距离得到神纹残片已经有一个月了，在这一个月间，神纹差不多彻底和残片融为一体了，对于查尔斯那剩余的一块残片，感应也愈来愈强烈了。
除了神纹的问题外，世界的剧情发展也接近了尾声。
先是喜欢鲁鲁修的女孩夏利约他一起去听音乐会。白天zero率黑色骑士团与京都交涉成功、确立了合作关系。而夏利白天去成田认尸，原来夏利的爸爸在成田一战中牺牲了。晚上见面时夏利和鲁鲁在雨中亲吻。程飞当时就在旁边偷看，感觉特刺激！
之后鲁鲁修参加完夏利爸爸的葬礼回来，心中动摇，但已经走上了修罗之路便没有退路。维莱塔因被Geass影响过而产生了怀疑，告诉夏利鲁鲁修可能和黑色骑士团有关系，两人跟踪鲁鲁修。Zero在晚上的作战中与lanclot冲突而受伤，lanclot又被红莲二式缠住，夏利拣了一把枪对着自己面前晕倒的zero想为爸爸报仇，这时候zero的假面掉了下来露出鲁鲁熟悉的面容。
虽然最后夏莉死了，程飞也站在旁边，不过他不想阻止发生的一切，因为没有夏莉的死，就无法成就鲁鲁修之后的地位，一将成万骨枯。
随着之后的剧情发展，鲁鲁修希望有个骑士来一直保护娜娜莉，他选定了朱雀。傍晚黑色骑士团众去解救藤堂，又一次遭到lanclot的阻击，在四圣剑的攻击下lanclot的驾驶仓被破坏，朱雀的面容露出，原来一直以来的白色机甲就是朱雀，鲁鲁修苦笑。这时尤菲向媒体宣称自己的骑士确定为朱雀。
阿什福特学园祭召开，有很多有趣的活动，还要制作世界第一的比萨，大家都很开心。尤菲碰上了娜娜莉。为了回到以前的生活，尤菲大胆地在学园祭上宣布神圣布里塔尼亚帝国承认“日本人”，即将建立布里塔尼亚人和日本人平等的特区。
虽然很多的人反对，但皇女已宣布的事情不好收回，日本行政特区的成立典礼召开。会场上zero出现要求与尤菲单独交谈，鲁鲁修被尤菲的善良与牺牲感动，同意合作成立日本特区，并开玩笑地说“我要是下命令的话谁也不能反抗哦，比如现在我说杀光日本人的话…”而偏偏Geass却在此时失控了，玩笑变成了Geass指令，尤菲冲出去下令缴杀日本人，会场被鲜血染红了，鲁鲁修含泪下令诛杀尤菲。
尤菲被zero射杀，亲眼目睹了这一幕的朱雀疯狂抢回尤菲送往飞船治疗。Zero与联邦结盟，下决心最大程度利用尤菲的死，告诉日本人建立特区完全是尤菲米娅的陷阱，并在会场里宣布新日本的成立。同时尤菲在朱雀面前安静地死去，这时神秘的男孩V.V出现告诉朱雀Geass的真相。战争全面爆发，鲁鲁修接到朱雀说自己已被仇恨支配的电话。
……
“终于到了！”程飞脚踏着地面，望着前方的洞口，感慨道。程飞自从得到残片之后，就离开了骑士团，暗地的监视着鲁鲁修的一举一动，现在剧情终于到了神根岛。这里将是剧情的一个重要转移点。
看着鲁鲁修走进洞口，程飞连忙跟上，因为他知道，鲁鲁修进去后会炸毁通道，想同查尔斯同归于尽，“碰！”的一声，就在程飞刚踏入洞口，布置在外的炸弹就爆炸了，冲击波直接冲来，程飞一个千斤坠，稳住了身躯。“靠！鲁鲁修，你就不能等我多走进一点再炸啊！”程飞不禁暗骂道！
漫步走着，闲庭信步。一点都不把眼前这个陌生环境当回事！随着走的越远，隐隐约约可以看见前方的光亮，洞口光圈由小变大。
终于到了！程飞张望着，只见鲁鲁修此时已经躺在了地下，而高大的查尔斯就站立在他的面前。
“哈哈！大家好，耶！这不是鲁鲁修吗？怎么躺在地上了啊！”程飞一脸绽放着笑容，和一朵菊花一样。
“你！是何人？”查尔斯用他雄厚的声音说道。旁边的一名女子也在旁边应和着：“见到大不列颠帝国陛下，还不下跪。”
听了两者的话，程飞再也惹不住大笑了：“就你！查尔斯？要我下跪，你们的梦还没睡醒吗？”话刚说完，程飞就主动亮起了额头的神纹。
查尔斯见到神纹后，脸色瞬间苍白，像石灰一般白嘴唇安静了下来。哆嗦着，显露出一种笨拙的笑容。
看着查尔斯这般表情，程飞轻笑道：“怎么，查尔斯。是不是想到了什么。”查尔斯喉咙一咽，艰难的说道：“命！运！神纹！”
“宾果！恭喜你答对了，可惜没有奖。”程飞弹了个响指，手指着查尔斯说道：“查尔斯，你的时代已经过去了，剩下的事就交给你的儿子吧！”
查尔斯仿佛知道要发生什么事了，整个人都瑟瑟发抖着。程飞淡淡的望了查尔斯一眼，眼中闪过一丝火热：“命运神纹！吸收。”
如上次那般，神纹丝线射出，把查尔斯死死捆绑住：“发现神纹残片，预计1小时吸收完毕。”
“果然是这样！”程飞听了系统提示后，不再理会躺在地上的查尔斯，尽直朝黄昏神殿的边缘走去，一旁的女子，也就是鲁鲁修的母亲玛丽安娜皇妃，看见自己的丈夫都倒下了，也不敢上前阻挡程飞的脚步。
“真壮观啊！”抬着头，望着黄昏神殿的顶端，一片如黄昏时的云彩在飘荡着，中间有一束黑色的光芒，光芒如人的DNA基因链条一般的纠缠在一起，仔细一看，每道光束都是一个狰狞的人脸，时不时还会发出刺耳的嚎叫声，霎时恐怖。
“这就是诸神黄昏连接吗？查尔斯啊！你想创造的那个虚假的世界，就如同火影世界里面的斑一般，一个活着幻觉的世界，有用吗？”程飞自语道。
虽然不知道火影世界是什么，也没听过斑这号人物，但是玛丽安娜还是忍不住大叫道：“我和查尔斯想创造的世界是真的，是美好的！”
程飞没有转身，继续自语着，也不知道是不是在回应着玛丽安娜：“虚假的世界，活在梦中的世界，那就让我指定人来完成这真实的世界吧！”
程飞轻轻一跃，跳入了光束之中。光束不是虚无的，给人感觉像什么呢？对！像橡皮泥，黏黏软软的，感觉特恶心，鸡皮疙瘩都出来了，这就是程飞的第一感觉！
光束之中有一股吸引力，程飞顺着这股引力努力的朝上方游去。大概过了半小时，来到了顶端！
“这！这是宇宙？”程飞目瞪口呆的看着周围的一切。满天繁星，顿时感到宇宙的广袤和自己的渺小，宇宙就象墨蓝的天鹅绒，大大小小的星星点缀在上面，不停的闪耀钻石般的光辉。其中最前方，有一颗巨大的紫珠闪烁着别样的光芒，使周围的星光黯然失色。
“命运之心？哈哈！终于找到了。看来那个猜想是对的！”程飞朝前一迈，顿时一股巨大的吸引力直接把程飞朝紫珠吸去，就在程飞触碰到紫珠之时，原本巨大的紫珠已肉眼可见的速度，飞速缩小，最终带着程飞朝黄昏神殿飞去！
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