初四日（壬寅），福建台湾镇总兵柴大纪奏：『十四日子刻接据台湾道永福来札，知凤山又被贼陷；随督饬弁兵赴援。乃出城未远，即遇贼匪来犯郡城。查郡城并无墙围，惟以木栅、莿竹环绕，难于固守。当于城南桶盘栈地方，饬游击蔡攀龙并南路参将瑚图里带兵驻札；又饬守备邱能成、李步云等，于城东之万寿亭驻札；其西南沿海一带，亦令守备李球等带兵把守；臣仍驻北路盐埕桥防御。四面严固，郡城可保无虞。俟内地兵到，即当长驱前往』。谕军机大臣等：『前贼匪滋扰凤山时，瑚图里纵马由南而去，不知下落；朕以该参将之不能抵御，由于兵散、独力难支，与临阵退缩者不同，曾谕令常青俟事定后核其功罪，分别办理。今该参将业已回至郡城，率兵堵御；如果奋勉杀贼，则功过尚足相抵。着常青俟事竣后，秉公核实具奏；并给咨送京，候询问台地一切情形。再，柴大纪折内称「郡城并无墙围，惟以木栅、莿竹环绕，官兵难以固守」等语。前曾谕令李侍尧：于台匪荡平后，将是否可以建城之处酌量办理。今阅柴大纪所奏，体察情形，彰化等三县一厅应否改建城垣，尚可俟筹办善后事宜时确实勘估、绘图妥议，请旨办理；至郡城为全台根本，即应速建城垣以资保障。着李侍尧、常青俟事竣，即熟商妥议，一面奏闻、一面兴工办理』。
初五日（癸卯），谕：『据常青奏：「接据台湾府城参将宋鼎、游击郑嵩、左渊、署游击王天植会禀：上年十二月内，有防守小北门把总高大捷逃赴鹿耳门觅船内渡；随将该弁锁解到郡，讯供因贼罪猖獗，欲逃内地。随商同台湾道恭请王命，将高大捷即行正法」等语。绿营恇怯积习，最为可恶。在兵丁临阵脱逃，已属大干军纪；况高大捷身系把总，当台匪滋事之时带兵防守，辄敢擅离郡城，首先逃避，情罪更重。自应立正典刑，以肃军令。该参将宋鼎等一闻高大捷逃赴鹿耳门之信，立即锁解到郡，会同讯明正法，所办甚是。武职中参、游等官虽非专阃大员，于例不应专戮；但行军之际，非寻常无事时可比。该参将等能知事体轻重，一经讯明脱逃属实，即会同该道将高大捷先行正法，使在事兵弁咸知儆畏，甚属能事可嘉。宋鼎、郑嵩、左渊、王天植俱交部议叙；仍着事竣后，俱给咨送部引见。向来逃兵拏获，尚且即行正法，况高大捷以武弁委城脱逃，尤为可恶；虽已正法，尚不足蔽辜。着该督查明伊子，奏闻发遣；并将办理缘由，着各督、抚通行晓谕绿营兵弁，使知避贼潜逃、希图幸免，不但戮及其身，即其子嗣亦难邀宽宥：庶惩一儆百，不敢复蹈恇怯恶习，以励戎行而申法令。将此通谕知之』。
谕〔军机大臣等〕：『从前办理缅匪时，曾调福建水师兵二千名随同进剿。该兵丁等沿途滋事，鞭责夫役，甚至将民夫双耳割去；当将首犯正法，以示惩儆。及随京兵打仗时，又复怯懦，竟有闻鎗炮声恐惧战栗，欲泅水逃避者。可见该省兵丁勇于私斗、怯于公战之习牢不可破；皆由该省将弁平日不能认真训练，以致军无纪律。着李侍尧于剿捕台匪事竣后实心训练，申明军律，随时惩创；俾各弁兵共凛法纪，有勇知方，痛改从前积习，以作士气而励戎行，方为有备无患。该督不可惟知办理地方事件为重，而转置军旅专责于不问也』。
又谕：『现在大兵已到，贼匪望风胆落，溃逃四散。黄仕简、任承恩统领官兵克期分路进剿，捷音何以至今迟滞未到？林爽文等于光天化日之下纠众不法，攻占城池、戕害文武官弁，实属罪大恶极，神人共愤。所有逆犯渠魁及有名头目，务须按名擒拏歼戮。如经官兵生获，即选派员弁解京，尽法处治；不可任其逸入内山，搜捕需时。该督等更须穷究党羽，按名从严办理；务使净尽，以靖海疆，方为妥善』。
初六日（甲辰），广东巡抚孙士毅奏：『拏获天地会匪犯许阿协等四名，供在漳州地方被赖阿边等纠引入会。其会起于乾隆三十二年；凡入其教者，以三指按心为号，便可免于抢夺』。谕军机大臣等：『天地会名色，起自三十二年，为时已久。且该犯等辄敢转相纠约，暗用记号，夺取财物，毫无忌惮；而许阿协等俱在漳州地方被诱入伙，并未渡台。可见此等邪教，闽省内地已有，尚不止台湾一处。从来倡教立会，最易煽惑人心，为地方之害。上年大名纠众戕官一案，段文经亦借立八卦会为名，互相勾引，遂成逆案；而闽省匪徒，公然立天地会名色，肆行抢夺，较之大名邪教其案更久。此总由地方官平时不肯实力查察；及遇有犯事者，又不能彻底根究，以致姑息养奸。即如上年台湾杨光勋一案，所立会名即系现经查出之天地会；乃地方官改作「添弟」二字，明属化大为小，希图规避处分。此次林爽文等滋事不法，即由从前养廱贻患所致；不可不严切究办，以净根株。着该督等于事定后，密访严拏，痛予惩创，勿再稍留余孽；并将三十二年以后失察邪教之督、抚及文武大小员弁彻底查明，据实参奏。其办理杨光勋一案，将「天地」二字改作「添弟」字样之台湾地方官，其咎更重；并着确查严参，以示惩儆。至许阿协供出勾引入教之赖阿边等犯俱籍隶漳州，该督等俟台匪办完后，即饬属严缉务获，讯明党羽，按名究办；毋任奸徒漏网』。
初七日（乙巳），调任湖广总督、仍办台湾军务常青奏：『贼匪于十二月三十、正月初一等日分路攻逼郡城，经镇、道等督率弁兵义勇协力剿杀，毙贼甚多。又，台湾府知府，现饬福州府同知杨绍裘署理』。谕军机大臣等：『此次与贼打仗，文武官弁及兵民义勇人等协力剿杀，奋勇得胜，保护郡城，实属可嘉！俟常青抵台湾于剿捕完竣后，查明实在出力人员，分别奏请交部议叙。所有义民乡勇激发公义、协力剿贼，尤堪嘉奖；仅令地方官分别奖赏，尚不足以示鼓励。着常青于抵台湾后，查明各义民乡勇内如系务农经商生理者，即酌免交纳赋税；若系首先倡义绅衿本有顶带者，即开列名单，奏明酌予职衔，以示优异。至黄仕简、任承恩于正月初四、初六前后抵台，迄今已一月有余，何以尚未据奏报剿贼消息？该提督等系专阃大员，抵台湾已久，即待厚集兵力克期进攻，亦应将贼匪情形随时奏报；乃至今总无消息，所办何事？黄仕简、任承恩着传旨严行申饬。看来黄仕简、任承恩全不谙事理轻重缓急，且彼此俱系提督、不相统摄，竟有互相观望之意，于剿捕事宜不能得力。近来常青屡次奏报甚有主见，筹办一切颇合机宜；此时李侍尧自已抵泉州，常青交印后，即速渡台湾，督同黄仕简等剿捕贼匪，务将贼首林爽文、王芬及此外有名头目擒拏解京，尽法惩治，不可任其逸入内山。原任山东按察使杨廷桦曾任台湾道，且在闽省年久，于该处情形自所熟习；其获咎因监犯越狱，究非私罪可比。前已有旨，交与李侍尧带往差遣委用；现值用人之际，即着杨廷桦补授台湾府知府，仍带革职留任。并传谕常青：俟李侍尧到后，即令杨廷桦渡台湾接印任事』。
又谕曰：『闽省匪徒私行倡立天地会，已阅二十年之久。在其党者，自必随同抢夺；而被抢者，岂有甘心隐忍、不行呈控之理？乃从未见该督有查办会匪抢夺之案。若被抢之人呈控到案，该地方官又何所回护，竟置不办？其故殊不可解！且事历多年，其党羽必多。着李侍尧、常青均俟剿捕完竣后，李侍尧在闽省内地各属密访严拏、常青在台湾地方即速严行搜捕，毋得稍留余孽。仍应不动声色，妥协办理；并将此会究系起自何年？该省有无被抢控告地方官沉搁不办之案？确查参劾』。
初九日（丁未），福建巡抚徐嗣曾奏：『连日接据台湾镇、道具报，凤山贼首王启郎、曾锦等亦被拏获。该镇、道等又侦知贼匪于三十日分路来攻，豫为准备，杀贼数百名；游击蔡攀龙复督率民兵奋勇截杀，余匪逃散』。谕军机大臣曰：『王启郎、曾锦系凤山滋事贼首，与高文麟等四犯无异；既经拏获，着该督、抚等派员押解来京，听候审办。其游击蔡攀龙督率兵民奋勇杀贼，尚属可嘉；并着事竣后，给咨送部引见。此时各路官兵早已齐抵台湾，贼人望风胆落，势必纷纷逃窜；各口岸巡防堵缉，尤为最要。李侍尧于二月初二日经过杭州，计日内已可抵泉州；常青交印后，迅即前往台湾，遵节次所降谕旨妥协督办，总期迅速蒇事』。
十一日（己酉），谕军机大臣曰：『黄仕简虽系病后，但身为专阃大员，既抵台湾，理应亲身带兵剿贼，何得仅以派员前往了事；且彰化县城久经守备陈邦光收复，而该提督折内何以尚称令柴大纪前往收复彰化等处？任承恩由鹿仔港登岸，系在北路，即当知会黄仕简分路夹攻，办理方中囗〈穴上疑下〉要；乃迄今月余，尚无进兵确信。看来伊二人竟各不相下，心存观望；此即朕于起事时，不欲令任承恩去之意，今竟不出所料。常青不可不迅渡台湾，督率办理。并着常青于到台湾后，即行秉公严查；如该提督等实有观望不前之处，即当据实严参，不可因已调任，意存回护、两可完事。再，任承恩似此迟延不奏，则该提督及副将徐鼎士前后奏「守风待渡」之说，亦恐不足信；并着常青一并据实查奏。如该督稍有瞻徇，将来经朕查出，即首领亦不能保；不可不慎也。至该督虽已调任湖广，但此事究系伊在闽浙任内之事；尤宜督同妥速办竣，方可将功补过。即李侍尧以现任闽浙总督驻札泉州，凡台湾剿捕等事亦应听常青就近调度，协同帮办，和衷共济。其各弁兵内如有因常青系别省总督，呼应不灵、致误机宜者，该督不妨按军法从事，使士卒咸知儆惕。现在带兵大员有总兵柴大纪、郝壮猷、普吉保三人，足以分路剿捕；着常青于抵台湾后留心察看，若黄仕简实系病体末愈，即留于彼处亦属无益，可令其回至厦门本任调养。又常青「审明贼伙正法」折内，称「刘实、林天球二犯据供并末伤人，惟携木棍随同附和」等语。此等叛贼岂可复以寻常附和而论；况该二犯业于审明后正法，折内又何必为之声说，致蹈办常案故套！着该督嗣后于拏获逆匪时，其首要各犯仍遵旨派员解京；其余各犯审明后，即一面正法、一面具奏，以净根株」。
又谕：『前据常青奏：「鹿仔港署守备陈邦光带领弁兵率同泉州、粤省义民攻复彰化县城，擒获贼目高文麟等四犯」；又据徐嗣曾奏：「凤山滋事不法之贼首王启郎、曾锦等，已被拏获；贼人于十二月三十日来犯郡城，镇、道亲督义民与游击等分路剿杀贼匪无数」各等语。是彰化县城久经陈邦光等收复，其凤山等处亦经柴大纪等派兵分路剿捕，郡城已无事矣；何以黄仕简折内仅称「派委总兵等分赴南、北二路进剿，恢复县城」，竟以该处军情全未知悉者。看来黄仕简竟思安坐郡城，并不亲赴各该处督率剿捕，大属非是！提督为专阃大员，领兵是其专责。黄仕简深受朕恩，现带兵剿贼，虽系病后，理宜奋勉出力；乃于剿捕事宜奏报迟延，全不得领军要领，该提督所司何事？试思台湾郡城经贼人屡次攻犯，该镇等当大兵未剿之先，尚能保护无虞；焉有此刻又添提督所带大兵，转须协同守御之理！岂黄仕简竟欲以守护郡城为名，迁延坐视耶？黄仕简，着传旨严行申饬。至任承恩由鹿仔港登岸，即应将该处贼匪情形及办理剿捕事宜先行具奏；乃日久并未据有奏报。现据常青折内称「该提督尚无进兵确信，探闻现在驻札彰化」等语。任承恩系自请前往台湾捕贼，既由鹿仔港一路进兵，即应督同陈邦光等上紧追捕杀贼，并知会黄仕简分路会合夹攻；何以驻守彰化漫无筹划，其心何居！任承恩，亦着传旨严行申饬』。
