和平的愿望早就是有的，不过要以建立共和为原则。10月20日，武昌军政府就以全鄂人民的名义给袁世凯发过一封信，最后说，如果袁世凯能够顺应民意，那么——“汉族之华盛顿，惟阁下之是望。嗟乎！阁下非汉人乎？一身祸福，系之毫芒；千古勋名，争在顷刻。时乎时乎不再来，幸阁下三思之！”
11月2日阅马厂黄兴拜将之前，袁世凯也派黄陂人刘承恩来找老乡黎元洪洽谈南北议和。刘承恩说，经袁项城向朝廷一再申述，朝廷已在九月初九，就是十天前连下四道圣谕。……项城得到这四道圣谕，就有了处置湖北事态的主张。项城交代四项议和纲要：其一、由满清皇帝下罪己之诏；其二、皇帝宣布实行立宪政体；其三、满清政府宣布今后不再禁止建立党派；其四、满人皇族不问国政。项城这新四项又远较朝廷四道上谕更满足你们革命党人，实行这四项则君主立宪的梦想马上实现。皇帝虽然还在，实质已经和共和没有差别。以这四项为基础实行议和，则你们实行共和之志愿得到实现，而国家战祸得止，民众涂炭得解。何乐而不为之！这席话是有些道理的，关键还是国体问题，当时可能黎元洪当不了家，知道革命党人绝不会同意此议，只给袁世凯去了一封回信，以施缓兵之计。
11月10日，袁世凯又派蔡廷干、刘承恩带亲笔信来武昌劝和息兵。这天，外国驻汉口领事团和议后，也委托英国领事葛福过江来斡旋，以余日章为翻译。袁世凯一再派人去武昌议和，湖北军政府没有接受他投来的橄榄枝，这叫袁世凯面子上有些挂不住。他不禁冷笑，要想革命党人放下枪杆坐到谈判桌上来，必须给他们一个教训，教训的办法就是把汉阳拿过来，并且把造反军队消灭在汉阳，这就是所谓“不得汉阳，不足以夺革命之气；不失南京，不足以寒清廷之胆”。在孝感召开的军事会议上，袁世凯确定了明修栈道暗度陈仓之计直取汉阳，后来的战局进程证明了他的无往而不胜。
历代朝廷对付造反的办法都是剿抚交替，袁世凯见招抚不行必定要用征剿。湖北军政府既然回绝了袁世凯的议和，就必须立即回到战场上应对北洋军的进攻。本来可以议和的双方，由于各执己见而在阳夏兵戎相交，血流成河，浇灌着这片土壤上的“共和之花”。
清军在龟山上不断用大炮向武昌城内轰击。迫在眉睫的问题是，武昌怎么办？当孙武下令移藩库储金于城外时，甘绩熙反对道，城存与存，城亡与亡。城既守住，储金用不着迁。城如不守，迁它有何用处，反而影响人心，作为不守的准备。此言与“子孙不如我，留钱干什么？子孙超过我，留钱干什么”是一个道理。黎元洪亦极为惶恐，其左右如孙发绪、杜锡钧等建议，将都督府迁至葛店，并将现银搬运六十万两到阳逻兵舰上。黎深以为然，并早有放弃武昌之计划，暗派邝杰至葛店打前站，并嘱舰队派兵船一只，停泊葛店木鹅港附近，以备不虞。一举一动效仿登舰逃跑的瑞澂。
总得有人来收拾残局。黎元洪任命万廷献为战时总司令。万廷献的第四子万群曾撰文写道，其父在南京陆军中学当过总办，来到汉口正值刘家庙激战，带领学生开赴前线。汉阳失守之后，军政府召开会议。会上原清军标统杨开甲借机扬言黄兴贻误军机应处死刑，有人也随声附和，黄兴的处境非常危险。万廷献力排众议：阳夏之役，我军将士艰苦奋战，不怕牺牲之精神无可指责；黄兴本人是爱民族爱祖国之人，其战略亦无大误；如有错，则张景良等贪生怕死，指挥无方，以致战争遭受挫折，应由他们负责，黄兴无罪。黎元洪觉得有道理，于是派人送黄兴去南京，而以湖北鄂城人万廷献代理总司令之职，但万廷献断然拒任。
《共和元勋蒋翊武》中说到其中原委：“万刚从北京来，思想守旧，仍然蓄发留辫，不肯剪去，被黎任为顾问。因他形迹诡异，众疑其为汉奸，被张振武拿获，行将处决，为黎保释。及至任其为护理总司令，众论哗然，万闻信之下，亦知难不就。他对潘朕凡等人诉其苦衷说，昨夜要杀，今日公举，胜则无功之可言，败则显见汉奸，故不愿就者此也。又说，黄兴以数十年革命专家，尚不免如此结局，何况余乎？”
万廷献一天班没上就搭船去了上海，溜之乎也。天塌下来有长子顶着，湖南人蒋翊武没有知难而退，而是勇挑重担。于是，11月28日，湖北军政府部署如下：一、以蒋翊武护理总司令，设战时总司令部于洪山宝通寺；二、规定沿江防御区域，以专责成；由青山至大堤口为第一区；由大堤口至鲇鱼套为第二区；由鲇鱼套至金口为第三区；三、黄州鄂州两处，为武昌下游重镇。派黄楚楠、张济安率兵一标据守黄州、张其亚、陈伟率兵一营，驻扎鄂城；四、设兵站于防御线后方各处；五、海军须在阳逻附近游弋，掩护武昌。
蒋翊武这位两个月前被任职没履行的起义总司令终于当上了战时总司令，他临危受命，立刻召开军事会议，布置保卫武昌的庞大防御体系，显示出很高的指挥才能。当时，清军民军还在龟蛇二山和凤凰山上往还炮击，要准备打仗！蒋总司令官在为期不长的任上，先后自“十月初九日午前十时”至“十月十五日午后四时”发布了上十道命令和通知，可谓革命党人中最后最卓越的坚守者。有人说他：“时战事方殷，军情稍熸，公抚循战士，规复汉阳，雍容严毅，恒夜不解带。”
作为民军最后的战时总司令部，洪山宝通寺的辛亥革命历史文物的重要地位是应该重视的。它位于武昌宾阳门外十里许，一方面距清军大炮射程之外，一方面有着山林之遮蔽，再则寺内殿宇数十重，可以安置不少人马。还有一个妙处非常人所知，那就是后殿山巅有一座七级浮屠，登高及顶，朝西瞰远，可以望见汉口水塔乃至后湖。想必蒋翊武等经常登临洪山宝塔这个制高点，借助望远镜把三镇尽收眼底，观察得到清军的一举一动。这期间，据说湖南援军、九江援军到达武昌，蒋翊武还担任过“鄂豫湘桂联军总司令”。
12月1日早晨，蒋翊武护理总司令同参谋总长吴兆麟一起往青山、两望山巡视防线。至正午行抵大堤口，遥见城内火起。有老百姓由武胜门出城，说都督府起火。蒋吴二人即策马赶回城内。红楼正在焚烧，火光烛天。二人急往驻在两湖书院的军务部，询问孙武。孙武报告，都督出宾阳门到洪山去了。火是怎么起的，有人说中了炮弹，有人说是都督命人纵火，好借词逃走。蒋吴二人一同去宾阳门。看见市民纷纷出城逃难，城门拥挤不堪，妇女小孩挤死踩死不少，惨不忍睹。问何故惊慌如此，七嘴八舌地说：北兵来了！连都督也跑了，我们不跑，不是等死吗？蒋吴二人令守城兵妥为维持，即行关城。他们绕道通湘门至洪山，路上见许多士兵窜走。甘绩熙、李作栋、高尚志、蔡济民骑马赶到，大呼：同志们听着，九省的援军到了，武昌稳如泰山，都督在洪山总司令部，就回的。同志们，莫听谣言，莫中敌人诡计。赶快回防，否则军法从事！这时《大江报》及时编出号外，报贩连跑带叫：号外！号外！光复南京的号外！九省援军开到的号外！这些“号外”连出六次，是胡石庵为稳定民心而炮制的未遂新闻。
12月1日是最后一场战乱。清军轰击更加猛烈。《武汉战纪初稿》记：上午七时，敌人……遂以退管大炮数尊放列于汉阳，以集团炮火对准都督府，行猛烈射击，霰弹如雨，命中颇确，击毙卫兵及夫役数人，致阅马厂一带行人绝迹，府中办事职员，逃避几空。至午后一时，一弹着军装室，将衣物引燃，顿时火起。迩时，人心惶惧，施救无从，致将全府房屋焚毁殆半矣。那直接命中都督府的炮弹据说是蒋廷梓打的，他是日本士官学堂炮兵科毕业生，时任清军司令部炮队协领，用七生五的德国退管炮射了三个炮弹，就把武昌咨议局的房顶揭去。
红楼被炸时间据辛亥革命博物馆副研究员何广考证确为1911年12月1日，这天为英国皇太后诞辰。陆军大臣荫昌的副官丁士源记载：北洋军“于龟山旗杆上升中英两国国旗，奏中英两国国乐，并放礼炮二十一发。……翌晨六时，蒋立即实行。八时，英总领事葛福来向丁抗议，并谓咨议局已受弹两发毁去，蛇山之炮位两尊亦被毁；武昌避难之人，到汉口租界已数千人，黎率部下向武昌城外五十里洪山庙内停驻。”丁士源解释为“误中”。
再说蒋翊武回到宝通寺司令部，写了一封痛哭流涕的信，派参谋甘绩熙、谢鸿涛及顾问吴兆鲤三员乘马速往葛店，要找回黎元洪，以稳定人心。甘绩熙等人赶到王家店天已黑了，总算追上了黎都督。其他文章中写到还有另外的人在追找黎都督，他一旦成了关注的焦点，躲都躲不脱。一种说法：12月2日，范腾霄一直追到刘家祠堂。当时黎元洪身着灰色长呢袍，神色畏缩不安，正在吃糯米饼。还有个外国人也找来了，苏古敦曾写道：“作者看到他时，正好是在汉阳陷落后。当时他住在武昌后面寺院里一个极不舒适的房间里，地方狭窄，也许只有9平方英尺，我们不得不坐在床上。”时任都督府参谋万耀煌也被认为是“追黎大有功”，他在台湾时撰文回顾在王家店面见黎都督的经过，并记述了停战时刻：都督在第二天早晨也转回来了。他先到刘家祠堂停住一天就回到武昌，将昙华林省立第二中学作为临时都督府。
王家店是最后要提及的一个辛亥革命相关地名。现在很多人不清楚它在何方，但要说到石门峰公墓大家就知道了，每年清明城里人都要去那里扫墓祭祖。王家店就在附近，当时的一介荒村西离武昌60里，东距葛店还有30里，“鸡声茅店月，人迹板桥霜。”黎元洪绝没有想到，就在他仓促离城厕身乡野真武观庙的时候，武昌城里发生了对他非常有利的变化。
其时，和平的脚步仍在悄悄走近。丁格尔《中国革命目击记》中写道：“十一月底，黎元洪曾私下派人拜访我，要我作为上海《大陆报》的一名代表，把包含黎元洪心愿的下列声明公布于世：敝人窃望停战，俾联络共和各省，确定继续交战或与立宪人士协商调解事宜。敝人始终期望了结自相残杀、流血痛苦、毁坏财产之局面，以免招致列强干涉。为此，特声明愿作出任何让步，以确保停止残杀。窃以为应由共和党人与朝廷双方宣布休战，使双方代表得以洽谈。”
适可而止，见好就收，这是兵家的一句老话。袁世凯用炮弹发言把鄂军政府炸个胆战心惊之后，马上暗中要求英国公使朱尔典电谕驻汉领事作调停。12月1日黄昏，在汉外交使团轮值团长、万国商会会长英国人盘恩从汉口到武昌，孙发绪把他带到洪山民军司令部。参谋长吴兆麟等与之接洽，也有人说是由孙武出面商谈。
盘恩说，我们领事见武昌天天受炮火威胁，百姓惶恐万分，故此联合各国领事与清军商议，暂且停战三日。清军业表同情，因此我特来武昌面谒黎都督，请他认可。将我带来的公文盖印，然后送至清军盖印，双方即可停战。吴兆麟善于应对，知道都督印被黎元洪带走了，一时半刻找不回，就用缓兵之计：阁下要见黎都督，现在城内的军政府中炮起火，所以迁到城外刘氏祠堂办公，刘氏祠堂距此还有十几里路，请阁下今夜暂且在此休息，我们派人取来印盖了便是。盘恩也得回去交差，只有如此。于是吴兆麟一面嘱咐办饭款待盘恩，一面电告军务部孙武，请速觅刻字匠将都督印章照样摹刻一颗。据说孙武立刻找到李白贞。这黄陂人李白贞多才多艺，是武汉近代摄影界的鼻祖，印也刻得不错，“中华民国大都督之印”是他做的。为了刻制印章他颇费琢磨，在刨削印章木柄时不慎将拇指戳破，血染木柄。在场的刘公说，此乃大吉大兆也。于是李白贞就将木柄全部刷上红色油漆，以示血不白流，义举必成。听到孙武吩咐，李白贞哈哈大笑，糊弄洋人，我有办法。反正这印只用一次，我去找一块肥皂，十分钟就可刻好都督大印。还有一种说法，军政府的高楚观是善刻之人，吴兆麟马上要孙武把他找来。一个小时后大印就刻好了。不管是哪个刻的，约两个小时后，盘恩在洪山宝通寺已用饭毕，吴兆麟即同他回至军务部，由孙武盖上那颗“大印”。盘恩收拾公文，连夜从武昌两望渡口过江回去了。
事情似乎就这么简单，一颗大印就解决了问题。
其实这期间军政府与各领事间往还频繁。11月11日袁世凯第一次派代表刘承恩、蔡廷干，携带致黎元洪的书信与驻汉英领戈飞的介绍信到武昌湖北军政府谈判；11月14日与15日，由俄领敖康夫撮合，双方又在俄领馆谈判；22日敖康夫又主动提议：清军退往滠口，民军不得拦阻，并不得过河。双方先罢兵，后谈判。汉阳陷落的当天上午，军政府即由外交次长王正廷“访晤美总领事”；英总领事往访黎元洪，探询其意向；29日，黎元洪又派特使往英国总领事馆；12月1日戈飞派英人盘恩持停战条件渡江，当夜就在停战条款上加盖都督的大印，并由戈飞以“见证人”资格签字。这样，在戈飞的撮合下，第一次停战协议宣告达成。
蒋翊武总司令发出命令，自12月2日8时起，一律实行停战。他还写了一封信连同停战条文，派吴兆鲤送往王家店。“时黎都督已睡熟，萧慕何进去代为报告，黎都督喜极，一跃而起，说明早即动身，至刘氏祠堂再作道理。12月2日10时，吴兆麟派马队标统王祥发率马队一队，到王家店迎黎都督。选定城内昙华林高等小学堂旧址为军政府，并由黎都督发出布告，晓谕人民。”有资料说，红楼被炸后，黎都督出走。“黄陂逃去城无主，大局飘摇风和雨。”（谭人凤《石叟牌词》）武昌当时并非完全处于无政府状态，湖北军政府选定昙华林高等小学堂为新都督府，在那里召开紧急会议，公推刘公暂代都督之职维持大局，以总监察的名义督率军队，组织奋勇军竭力守卫武昌，并广布安民告示。还有的资料说，都督府移到了司门口旧藩台衙门。
此后又由戈飞调停，双方延长停战三日。当时各省代表正在汉口英租界一个洋行里开代表会，经过朱尔典的居间撮合、戈飞的疏通奔走，代表会公认湖北军政府为中央军政府，同意了袁世凯所提各省停战条件，作出决定“从12月9日起停战十五日”。一场军事斗争因外国人的调停而至最后无限期停战。几乎同时，章太炎在给谭人凤复电中说“革命军起，革命党消”，认为革命党人的历史使命就应该结束了，终结清廷的使命最终要由政治斗争来完成。
南北直接和谈的地点先是定在汉口，独立各省代表已有部分在汉阳陷落前就已陆续抵达。可是南京攻克后有人提出，武汉连失两镇，且兵临城下，在这里议和显然已不合适，不如把开会地点改至南京，并在那里建都更为有利。袁世凯的心愿原来是在汉口与黎元洪议和，委派全权代表唐绍仪也于12月上旬率团从北京启程前往汉口，见南方改变会址遂转赴上海。
