闽浙总督常青奏：『接据台湾镇、道会禀：「贼匪于十一月二十八日夜攻陷彰化县城，都司王宗武被害，复欲由鹿仔港、笨港一路来犯府城；当即飞饬员弁带兵救援」。又据兴泉永道禀称：「贼匪攻陷彰化，复于十二月初六日攻陷诸罗；现在柴大纪带兵并召募乡勇守城，遣员来厦请救。查林爽文籍隶漳州，其附从率多漳属，难保无内外勾连。漳、泉两郡为内地根本，尤为紧要；臣一面移咨两广督臣于漳州连界之潮州等境一体防范，一面督催兵弁渡台协力进剿，务期克日荡平。知府孙景燧业已被害，现饬福州府海防同知杨绍裘署理；其余被害文武，容俟查明具奏』。又福建巡抚徐嗣曾奏：『彰化、诸罗俱陷，贼势方张，必须厚集兵力以速蒇事。现于臣标及督标水师拨兵一千五百名，并调上游之建宁、延平兵一千名来省备调；又飞咨广东、浙江抚提各臣于附近水师营内酌拨备战兵二、三千名于本境驻札，以备征发。又据淡防新庄巡检王曾錞禀称：「贼人现距后垄，当即招集乡勇捕剿。现闻堑城已失，程同知被围不知着落；淡水都司全营兵丁俱驻艋舺堵御，但兵力单弱，必须发兵赴援」。臣即将现派备调之省兵一千五百名，饬令闽安协副将徐鼎士等带赴该处剿捕』。谕曰：『常青此次所奏派兵剿捕各事宜，较从前稍有主见，略知镇定。但常青折内称「逆首林爽文系漳州人，其附从之徒率皆籍隶漳属，其中难保无内外勾连情事」等语。此等匪徒纠众滋事，无论何处民人，其从贼者即系伙党，自应按名骈戮。若漳、泉民人乡勇果能应募拒贼，出力堵御防守，自应加以奖赏；不应豫存歧视，稍露形迹，转致漳民心生惶惧，别滋事端。此时水、陆两提督先后带兵渡台已有六千余名，徐嗣曾又经派拨兵丁一千五百名渡台协剿，兵力不为不厚；但闽人性本慓轻，若零星打仗致有挫失，是轻为尝试，转足以张贼势而馁官军之气，于事尤属无益。着黄仕简、任承恩务须俟各路兵丁到齐，约会日期同时并力夹攻，自无难一举蒇事；该督等总须镇定持重。再，徐嗣曾奏：「飞咨广东、浙江二省督抚提督，于附近水师营内酌拨战兵二、三千名各于交界本境驻札，如需策应，便于征发，亦可藉为声援」等语。此时似可无需邻省接济兵力，然备拨亦可；总宜不动声色、密为布置，不可稍涉矜张，惊动众听。至台地会匪究系何会？兴有几年？聚众数千，蔓延滋扰，劫县戕官，该地方文武平日所司何事？岂竟漫无觉察！并着常青于事定后查明严参示儆；但非目前急务，此时惟当镇辑内地、速剿贼匪为要』。
初三日（壬申），谕军机大臣等：『台湾贼匪林爽文等聚众滋事、劫县状官一事，前据黄仕简、任承恩各奏，俱带兵先后渡台进剿。朕初以此等匪徒不过一时乌合，不值水、陆两提督前往同办。嗣据常青奏：「黄仕简于十二月十五日自厦门放洋、任承恩于十七日登舟开行，会同进剿」等语。任承恩既已同往，务须与黄仕简同心协力，镇定持重、努力剿捕；若能克期扑灭、迅速蒇事，是即有功而无过，朕必将该提督等加恩奖赏。其出力员弁兵丁等，亦必从优议叙。昨常青、徐嗣曾等奏到各折，内称「总兵柴大纪带兵堵住离府城十里之三坎店，召募乡勇紧守府城。十一日与贼打仗，大施火炮，贼势稍退」。是现在府城业经严密防守，可保无虞；俟大兵到齐，同时并力夹攻，自可即日荡平。所有首伙各犯拏获之日，即在该处迅速正法，一面奏闻；毋庸再行分别请旨办理，致滋耽延』。
初七日（丙子），闽浙总督常青奏：『彰化贼匪林爽文等攻占城池，先经臣等派拨官兵六千名三路赴剿。因闻竹堑地方亦被贼踞，随又密饬海坛镇总兵郝壮猷统领赴淡官兵一千五百名，相度情形，或赴新庄、或赴南路。而鹿耳门为台地咽喉，尤须厚集兵力；兹复添派督、抚二标兵一千名檄令原任闽安协副将徐鼎士带领，福宁镇并桐山、罗源等营兵一千名令福宁右营游击延山带领，由省城南台口及福安白石口配船过台，交水师提臣黄仕简调度，俾贼匪克期殄灭』。浙江巡抚觉罗琅玕奏：『接准福建抚臣徐嗣曾咨会于附近水师营内酌拨备战兵三千名，以待征发；臣即飞咨各提、镇于提标及温州、黄岩二镇标营内拣派三千名在交界处所驻札，仍分委道、府等官酌派兵丁于各紧要海口实力防范』。谕军机大臣等：『从前剿捕朱一贵、黄教二案调兵若干名，该督自有成案可查。今常青既令任承恩带兵由鹿耳门前进，又复加调官兵陆续渡台并咨会粤东、浙江酌备战兵以资策应；台湾常有纠众不法之事，此次常青等何以张皇畏惧至此！徐嗣曾亦有移咨邻省一体豫备之举，而琅玕此奏尚有主见，不至过于惶遽。着传谕该督等务宜镇定妥办，不可张大其事，使沿海民人心生恐惧，于地方大有关系。至常青折内称「探得澎湖兵于十二月十四日到台郡、安平林游击亦带兵赴援，现在贼势稍退」等语；郡城防守严密，全台根本尚不致有他虞。黄仕简等务须俟各路官兵到齐，约会日期同时并力夹攻，自无难一举蒇事，剿捕净尽。常青、徐嗣曾、琅玕尤宜严饬沿海文武员弁截拏逸回匪犯，毋使一名幸脱』。
初八日（丁丑），谕曰：『刑部将现在监禁官犯及蒙古、外省各官犯摘叙事由，开单进呈。朕详核案情，内苏泰前因台湾刁民聚众一案并不执法严拏，反出示劝和，实属废弛不职。现在又有奸民林爽文等抢劫滋扰之事，皆由该犯在任时诸事因循玩误所致。苏泰仍着牢固监禁。……』。
闽浙总督常青奏：『臣前闻竹堑被贼占踞，当即密饬统兵赴淡水之总兵官郝壮猷前往相机策应；今抚臣又派兵一千五百名赴剿，实为紧要得力。惟是臣续调之兵已派令副将徐鼎士带领，而抚臣所调之兵据称亦派该副将；实缘省城距泉较远，同时调派，以致关会不及。臣随改派在省之延平副将林天洛带臣绩调之兵过台，随水师提臣黄仕简进剿。再查督、抚两标除派拨防守外，统计兵四千四百名；今已派出三千三百名，会垣重地尚须留兵驻守。据抚臣札称：复调上游之延建镇兵一千名来省备遣；应俟该二处兵丁到时，即留会城驻守』。福建巡抚徐嗣曾奏：『臣以淡水地方紧要，即饬闽安协副将徐鼎士、游击吴秀统领省兵一千五百名进发。连日接据蚶江通判陈惇、厦门同知刘嘉会等禀报：「鹿仔港一带现有泉州、兴化、广东客民各书「义民」字样，共相守护」。复准提臣黄仕简亦因淡水新庄巡检王增錞禀报，现于艋舺地方募雇乡勇堵御，咨臣拨兵救援。臣即添派员弁，随副将徐鼎士等前往。正在候风遄发，接准督臣来咨，亦调督、抚二标兵一千名交徐鼎士统领，赴鹿耳门协剿。查淡水等处待援既急，而鹿耳门一路必须厚集兵力；臣前所调延建兵一千原以备督臣调遣，应即饬令赴泉，候督臣派员统领进剿。再，厦门对渡鹿耳门，较闽安更便；臣已飞札厦门备船，俟兵到飞渡』。谕军机大臣等：『总督统辖管制全省员弁，凡有调遣，自当听督臣主政。巡抚虽亦有封疆之责，不得稍存膜视；但调发兵弁应札商督臣公同檄调，况无迫不及待之情形也。此乃国家体制，不可紊越。今徐嗣曾惟恐毫无调度，迹涉推诿，是以纷纷征发，以见留心努力；并咨会广东、浙江等处挑备战兵豫资策应，使本省兵弁号令两歧，事权不一。且省垣重地，自应多兵驻守；今辗转更调，亦非慎重根本之道。该抚于此案初起时尚能镇定，其后何以冒昧若此！但究属为地方起见，尚无大咎；亦不得因有此旨，过于畏葸而置要务于不问。且督、抚因此或致不睦，更于公事无益。徐嗣曾惟当与常青彼此和衷筹酌机宜，协同妥办，以期迅速蒇事。至该督等折内所称「鹿仔港等处有客民、义民共相纠集，守护地方」等语；该处商民等激发公义、保护地方，甚属可嘉！着该督、抚俟事竣后公同查明，分别奖励』。
初十日（己卯），谕：『前据常青等奏「闽省台湾有奸民林爽文等纠众戕官、占夺县城」一案，节经谕令该督等督饬镇、道等实力查办，并经提督黄仕简等带兵渡台，堵截搜捕。嗣据常青等奏：「总兵柴大纪等用炮轰击，十四日澎湖兵到，贼势退避」。本日复据常青奏：「有贼伙吴异人到艋舺地方，称欲带兵接应贼人；经署都司守备易连将吴异人等四犯拏解营中枭示。又有监生黄朝阳等并本处及广东省义民各五、六百名不等，募集乡勇，协力攻杀贼匪；鎗炮齐发，杀死匪犯数百名，余贼望风奔散」各等语。林爽文于光天化日之下，胆敢纠众戕官，占据县城；实属罪大恶极，法不容诛。该署都司易连于贼伙吴异人等前往助贼时，即擒拏斩枭以安民心，所办甚属可嘉！易连俟事竣后，着该督给咨送部引见。至该处生监商民激发公义，纠众攻杀贼匪、保护地方，实可嘉奖；着该督等查明分别旌赏，以示优奖。其义民内有被贼伤害者，并着该督等于事竣后查明其奏，照阵亡兵丁之例一体议恤』。
又谕曰：『台湾奸民林爽文等纠众滋事一柔，该督常青剿捕逆匪一切调度堵御机宜，办理尚属镇静妥协。现在水、陆两提督业经渡台会剿，逆匪自无难立时扑灭。惟是海疆重地，将来善后事宜均须妥协筹办；常青系初任总督，恐未能料理裕如。李侍尧久任封疆，虽于军旅未娴，而办理地方事务，于轻重缓急机宜较为熟练。李侍尧着调补浙闽总督，即驰驿前赴新任。湖广系腹地省分，且地方宁谧无事，常青自能胜任；即着调补湖广总督。俟李侍尧到闽接印后，常青即来京请训，再行赴任。现在李侍尧自京启程，常青到楚往返尚需时日；李封年老，兼署督篆恐精神未能周到。所有湖广总督印务，着舒常驰驿前往署理；俟常青抵任后，再行回京』。
谕军机大臣等：『常青甫经擢用总督，即遇地方有此等案件，亦其年运所致，会逢其适。但伊于办理此案尚无不合；惟是事定后一切善后要务，均须妥协筹办，常青究系新任，恐未能料理裕如。李侍尧久任封圻，能知事体之轻重缓急；是以降旨将伊与常青对调。所降谕旨，俟李侍尧将次到闽时，再行发钞；若不然，该省一闻李侍尧来闽之信，常青必心疑获咎，恐钦差查办，意存畏惧，转致惊惶失措，于事尤属无益。常青接奉此旨，固不可因调任在即，于调度剿捕一切事宜稍存观望；尤不可稍露端倪，致地方文武员弁闻总督业经更换，各存弛懈之见，以致呼应不灵。并传谕徐嗣曾一体慎密，诸事帮同常青实力妥办；若稍有泄漏，致文武员弁闻知，常青遇事掣肘，朕必重治其罪，恐徐嗣曾不能当此重戾也』。
十三日（壬午），谕军机大臣等：『闽、粤境壤毗连，台湾贼匪纠众滋事，孙士毅接准咨文派兵前往豫备策应及严饬各隘口严密盘诘，此系当办之事。至孙士毅系邻省总督，止当镇静地方，堵拏逸犯；岂得轻离省城，以致粤东内地民人心怀疑惑！外省各督、抚遇有此等事件，每以亲身前往见其急公，而不权事理之轻重缓急。孙士毅此时如尚未起程，即毋庸前往；若业已起程，亦即速回省』。
十四日（癸未），台湾镇总兵柴大纪奏：『臣于初七日拏获奸细林马，讯供贼匪现分水、陆两路来犯郡城。臣相度形势，惟盐埕桥阨要；随驰往察看，见贼船数百只浮水而来。当饬弁兵施放鎗炮，打沉小船数十只，余船逃去；而遍野贼匪万余众又至，复督兵剿杀。至初九日，打死数十名。连日旋退旋来，我兵奋战，毙贼数十名、数百名不等；生擒十数人，俱即正法』。又奏：『接台湾道永福札称：「凤邑参将瑚图里于十二日闻贼欲犯凤山城，即带兵驻札城外防御。十三日，贼匪二千余名来攻，瑚图里即督兵攻击，轰毙五、六人。贼匪俟其追剿，乘虚入城；该参将即纵马南去，不知下落。知县汤大奎见贼已入城，当即自刎」。臣现派澎湖协及城守兵一千名赴南路抵御，臣仍驻兵盐埕，截拏北路贼匪』。谕军机大臣等：『此次柴大纪与贼打仗，奋勇得胜，尚属可嘉。北路贼势蔓延，盐埕桥系水、陆阨要之区，该镇自应仍在彼督率剿捕，未便遽回郡城，以致贼人踵后；且南路既经该镇派拨澎湖协及城守兵丁共一千名前往，谅亦足资抵御。至林爽文等辄敢竖旗结会，并用鎗炮攻犯城池，竟属有心谋逆。此皆由从前办理械斗各案，该地方官等止期就案完结、将就了事，并未彻底严办，以致刁民肆无忌惮，酿成巨案。此次惟有痛加诛捕，以示惩创，断不可使一名幸逃显戮；但此时不可稍露端倪，使贼匪自知必死，负嵎固守，转于攻捕无益。总之，助贼者即系乱民，法无可贷；其不肯从贼及帮同官军出力者，无分漳、泉俱系良民，自应一体奖励，使贼势日孤，易于竣事』。
