当曾国藩率兵对太平军进行剿杀时，僧格林沁也带领着蒙古兵开始剿杀捻军。面对清军的强烈攻击，捻军采取了游击战术，将清军各个击破。取得了暂时的胜利。当僧格林沁对捻军进行追杀之时，不慎掉入了捻军事先设好的埋伏，在曹州惨死。接着，西太后又派曾国藩去剿灭捻军。两宫太后用皇上的名义对曾国藩下了一道懿旨。曾国藩怎敢怠慢，因为曾国藩作战经验丰宫再加上经过了深思熟虑，曾国藩决定采取与僧格林沁不同的战术。十天后，西太后受到了曾国藩关于剿匪的奏折。阅读之后，对曾国藩颇为赞赏，不禁对恭亲王说道：“老六，这个曾国藩虽是汉臣，比蒙满子弟还忠心，实在难得。”
奕附和道：“太后，臣也有同感，若曾国藩果如折中所言，捻匪很快就能平定。我大清得此大员，实属幸事。”
曾国藩这次还要露一手，很快便得到了清廷的恩准。他采取筑长城、开战壕的战法，围剿捻军。
捻军——这支曾活跃在河北、河南、皖北、山东一带的农民起义军，终因缺乏领导、缺少战争经验，于同治六年被曾国藩剿杀了。
大清的小皇帝载淳，虽把朝政交给了他的两位皇额娘，但随着年龄的增长，少年天子十分明白曾动摇大清江山的洪秀全及捻军，已被曾国藩消灭。在他看来，曾国藩是一位难得的忠臣。
十二岁的小皇上龙颜大悦，他拉着皇额娘西太后的手，说：“额娘，曾爱卿终于平定了乱贼，应重赏他才是。”
西太后凝视着儿子，她忽然间发现载淳长大了，笑眯眯地对他说：“皇上，额娘早已考虑过，这些年曾爱卿为大清社稷出生入死，建立功勋，如今是该重赏他。”
于是，同治六年六月，曾国藩授大学士，仍任两江总督；七月，授体仁阁大学士，几天后，授武英殿大学士，调任直隶总督。
同治六年十二月，皇城北风呼呼，人们感到格外寒冷。但是，新任直隶总督的曾国藩却感到寒冷的冬天似春天一样温暖，因为他又得到一个殊荣。由于他剿杀捻军有功，被赐宝马一匹，并可在紫禁城内骑马。
此时的曾国藩已顾不得许多，他十分明白两宫太后如此嘉奖他，一定会招来同僚们的嫉妒。可是，人生能有几度春？该得意时便得意。同僚们羡慕也好，嫉妒也好，风风光光的是他曾国藩。他已不再年轻，为清廷卖命几十年，如今的风光是他一生中最大的荣耀，他要尽情地享乐。
此时，西太后也明白，若要巩固政权，离开奕是不行的，但恭亲王奕明里辅佐小皇上，暗里总揽大权，在内政外交方面大展宏图。他希望两宫太后垂帘不听政，自己议政要实权。但西太后不会把实权交到奕的手中的。
一日，西太后突然在奕面前提起了一件事，使得奕措手不及，他暗自惊叹眼前的这个女人实在不可等闲视之。
“老六，何桂清一案该了结了吧？”
“何桂清？”
“对，还是先帝钦定的要犯，都拖这么长时间了，总该对群臣有个交代呀。”
西太后语调并不高，但她沉稳中有几分威严，使得奕不得不说：“太后，臣也认为此事不宜再拖，臣着军机处大臣商议后，再禀奏太后。”
奕退了下去。望着他远去的背影，西太后自言自语道：“老六，尽管你不愿提起何桂清一案，但你也不敢和我那拉氏对着干。你暗中独揽朝中大权，要想削弱你的势力，先剪除你的羽翼再说。”
为什么惩处何桂清能打击恭亲王奕的气焰呢？这还要从头说起。
何桂清，云南昆明人，道光年间的进士。历任编修、太仆寺少卿、太常寺卿，户部右侍郎、浙江巡抚、两江总督等官职。
还是在太平天国运动风起云涌之时，何桂清驻守常州，他虽不拥有重兵，但却掌握财权，也算是朝廷重臣。常州是军饷供应地，清军江南大营的军需物资主要由何桂清筹办。
一八六〇年，清廷苦心经营的江南大营被太平军攻下，钦差大臣和春、帮办军务张国梁被太平军所杀，消息传到常州两江总督何桂清的耳里，他震惊了！他意识到事态的严重。
“出兵救援？不行，自己不是武臣，带兵打仗一定吃败仗。逃！对，逃为上策！”
何桂清唯一的念头是逃往苏州。因为，苏州离常州很近，再者江苏巡抚徐有壬是自己的同僚兼部下，他会于危难之中拉自己一把的。可是，临阵脱逃，罪不可赦。作为朝臣的何桂清比谁都明白。脱逃前，他要为自己找个借口。这时，他想起了江苏布政使薛焕与江南盐巡道英禄、江安粮道王朝纶，这三个人均系自己的亲信，当年提携他们，如今该是薛焕等人回报的时候了。何桂清不再犹豫，他差人给薛焕、英禄、王朝纶分别送去密札，委婉地表达了自己的意图。第二天，薛焕等人便联名上奏朝廷，请求何桂清退保苏州。何桂清为自己找了一块“遮羞布”，便急匆匆回到常州的临时府邸，派了十二个家丁护送老父亲回通州何府。他的父亲执意带上孙子一同回通州，何桂清为难了，因为长子是三姨太所生，如果长子也回通州，三姨太势必也走。可是，他实在不愿让温柔的三姨太离开自己，他乱作一团。就在这时，他出逃的消息被一个小丫头不小心传开了。他走不了了。咸丰皇帝得知此事后大怒，谕旨将何桂清革职拿问，解京严审。何桂清被押至刑部，可是，始终没有对他进行审问，其原因是何桂清押到刑部不久，咸丰皇帝便“巡幸热河”，此事一拖再拖，到了同治年间，西太后才又提起这件事。
当西太后突然提及何桂清一案时，恭亲王奕的心里没了谱儿。按理讲，何桂清的案子不能再拖了。何桂清弃城逃匿，开枪打死十九人，罪不可赦，但是，奕从心底深处不愿严惩于他。因为，何桂清与奕的岳父桂良私交甚深，岳父的旧交不能不网开一面呀！西太后不动声色，她静静地观察着奕的态度。整整两天过去了，恭亲王闭口不提何桂清一案。
西太后心想：“何桂清关在刑部已两年多，也不在乎多关几个月，我有耐心等你恭亲王开口。奕呀奕，你早晚都免不了处理这件事。”
果然不出西太后所料，半个月后，奕开口了：“太后，臣已初查当年何桂清一事，臣认为何桂清当时算不上弃城逃匿。”
“哦，先帝钦定的要犯，如今老六有不同看法？”
西太后音调低沉，一字一句全打在恭亲王的心上，奕不寒而栗。他“扑通”一声跪在了地下，连连说：“臣不是那个意思。”
“那你是哪个意思？”西太后依然是阴沉着脸。
奕半晌没敢吭声，过了一会儿，他才说：“当年何桂清离开常州，也许是借师剿匪，这与弃城逃遁有所区别。”
“老六，哀家知道何桂清与你岳父桂良是密友，哀家也不愿让你难做人。这样吧，你不用查了，交给刑部直隶司郎中余光绰查办此事吧。究竟他是弃城逃遁，还是借师助剿，会查个水落石出的。”
“嗻。”
恭亲王奕退出了养心殿，他紧攥拳头，心中有气不敢说。
其实，当年何桂清的所作所为，奕也恨之入骨。但此时似乎西太后是拿何桂清做文章，她明知自己的岳父与何桂清交往甚深，还不顾一点儿情面，非置何桂清于死地。这不明摆着“杀鸡给猴看”吗？既然西太后不准他再过问此事，再大的气，他也只好咽了。
经过几个月的调查，何桂清一案基本定了下来：“弃城逃匿”，不可翻案。这下子，清廷上下可热闹了，不外乎是两种意见：严惩与宽恕。
曾国藩、李鸿章、左宗棠、余光绰等人，义正词严，希望严惩何桂清以正朝纲。尤其是正春风得意的曾国藩，往日何桂清与他在江浙一带争夺地盘，两个人早有明争暗斗。如今何桂清是阶下囚，曾国藩恨不得置何桂清于死地。两宫太后正欣赏曾国藩的胆识与才干，曾国藩利用了这一点。
同治元年十月二十一日，西太后谕令刑部处斩何桂清，斩立决。
杀了何桂清，第二个杀的是胜保。提起胜保，西太后不得不承认他在英法联军入北京时的顽强抗敌，也不得不承认他在“辛酉政变”中的拥戴之功。但是，同治初年，胜保恃功自傲、日益骄淫。更让西太后不能容忍的是，他越来越远离叶赫那拉氏，几能保得住？
一想起胜保，西太后便感到头疼，他这位前朝老臣，越来越不把两宫太后放在眼里，这样下去，朝廷很难控制他。
西太后在感叹之余，更多的是心悸，她决定杀胜保，以保爱新觉罗氏的皇位和自己今日来之不易的“垂帘”政体。
同治元年十二月初四，天上下着鹅毛大雪，四处白茫茫的。西安巡抚衙门内，陕西军务督办胜保满面愁云，他望着窗外飞扬的大雪，心中十分凄凉。
“想我胜保几十年来，效忠朝廷，为大清朝出生入死，特别是先帝在时，他都对我胜保高看一眼。可如今两宫太后谕令查办我。唉，一朝天子一朝臣，伴君如伴虎呀！”
他今日既没邀知己，也没有红颜相伴，而是一个人自斟自饮。酒到嘴里好苦，酒入愁肠愁更愁。回想这几年的所作所为，他颇有些后悔，一些事情上，让人抓了把柄，如今百口莫辩，任凭老天爷的安排吧。
同治二年三月，西太后谕令恭亲王奕同军机大臣、大学士会同刑部审讯在押囚犯胜保。才一个多月，囚犯胜保苍老多了，他满脸乌黑、头发蓬乱，当年的帅气一点儿也看不出来了。
恭亲王奕不敢正视胜保。说起来，他与胜保的私交不错，如今一个是审讯官，一个是阶下囚。奕见胜保如此这般，于是找到西太后。他壮了壮胆子，说：“太后，胜保毕竟是两朝重臣。请太后三思！”
西太后的脸忽地一下阴沉得很难看：“老六，你太糊涂了。胜保就是倚仗自己功高盖世才胡作非为，若不杀杀这种人的威风，任他们骄纵淫靡，大清的江山还能保得住吗？”
奕听得出来，西太后明里骂胜保，暗里训自己，他奕可不想引火烧身。于是，连连说：“臣知错，臣知错。”“跪安吧！”“嗻。”奕知道，胜保的人头保不住了。西太后视胜保为心腹之患，这几年胜保的势力一天天壮大，引导他一天天逼近坟墓。刚刚掌握朝政大权的西太后，绝对不允许有人来动摇她的“位子”。凡是有可能撼动她的，一定格杀勿论。而且，她还会振振有词地宣称：“杀逆臣以正朝纲。”
同治二年七月十八日，两宫太后谕令胜保自尽。
在两宫太后垂帘听政这几年，恭亲王一直尽心尽力当好议政王。经过中用曾国藩、左宗棠、李鸿章等人，对太平天国运动成功剿杀，又灭了捻军，连杀二臣之后。叶赫那拉氏已经树立了自己的威严。此时的西太后却赶紧身心疲惫，只有把希望放在自己的亲身儿子载淳身上。皇上毕竟是自己的亲生子，不管怎样都应该与自己更为亲近，所以，西太后开始投入大量心力对载淳进行辅导。因为她深信早晚有一天，自己的儿子会亲政，那时必须让儿子按照自己的意愿发展，才能听命于自己。
