与布洛尔合著《癔病研究》后，到1896年，他俩在学术观点上的分歧越来越剧烈。弗洛伊德提出了抑制学说，并认为精神神经症是自我与原欲冲突的结果。从这时起，他制定了一整套科学心理学规划。
秋天，81岁的父亲雅各布·弗洛伊德去世了。父亲的去世，让他非常不安，几个月以来，梦的启示一直在他前意识的门前颤动。一系列启示性的梦境为他解开这个谜提供了线索，他终于把握住了最终的真相：父亲之死造成的精神神经症原来是他无意识中的杀父娶母的犯罪感引起的！
于是他开始自我分析，导致对创伤理论的否定，并确立了幼年性欲学说和“俄狄浦斯情结”的观点。1898年，他发表了《性的因素在精神神经症中的地位》，这是他关于幼儿性欲最初的论文，1900年，他出版了《释梦》并撰写《日常生活的精神病理学》，初步完成了无意识理论的体系化。这两本书意味着弗洛伊德心理学不仅适用于变态心理，而且也适应于正常心理。但《释梦》的出版又是一如既往地得不到公众的回应。
但随着时间的推移，他的理论的影响逐渐显现出来了。1902年，他被任命为副教授，又同阿尔弗雷德·阿德勒等人创建了“星期三晚间研讨会”。1904年他发表“少女杜拉”的病例报告，书名为《少女杜拉的故事》，《日常生活的精神病理学》也正式出版。第二年，他写成《性学三论》和《笑话及其与无意识的关系》。他系统地探索了自幼年时代起的人类性欲发展规律。
1906年，他开始与卡尔·荣格交流。现在，总共有17人组成了这个“星期三晚间研讨会”，学会没有官员，没有规章制度，也不必交纳会费。每星期三的聚会都有半数以上的会员参加，他们都进行精神分析课题的研究并就此撰写论文，轮流在会上宣读，然后一起讨论。西格蒙德感到自豪的是，其中有几篇论文已经发表，而且四年来没有一位会员退出，虽然有些人对论文的批评是相当尖锐的。但这恰恰也是最好的赞扬。
他自己的著作在医学界和教育界的广为流传也给他增添了信心。现在虽然只有几篇文章译成外文，但他却每天都收到好几封东面来自俄国的，南面来自意大利和西班牙的信件；还有来自澳大利亚、印度、南美等地的，有的想进一步了解他的著作的详情，有的向他请教。而在“星期三晚间研讨会”成立以前，如果一星期能接到两封就他的著作提出问题的信件，他就会感到幸运。西格蒙德认为这些通信者有可能成为自己的学生，因而总是在收信的当天就认真答复，从不马虎。“星期三晚间研讨会”的不断扩大，他的信件的不断增加，都活生生地证明了他的思想正渐渐深入人心。这增强了他的信心和勇气。
这些同仁成了他的挚友。他感谢所有这些使他结束了孤立处境的人。自他成为弗洛伊德教授以来，其他情况也有了很大的变化。由于获得了整个中欧最令人敬仰的称号，他的门诊也在日益兴旺。
1908年是他卓有成效的一年，他在科学杂志上发表了5篇文章：《创作家和白日梦》、《癔病性幻想及其与两性同体的关系》、《“文明化了”的性道德和现代神经病》、《儿童的性理论》。但他的专论《性格和肛门期情欲》流传开之后，他又一次遭到暴风雨般的攻击。更有些反对者们现在开始捂着嘴称他为“臭狗屎”和“万物的屁眼”。
1908年4月15日，星期三晚间研讨会第一次在他新居里召开。西格蒙德提议，他们把自己的组织改称为“维也纳精神分析学会”。西格蒙德当选为主席，奥托兰克任秘书。阿尔弗雷德·阿德勒建议大家开始收集和他们的课题有关的一切领域的科学文献，准备建图书馆。会员们决定订阅几份迄今为止只有在大学图书馆才能看到的医学杂志，并且他们同意全体会员都出席第一届精神分析学代表大会。1909年，弗洛伊德与荣格应邀赴美讲学。研究一个5岁儿童的病历，进一步论证了得自成人癔病研究的结论，即癔病与“性”有关，特别是与幼年的性经验有关。在美国他还与哲学家威廉·詹姆斯见了面。
1910年3月的一天，在维也纳学会会议上，弗洛伊德提名荣格为终身主席，引起了维也纳人的不满，矛盾尖锐起来。西格蒙德直到天将破晓还没睡着，这在他一生中是少有的。作为一个善于作精神分析的人，他能毫不犹豫地承认，他已经经受了一次轻微的精神崩溃，陷入了癔病状态。他曾以为自己的各种精神神经症症状都已消除，但是现在看来，他所经受的紧张、压力、攻击和失败显然在他的精神上打下了比他原先想象的更深的烙印。但是好在国际精神分析学会就将诞生，荣格将被选为任期两年的大会主席，他到纽伦堡来的目的已经达到了。尽管他们的判断出现了种种错误，一切还是都得到了弥补，这届大会获得了成功。
1911年，阿尔弗雷德·阿德勒医生感到自己的理论和西格蒙德·弗洛伊德的理论是互相排斥的。阿德勒彻底表明了自己的信念，并表示不愿永远在他的庇荫下而与他决裂了。
但西格蒙德和20个追随者总算站住了脚跟。其中有4个不是医生：迈克斯·格拉夫，雨果·海勒，奥托·兰克，汉斯·萨克斯，而且他们四人当中尚无人开始用精神分析疗法开业或治疗病人。西格蒙德环视一下这些忠心耿耿的追随者，看见他们都很年轻，不禁再次感到惊喜交集。他们使他感到自己55岁已经老了，同时他也感到，将来后继有人了。
内讧消失后，每个人都选定了一项研究课题，并着手写论文，其中许多是为出席1911年9月将在魏玛召开的国际精神分析学大会作准备。大家的研究范围很广，其中只有一部分是关于医疗技术的。他们决定创立一份非医学性的精神分析学的杂志，取名《意象》。他们在人类学、政治经济学、艺术、文学及其他人文科学方面的研究成果都可在此发表。西格蒙德为了找一家出版商费了很大的劲，因为谁也不相信这种杂志销路会广，怕连出版费都赚不回来。最后雨果·海勒出于对学会的忠诚，而把它承接下来了。
从1911到1915年这5年时间内，他发表了一系列关于精神分析技术的论文，发表《图腾与禁忌》，将精神分析学应用于人类学、文化史与宗教学。他试图“在社会人类学、语言学和民俗学等学科的学生与精神分析之间的鸿沟上架一座桥梁”。所有的文化都是靠对本能的压抑发展而来的。在当代社会中有许多禁忌，但图腾崇拜却早已为人们所抛弃，并为新形式所取代。研究它在儿童身上留下的蛛丝马迹，是了解图腾崇拜的原始意义的最佳方式。1913年，在慕尼黑召开国际精神分析学会第四次代表大会时，荣格与他决裂了，这令他深感失落。在琼斯的建议下，成立了护卫弗洛伊德的“核心委员会”，其主要成员是弗仑齐、亚伯拉罕、琼斯、萨克斯、兰克等。
1914年，第一次世界大战爆发了。这几年，他撰写《精神分析运动史》，尖锐地抨击荣格与阿德勒的学术观点。撰写了12篇论述基本理论问题的“心理玄学”文章。他在维也纳大学开设“精神分析引论”讲座，总结到第一次世界大战期间为止的精神分析学基本成果。1918年，一战结束。1919年，他将自恋理论应用于治疗发生于战争期间的精神病人。接着，他撰写了《超越快感原则》，开始研究“本能”问题，提出了“死亡本能”的概念。
战后岁月的高潮是1922年的柏林代表大会。他在美丽凉爽的上萨尔茨堡休息了六个星期。在神清气爽的早晨，他伏案写作《自我与本我》的初稿，黄昏时则与玛莎和敏娜在林中曲曲弯弯的小径上散步。现在国际精神分析协会得到了很大发展，已有239名会员，其中有112人参加了这次代表大会，同时还有115位来宾。11名会员来自美国，31名来自英国，但从柏林来的却有91名，这充分证明了大家作出的成绩。看着济济一堂的会议大厅，回想起十年前慕尼黑大会上不欢而散的情景，西格蒙德十分感慨地想道：“我们终于有足够的会员和力量自立了。也许我们还会由于种种原因失去个别的人员，但我们已经像任何一个精神病或神经病学会那样牢牢地站住了脚。精神分析法将要存在下去。”
1923年，他撰写了《自我与本我》，将心理结构分为“本我”、“自我”与“超自我”。同时，他的下颚癌做了第一次手术。
这几年，他研究妇女的性欲问题，研究焦虑性精神神经症；发表了《自传研究》、《抑制、症状与焦虑》、《幻想的未来》、《拜物教》、《陀思妥也夫斯基及弑父者》和研究陀思妥也夫斯基的著作《卡拉马佐夫兄弟》，论述“俄狄浦斯情结”在文学上的应用。
1930年，因他最深刻的专著之一《文明及其不满》，西格蒙德被授予歌德文学奖，他派女儿安娜专程到法兰克福去表示谢意。当然，他也意识到：他没有得到诺贝尔医学奖，却得了一个艺术形式的奖。他的许多批评家都说，精神分析学中艺术的成分多于科学的成分。歌德奖金的颁发看来至少部分地证实了这一个令人迷惑的问题。他在受奖演说词的开头写道：我毕生的工作都致力于一个单一的目标。我观察了健康人和病人精神功能中微妙的失常现象，并力图从这些迹象中推论，或者——按你们喜欢的说法——猜测，造成这些现象的机制，以及在这个机制中到底存在着什么样的共同作用但又相互冲突的力量。我们，即我、我的朋友们及合作者们，在沿着这条途径进行探索的过程中，已经设法了解到了一些在我们看来是十分重要的情况，据此我们完全可以建立一门精神科学，它将使人们认识到，心理和病理的变化过程，也同样是大自然演化过程中的一个部分。
1933年，希特勒在德国上台以后，弗洛伊德的书均成禁书。1934-1938年，他撰写与发表《摩西与一神教》，批判宗教。1935年，他成为英国皇家学会名誉会员。1936年，他80寿辰，托马斯·曼、罗曼·罗兰、威尔斯、茨韦格等名作家100多人，集体署名赠送生日礼物，由托马斯·曼面交。但不久，法西斯盖世太保宣布冻结国际精神分析学出版社的全部财产。1938年，法西斯纳粹军队入侵维也纳。弗洛伊德在琼斯等人的帮助下离开维也纳前往伦敦开始了流亡生活。
1939年9月23日的清晨，弗洛伊德还未能完成《精神分析学纲要》一书的写作，便与世长辞了。正如他自己敏锐地看到，他本质上是一个悲剧式人物：他想给人类指出理性和谐的希望之地，而他却只能从远处眺望；他知道他永远不能到达那里，并且在荣格等人背离之后他觉察到，留在他身边的那些人也不能到达希望之地。他是人类精神领域的勇敢的探险者，是20世纪伟大的人物和领路人之一，他必然怀着深深的失望感死去，他的骄傲和尊严绝不会因疾病、失败和失望而受到丝毫削弱。在许多人看来，弗洛伊德可能是一个很难相处或不招人喜欢的人；但是，他的天才、他的诚实、他的勇气以及他生活的悲剧特征，既令人尊敬和钦佩，又使人充满对一个真正的伟大人物的爱戴和同情。
（执笔：曾芳）
