二、经过弟子整理的林兆恩的训诫
经林兆恩的弟子整理的林兆恩在世时的教诲、训诫，也是三一教规章戒律的一个重要来源。这一部分的内容主要由《三一教教主训言》、《三一教教主敬辞》、《三一教教主听辞》、《三一教教主戒辞》、《三一教教主勉辞》、《三一教教主无切不可戒示诸生》，这一些都是在林兆恩死后，由其弟子整理而成的，目前在三一教内仍然有着相当大的影响力，被等同于林兆恩本人所作的训诫。《三一教教主训言》，也就是前文所说的《林子训言》（参见第五章《三一教的仪式》），是目前在三一教内应用最为广泛的文本之一，几乎所有的仪式都需要念诵《林子训言》。
《三一教教主敬辞》，强调“敬”在门人生活中的重要性：敬！敬！敬！心为一天，存便是敬。故操存此心不稍懈，即对越在天不少违也。敬！敬！敬！仁惟生道，诚乃实理，而敬则生道不息，实理无亏，令人常自惺而不放逸也。敬！敬！敬！圣学之所以成始成终者在是，王道之所以安人安百姓者在是。敬！敬！敬！“敬”与“仁”有着同等重要的意义，所以门人必须心中主敬，不能违背“敬”的要求，唯有如此，才能够通达“道”的本体，才能在现实生活中诸事顺畅，成就功业。
《三一教教主听辞》，要求门人恪守孝悌之道：
听！听！听！身体肤发，受之父母，故人之行，莫大于孝。听！听！听！
不得乎亲，不可以为人，故人之罪莫大于不孝。听！听！听！凡今之人，莫如兄弟，毋胥远绝，以乘我兄弟之情。听！听！听！家人睽，必起于妇人，毋用妇人之言，以见我一家之和好。听！听！听！在日常生活之中，父母兄弟之情，对于人来说是最为重要的。对父母要孝，对兄弟要悌，唯有如此，才能真正在现实生活中去践履儒家的伦理道德。
《三一教教主戒辞》，要求门人在日常生活中需要戒去的若干行为：戒！戒！戒！尔毋以强凌弱，尔毋以富欺贫，尔毋以公济私，尔毋以刻薄而伤雅道，尔毋以少壮而侮老成人。戒！戒！戒！尔毋好斗而健讼，尔毋酗酒而喜赌，尔毋妒贤而忌能，尔毋面是背非而尚诈伪，尔毋利己害人而占便宜。戒！戒！戒！这是对人的日常生活的要求，不能恃强凌弱，不能恃富欺贫，不能假公济私，不能欺侮老成，不能好斗，不能酗酒，不能妒贤忌能，不能诈伪，不能占便宜……如此等等，简单地说，做人应该做一个诚实的人，真正坦荡的人。而要做到这个，就必须从生活小事中“戒”起。
《三一教教主勉辞》，主要是针对不同的门人而进行的劝诫：勉！勉！勉！有父母，当知所以孝敬而承顺；尔有兄弟，当知所以友于而克恭；尔由子孙，当知所以提携而教训。勉！勉！勉！尔为士者，当知所以进德而修业；尔为农者，当知所以服田而力穑；尔为工者、商者，当知所以居肆而服贾。勉！勉！勉！这实际上是针对个人在日常生活时所具有的不同身份而给出的具体要求，作为儿子，作为兄弟，作为父母，不同的身份，有不同的道德要求；作为士、农、工、商，不同的职业，有不同的道德要求。因此，每个人都应当根据自己在现实生活中的具体身份特点来严格要求自己行为。
《三一教教主无切不可戒示诸生》，是对于弟子为学的要求：
一、切不可以古圣先贤之言济其私；
二、切不可以流于荒唐枯槁以断弃伦常；
三、切不可以讲学为名结交贵显者流；
四、切不可谈及理乱黜陟言人阴私事；
五、为学有序，切不可不知立本而居用入门之功，不知入门而居谈极则之大。
这里实际上是对门人为学、修道而言的，为学、修道之人不能以圣贤之言济私，不能违背世俗的伦常，不能借讲学之名结交显贵，不能随便私论他人，不能不遵守立本、入门、极则的修道次第。
以上训诫都是林兆恩的弟子们所整理的，有两个基本相同的特点：首先是语言比较简练明白，通俗易懂，这样也就方便门人诵习、熟记，以作为自己日常行为的依据；其次，就其思想内涵而言，实际上是强调人在日常生活的方方面面都应该而且都能够遵守人伦道德的要求，都必须首先勤修人道，唯有如此，才能够达到修道的目的，这样也就方便门人在日常生活中对照执行。由于以上这两个原因，使得这六种训诫在三一教内部的影响深远，成为三一教基本戒律的基础。
三、林兆恩弟子发展的训诫
教规的最后一部分来自于林兆恩的门人的发展，亦即在历史发展过程中逐渐演变而来的各种教规戒律。这一部分的内容相当的繁杂，因为三一教发展至今已有400余年历史了，在每一个时期的发展中，根据当时的需要，门人们都有对教规修改，比如林兆恩的嫡传弟子卢文辉在林兆恩死后开始完善三一教的教规，增加了很多佛道教的清规戒律，如离财色、永戒杀、无亵慢、意业断等等；其后，陈衷瑜的《陈子会规》进一步完善三一教的科仪戒律；民国之际，有陈智达、梁普耀的《悟本规程》，其后的《涵三堂规程》；最后，今天在新的发展形势下所形成的教规戒律。这里，仅对《涵三堂规程》，以及东山祖祠所制订的《三一教（夏教）规章戒律》略作说明。
首先是《涵三堂规程》，这是涵三派所制订的规程，涵三派是民国期间在悟本堂后发展形成的在莆仙地区有较大影响力的三一教派系，当时“三教行于莆仙二县，吾莆十二区里，除广业外，差不多较大的乡就有一座三教堂，华亭、笏石两区尤多。……仙游信三教者，差不多全县皆是，几乎认三教为县教的了。每乡必有一祠，无论谁家中遇着什么事，都要请三教先生决疑”，所以在新中国成立前，莆仙地区有谚语称“莆仙无处不三教”，足见三一教在当时当地所具有的影响力。这当然与涵三派的努力是分不开的，涵三派对于三一教发展的主要贡献有两个，其一是对三教经典的刊刻和流传、普及；其二是完善并且发展了三一教的规程。《涵三堂规程》就是涵三派所规定的门人弟子必须遵守的教规戒律，主要内容如下：
1.本堂以继承龙江之道脉，以宗孔归儒辟邪显正为宗旨。
2.凡入本堂者以涵养本原，变化气质为先，而普度众生、明经阐教次之，至于济人利物又其次也，如有违背宗旨，与众弃之。
3.凡同门者务宜善相劝，过相规，患难相扶持，肝胆相照应，毋而诈而我虞，毋凶终而隙末，如有口是心非者，与众弃之。
4.凡入本堂者，务须严三省，勤四勿以检束心身为基础，而立德立言立功各随其愿，希贤然圣希天，毋自画焉。
5.本堂专以劝人为善，发扬圣教为务，至于有关黜陟理乱等事，概不与闻，如有违背宗旨者，与众弃之。
6.凡入本堂者，专讲求心身性命之学，不得谈妖说怪涉及荒诞之事。
7.本堂主脑以存心养性为入道之方，积德累功为修道之助，二者固应并行不悖。其存养时间以子午卯酉四时为率，至少亦必卯酉二时。日久功深自有进境，勿一日虚过一日。
8.凡遇朔望五十讲经之期，不得散处闲谈，务宜齐集一所，随意取经书一部，互相讲角，不惟可以印证吾身，而心性亦可以渐进高明。
9.语云君子以文会友，以友辅仁。在堂诸人，每逢朔望会之期，或呈诗章，或呈有心得之语，各录于籍以考证吾身之进境如何。
10.近时俗，敝风颓，礼文愈趋愈下，本堂诸人凡遇冠、婚、丧、祭，一准诸古礼，不得过为简略，亦不得过于纷华。一人倡之，众人和之，庶几可风当世而式将来。
11.凡遇庆事，要在秉礼而行，不得过为繁衍，而谢者只备素品相邀，不必膏粱厚味，盖所以节费用，而免酬应之劳。
12.凡同门者原为道义之交，勿以财利相诱，勿以私意相加，虽朋友有通财之义，亦当来去分明，方免因财失义。
13.学道之人先求免俗，凡属同门以齿德为尊，毋得挟富贵而骄贫贱，及有趋炎附势之行为，反乎此者，与众弃之。
14.凡学道者，须以道自重，毋得藉讲学之名以结交规显者流，为斯道之玷而贻世俗之羞。
15.本堂分度世、济世二科，度世科以现身说法、化道人心为本，而印送善书，谈经演教附之。济世科以救急扶危、矜孤恤寡为始，施药施米排纷附之。
这十五条规定涉及三一教的基本知识、宗旨以及门人在日常生活中各个方面需要遵行的要求，这些要求以劝人为善、遵守纲常伦理为基本的要求。前十四条与之前的教规戒律相比较并没有太多的不同，不同的就是第十五条，规定在涵三堂设立度世和济世二科，而且对两者的职能进行了严格的限定。度世科主要是要现身说法、化道人心，换句话说，也就是要求门人在现实生活中以自己的行为积极向善，成为世人的楷模。济世科则要求门人救急扶危、矜孤恤寡，也就是说要在现实生活中乐于助人，帮助急需帮助的人。这一条对于三一教的发展影响非常大，它促进了三一教在民间的迅速发展，为三一教树立了良好的形象，便于广大群众接受和认同。在目前的三一教内，虽然没有了这两科的区分，但是，基本上每一个“祠”、“堂”都在做着类似的事情，形成了一个比较好的传统。
其次是东山祖祠所制订的《三一教（夏教）规章戒律》。20世纪90年代以后，由于新的发展形势的需要，东山祖祠重新修订了三一教的规章戒律，以约束门人信徒的行为，更好地统一和发展三一教。重新修订的规章戒律如下：
三一教（夏教）规章戒律
一、三一教门人必须服从党和政府的领导，遵守国家政策法令，开展合法的宗教活动。
二、坚持入教自愿的原则，凡要求入教者，应填具入教“启文”，履行入教仪式，由引证人宣读“启文”内容，并传授孔门心法。入教后，务须按照“启文”内容，严格要求自己做好内外双修。
三、遵循正道修养，不得谈妖说怪，跳神弄鬼，符咒却病，断人吉凶，更不能以上述手段到处招摇撞骗，诈取群众财物，若在教内帮忙宗教活动，亦不可收取酬金或礼物。
