形势发展到这一步，老奸巨猾的袁世凯当然看出自己处境的不妙。他意识到黎元洪乃是解决时局的关键人物，为此特别安排了黎元洪信任的张国淦作为教育总长加入内阁。政事堂改称国务院后，袁接见张国淦谓：“副总统许久未见，大局如此，须得副总统为我帮忙。副总统人极长厚，但是经验似还不够。本人意思，打算请副总统每日到府，与我同桌披阅文电，商讨大计。这样局面，将来总要他担任，此时多多接头，以后种种好办。烦你将我意思向副总统说明。”张一时摸不清袁的意思，所以推说仍请平时负责与黎元洪传话的杨士琦去说，他则将此事从旁告黎，探问黎意。黎说：“我在癸丑革命时，极力拥护他，曾替他做十二分担保，结果如是，我不能一再受他欺骗。”拒绝了袁的要求，袁得知此情后，亦未再催促。袁、黎两人的关系亦就此结束。
形势继续朝着不利于袁世凯的方向发展，5月22日和29日，他最亲信的四川将军陈宦和湖南将军汤芗铭相继宣布独立，使他感到“人心大变，事不可为”，他在5月本已患病，经这一刺激，终于6月6日，在羞愤交加中死去。袁病重时，把徐世昌、段祺瑞找来，对他们两人说：“总统应该是黎宋卿的。我就是好了，也准备回彰德啦。”
袁世凯死后，退位问题不复存在，南北双方又为总统继任问题发生争执。北洋军自然希望由北洋派头目继任总统，在徐世昌、段祺瑞或冯国璋三人中推戴一人，尤其是段、冯争夺总统宝座的野心都很大。但他们不能不考虑；第一，西南护国军早已提出袁退黎继为南北议和的先决条件，无论段或冯谁继任总统，都会引起护国军的强烈反对，则南北统一无法实现。第二、段和冯在北洋派中的威望，均远不及黎，无论谁继任总统，必然会引起北洋派的更大分裂。因此段祺瑞想到了另一条出路：把袁世凯时期的总统独裁制转变为“责任内阁制”，自己出任内阁总理，以北洋派的实力作后盾，掌握军政实权，而把傀儡总统的位子留给手无寸铁的南方军人黎元洪，以总理身份实现另一种形式的军事独裁。所以袁死后，北洋派头目商议继任总统问题时，徐世昌首先提出，依据约法，以副总统黎元洪接任总统；又考虑到北京秩序，惟段祺瑞有维持之可能，故谓须听段之主张。据张国淦说，袁将死时，“段曾召集幕僚整整开了一夜会，商讨要不要让副总统黎元洪继任总统。”段拿了笔，考虑了一夜，想不出好主意，最后把笔向地上一甩说：“好吧！去接他来吧！”段又派人至南京征询冯国璋意见，冯复电同意。据当时报载，6月5日晚、6日晨、6日上午袁气绝后，段三往黎宅，劝黎根据约法代理总统。黎初闻袁死信，将信将疑，先派长女绍芬去袁家探视，绍芬回报后，方信袁已死。曾对段“太息曰：‘项城聪明一世，不意竟有今日。’”遂从私人存款中拿出10万元赠袁家属，为袁治丧，当时袁花10万元以购买东厂胡同宅邸赠黎，就自以这种方式归还。对于接任总统一事，黎最初推辞不就，继而又表示无力维持秩序，段毅然谓：“公为副总统，当然继任。”“公出，北京秩序，祺瑞当一人负责”，黎始允。袁世凯病危时日很短，自己未必料到必死，所以除了那句并非做为遗嘱而说出的“总统应该是黎宋卿的”以外，没有留下正式遗嘱。可是段祺瑞竟于袁死之当日伪造袁氏“遗令”，文谓：“依约法第二十九条大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。本大总统遵照约法宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统恭厚仁明，必能弘济时艰，奠定大局，以补本大总统之阙失，而慰全国人民之望……”段祺瑞又以国务院名义通电全国谓：“袁大总统于本月6日己正因病薨逝，业经遗令依约法第二十九条宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统之职权。各省地方紧要，务望以国家为重，共维秩序，力保治安是为至要。”
黎元洪早就领教过这只“北洋虎”的厉害。1913年底，正是段祺瑞受袁指派强迫自己北上，落入囚笼，丢掉实权和地盘，因此黎对段又恨又怕，但他并不甘心寂寞，伺机东山再起。
虽然南北双方均赞同以黎元洪为总统，然而所持法律依据却不相同。段祺瑞6月6日发布之袁世凯“遗令”及国务院通电，均谓依据约法第二十九条，以副总统黎元洪“代行”中华民国大总统职权，则此“约法”系指袁世凯手订之新约法（1914年5月1日公布）及修正大总统选举法（1914年12月29日公布）。修正大总统选举法规定，大总统因故出缺时，由副总统“代理”，代理期限只有三天，在三天之内开启金匮石室，根据前大总统所推荐的三人名单，组织总统选举会，从三人中选定一人为总统。副总统的“代理”职权亦即完结。而当时要黎元洪出任总统，显然不是代理三天的意思。而段祺瑞在6月7日所发国务院通电中，又含糊其辞地说：“本月七日黎副总统遵法接任中华民国大总统职权。”
西南护国军提出的以黎元洪任总统，系根据以上约法为基础的大总统选举法（1913年10月公布），该法规定，总统因故出缺时，由副总统“继任”，直至本任大总统任期届满时为止，以当时实际情形看，黎元洪正是依据旧约法继任总统，而非依据新约法代理三天。
黎元洪宣誓就职后，对此问题也不作明确表示。在6月7日就职宣言中，先说：“依据民国临时约法暂时执行大总统职权”，后又自称“本代理大总统”，盖因黎元洪手下笔墨之士既欲迎合北洋派，又不愿自失其立场，故持两端，语意矛盾。而在黎与南方人士的通电中，又有意含糊其辞，依违其间。
资产阶级革命派和南方护国军敏锐地注意到北洋派借黎元洪的继任问题有意将袁记新约法定为国宪的企图，立即予以揭穿和驳斥，明确提出恢复民国临时约法和国会的主张。所以自袁死黎继伊始，南北双方函电纷驰，展开了新旧约法之争，实为日后护法运动之序幕。
黎继任伊始，即为北洋派之傀儡。自辛亥以来，黎元洪之得以身居高位，都是靠革命党人推上去，而又靠依附北洋派得以巩固，袁世凯死后，又是靠护国军势力的拥戴而继任大总统，同样得靠趋从于北洋势力而求和立足。故此继任后第一道申令即为优礼袁世凯。这道申令是由段祺瑞事先拟好，然后请他盖印公布的。黎元洪还通电全国各省，“不问独立未独立，着一体停战，速即来京，议善后之策”。
黎自上台之日起，急欲摆脱当初任人摆布的政治傀儡的处境，这又恰恰与心胸狭窄，刚愎自用的段祺瑞扶持黎登台的初衷相悖。段祺瑞不止一次地公开表露：“我是叫他（黎）来签字盖章的，不是叫他压在我头上的。”
一个要堂堂正正地当总统，另一个却想惟我独尊地掌实权，黎段合作的开始本身就已孕育了不可避免的冲突，一场府（总统府）院（国务院）大战的帷幕徐徐拉开。
黎大总统上台后重提裁军旧事，一则去除袁世凯时期由他首倡却有令无效的“裁兵废督”的虚名，二则通过裁兵，将全国军队集中于中央，避免重蹈傀儡覆辙。对此，段总理却有另番盘算，虽然表面上支持总统裁兵建议，实际上借此削弱南方军队，进一步增强北洋派势力，由于段祺瑞身兼陆军部长，总揽全国军队的指挥和任免权，竭力阻止黎元洪从中插手此事，致使裁兵终遭流产。
不甘示弱的黎大总统，为与段祺瑞争夺军权，越过陆军部职权范围，指使幕僚蒋作宾、金永炎致电四川都督陈宦，劝他尽早取消独立并且解散军队。陈宦哪里知道黎总统与段总理之间的不和，更没想到服从总统就等于背叛总理。当段祺瑞听说陈宦未经他的同意竟“私自”宣布取消独立，解散军队的消息后，勃然大怒，立即下令在北京成立军事法庭，准备借陈宦的头颅树立自己的威严。幸而陈宦早得消息，躲进了租界，才算保住一条性命。
1916年6月13日，段祺瑞任命其亲信徐树铮为国务院的秘书长。黎元洪素闻徐为段的灵魂，惟恐与己不利，坚决反对，拍案声称：“一万件事我都依从他，只有这一件办不到！”在徐世昌的反复劝说下，黎只得勉强让步。
徐树铮上任后处处秉承段的旨意，根本不把大总统放在眼中，平日里进总统府呈递公文总是满脸阴沉，一副傲气，稍遇不快，即发火顶撞，毫无顾忌。一次，因公布福建三个厅长的任命书，徐到总统府盖印，当黎问及三人情况时，徐极不耐烦地瞪起眼睛答道：“总统不必多问，请快点盖印，我的事情很忙。”一句话搞得黎元洪备感难堪，连连叹息道：“昔受项城屈辱，今又见侮于段。”
为回击段祺瑞的嚣张气焰，黎元洪授意总统府秘书长丁士铎制订划分府院权限的方案，主张大总统对国务院自由行使职权。一时间，社会上盛传总统府要恢复总统制的消息。这使段对黎元洪稍作让步，他一面写信劝徐树铮要有所收敛，一面着手确立府院之间的权限问题。最后，双方订立了五条协定，总统取得国务会议前后审阅议程和记录、听承议决事项等权利。在这一回合的争斗中，黎元洪始获小胜。
一波未平，一波又起。徐树铮因侵权越职行为受到内务部长孙洪伊的当面指责后怀恨在心，借被孙裁减下来的内务部冗员的不满情绪，挑唆上告孙洪伊。一连四次，徐树铮手持“孙洪伊着即免职”的命令亲赴总统府，请黎盖印，均遭拒绝。最后，徐请段祺瑞亲自出马，结果同样。段顿时恼羞成怒，当时威胁黎元洪说：“如总统不肯罢免孙的职务，就请免去我的吧！”
段祺瑞盛怒之下弃职离京。黎大总统原想另起炉灶，在幕僚建议下，他派“北洋一条龙”王士珍赴河南请徐世昌出山组阁。久谙官场内幕的徐世昌慑于段的势力，不肯就任，油滑地提出一个“拥护元首，维持合肥，不入政界”的两不得罪方案。待后来黎元洪意识到事态的严重，才只好向段屈服。这样，在徐世昌的调停下，徐树铮、孙洪伊以及黎元洪的秘书长丁士铎同时被免职，事态得以平息。段祺瑞得意洋洋地官复总理原职。黎大总统可谓贴了亲信又损兵。
1917年，第一次世界大战临近尾声。日本和美国出于各自的利益考虑，在中国对德的关系问题上，分别支持主战的段祺瑞和主和的黎元洪，府院之争再度激化。主战派之所以热衷于与德宣战，在于借助日本的扶持编练“参战军”，名正言顺地扩充北洋势力；主和派反对参战则企图利用全国反战舆论打击主战派。两派你争我夺各不相让。
3月4日，围绕对德绝交的问题，段祺瑞率阁员来到总统府与黎元洪展开了一场舌战。段祺瑞拿出早已拟好的断交书催促黎元洪尽快签字：“协约国方面已不止一次要求我们对德绝交。”
“这是有关国家关系的重大问题，不可草率从事，弄不好对德绝交就是对德宣战的前声。”黎元洪也毫不客气地予以反驳。
段以不耐烦的口气告诉总统：“内阁已通过对德断交一案。”
黎声色俱厉地说道：“这样我们就不称其为主权国家了……根据约法，大总统有宣战媾和的特权！”
段冷笑一声：“总统既不要我负责，国会又要问我的责任，这样的总理我没法干下去了！”说罢扬长而去，重演以辞职相要挟的故伎，当晚甩手离京。
黎元洪速邀徐世昌、冯国璋、王士珍入府讨论时局，意在请徐世昌出任国务总理，王士珍为陆军总长，徐、王二人坚辞不受。这时，各部阁员又纷纷来电主张挽留总理，无权又无兵的黎元洪只好忍气吞声，请冯国璋从中调停，表示：“外交问题就听段芝泉的，我完全没有意见，但要以多数意见为准。”
3月14日，北京政府正式照会德国驻华公使，宣布两国绝交。
为最终达到参战目的，段祺瑞变本加厉的向黎施加高压。在他的唆使下，以安徽督军倪嗣冲为首的皖、晋、豫、鲁、赣等省督军团进京面见大总统，向黎面陈参战理由。黎元洪一见到这些蛮横鲁莽，出口不逊的武夫们，不由怒火中烧，当即迎头痛斥倪嗣冲等擅离职守，干涉外交的无礼行为，段之计谋未能得逞。
段祺瑞对此岂肯善罢甘休，十天之后，他又搜罗了一大批流氓、乞丐、打手数千余人，号称“公民请愿团”，在国会门前举行示威活动，对议员们大打出手，强行要求通过参战案，致使国会被迫休会，议员多人受伤，引起内阁成员的恐惧和不满。到5月19日，除总理段祺瑞以外的其他内阁成员纷纷辞职，众议院也以内阁仅剩总理一人为由拒绝讨论宣战案。段祺瑞见其行无效，进而怂恿督军团武夫胁迫总统解散国会。
黎元洪不堪忍受段祺瑞的一再所为，在美国公使芮恩施支持下，于23日下令免除段的国务总理和陆军总长职务，任命伍廷芳为国务代总理，王士珍为京津临时警备司令。
段被免职后发表通电，对黎总统命令不予承认。他一方面授意北洋系各督军脱离中央宣告独立，造成“九省督军皆反，连兵请解散国会”的局面，另一方面却对盘踞在徐州的前清忠臣张勋暗送秋波，示意复辟时机已到。面对危局，黎元洪一筹莫展，虽一连数次电促徐世昌、王士珍组阁，徐、王二人却迟迟不肯应允。南京冯国璋虽没附和段祺瑞的“独立”，但也不明显表示对黎元洪的支持。只有张勋通电拥护总统，自愿充当府院之争的调停人。不得已之下，黎元洪向长江巡阅使伸出求援之手，并派专车到徐州迎接辫帅，盼张勋能力挽狂澜，发兵北京。
接到黎元洪的求援信号，张勋于6月7日率领辫子军步、马炮兵共十营约5000人及随员148人由徐州启程北上，8日晨抵达天津。他在动身前通电独立各省，令“各省业经出发军队均望暂屯原处所，勿再前”。
黎引狼入室，复辟丑剧拉开帷幕
张勋，字少轩，江西省奉新人，1854年出生于一个小商贩的家庭。他是一个以搞复辞而臭名昭著的封建军阀。中华民国成立后，他因怀恋被抛进历史垃圾堆的清王朝而仍在脑袋瓜子后面留着一根辫子。因此，人们称其为“辫帅”，也视之为当时的一大怪物。
张勋1884年在长沙投军，后转入广西提督苏元春部。1891年升参将。1894年随四川提督宋庆调驻奉天。1895年投袁世凯参加小站练兵，充工兵营管带。1899年随袁至山东镇压义和团，升至总兵。1902年调北京宿卫端门，多次扈从慈禧太后及光绪帝。1906年调奉天任职，1908年升云南提督，不久改甘肃提督。1910年接统江防营，驻浦口。1911年8月，任江南提督。武昌起义时，被两江总督张人骏调入南京镇守，与起义新军激战于雨花台。他令其军队在南京城内大肆搜捕革命党人，恣意滥杀，凡剪辫子、穿西装、悬白旗、携白布者皆不能幸免，吓得尼姑、和尚都躲在庙里不敢出门。南京街头军警林立，杀气腾腾，一颗颗血淋淋的人头高挂在电线杆子上，行人绝迹，全城笼罩在一片阴森恐怖之中。不久，江浙革命联军围攻南京，张勋率其江防营在紫金山、天宝山、狮子山等地负隅顽抗。12月2日，江防营被革命联军战败，仓皇北窜至徐州进行防守。他逃走时，其爱妾小毛子被江浙联军俘获。有人建议把她押解到上海，在张园陈列，供游人参观，门票4角，可收10万元，充做革命军的军饷。这个建议未被统制徐绍祯采纳，徐反而派人把小毛子护送到徐州。张勋喜出望外，竟派其辫子兵持枪列队在车站迎接，然后将扣留南京革命军的14辆机车和80辆客车归还，以示酬谢。尽管张勋败北，但仍被清政府任命为江苏巡抚兼署两江总督、南洋大臣。袁世凯任大总统后，所部改称武卫前军，驻兖州。“二次革命”爆发，奉袁命积极参加镇压。袁死后，段祺瑞控制北京政权，与总统黎元洪发生“府院之争”，段拥各省军阀势力自理，张勋乘机连续召开徐州会议，以盟主自居，组成所谓“十三省区联合会”，攻击国民党及国会。1917年5月，又在徐州邀开督军团会议，时值黎元洪免段总理职务，各省督军纷纷宣布独立。张勋以调解为名，率军赴京。
对张勋率大批军队北上，当时政界都疑其必行复辟。张到津后，曾与徐世昌、段祺瑞、李经羲、雷震春等分别会面，商议所谓调停时局之方法与条件，一致的意见是以解散国会为调停的先决条件。徐世昌历来赞成复辟，曾派代表出席第四次徐州会议。惟徐主张缓进，等候时机成熟再办。被黎元洪派往天津迎接张勋的夏寿康也同张勋见面，张向夏提出两项条件：
“一、逐去四凶；二、解散国会。如不照办，即用武力对付。”限三日内（即8日下午6时至11日下午6时）实现，否则不负调停责任，任各省军队自由活动。8日下午6时，夏寿康自津返京归报黎元洪，并说明上述条件是经张勋与徐世昌、段祺瑞、李经羲等协商一致的意见。黎听罢大有“事已至此，夫复何言”之慨。所谓“四凶”，早已辞职出府，为取信于张勋，黎索性下令将公府军事幕僚处裁撤。惟解散国会一事仍令黎为难，今日依从此言，他日必有“护法者”起而诘问；若拒绝之，则此三日之内即有不了之势。进退维谷，苦状莫名。最好的办法还是请国会自行解散。当晚，黎邀请参、众两院议长王正廷、吴景谦及国会各政团留京领袖共28人入公府，要求议员同意国会自行闭会，以免于被迫解散。议员们均持反对态度，而且声言少数人左右不了全体议员。如此，请国会自行解散这条路走不通。9日晨，王士珍和步军统领江朝宗入谒，劝黎接受张勋要求，倘若犹疑，酿成进一步之破裂，某等亦惟有辞职而去，不负一切责任。负责北京治安的两位大员表示这种态度，自然给黎以极大压力。于是当天下午3时即请外国顾问莫利逊及有贺长雄进公府，询问可否解散国会？黎的目的是为解散国会找到一种不违法的解释。莫利逊反对解散，曾积极支持袁世凯复辟帝制的有贺长雄则认为可以解散，黎不接受有贺长雄诡辩的解释，因为取消去年召集国会的命令，即承认去年召集为违法，仍躲不了违法的名声。而张勋又催逼得很紧，就在9日这一天，辫子兵的先头部队已开到北京，分驻天坛、先农坛两处，这是公开对黎实行武力威胁，黎连忙派夏寿康连夜第二次赴津，劝张本人速入京调停，解散国会事从长计议。夏寿康到津后，张勋拒而不见，夏于是找到在天津的张国淦问计，张建议总统辞职。
