吴秀才赶跑胡子
皖系战败后，曹锟和张作霖在利益划分上很快发生矛盾。
两派就惩处皖系战犯问题出现争执，张作霖为拉拢皖系和安福系的残余势力，保释了段芝贵，惹得直系大为不满；
曹、张请双方都能接受的靳云鹏再次组阁，靳内阁苦于财政无钱，且军费浩大，就提出“裁兵”建议。曹锟说：如果东三省办得到，直隶也可以办到。张作霖却说：如果先发清欠饷，东三省当然办得到。因为财政无钱，所以张的要求靳内阁是无法办到的。裁兵问题也成了双方心结；
当时北京政府欠下的军饷很多，此时告贷无门，导致全国各地发生了军队扰民的恶性事件。曹锟的四弟直隶省长曹锐说内阁在补发军饷上偏袒奉军，公开向靳云鹏发难，要靳滚蛋，实际上是针对张作霖；
直、奉两派都竭力抢占地盘，扩充实力。直系要把河南和陕西纳入势力范围，但张作霖却想把西北划入东北势力范围，甚至染指长江，推荐亲家、复辟丑角张勋为“陕甘巡阅使”或者“长江巡阅使”，直系当然反对；
夹在两派中间的靳内阁双方都不敢得罪，给张勋安排了个“热河林垦督办”的职务，惹得张作霖也大发雷霆。最后经妥协，张勋旧部张文生为安徽督军，张作霖则担任蒙疆经略使，将热河、察哈尔、绥远三省攫入手中；
靳云鹏与张作霖是亲家，直系对靳内阁一直有怨言。总统徐世昌因对外借款问题与靳交恶，联合旧交通系逼靳下台，靳想借直、奉的力量自保，但曹锟听从吴佩孚的意见，借口有病不能过问政府的事情。靳云鹏几方受气，在1921年12月17日宣布辞职。
张作霖虽没有表态，但背后却大骂直系，接着张推荐梁士诒组阁，但曹锟、吴佩孚不予置否。等到梁上台后，吴佩孚便大打电报战，以外交问题为借口逼梁下台，致使梁于1922年1月25日以请假为名离京出走。
曹锟没什么心机，新直系基本由吴佩孚当家，此时吴已是直鲁豫巡阅副使和两湖巡阅使，在与奉系争斗方面，吴总是第一个出头。张作霖认为吴是小辈，居然与自己平起平坐，相当不爽，对吴又恨又忌。
张作霖拼命在曹锟身上下功夫，不断强调直奉之间的问题完全是吴佩孚一手造成的，如果不压制吴，将来直奉之战必然不可避免，而直奉之战将必两败俱伤，徒给南方和皖系造机会。曹锟此人的长处就在于用人不疑，有时候他虽然也不喜欢吴的自专，但是一直都信赖和尊重吴。张作霖气愤不过，便声称要替曹锟管教吴佩孚。
1922年二三月间，张作霖对直系的态度愈加强硬，动员大批奉军入关。吴佩孚接到这个情报，也在京汉线上扣留车辆，调动军队，准备应战。曹锟不愿与奉系动武，于是派曹锐以祝寿为名到沈阳与张作霖商谈，张提出四项条件：第一，梁士诒复职，复职后可以让他下台；第二，吴佩孚不得兼任直鲁豫巡阅副使，专任两湖巡阅使；第三，段芝贵督直；第四，直军退出京汉线北段，京津地方完全划归奉军屯驻。
曹锟为了缓和张作霖，也致电吴佩孚，对他提出严厉警告，吴回电表示绝对服从命令，但是却邀集各省直系军人到洛阳驻地，讨论对奉系的作战计划。
此时，奉系的军事部署没有停止，奉军络绎不断地向关内涌入，集结重兵于京畿一带。曹锟看到退让已无意义，就下了抵抗奉军的决心。他给吴佩孚打了一个电报，说：“你就是我，我就是你。亲戚虽亲，不如自己亲。你要怎样办，我就怎样办。”曹锟态度由弱转强，张作霖也一不做二不休，通电对曹本人开骂，直奉之间局势更形恶化，直奉恶战一触即发。
4月29日，双方正式开火，酝酿已久的第一次直奉战争正式爆发，奉系四个师、九个旅，约十二万人，直军七个师、五个旅约十万人，打了短短6天，占据了军事优势的奉系便败回关外。
吴佩孚击败奉张后地位如日中天，立刻逼迫总统徐世昌惩处张作霖，北京政府于是罢免张的所有职务，但5月11日，东三省议会联合会和沈阳各团体通电不接受北京政府罢免张作霖的“乱命”，张作霖在滦州宣布独立，改称奉军总司令，后又自称为东三省自治保安总司令，发表了“闭关自治”的宣言。此后，奉系在日本的援助下重整军备，并与段祺瑞、直系中的部分将领联系，伺机卷土重来。
黎菩萨再跑龙套
吴佩孚逐走张作霖，就想按照自己的重组北京政府。
徐世昌是“非法国会”选出的总统，吴想让徐主动下台，然后召开“国民大会”选举国会另组政府，那样南方也没了借口另立中央。
为了实现“和平转接”，吴佩孚大肆宣扬“恢复法统”、恢复国会，迎避居天津的前总统黎元洪复职。
对吴佩孚而言，“恢复法统”好处多多：第一，恢复旧国会，徐世昌便为非法总统，只能下台；第二，黎元洪很好控制，补足其未任满的总统任期，国会和总统都可成为直系的傀儡；第三，南方政府的借口是“护法”，如果北京政府恢复了法统，在政治上就使南方政府无所凭借了。
如此种种，吴佩孚就可先中央集权，再统一全国。当时曹锟左右的人认为直系独霸，应赶走徐世昌，由曹锟本人担任总统，但吴劝曹暂且忍耐，迎黎是一种政治手段，是为了对付广东，先“恢复法统”，之后利用国会选举曹为名正言顺的合法大总统。吴的这番话最后终于被曹锟所接受。
徐世昌为保总统地位，委曲求全，对曹吴的人事任命无有不从。但吴佩孚对他仍不假以辞色，与黎元洪取得联系，通电各省筹备“第一届国会继续开会”，并指使直系将领通电请徐“功成身退”。
6月1日，又有旧国会议员203人联名发表宣言，指徐世昌为非法总统。吴佩孚急不可耐，一天几个电话询问徐何时离开北京。6月2日，徐世昌以因病无法视事为名宣告辞职，随即黯然离京，自此退出政界。徐辞职后，就在天津租界居住，晚年拒绝参加日军组建的华北傀儡政府，保持了民族气节。
徐辞职的当天，吴佩孚通电恭请“黎大总统”顺应民意，进京复职，直系各督军也发表通电，赞成“恢复法统”和黎元洪复职。皖系认为请黎复职是直系挟天子以令诸侯，所以通电反对；奉系赞成“恢复法统”，也反对直系军人干涉政治；至于广东则称黎当年下令解散国会，是为罪人，无位可复。
黎元洪不慌不忙通电发表了“废督裁兵”的施政方针，并对曹锟和吴佩孚的代表说：“办得到我就复职，办不到就请你们另选高明。”这是黎怕自己再次成为盖印机器而试探曹、吴的态度，也是为自己多争取一点舆论支持。
曹锟听说黎还要提条件，怒骂岂有此理，吴佩孚则直截了当地告诉黎的代表，黎如果再装腔作势，自己也不会再支持他。黎元洪本就是惺惺作态，这时看差点玩出火来，也不再坚持，赶紧于6月10日通电宣布入京复任总统，11日就坐专列自天津赴北京，宣布复职。
黎元洪复出的结果是可以预料到的：在任上对直系言听计从，到忍无可忍之时再被逼下台。从1922年6月11日正式复职，到1923年6月3日被逼去职，呆在总统位置上不过一年，而这短短一年时间里，黎感到的是痛苦、矛盾和无奈。
首先，就是黎元洪“废督裁兵”计划的破产。那时军阀割据，俨然一个个是土皇帝，把持了各地的军权和财权，又要靠军队打天下，又有谁会交出大权、遣散武装呢？黎元洪的想法虽然道出了民众的心声，但没有实现的可能。黎向各省发出电报，各省虽迫于民意响应，但暗中抵制或加以利用。江西督军陈光远因老巢快被南方的北伐军打下，干脆主动自动宣布解除督军职务，借废督下台；在东北自立的张作霖也通电赞成，不过他以“东三省保安总司令”的名义行使东三省的统治权，与原来无异；皖系的浙江督军卢永祥借废除督军而设军务善后督办一职，对北京政府变相独立，差点惹得直皖在江浙再次大打出手；直隶等省的督军改称省长，依旧把持民政军政大权，换汤不换药。至于裁兵，吴佩孚首先就不答应，各省也不理不睬，最后也就没了下文。
其次，黎元洪希望在自己的手中实现南北和平统一，各方对其并不买账。黎想建立一个由南北知名人士共同参加的内阁，吴佩孚不冷不热，拒绝了黎请他担任陆军总长的任命。而南方诸人也拒绝就职，黎本想请国民党元老李烈钧担任参谋总长，但李却通电公开骂黎叛国，是直系的傀儡；内阁总理人选伍廷芳也不理黎，伍通电以“息影家园，再研灵学”拒绝了黎的邀请，并质疑黎的复职没有法律根据。这一连串的反对和置之不理态度，使自以为得计的黎元洪连遭打击。
再次，黎元洪任内，内阁频频更迭。黎任期不过一年，经历了颜惠庆、王宠惠、唐绍仪、汪大燮、王正廷、张绍曾六位总理七任内阁，其中王宠惠第二次组阁仅存在短短6天。而这些内阁要么因惧怕直系而改组，要么就依附直系压制黎元洪，唐绍仪畏直系势盛干脆就不到任，存在时间最长的张绍曾内阁甚至与直系勾结，逼迫黎元洪下台。
除内阁问题之外，政府的财政问题也使黎元洪焦头烂额。
袁世凯以来的历任北京政府都面临财政这个老大难问题，黎也无法解决。日本支持皖系和奉系，不愿向受直系支配的黎元洪政府借款，而英、美、法三国因在组建英、美、法、日四国银行团时有协议规定四国必须一致行动，也不能进行大借款。
由于借债迟迟未成，军饷不能按时发放，于是全国各地到处发生兵变。而北京政府各部的公务员终日忙于索薪，无心公事。甚至有一次被裁撤的公务人员组成索薪团，包围了国务院，将时任财政总长董康一顿暴打，吓得董第二天就坚决辞职。这些景象，让黎元洪有政府前途风雨飘摇之感。
而且，黎元洪又经历了罗文干案的打击。
罗文干，广东番禺人，清末留学英国，获牛津大学法学硕士学位，在王宠惠内阁中担任财政总长一职。“罗文干案”发生在1922年11月，当时国会与内阁不和，众议院议长吴景濂深夜拜访黎元洪，控告财政总长罗文干在进行对外借款时收受华意银行贿赂8万英镑，并请出一个姓李的华意银行买办作证。见黎尚在犹豫，吴便恫吓说若罗文干逃走，那么责任就是黎一个人的了，黎就发文连夜逮捕罗文干解送法院。
第二天，总理王宠惠带着其他阁员到总统府见黎，指责总统直接下令逮捕阁员是非法行为，黎连忙道歉，表示愿意亲自到检察厅去把罗接出来。罗不依不饶，高呼总统蹂躏人权，不愿出狱，要在法庭上见个真章。国会本就想借此案倒阁，于是也找到黎元洪，逼他不准放人。
（资料14，古怪的罗文干案）
最后事情越闹越大，惊动了曹锟和吴佩孚，两人都通电指责黎处理不力。最后彻查之下，案情大白：这8万镑是由财政部公开领收，与罗个人并无关联。
本来此案应就此完结，但曹锟却在此案的调查过程中发现半年来内阁拨充吴佩孚的军费是509.9万元，而自己只得到242.4万元，吴佩孚势力之大严重威胁了自己，曹恼火之下要求黎解散王内阁，严办罗文干。最终，王宠惠内阁全体辞职。在罗文干案中，黎元洪因为违法抓人，又在曹锟和吴佩孚之间委曲求全，承受了最大的压力。
黎元洪手中无兵，也就掌握不了实权，背后又有曹锟和吴佩孚两个太上皇，痛苦之处尤甚于与段祺瑞闹府院之争时。虽然他对总统职位仍然恋栈不已，但下台只是时间问题了。
戏剧性的离职
迫使黎元洪最终离职而去的，还是曹锟。
曹锟本就想当总统，加上左右想攀着这颗大树升官发财不断地怂恿，曹就急不可耐了。吴佩孚坚持按步骤来，先补满黎元洪的任期，恢复国会和内阁，再启动大选。曹锟的幕僚认为吴潜藏心思，日子一长，直系无形之中分为曹派和吴派。“罗文干案”就是因为曹、吴两派掺杂其中，才变得异常复杂。众议院议长吴景濂是曹派，而内阁总统王宠惠是吴派，因此曹坚决倒阁，吴却尽力保护。黎元洪经常在两派中间左右为难。
1923年6月6日，拥曹的张绍曾内阁以“总统独断专行”为名对黎元洪发难，请求全体辞职。7日，属于曹锟的北京驻军共500余人闯进总统府要求黎元洪补发欠饷。接着曹派雇用流氓，以“公民团”的名义集会，指责内阁辞职由总统引起，强烈要求黎元洪“速行觉悟，即日退位”。北京警察也宣布因政府欠饷而罢岗，撤走驻守黎元洪私宅的卫戍部队。军警代表、“公民团”代表轮番到黎宅示威。
6月13日，困局私宅多日的黎元洪决定做出最后抗争，将自己想做而做不成的事情写成七道命令发表，并通电因在北京不能行使职权，即日起总统将移往天津。
黎动身前，将大总统印信交给他的姨太太危文绣，嘱其避居东交民巷法国医院。曹锟听说黎离京，即刻令人去总统府取总统印信，却不见踪影，于是赶紧派直隶省长王承斌找黎要总统印信。
王承斌接令后，即刻乘快车赶赴杨村车站，截得黎元洪的专车，上车讨要印信。车继续向前行驶后，一开始王还虚与委蛇，拐弯抹角，黎均漠然视之。看看车到天津新站，王一着急，才直问印信的去向。黎说放在北京了，王即回答道：“总统应该讲实话！”黎大怒道：“我就是不把印交给你，你能把我怎么样？”王冷笑一声，命令将车头摘下，声称要开回北京。
黎元洪的子女四人前来接站，被军警阻止，英美两国领事上车拜访，亦被阻拦。黎悲愤之下几欲自杀，幸被左右拦下。黎万念俱灰，遂向携印藏身于法国医院的姨太太打电话，嘱其将印交出。王还不罢休，又呈上三通电稿，内容为由国务院摄行大总统职务，请黎签字，黎照签不误，这一出“截车夺印”的好戏始得收场。
黎元洪回到天津府邸后，即将“印信被夺”与“被逼签字”之事通电全国，说明这三通电稿为强迫签字，依法不具效力，并强调自己决不辞职，纵国会议决，也决不受命。他坚持认为自己是合法的大总统，由于他离京前已重新任命国务总理，故若能重设国会，就可以在天津恢复政府。因此，他在天津设立“国会议员招待所”，凡是来津议员，均以旅费名义支给500元。
民初旧国会的议员经过洪宪帝制、安福国会的摧残之后，对国家前途悲观失望，个人品质已经很难保证，此次来津的议员虽然不少，但大多为投机分子，无非是贪图那500块大洋而已。不久，曹锟在北京出价5000元贿选总统，价码提高了十倍，这些人自然就跑到北京去了。
黎元洪又想与段祺瑞再度合作，再来个“誓师”。可段祺瑞的心胸本就狭窄，宁可与张作霖、孙中山合作，也不愿与他再度联手。
此时，孙中山、卢永祥等人在上海组织“反直同盟”，邀黎元洪南下，章太炎等故人也一再邀请他“挺身而出”。黎遂于9月8日南下，一到上海就发现自己处境尴尬，孙中山、卢永祥的态度有些敌视，而唐继尧、张作霖方面则对他太过客气，国民党人张继甚至在会议上痛骂他为“民国第一号叛徒”，林林总总，都令他心生退意。后来，他得知卢永祥催他南下的电报竟然是别人伪造的，才恍然大悟。此时他意兴阑珊，算是看透了政治，最终宣布自己将赴日本养病。
黎元洪于11月8日东渡日本，半年后回到天津，从此安心做寓公。他醉心于创办实业，积财极丰，曾对人说：“我两次做总统，皆赔累不少，不如做生意较为安闲自在。”
总统可以买
黎元洪离京后，曹锟就迫不及待地想登上总统大位，若要依法选举总统，就要经国会选举，但国会中虽有众议长吴景濂为自己摇旗呐喊，但真正属于曹派的议员毕竟是少数，而且声望才干在曹锟之上的人有不少，若靠正当途径选举，胜算并不大。于是，曹锟选择了“贿选”，在中国历史上留下了一段轻喜剧。
不少议员指斥直系逼得黎元洪的下台是政变，愤然离京，孙中山在广州也欢迎议员南下。留在北京的议员严重不足，吴景濂为凑足法定人数，一面劝告离京议员不要为野心家所利用，一面推动国会通过了延长议员任期的提案，并许以旅费400元，请南下议员回京。有些南下议员本来就态度游移，可南可北，受此诱惑就回到了北京。
两院“延长议员任期案”通过后，吴景濂就积极筹划贿选事宜。9月9日，众议院召开了“选举总统预备会”，凡是在这天参加的议员，都有出席费200元，如果抱病在身而力疾出席者，还加发医药费。虽然只需出席就可得到酬金，但不少议员并未到场。
为保证“预备会”顺利进行，第二天继续开会时，吴景濂就授意代议员签名，捏报出席人数，这样勉强凑足法定人数。隔天便有不少未出席的议员向吴质问，吴不予理睬。离京的议员对北京非法的“总统预选会”更不会予以承认，发出通电坚决反对。
9月12日，“第一次选举会”正式召开，由于法定人数不足而流产。吴景濂和曹派议员慌了手脚，召开了紧急会议，讨论如何促成大选问题，当时商订了几个办法：
（一）遣人分头疏通议员，由常会再定选举日期；（二）电请各省督长，推定各该省国会议员一二人为代表，负责拉拢各该省代表出席；（三）决定出席才发给出席费；（四）接洽各政团，采取刚柔相济的手腕；（五）分派代表秘密南下，运动反直派中坚人物，予以特别待遇之条件，除了金钱上的承诺外，还答应政治上的优缺；（六）如果以上各点进行无效，则准备出最后一途，修改《大总统选举法》。
另外，曹派人士又举行秘密会议，讨论票价问题。经商议，票价初步确定5000元一张（后依据议员身份而浮动，高的可达万元，低的只有2000元），在出席大选会的上午开支票，议员收到票款后就聚集在一处，午后同乘汽车径赴国会投票，将来付款时，须由开票人补填日期，并加盖一图章，方能生效。此项补填及加盖手续，必须在总统选出后三日履行，也就是说，只有曹锟当选，支票才会有效。
1923年10月5日上午，“总统选举会”正式召开，到会议员共593人，超出法定人数585人。下午2时正式投票，至4时完毕，当众点票，结果投票总数为590张，曹锟得票480张，获选为中华民国大总统。其余得票人有：孙文33票，唐继尧20票，岑春煊8票，段祺瑞7票，吴佩孚5票，王家襄2票，陈炯明2票，陆荣廷2票，吴景濂、陈三立、张绍曾、张作霖、陈遐龄、唐绍仪、汪兆铭、王士珍、谷钟秀、谭延闿、卢永祥、李烈钧、高锡、符鼐升、姚桐豫、胡景翼、欧阳武、严修各得2票。还有废票12张，中有孙美瑶（土匪头目，轰动一时的临城劫车案的罪首，受招安后为旅长）1票，“五千元”1票，“三立斋”3票（贿选所发支票的支款数目及签名骑缝三处均盖有青色长圆木戳，内有“三立斋”三字）。
这次贿选丑闻甚至惊动了美国的《时代》杂志，《时代》对这次贿选进行了跟踪报道，并将曹锟列为封面人物。关于这次贿选，还有许多花边新闻，见诸于当时的北京报端：
一、曹锟贿选的钱来路不正。
曹锟布贩出身，发迹之后尤重敛财，家产为5000万元，列北洋军政人物之首，但此次贿选，却并非出自他的私囊。直隶省长王承斌为筹集大选用款，逮捕了一批制毒贩毒的奸商，勒令他们以钱赎身，得款数百万，又向直隶170个县强迫性借款共数百万元。
此外，各省督军、省长多有“报效”，数目最多的为山西督军阎锡山、湖北督军萧耀南、江苏督军齐燮元，每人50万元。
二、强迫议员选举。
大选应在当日上午10点正式开始，但议员人数到不齐，只有数次延长。其间曹派在北京城大肆搜索议员踪影，有议员住院，也被用软床抬入国会。车站及各紧要通道，都布置有军警防阻议员出逃，遇到有议员出逃的情况，便衣都是一把揪住，大声诬赖其逃债，接着军警就会过来干涉，声称带回去盘问，事实上则是带回会场凑足人数。
有的议员坚持不来，曹派则采用亲情攻势，派其家人朋友加以劝诱，结果议员由其妻妾或友人陪送来参会的有数十人之多。后来为凑足人数，曹派更是承诺只要出席选举，哪怕不选曹锟都可领取5000元，这一招果然奏效，反直派议员十余人乘汽车赶到参选。至下午2点，选举始凑足法定人数，宣布开会投票。
有议员本来坚决不愿贿选，但曹派许以月薪四百元之顾问等职，于是怦然心动，立刻就放弃了良心主张，与曹派签约。
三、自选人手“监督”。
根据选举法规定，总统选举必须有一定人数的旁听者充当会议监督。但选举当日对旁听者的控制特别严格，必须由其介绍人（议员）出面证明其身份，且被搜身后方可入门。
在院子里临时搭盖的棚子里，大清早便有旁听者等候，总共大约百余人，由于人多地窄，几无立足之地。到了午餐时间又没有饭吃，后来组织者还算“仁慈”，送来一批面包，没让他们饿晕倒。
四、冒牌议员领钱。
当天签到虽所近600人，但未必皆为正身。参众两院各有一蒙古议员被一真正蒙古议员指出是冒牌货，而山西、江西也各有一议员被指为滥竽充数。
大选当日，曹锟亲自临场督选，当他走到北京议员国民党员吕复席前时，发现他竟未选自己，不禁心痒难禁，竟然附耳轻语：“如何不选曹某？”不料吕复天生有反骨，叉指怒喝道：“你要能做总统，天下人都能做总统了。你要是当了总统，总统也就不是总统了。”说罢，随手操起桌上的砚台向曹锟掷去。曹锟亦曾公然对议员们说：“谁又有名又有钱，谁就可以当总统。”某议员立刻提议道：大帅，梅兰芳既有名又有钱，我看可以当总统。一座大笑。
有议员看到当时情景，愤慨万分，曾感慨地说：“今日共和，卖国的价钱比从前便宜多了。”别人不解其意，问是何意。其人曰：“当前清时，有个英国人曾说：我们不必和中国打仗，就能把中国土地利权占尽，我们只要汇丰银行一家就办得到。因为你们中国的一个知县官，只须八千两银子就能捐得到，这样算起来，把全中国的州县买尽，至多不过千万元，香港上海汇丰银行随时可以拿出这笔钱来。如今，中华民国要选举正式大总统，依选举法，只须四五百张票，听说每张票一万元，买四五百张不过四五百万元，这个数目买一个大总统，统理全中国，岂不比买全国州县官要便宜得多吗！”
东北军卷土重来
曹锟贿选成功，举国哗然。
孙中山在广州大本营主持会议，以大元帅名义下令讨伐曹锟，通缉贿选议员，并电段祺瑞、张作霖、卢永祥一致行动。同时对列强宣言，声明曹锟为僭窃叛逆，以中国全体人民视曹锟之选举为僭窃叛逆，请各令其驻京代表，避免任何行动可使僭窃者引为国际承认之借口。
直系可不管别人如何反对，在北京城自娱自乐，着手构建新的中央领导班子。
1924年9月3日，皖系的浙江督军卢永祥与直系的苏皖赣巡阅使齐燮元在江浙大打出手。断断续续打了许久，最后以卢永祥下野告终。
江浙打得热闹，张作霖在东北也响应皖系，以直系发动江浙战争为由宣布再次派兵入关。张作霖自从第一次直奉之战失败后，认为老兵老将的不中用，于是起用少壮派训练新兵，张学良、郭松龄等都被选为领兵大将，此外，张还起用了张宗昌等客籍将领，希望一雪第一次直奉战争之耻。
在奉系摩拳擦掌之时，直系内部却产生了分裂的危机。
曹锟就任总统后，吴佩孚一心在洛阳埋首练兵，以图武力统一，与其他直系将领之间矛盾丛丛。
吴志在统一中国，为了军事行动，必须先求“指挥统一”，便主张各省督军和各地区巡阅使辞去所兼师长职务。在吴看来，一旦各省军阀都将军权交给中央政府，他将当仁不让指挥直系全军。
但直系各省军阀死活都不愿交出兵权，他们明白，一旦自己没有军队做保障，督军、巡阅使地位说不定很快就要被夺去。因此吴的倡议遭到直系诸将的坚决反对，山东督军郑士琦表示宁愿辞去督军而不放弃第五师师长。直隶省长王承斌因师长职务被夺，气冲冲跑到曹锟面前要求辞职，当时与王呼应的，还有陆军检阅使兼十一师师长冯玉祥和苏皖赣巡阅使齐燮元。后来这三人组成了直系内部的“反吴同盟”。
尤其值得一提的是冯玉祥。冯因河南督军被撤职，托人向曹锟求情，吴碍于曹的面子，就让冯到北京做了“陆军检阅使”。冯玉祥虽然得以继续保持军权和军队，但对吴一直怀恨在心。曹锟就任总统后，吴佩孚一直密切注意冯的一举一动。奉军宣布入关后，冯暗中与张作霖取得联系，准备观望时局而动。
第二次奉直战争，在未开战前，直系已是四分五裂了。
1924年9月15日，张作霖率奉军入关，第二次直奉战争爆发。在北京的曹锟连打电报召吴佩孚入京。此时吴佩孚新兵还未练成，对面临的战争完全没有把握，但大敌当前，他不能置之不理，于是乃9月17日乘专车入京。
吴佩孚入京后，曹锟像吞了一颗定心丸，宣布一切事务都交给吴打理，直系诸将对吴也都表示极端的恭顺，冯玉祥、王承斌等都排队欢迎。这一切，使得吴佩孚本来顾虑内部不团结的疑云一扫而空。
曹锟于吴入京的当天下令讨伐张作霖，特任吴佩孚为讨逆军总司令，王承斌为副司令，以四照堂为总司令部。吴随即在四照常就职，并亲笔点将，冯玉祥为第三军总司令，领一师三旅，人数不下二万五千。
据说，吴佩孚这次点将，从下午2时直到晚上12时，最后写到总司令吴佩孚几个大字，总统府全部电灯突然熄灭，这本是例行的每晚12时换电，可是不巧在吴点将的最后时刻，点到他自己名字，眼前一片漆黑，令人联想到这是不祥之兆。
吴佩孚四照堂点将后，冯玉祥就磨磨蹭蹭不愿迅速进兵，他先是要求先发饷后开拔，被吴怒斥，后来又要求多拨车辆，采用步步为营的策略，前方兵力疏疏落落，大军则云集后方。吴佩孚坐镇北京指挥，冯玉祥不敢妄动，只派人暗中调查吴军开赴前线的确实数字，伺机而动。另外冯还联络讨逆军副总司令王承斌，嘱其不要在前线打硬仗。
直奉双方各出动20余万大军，因为前方军情不利，加上曹锟左右惧怕吴佩孚在京，于是怂恿曹锟不断催促吴佩孚上前线指挥。吴佩孚不为所动，直到部分将领不卖力，甚至发生了一个旅长不战而退的严重事件后，他才携讨逆军总部人员于10月11日晚由北京出发，直趋山海关。
吴佩孚在前线督战，直军气势大盛，战局渐渐扭转。吴虽出京，但冯玉祥仍在观望。当时关于战事的谣言满天飞，冯一时也分不清真假，因此不敢冒险发动，只在怀柔按兵不动，坐观成败。
此时吴佩孚命参谋长催促各军急赴前线，冯玉祥接到电报后，发现电文后加了一句“大局转危为安赖斯一举”，本来这只是加强语气的一句话，没想到引起了冯的误会。冯玉祥认为直军在前线处于危局之中，因此下了决心倒戈。
1924年10月23日傍晚，冯玉祥军后方变作前方，回师北京。
冯玉祥倒戈，大出吴佩孚意料之外。吴不是对冯没有戒心，不过他认为只要自己在前方稳住阵脚，冯就不敢乱来，怎知在前线局势好转之时，冯却突然临阵倒戈。他接到北京和天津打来的最紧急电报，均言“讨逆军第三军司令冯玉祥等于二十三日下午六时退出战场，未经枪战即攻入北京，发动政变，曹锟总统已失自由，北京情况不明，酝酿巨变。”电报中所列参加政变人士均为直系巨头，包括冯玉祥、王承斌、王怀庆等。吴佩孚命令封锁消息，以免军心动摇，自己赶紧领兵回京平乱。
（资料15，吴佩孚瞧不起张学良）
奉方把握时机，派遣大批飞机在直军阵地空投传单。传单上是北京政变的消息，包括冯玉祥等将领的通电，奉军还强调直军归路已断，主帅已逃，唯有投降才有生路。直军战壕中遍处都是奉方的传单，直军半信半疑，军心为之摇动。
至此，战场形势急转直下。奉军狂飙突进，山东督军郑士琦和山西督军阎锡山也出兵分别切断了津浦、京汉铁路，阻止直系援军北上。吴佩孚孤立无援，直军在华北的主力全部覆灭。11月3日，当奉军与国民军迫近天津时，吴佩孚率残部两千余人自塘沽登船南逃，第二次直奉战争结束。
吴佩孚兵败南逃后，处境凄凉，过去对他毕恭毕敬的各省军阀对其极为冷淡，有些省份甚至要驱其出境，最后湖南的赵恒惕欢迎吴入湘，吴就在岳阳休养生息，以图东山再起。
1924年10月23日，冯玉祥回师北京，曹锟被困总统府。冯也不来见曹，曹只好派人去冯处征求意见，冯提出三点要求：颁停战令；惩办主战人物及附和者；召集全国各省代表会议，共决时局。曹锟一一答应，免去吴佩孚本兼各职，撤销讨逆军。
25日这天，冯的部队约二三十人哗噪冲入总统府，要见军需总监、曹锟的四弟曹锐，曹锐听说冯军要找他，就要出去，可是曹锟不许，他说：“这是总统官邸，他们怎可在此胡闹。”曹锟自己走出来，冯军见到曹锟，不由得有点肃然，曹说：“这是总统府，你们为何在此吵闹？如有事可请冯检阅使来。”
冯军见总统这么说，就没了主意，领头的班长只好对总统敬礼，整军而退。可是走了不到二小时，又回来了，这次则不大客气，嚷着说：“总司令请四先生到总部去。”
曹锟还要喝阻，可是曹锐却毅然表示愿意去一趟。他从身上掏出100多元银票，扔在桌上，愤然说：“我去，他们想从我身上挤出钱来，休想，一块钱也没有。”说着就打开衣柜穿马褂，一边穿一边就在衣柜中偷偷地吞了许多鸦片烟膏，曹锟和其他人都没有注意。
曹锐一边向哥哥告辞，一边忍住眼泪，出门上了汽车。待车子开到冯的总部门口，卫兵把车门打开，曹锐已入昏迷状态，等叫来军医急救，已经起死无术了。
这时曹锟被困在总统府，阁员星散，新任国务总理黄郛认为曹因贿选，恶名尤甚于吴，既已兵变，就应该连曹一起驱逐。11月3日，曹锟被迫通电辞职，并被软禁在北京。可怜这位贿选总统，使了无数的力，花了无数的钱，挨了无数的骂，才过了一年的总统瘾，就遇上兵变，由总统而变为阶下囚。
直奉大战结束后，冯玉祥和张作霖控制了北京政府，他们一边电邀孙中山北上共谈和平大计，一面又推段祺瑞出来“临时政府”，由于段的包庇，曹锟并没有因“贿选窃位、祸国殃民”而受到制裁。
曹锟晚年住在天津英租界内，每日里打拳书画，生活也是逍遥自在。日本人侵华后，他拒绝出任伪职，1938年5月17日，因肺炎在天津病故，终年76岁。国民党政府追授其为陆军一级上将。
