康熙已经亲政，标志着辅臣体制的结束，但鳌拜根本不把这个小皇帝放在眼里，也并不想归政于他。鳌拜主动表示“主上躬亲万机，臣等仍行佐理”，加之祖母对康熙的理政能力还不十分放心，使得辅政体制名亡而实存。据当时在康熙宫廷中的法国传教士白晋记载，在康熙十五六岁时，四位辅政王中最有势力的宰相（即鳌拜），把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议。此时的鳌拜已经对康熙的皇权构成了严重的威胁。
康熙亲政后考虑要解决的首要问题，自然就是要尽早清除鳌拜的势力，把治理朝政的大权真正地掌握到自己的手里。可鳌拜擅权已久，由他培植起来的党羽中，分据军政要职的就不下二十人，其中包括兵部尚书噶褚哈、吏部尚书阿思哈、工部尚书济世、内秘书院大学士班布尔善、其弟都统穆里玛，还有一些侍卫、省里的总督等。尤其在上三旗中，鳌拜的势力这个时期已经占了绝对的统治地位，他说一不胄邑为二，谁都惧他三分。因此，要想清除鳌拜的势力也不是一朝一夕就可办成的。
这个时期，只有居于辅政大臣第二位的苏克萨哈一向鄙视鳌拜，当鳌拜以“商议启奏应行事宜”为名，拉拢苏克萨哈同他～起干预朝政时，苏克萨哈严辞拒绝，不愿与他同流合污。但是，苏克萨哈自己也势单力薄，斗不过他，于是就向刚亲政六天的康熙提出辞去辅政大臣的职务，要求去看守先帝的陵寝。苏克萨哈这样做，其实是想用这个办法来迫使鳌拜也跟着自己一起辞职，以削弱其权势，使治理朝政的大权真正掌握在小皇帝手里。
这时，年幼的康熙却误解了苏克萨哈的这片苦心，觉得是在给自己出难题，因此专门派人去查问苏克萨哈辞职的原因。而老奸巨猾的鳌拜自然一眼就看穿了苏克萨哈的意图，他见自己的主张不能得到苏克萨哈的支持，正苦于没有借口打击苏克萨哈，于是就借机大做文章，操纵议政王大臣会议，颠倒黑白，为苏克萨哈编造了“背负先帝、藐视冲主、心怀异心、不欲归政”等二十四条罪状，提出要将他与其长子内大臣查克旦革职，凌迟处死，其余子六人、孙一人，以及其兄弟之子，满门抄斩。族人前锋统领白尔赫图等，也一并处斩。议定之后向皇帝奏报，康熙这时才觉察到了鳌拜的险恶用心，坚持不同意鳌拜的意见。但跋扈成性的鳌拜连续几天朝见时，在康熙面前挥拳捶胸，疾言厉色，对康熙恐吓要挟，不肯罢休。
康熙面对鳌拜的强势欺凌和顽固坚持，忽然改变了主意。他觉得自己既然亲政了，辅政大臣这帮人自然也就没有必要再留着了。但这些人都是有权有势的，自己要削掉他们的权势也不那么容易。在四大辅臣中，索尼已经死了，遏必隆是紧跟鳌拜的，因此除鳌拜之外，对自己威胁最大的就是苏克萨哈了。现在是鳌拜要杀他，自己何不乘此机会顺水推舟，反正所有的恶名都只会落在鳌羿的身上。康熙主意拿26定了之后，在听取议政王大臣会议对苏克萨哈的处理意见时，他故意问康亲王杰书，大家的意见是否一致。杰书回答，一致要将苏克萨哈凌迟处死。康熙不禁大怒地说，按大清律的规定，只有犯了大逆不道之罪，才处以凌迟，苏克萨哈只是请求辞职去看守皇陵，怎么能处以这样极刑？
鳌拜一听康熙的话，知道自己的目的就要达到了。于是急忙迎合：皇上圣明，凌迟处死太重了，就改为绞刑吧。还没等康熙表态，他就拿起朱笔，在奏文上替皇上代笔了。
结果苏克萨哈被处绞刑。
