一方面，14世纪后西欧各国的生产和交换都得到了不同程度的发展，特别是意大利威尼斯、佛罗伦萨和热那亚等城市地处地中海航线的中心，其工商业迅速繁荣。随着工商业的发展，市民阶级力量日益壮大，开始成为国家政治舞台上的一支新兴力量。在佛罗伦萨等城市市民阶级已经掌握城市国家政权，为具有世俗倾向的新文化的产生创造了开明的政治环境。同时，市民意识开始觉醒，需要打破罗马天主教的神学思想统治，为他们构建新的思想文化。另一方面，中世纪的意大利比西欧其他国家保有更多希腊、罗马古典文化的传统。普遍受到人们尊重的意大利世俗知识分子，他们高扬“复兴古罗马文化”大旗，对希腊和罗马古典文化进行整理和研究，并把它们奉为经典。这些以人为本的古典思想文化，结合在商品交换基础上产生的市民观念，使意识形态领域产生革命性的变革，即产生了人文主义思想。这也就是文艺复兴最早产生在意大利的大致原因，也是意大利成为思想自由最早的地方的原因。进入15、16世纪，商品交换在西欧各国进一步得到了发展，市民阶级更趋壮大。与此同时，意大利的世俗知识分子赴西欧各国讲授古典文化，介绍人文主义思想，而西欧各地的学者也前往意大利学习，并把新文化、新思想带回国内进行广泛传播。并且，自然科学在这一时期的进步对教会的神学思想产生了强烈的冲击，解放了人们长期被禁锢的思想。此外，王权出于反对教皇权力的需要，对文艺复兴运动不加阻挠，反而是容忍人文思想的传播。这些使得文艺复兴运动在西欧各国得到迅速扩展，也使思想自由扩散至这些地方。
文艺复兴运动兴起后，意大利的世俗知识分子或者说人文主义者最早获得思想自由，获得的思想自由也是最大的。随着文艺复兴运动的发展，思想自由开始扩展至西欧其他国家。如在意大利，人文主义者可以自由地探讨社会和自然现象，通过自己的分析作出自己的判断，并自由地发表自己的见解，不存有人为的思想禁区，甚至没有外在的约束与压力使其改变自己的看法或者勒令其缄默。
思想自由的结果就是产生了人文主义思想，一种与中世纪的教会神学相对立的思想。我们知道，中世纪的西欧在教会神学思想的统治下，一切思想文化都成了神学的仆从，一切都要以圣经为标准，不能有丝毫的悖逆。而且，在教会看来，人是生而有罪的、渺小的、卑微的，任何世俗的欲望和追求都是有罪的，应加以禁绝。这种反动的神学思想禁锢了社会的思想，造成科学的停滞不前，自然受到人文主义者的批判，批判教会神学思想也就成了思想自由新的起点。人文主义者在文学、史学等领域对神学思想进行猛烈的抨击，形成了人文主义思想。它重视人的价值和尊严，肯定现实人生和世俗生活，尊重理性和知识。概而言之，就是对人本身的高度肯定。用费尔巴哈的话说就是“人重新在对自己精神的宏伟创作的观察中感觉到自身的存在，意识到自己的独立自主性，意识到自己在精神上的高尚优雅，意识到自己具有一种内在的、天生的、与上帝相似的东西，产生了对自然界的兴趣和研究自然界的兴趣，获得了观察的才能和对现实的正确观点”。总之，人文主义思想迥然不同于教会以“神”为中心的世界观和人生观，它把统治欧洲大陆千年的神学思想撕开了一个口子，为思想领地吹入了一股自由之风，宣告社会思想开始走向多元化。因为有了这种崭新的人文思想的指导，文艺复兴运动在文学、艺术等方面取得了辉煌的成就，涌现出一大批巨人，如文学三杰但丁、彼特拉克和薄伽丘，艺术三杰米开朗基罗、达·芬奇和拉斐尔。恩格斯对此高度评价道：“这是一次人类从来没有经历过的最伟大、进步的变革，是一个需要巨人而且产生了巨人——在思维能力、热情和性格方面，在多才多艺和学识渊博方面的巨人时代。”但是，我们也应看到，文艺复兴运动是从中世纪走出来的，这些人文主义者还仅限于批判教会的腐败和虚伪，并不反对神学，也不反对教皇，没有要否定上帝的至尊地位。相反，这些人文主义者还是乐于接受教皇及教会的保护，并在一定程度上依附于教会势力。对于他们来说，反对宗教和上帝，否定基督教信仰和基督教教义，恐怕也是大逆不道的。也就是说，此时人们的理性还是有限的，他们的思想还不可能超出基督教会的范围。这大概也是教会能允许的思想自由。
特别是在文学、艺术、史学和建筑等领域给予诸多思想的自由。甚至如在洛伦佐·瓦拉驳斥了“君士坦丁的赠与”真实性后，也没有受到教会的惩罚，反而被教皇委任去翻译希腊历史学家修昔底德的著作。但是，这刚展露出来的思想自由是得不到确实的保障，更多时候面临着被扼杀的命运。事实上，一些撼动教会神学根基的科学见解发表后，引发了教会的恐慌、仇视，加紧了对新思想的迫害。
因而，这一期间欧洲大陆的思想禁锢还是非常严重的，思想自由还是深受罗马教会的束缚。这正如我在“缺陷”那一节所说的，这里再重复下，以此来强调文艺复兴时期思想禁锢的严重性。哥白尼考虑到教会的迫害，在很长时间内都不敢公开发表他的《天体运行论》，因为他提出的新的“日心说”与基督教“地心说”截然相反。在它发表后，教会将其长期列为禁书，并禁止讲授哥白尼的理论。伽利略不仅赞同和宣传“日心说”，而且还通过天文观察加以确证。这触犯了教会的禁令。不过，因他的妥协，最终避免了火刑，而被宗教裁判所判以囚禁。布鲁诺因信奉、颂扬并发展哥白尼学说，而被教会活活烧死。笛卡儿提出天体演化的涡旋理论，并试图用不同于上帝创世的思想来解释天体的起源。当他听说伽利略被判囚禁后，就逃到荷兰避难去了。开普勒一生都在不断被迫害的环境中度过。
解剖学家维萨里因其与上帝造人的思想不同而被教会勒令去巴勒斯坦朝圣赎罪，不幸因船只失事而丧生。需要指出的是，“日心说”直到18世纪中叶才被罗马允许可以宣传，伽利略的书直到1835年才从禁书目录中删去。与此同时，为防范印刷物传播新思想，控制所谓的有害思想，“教皇亚历山大于1501年创定出版检查法，以禁止未批准的印刷物。在法国，亨利第一规定未得官厅批准的印刷，罪以死刑。德国于1529年也采行出版检查法，英国在伊丽莎白时代，非有执照，书籍不得印刷，并且除在伦敦、牛津、剑桥三处外，不得设立印刷所；印刷业的规定是由星法院（S tar Chamber）所支配。在19世纪以前，任何地方的印刷业实际上都是不得自由的”。这种对书籍印刷的限制妨害了思想自由。总而言之，这一时期的思想自由受到诸多的束缚，思想多元化是有限的。
继文艺复兴之后，欧洲社会又兴起了一波新的思想解放运动。这就是16世纪的宗教改革运动。如果说文艺复兴还只是从外在的角度对教会的专制腐败进行批判的话，那么，宗教改革运动则是从基督教内部对其进行了彻底的否定。它抛却人文主义者的温情面纱，把斗争的矛头直指罗马教皇和基督教会，给统治欧洲千年的基督教以致命的打击，使得罗马教会一统“基督教大世界”的局面被彻底打破。可以说，宗教改革运动瓦解和摧毁了罗马教会对社会思想的禁锢，并在思想自由之路上又迈出了坚实的一步。法国政治家、历史学家基佐就曾指出：“它是一次人类心灵追求自由的运动，是一次人们要求独立思考和判断迄今欧洲从权威方面接受或不得不接受的事实的思想运动，这是一次人类心灵争取自治权的尝试，是对精神领域内的绝对权力发起的名副其实的反抗。”英国科学史学家丹皮尔指出：“宗教改革家有三个主要目标。第一，整顿由于有人滥用罗马会议以及许多僧侣们生活放荡而遭到破坏的教律；第二，按照先前遭到镇压的某些运动的方针改革教义，并返回原始的质朴状态；第三，放松教义的控制，准许个人在一定程度上可以自由地根据圣经做出自己的判断。”这些宗教改革家的确实现了上述目标。他们通过重新解读由希伯来文写成的《旧约全书》和由希腊文写成的《新约全书》，而不是依赖于中世纪注解或文摘，形成了不同于罗马天主教会的教义思想，并建立了新教。这些新教思想的核心内容是马丁·路德的“因信称义”说和加尔文的“预定论”思想。马丁·路德的“因信称义”说认为人的灵魂救赎的唯一途径是信仰，《圣经》是教徒信仰的唯一依据和权威，罗马教会不是裁判信仰的最高权威。它不仅是对罗马天主教会“善行称义”说的否定，而且也打破了教皇最高权威论。同样，在加尔文的“预定论”看来，“个人的功德和教会的存在都不能改变上帝的先定。不过，虽然人们无法得知自己是否是上帝的选民，尘世的行为也不能改变上帝的‘先定’，但人们也不应当放弃现世的努力，而是应当坚持自己是上帝的选民，积极求取事业上的成功。”加尔文的“预定论”也大大解放了人们的思想。总之，这是一场带有颠覆性的改革运动，它彻底否定了教皇和罗马教会的至上权威，搅动和活跃了欧洲的思想，使欧洲社会产生了一种前所未有的理性主义的氛围。由此，德国随后出现了莱辛、席勒、歌德等启蒙作家，而且，莱布尼兹、康德、费希特、黑格尔在新教批判精神的直接影响下，建构自己的哲学思想，推动了近代西方哲学的大发展，从而进一步推动了思想自由的发展。
但是，新教的建立并不意味着思想自由真正得到实现了，相反，它以新的宗教思想来禁锢人们的头脑。且不说罗马教会对宗教改革的反对、迫害和镇压，就连那些在改革之初以宗教自由斗士自居的宗教改革家在树立新权威后，就马上对不同见解者和不同信仰者进行残酷镇压，并且更加强化对人们思想的控制。
正如马克斯·韦伯所说：“必须切记却又常被忽略的是，宗教改革并不意味着解除教会对日常生活的控制，相反却只是用一种新型的控制取代先前的控制。这意味着要废止一种非常松弛、在当时已几乎不见实施、近乎流于形式的控制，而倡导一种对于私人生活和公共生活各个领域的一切行为都加以管理的控制方式，这种控制方式是极其难以忍受的、但却又得严格地加以执行。”宗教改革者“所抱怨的不是教会对生活监督过多，而是过少。”“路德、加尔文、诺克斯、弗埃特的老牌新教与今天所谓的进步几乎毫不相干。今日即使是最极端的宗教狂也不会想要抑制现代生活的一切方面，却正是老牌新教公然仇视的。”不仅路德教派如此，如禁止天主教徒做礼拜、驱逐不改信新教的人以及实施新闻检查等；更甚的是加尔文在日内瓦的统治，可以用独裁一词来形容之。在加尔文统治时期的日内瓦，不仅设立了宗教法庭，而且其教规还渗透到了日常生活的方方面面，以至于人们毫无独立的私生活。“每时每刻，每日每夜，都可能在门前响起敲门声，大批“宗教警察”容不得公民有任何反抗，就宣布进行‘访问’。不论贫富，不分贵贱，每月一次，都得服从这些职业的‘police des moeurs’（道德警察）的盘问。”同时，“加尔文已经禁止了每一件可能使生活快乐又有益的事情。演戏、娱乐、公众节日、任何种类的舞蹈或游戏，都被严加禁止。”不仅如此，“在加尔文统治的最初5年间，在这个人口相对较少的城市里（即日内瓦，引者注），共有13人被绞死，10人被斩首，35人被烧死，76人被赶出家门——还不用说那些及时出逃，躲避了恐怖行为的人。以致在巴尔扎克看来，加尔文的宗教恐怖统治比法国革命时最坏的纵欲嗜血还要可憎。加尔文的狂暴和宗教不宽容，在道德上甚至比罗伯斯庇尔政治的不宽容更加残酷。如果他的影响范围超过日内瓦的话，他必定会比那可怕的政治平等倡导者让人流淌更多的鲜血。尽管如此，加尔文主要并不是依靠这些野蛮的判决、死刑和酷刑来破坏日内瓦人的自由观点；相反，他更依赖于系统和细致入微的暴政，还有日常的恐吓。……我们只要翻翻市政委员会的记录，就能看出这恐吓的手段是何等巧妙。一个自由市民在参加洗礼时笑了一下：三天监禁；另外一个，在炎热的盛夏因为困顿在布道时睡着了：入狱。诸如此类的事情在日内瓦经常发生。加尔文的不宽容最后发展到他也像天主教处置异端一样，以异端的名义处死了西班牙医生和神学家塞尔维特，原因是他的思想与加尔文的不同。这开了新教以异端的名义处死不同政见者的先河。
总之，宗教改革一方面表现出思想的解放和自由，导致思想多元化在更大范围内得以实现，另一方面它毕竟是以一种信仰代替另一种信仰，并继续笼罩在理性的领地，而且把不同于自己见解的人和不同信仰者视为异端，要求并利用世俗政权对其进行严厉的处置。这种对不同见解者和不同信仰者的不宽容，或者说，对理性的压制和打击，是与思想自由背道而驰的，思想的多元化也不可能真正得到保障。
