起初，神罗公司的科技也达到了很高的水平，它已经找到了将这个星球的生命之泉当作资源来利用的方法。正是因为这样，这个星球的人们的生活变得十分的富有。但是，这同时也是在消减星球的生命，很多人都抱着这种想法，所以越来越多的人开始起来反对神罗公司。但是神罗公司对这些反对它的人们用武力，进行了镇压。在这期间，神战士发挥了重要的作用。但是杰诺娃所带来的问题也逐渐显现了出来，杰诺娃的细胞在不断的侵蚀着神战士的身体，神战士们也都注意到了这一点。其中一个最优秀的神战士萨菲罗斯，当他得知自己是诞生于一个可怕的实验时，渐渐地他变得开始憎恨神罗，最后他变得憎恨一切。因为过度的憎恨，以至于他想要毁灭一切。神罗与曾经反对过神罗的人们，为了阻止萨菲罗斯进行了数次的战斗。战斗的次数越多留下的悲伤也就越多，为此那些曾经真爱过这个星球的人们，也不得不返回了生命之河。然后有一天，也就是改变命运的一天，使所有的战斗都告终的是星球自身的力量，星球把生命之泉当作了武器。
从地面喷射而出的生命之泉吞噬了战争！野心！悲伤，这所有的一切以无尽的悲伤作为交换，一切都结束了。而对于那些为保护这个世界而努力战斗的人们也得到了回报。萨菲罗斯最后终于被打败了。世界回归了和平，一场可怕的噩梦终于得到了终结。
正当人们为期盼而来的和平而欢呼的时候另一场噩梦，正在酝酿当中。在上一场噩梦结束之前，也就是萨菲罗斯消失之前，他向整个星球便撒了杰诺娃遗传思念，或者叫做萨菲罗斯因子，不论你怎么称呼都可以。被萨菲罗斯因子侵蚀的人都得了一种奇怪的疾病星痕症侯群。那些被杰诺娃侵蚀的人都将成为萨菲罗斯的幼虫思念体。当幼虫与杰诺娃细胞再次结合的时候，萨菲罗斯将会重新来到这个世界。那些曾经追随过萨菲罗斯的人，当得知这个消息的时候，就开始四处寻找杰诺娃的生命细胞，然而杰诺娃的本体早以被神罗公司封印，曾经为这个世界带来灾难的神罗公司，极力的想要弥补自己以前的过失，他将杰诺娃的本体封印在了地底之城，直到能够找到正确的方法来毁灭它。
正当世界归于平静的时候，一场为争夺杰诺娃的战争悄悄的到来了。
在迎来盼望已久的和平以后，幸存下来的人正在期盼着新生活的开始，有些人甚至认为他们已经进入了永久的和平，没有了萨菲罗斯的世界，充满了欢乐！幸福，人们对过去的悲伤渐渐的淡忘。但是，在平静的背后新危机的萌芽正在慢慢的生长。
在曾经被称为地球上最繁荣的城市里，也就是萨菲罗斯曾经在那里挑起战争的亚特兰迪斯城里，有一些人正在谋划着挑起新的世界大战。他们都曾经是萨菲罗斯的追随者，不甘心失败的他们对这个星球，有着更深的仇恨。在这些人当中，有一个叫做亚求卡斯的神战士，他对萨菲罗斯有着深刻的思念，在他和他的两个同伴体内都寄生着杰诺娃遗传思念，他们不断的召集那些曾经追随过萨菲罗斯的人，然后在一起向这个星球报复。
在杰诺娃遗传思念的驱使下，亚求卡斯和他的同伴菲卢斯，格力目焦对杰诺娃细胞有着很强的思念，因为只要能够得到杰诺娃的本体细胞，他们随时都可以重造一个强大的萨菲罗斯。在上次大战以后神罗公司的高层们，对过去所做的一切深感不满，他们撤换了以前的社长，把前任社长的势力驱逐出神罗，并且神罗的着名科学家？宝条，找到了一种可以将杰诺娃暂时封印的方法。神罗的新任社长？斯特莱夫也极力主张将杰诺娃细胞封印，直到他们找到可以将它毁灭的方法。
