作为伙伴，也就是说小胜是被基拉祈选中的少年。
千年彗星就要在今晚出现了，巴特勒将沉睡着基拉祈的结晶托付给小胜，请小胜一定要当基拉祈的伙伴，于是小胜收下了结晶。小遥对这块神秘的结晶充满好奇，想要抱一下它，但是因为之前吐槽小胜根本不是个纯真的少年而被小胜拒绝……
傍晚时分，在游乐场的小市上，小遥看中了一款挂饰，店主介绍说那是千年彗星的护身符，“圆梦之星”，又叫“七夜的许愿星”。在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小遥听到它可以达成愿望很高兴，立即买了一个。
天黑了下来，游乐场燃放起庆祝小精灵的烟火，小胜举起结晶，和基拉祈一起欣赏那些美丽的烟火。
小智一行来到离游乐场不远处的一处草地准备观赏千年彗星，但是天上的云迟迟不肯散去，似乎今晚看不到千年彗星了，四人觉得很失望，但仍然坐在那里等待……
夜深了，游乐场的灯火黑了下来，这时天上的云也慢慢散了开来，传说中的千年彗星拖着一条长长的弯曲的尾巴赫然出现在了夜空之中。坐在岩石上的小遥赶紧取出圆梦之星许愿，并折起了第一颗星星的角。三个少年感叹着千年的漫长与瞬间，却发现小胜已抱着结晶入睡。
小遥从岩石上轻轻跳下，坐在弟弟身边，抚摸他的头发。小胜在睡梦中轻轻呼唤了一声妈妈，小遥似乎想起什么，抬起头，闭上眼轻轻哼起了妈妈常唱给姐弟二人的摇篮曲。小遥哼了一段，爬上岩石继续哼唱。在小遥的歌声里，小胜怀中的结晶发出光芒，惊醒了小胜。小胜把结晶放在地上。
“星星……星星在呼唤我！”这次小智、小刚和小遥也都听到了这个声音，那是心电感应。
在远方一片森林深处，一只阿勃梭鲁看见这里的岩石发出了绿光，于是它出发随着绿光扩展的方向奔去。
河马王也看向了阿勃梭鲁奔跑的发现，它在冥想的时候就感知到了阿勃梭鲁一直在监视他们，现在终于能够松口气了。
胡地也睁开眼看向了阿勃梭鲁的方向，又看了看河马王，又闭上了眼。
闪耀的绿光聚集到小胜眼前的结晶，结晶的光芒愈加耀眼，它飘浮到空中，在白色的光辉中伸展出许多白色线条，同时慢慢变形。待白光褪去，结晶已经变成了基拉祈。基拉祈飘落下来，包裹身体的布幔解开，小胜上前接住基拉祈。基拉祈在小胜的怀中慢慢睁开双眼，迷惘地看着周围的一切。小胜他们看到基拉祈清醒过来，围在它身边做了一番自我介绍。
这时，黛安跑了过来，惊讶地发现基拉祈已经清醒，她让四人在自己的房车上等待，自己前去通知巴特勒。
大帐篷顶上的开口打开，千年彗星出现在开口的中央。巴特勒站在舞台的中央，他已经知道基拉祈的清醒了。他宣布“伟大的表演，开始”，舞台上升起四个装置，一根天线升起，对准了千年彗星。这时的黛安似乎感到一丝不安……
在黛安的房车里，小胜着急地想要基拉祈帮助自己达成愿望，“愿望？”基拉祈重复。小遥、小智和小刚也想对基拉祈许愿，小胜一脸不满地说自己才是第一个，同时他也想好了要许什么愿。
“我想要吃好多的点心！”
“点心？”基拉祈又用迷惘的语气重复了一遍，闭上眼睛飘了起来，头上的三个许愿笺亮了一下，但是好像没有看见点心的影子？小胜很失望，但又转口称“相信它可以达成愿望才奇怪呢”，结果被姐姐吐槽“得了吧，小胜才是最期待的人”。这时，小智忽然发现小胜的手上不知什么时候多了一包零食……
“点心、点心……”
就在小胜四人呆呆地望着那袋零食的时候，基拉祈高兴地飞起来，重复一下头上的许愿笺就闪一下，一袋袋零食凭空出现，小胜的愿望竟然达成了！与此同时，在游乐场的一家商店里，老板看见自己的商品一袋接一袋消失不见……
很快，整辆房车就塞满了零食，甚至还将房车的后门都给挤开了。当小智和小刚小胜从零食堆里爬出来的时候，巴特勒和黛安正好赶到，看到基拉祈平安无事，俩人松了一口气。
听了事情的经过后，黛安捡起零食，发现是来自游乐园的，巴特勒告诉小智，这些都是基拉祈用瞬间移动的能力弄来的。
商店里的商品已经全部被基拉祈瞬间转移走了，老板坐在柜台上面挥着空空如也的盒子嚎啕大哭……
小遥在听到真相之后十分生气，命令基拉祈把东西恢复原状！基拉祈理解之后头上的许愿笺又亮了一下。小遥觉得好像不对，但是为时已晚，自己被瞬间移动走了！只听见身后的零食山里发出求救声，大伙才发现小遥倒插在零食中，只露出两条腿在乱蹬，小智和小刚只好爬上山把小遥拔出来……
但是这时基拉祈竟然感到困倦，在小胜怀里睡着了。难道它又要沉睡一千年了？巴特勒解释道这只是基拉祈使用能力后的暂时休息，等七天之后它才会再睡一千年。小胜松了一口气，同时小遥也被扶下来了，大家决定把这堆零食搬回商店。
到了第二天，天渐渐亮了，小胜扒在床上看着熟睡的基拉祈。基拉祈醒来，迷迷糊糊地飘起来，却撞到天花板，又飘落下来，翻了个身坐在床上。基拉祈听见小胜的声音，转过头指着小胜认出他的名字，高兴地飞到他的头上。
小智一行人留在魔术团帮忙。小智和小刚穿上小丑服，化上妆准备去散发传单，而小胜则兴冲冲地和基拉祈跑去游乐场玩，看他高兴地样子就像有了个弟弟似的。
黄昏时候，阿勃梭鲁终于赶到了这个基拉祈所在的游乐场。
巴特勒的魔术表演结束了，小遥在推脚手架时被绊倒，于是小胜跑去帮助姐姐撑住脚手架。但是淘气的基拉祈还想和小胜玩，它把他的眼镜摘掉飞走，结果小胜放手去追自己的眼镜。小遥一个人撑不住这个沉重的脚手架，脚手架倒下来，小智、小刚和黛安闻声赶来，听见小遥抱怨基拉祈。
基拉祈被小胜抓住，却听到头上一声怪响，抬头看见上边的帐篷被划开一道口子，又听到眼前的镜子背面传来吼叫声，紧接着镜子突然被打碎，阿勃梭鲁出现在镜子后面。小胜见势不妙赶紧抱着基拉祈逃跑，被阿勃梭鲁攻击。
小胜被赶到舞台上，小遥和小智派出火稚鸡和皮卡丘对付阿勃梭鲁，而基拉祈竟然把两只小精灵传送走了！阿勃梭鲁转而冲向小智他们，不过巴特勒早有准备，他启动开关，阿勃梭鲁脚下突然出现了一个洞，它掉进去，被关进了笼子里，随后被巴特勒的奇鲁莉安催眠。这时，小胜告诉大家基拉祈说阿勃梭鲁是来接自己的，当大家感到奇怪时，基拉祈却因为使用了能力又睡着了……
夜里，小智他们都已经睡着了，小遥则独自一人跑到车外拿出圆梦之星许愿。许完愿后，小遥看见巴特勒一个人离开房车走向大帐篷……
巴特勒抱走了基拉祈，他把它放到了装置上。黛安看着在笼中挣扎的阿勃梭鲁，告诉巴特勒自己觉得会有灾难发生，请求巴特勒就此打住。但巴特勒认为这没什么，并启动了装置。基拉祈被锁定在装置里，当基拉祈肚子上的真实之眼打开时，它可以从千年彗星吸取到一股非常强大的能量……
现在他把固拉多的一部分装入装置，又让彷徨夜灵对着基拉祈使出精神强念，强迫它打开真实之眼。
此时小胜醒来发现基拉祈不见了，急忙叫醒同伴们到处寻找。
最后基拉祈的真实之眼完全打开，一束蓝光射向千年彗星，彗星强烈地闪烁一下，又射回一道蓝紫色的光。小智一行看到了，跑向大帐篷。当基拉祈接收到这股巨大的能量时，装置爆炸了。小胜跑去抱起伤痕累累的基拉祈，巴特勒站起来，感叹着能量的强大并表示下次一定会控制好它，又要求小胜交出基拉祈，小胜抱紧基拉祈拒绝了。黛安跑过去拉住巴特勒再次请求他住手，但巴特勒认为只差一步了，不能就此放弃，然而黛安却表示自己不希望巴特勒做这种事。
小胜乘机逃跑，巴特勒看见，一把将黛安推开，命令夜巨人抓住小胜，结果被小智的皮卡丘阻止。虚弱的基拉祈说自己要回到法恩斯，同时黛安和小智四人也撤出帐篷。巴特勒命令彷徨夜灵阻止他们，但被冲出笼子的阿勃梭鲁攻击。
黛安和小智一行坐上房车带着基拉祈逃跑。巴特勒放出土狼犬，让它在房车底下装上了一个追踪器。喵喵三人组看他们带着基拉祈跑路，也跟上他们。
巴特勒透过追踪器看到黛安他们向法恩斯去了，失望地认为黛安背叛了自己，并启动了另一套装置。追踪器则在车行驶过一片洼地时震掉了。
在第四天夜里，小遥拿出圆梦之星许了愿，看见火堆边弟弟与基拉祈高兴玩耍的样子，她又拿起圆梦之星，发现只剩三个角没有折了。
这让小胜意识到自己与基拉祈相处的时间没有多少了，回头看看基拉祈天真的笑容，什么话也说不出，趴在车窗上发愁……
当小遥把圆梦之星的倒数第三个角折起时，小胜终于忍受不了，求姐姐不要在这样了，随后跑到湖边坐下。
“对于基拉祈来说，睡一千年，可能也只是一瞬间呢……”看到这一幕的小智发出一番感叹。
到了第六天，车子穿过一条峡谷，来到了目的地——法恩斯，这是一片无边无际的岩石与树木的森林。五人遂徒步走进法恩斯。
