公元一六七年，汉桓帝去世。灵帝继位之后，情况更加恶劣，饥饿的农民忍无可忍，终于爆发了全面的反抗，其中规模最大的便是由张角领导的黄巾起义。
张角乃河北省钜鹿县人，他们弟兄三个，大哥张角，二哥张宝，三弟张梁。兄弟三人给人治病，用“太平道”的宗教形式，联络群众。大约十年光景，太平道传遍了青州、徐州、幽州、冀州、荆州、扬州、兖州，豫州等八个州，教徒多达几十万。
张角弟兄三人在全国范围内设置了三十六方，大方一万多人，小方六七千人，各立首领。他们还传着四句话，作为内部的暗号。四句话是：“苍天已死，黄天当立；岁在甲子，天下大吉。”“苍天”是指汉朝，“黄天”是指太平道。意思是约定天下三十六方在甲子年，即公元一八四年，汉灵帝中和元年，一同举行起义，那样就“天下大吉”了。
张角要他的弟子秘密地用白土在各地写上“甲子”两个字。字有大有小。大街小巷，店铺住家的门口有“甲子”两个字，不必说了，就连州郡官府的大门，甚至京师各城门都写着“甲子”两个字。
大方的首领马元义首先召集了荆州和扬州的教徒几万人，准备跟张角商议决定哪一天起义。他亲自带着大量金银财宝到了京师，把礼物送给中常侍封谞和徐奉，约他们作为内应。他们约定甲子年三月初五日全国同时起义，内外夹攻，来推翻东汉腐朽的皇朝。马元义联络了封谞和徐奉，立即把日期通知张角，自己留在洛阳，暗地里把同党的人布置一下。
可是，在这个紧急关头，张角的弟子，马元义的助手唐周叛变，上书告了密。马元义即遭逮捕。马元义坚决拒绝了拜官封侯的“赏赐”，忍受了各种惨无人道的刑罚，终于慷慨就义。朝廷得不到马元义的任何口供，可是从唐周嘴里问出了一些线索。很快捉拿了与张角有关的人，光京师一地就被屠杀一千多人。
汉灵帝下诏书，嘱冀州刺史捉拿张角弟兄。张角只好临时改变计划，火速派人分头通知三十六方提前半个月，全国同时起义。所有起义者头上都裹黄巾以为标记，称“黄巾军”。
不几天功夫，三十六方黄巾军一起攻打郡县，火烧官府，打开监狱，释放囚犯，没收官家的财物，开放粮仓，惩办赃官、土豪。不到十天功夫，天下响应。青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八个州的郡守、刺史纷纷向京师告急，汉灵帝如热锅上的蚂蚁。
汉灵帝拜国舅何进为大将军，首先保卫京师，在临近京师的八个紧要关口设置都尉，加紧防御，再发朝廷掌握的精兵，分两路去镇压起义农民。一路由尚书卢植带领，向黄河以北进军；一路由北地太守皇甫嵩和谏议大夫朱俊带领，去攻打颍川一带的黄巾军。
为配合对黄巾军的讨伐，曹操被拜为骑都尉，率五千骑兵赶赴颍川助战。
曹操第一次发挥了他的军事指挥才能，在“长社之役”中，率骑兵队全力猛冲，使张角军团大乱，成功地配合了皇甫嵩的行动，很快将黄巾军团击溃。曹操在率骑兵猛冲时，身先士卒，以他精湛的骑术，高超的剑法，所向披靡。皇甫嵩正是趁这个机会，向黄巾军发起全线攻击的。
皇甫嵩、朱俊，加上曹操，三路官兵联合，屠杀了好几万人，颍川的黄巾军被镇压下去了。他们接着去打汝南和陈国两郡里的黄巾军。逼得这儿的黄巾军头目波才无路可走，自杀身亡。兵无主将，各逃散。
这场战乱结束后，皇甫嵩上个奏章，向汉灵帝报告打胜仗的情况和朱俊的功劳，还把曹操也写了上去。大将军何进请灵帝封皇甫嵩为都乡侯，朱俊为西乡侯，给曹操升了职，调任济南相。
曹操任济南相，从官阶上说是进了一大步。他临离开骑兵团的那一天，备足酒肉，与兵士同乐。意思有三：一是和骑兵团的告别仪式，二是自骑兵团打胜仗，这也是共庆胜利的祝捷酒了。三是缘于曹操的自贺意识。他认为复任议郎官，是自己能力的第一个明证。以骑都尉立军功而升任济南相，更是一次大的成功。他兴奋之际又想吟诗了，但是面对几千军士他只有以酒代诗，频频举碗，声声吆吼，好不热闹豪爽。
当时祖父曹腾已死，万贯家财都为曹嵩所有。而曹操作为父亲的唯一合法继承人，并不对富有的家财感兴趣。好像那些家财都与他无关似的，听任父亲去清点接管，他却不在意。他只对祖父怀有哀悯之情，他喜欢这个祖父，因为祖父拓展了他的宏大抱负。他不会忘记祖父对他说过的话，他一直把祖父的话看做政治教育的启蒙篇。而父亲爱财如命，目光短浅。现在即使有雄厚的家资，他当然不愿意曹操离开家，出去冒险闯荡。虽然到济南是去任官，但在这乱世多事之秋，以曹操的性格和脾气，怎不会没有出格惊世之举？这是让曹操去冒险的事情。当然，曹操当然不会为父亲所阻，即使小时候，他为了兴趣爱好也不会听从父亲的。何况现在，他早已经自立成人，他更不会因父亲而有丝毫改变。父子两职能互相成全。
于是，曹操好言安抚好父亲，便即刻走马上任了。
曹操一副早年的政治理想，新官上任便雷厉风行。当时济南也和其他地方一样，官员腐败，贪污成风。曹操要按自己的理想去好好整治一番，他不能容忍他管辖的官场是个腐败无能的官场，更不容许他统治的地方邪恶横行。他经过一番详细的了解，终于弄清各种现象和问题及其来龙去脉，他决定一一进行整顿和改革。
济南有个汉室宗亲叫刘章的，倚仗他皇亲的关系，为所欲为。因其权势很大，不少另有所图的人便向他靠拢和巴结。刘章这人笃信鬼神，常与神道之人有交往。济南西城几个地痞，便投其所好，以“天龙教”教派自居，屡向刘章献媚。其中一个头子就叫陈天龙，颇通些易经八卦、阴阳五行之类。每与刘章谈，为其看手、相面、占卦，而所有手相、面相、卦相，大都吉好，因此刘章十分高兴。
有一次，陈天龙为刘章占卦之后，说：“刘皇亲鸿运通达，本次出去狩猎，定有大获，只是我观运相中有阴黑之点，如面部小痣，必须去除，方无丝毫闪失。”
刘章急问：“如何去除，请教主指点。”陈天龙道：“吾遍察皇亲四周，东南西北，四方通畅，唯有两角上，有阻滞之气，显然阴黑之点缘于此了。”
刘章拍着脑门，想着他居住的西北角到底有什么东西阻滞了他。可怎么想，也确定不了。西北角上，东西多得很，有走廊，有亭榭，有假山，还有围墙……
陈天龙这时说：“皇亲所察，过于偏小，凡属皇亲之物，皆不会有阻滞之意，显然应是围墙之外的东西。据我卜算，出西北围墙百步之外，定有近日新建之屋，那就是皇亲鸿运道上的阻滞之气了。”
刘章立即派人去看，果然西北围墙之外百步的地方，近日新修了三间大屋。刘章听了，立即派人前去拆除。并对“天龙教”教主陈天龙感谢不迭，赠以黄金白银。陈天龙暗自高兴，他这次一箭双雕，因那三间大屋主人，近日正与他有隙，他是借刘章的手，捣了他的新巢，也算解了一时之气。同时，还又得到赏赐的黄金白银。
陈天龙在他的“天龙教”颇得刘章青睐之后，便想大修天龙教教祠，以供奉龙神。他如此做有两个意图，一是扩大天龙教的影响，以抬高他自己的声望和权威；二是借机发展教民，以勒索钱财。陈天龙请求刘章批准并支持他的行动，刘章完全同意，并捐资几千两白银，用以修建天龙教教祠。曹操来到济南上任时，天龙教教祠早已修成，规模虽不算宏大，但香火却是十分旺上钱敬香者，从未断绝。
曹操因调查故进了天龙教教祠，他发现进祠上贡的百姓，多带勉强之意。于是，便出了教祠，去路上拦住去祠进香上贡的百姓，打听天龙教教祠的规矩章法。
百姓开始不说，后来曹操暴露了他新任济南相的身份，并说他此来的目的，正是为了整治济南种种恶俗劣行。一妇女这才忍不住痛哭失声，向曹操历数了“天龙教”强迫百姓入教的暴行。凡不入教者，即有被骚扰打杀的可能；凡入教者，除一次性交入教费银五十两外，还要每月进祠上香敬贡一次，贡银不得低于五两。所有百姓都为此叫苦，许多人被搞得家破人亡。也有实在交纳不起的，深夜举家远逃。但要是被“天龙教”的人抓住，就要以亵渎龙神的名义，在祠门前处死。
曹操听了震惊不已，当即安抚几位百姓，说他定于近日整治此事。曹操当天就拜访刘章。刘章对曹操的名字早有知晓，当年曹操在洛阳北城门处死蹇硕叔父蹇昌，消息就很快传到刘章耳朵里。所以听说曹操任济南相时，他心中就有些打鼓。这时，听仆人来报，曹操来访，正在后厅静心养息不愿见人的刘章不由得一惊，连忙出迎。
刘章从未见过曹操，心想不知是何等高大威严的一个人物。及至见了，才大为吃惊，居然是一个矮小肤黑的人。但是，虽矮却很壮实，肤黑却两眼有神气。特别是说起话来，声音朗朗，有一股不易觉察的逼人气势，使听者不知不觉中为之折服。因此，刘章又有些畏怯了，特别是联想到他为骑都尉率几千骑兵驰骋冲杀的壮举，更是胆战心惊。
曹操自然是以尊敬的口吻向刘章问好，刘章当然也对曹操表示了热烈的欢迎之意。二人一阵寒暄，互相交谈了洛阳和济南的一些情况。最后，曹操拱手道：“此次曹操初任济南相，还望皇亲大力支持。曹操虽才力不济，但为汉室天下，努力尽心尽职是办得到的。今既来之，则必安之，则必尽责为之，皇亲定当以汉室社稷为重，不吝指教才是。”
刘章道：“那是当然，那是当然。曹相乃能人也，今朝廷既委以此任，想必已是看中了曹公的才干。此真济南人之幸也！”
曹操哈哈笑了：“皇亲真是夸奖了。不过我决不会有负朝廷之命，定当秉公办事，努力治好济南。日后如有不妥之处，还望皇亲以国家为重，多加包涵。”
刘章不由得心中一颤，曹操话中那一股逼人之气，犹如强风一道，直穿人心。于是他除了附和，不知再说什么的好，直到曹操起身告辞，他还没有回过神来。一天后，济南城内就贴出了一道禁令，禁令说：我汉室以孔学为尊，儒术为效，其余一切妖言邪说，尽皆禁止。凡有任何教派组织，从禁令发布之日起，即停止活动，三日之内全部解散。违令者一律处以重刑。
禁令一出，济南百姓，尽皆拍手称快。各种教派多是民间组织，以自愿为主，并不强迫，因此逐一解散也并不难。唯独天龙教，已成大气候，并且组织严密，具有强权，若它能解散，百姓怎不高兴？但私下里又很担心，天龙教主与刘章关系亲密非同一般，曹操有这个能耐把“天龙教”解散吗？
第一天虽然烧香火的人不是很多，但是到了第二天人就开始多了，到第三天，天龙教祠上香进贡的人大增，百姓纷纷赶来，表示自己的“忠心”，生怕陈天龙怪罪下来，一家人便不得安宁。正当天龙教教祠香烟如雾，人声鼎沸之时，一大队全副武装的士兵来了，曹操骑在一匹高头大马上，腰间佩剑，左手执鞭。当时百姓有些惊慌。
曹操策马来到教祠门前，喝道：“百姓人等，不必惊惶。今天龙教教祠不遵禁令，特来查封。除教主及教祠头目，余等一概无事，依次离开教祠便罢。”曹操话一说完，上香者就纷纷涌向门外。曹操叫军士将百姓列队，一一出门，凡是头目，一概拘留。原来曹操早选了几个识得天龙教大小头目的人掺在军士中。包括陈天龙在内的天龙教大小头目十余人，一个也没有漏掉。全部用绳索捆了，结成一串。然后，收缴教祠内的所有银两，再将教祠大门以封条封了。
刚刚关押了陈天龙等人，曹操即刻又草拟第二道禁令，禁令说：自前禁令发布，所有教派，自行停止，然有极少顽固之徒，仍是置若罔闻。今已第三日最后期限，凡有迄未从令者，一概拘禁，将分别情形，处以重罚。罚处之事，属官府内务，任何人不得干预，凡徇私说情者，打五十军棍。
刘章得知陈天龙等人被捉的消息，正要亲赴曹相处请予宽大处理。不料行至半道，即有新禁令出，连忙派人去看，才知内容，不由得倒抽一口冷气，只得打道回府。
曹操亲自审问陈天龙等人，最后当场判决：处陈天龙等五人斩首。处其余八人关监。陈天龙扑通一声跪在地上，磕头求饶不止。他万万没有想到曹操居然如此武断铁面，连皇亲也奈何他不得。第二日，将陈天龙等五人押至天龙教教祠门外空地上，宣读罪行，执行砍头。济南百姓倾城出动，赶来围观，刑场上人山人海，但却寂静无声。宣判之后，执行斩首时，才爆发出欢呼。为了彻底捣毁天龙教，曹操又令群众退去，将天龙教教祠一把火当场烧毁。一边冲天大火，正在燃烧；一边即按从祠内得到的纳银上贡名册，将从教祠没收的银两，按各册上记数，一一退还原主。凡逃离济南的人，其银两暂由相府保管。
收到银两的百姓真是感激涕零，称曹操为救星。
济南城发生的这一翻天覆地的变化，使曹操铁面无私的名声传播很远。原先，因受天龙教的迫害而背井离乡远走他乡的人，又陆续回到济南来了。而且，其他地方的一些百姓，也纷纷往济南迁徙。一时间，济南成了天下太平之所，人民安居乐业，商店生意兴隆。
但是，曹操在济南肃清贪污、罢黜无能的郡县官吏的举措，自然又得罪了不少宦官及外戚豢养的特权阶层。特别是天龙教一案，使刘章对曹操恨得要死，便利用他皇亲的身份，去京城散布曹操的流言。于是，朝中上下的既得利益者，就都对曹操极端忿恨起来。
朝中上下这多么人恨曹操，曹操的好日子自然不会长了。
公元一八五年，即中平二年，朝廷下令，将曹操调为东郡太守。与济南相相比，东郡太守还更高一级，名义上曹操是升了官，而实际上，是把他从济南弄开。更有甚者，弄他到东郡任太守，显然是放在宦官能直接控制的地方，以便找机会加害于他。
曹操生性十分敏感和机智，看出这一阴谋。他左思右想，没有更好的对付办法，于是，决定来一个大胆反常的举动——辞官，曹操的理由是，近来健康状况十分不佳，特向朝廷请长假回乡养病。曹操为什么有如此举措，内心是这样想的：此时，宦官想害他的机锋已露，必须识时务避其锋芒，目前只有请假回乡，不参与政事，才是避其锋芒的最好办法。另一方面，他想到，自己年刚三十，和他同年举孝廉的不少已是五十开外的人，即使日后等个二十年，待天下的乱局较稳定后再出来当官施展抱负也不算迟。
朝中上下都大感意外，以曹操在官场风华正茂、才气横溢之时，居然告假回乡，实在不可思议。但既然曹操态度坚决，朝廷也只得恩准了他。
曹操卸服解印，即日回到安徽老家谯县。他没有住到少年时候居住的地方，而是在谯县东面约五十里的地方，选一偏僻之地，建立了一座小茅屋，独自一人住在里面。他的目的是为了清静，少干扰，以便秋夏两季读书，冬春两季狩猎。如此不问政事，不理俗务，真正过一段独自静养的生活。
可是，事实并不如曹操想的那么单纯，不久，就有人来找他了。当然来找他的并不是曹操日夕皆喜的山野之人，而是远道从京城赶来的。那人带来一封信，曹操看罢信才知道内情。
原来，冀州刺史王芬、党锢之祸主角陈蕃的儿子陈逸、名道教法师襄楷、豪使周旌、著名的策士许攸等人共同阴谋政变，废立灵帝，诛杀宦官，为陈蕃等人报仇。经许攸建议，他们决定拉曹操加入，因曹操在洛阳城居民间声望崇高，具有民心号召力。
曹操读罢密函，顿觉不妥，赶快写信给许攸，明确表示，废立之事不能轻举妄动。
从这封信中可以看出，曹操绝不是汉皇帝的“死忠派”。许攸敢建议找他，可能便已看出曹操的真实心态。因此，曹操的反对并非政治伦理，而是政治利害。他认为要废立君王，只有在像霍光对昌邑王、伊尹对太甲的情势下，才有可能成功。那是因为太甲及昌邑均刚上任，权力未稳固。而且内朝的皇亲，外朝的大臣都不支持皇帝，反而较倾向元老权臣的伊尹和霍光，所以废立之事有成功的可能。
像王芬这种由地方发动的政变阴谋，无法在事件开始便控制政权，容易受到中央政府集合各地部队围剿，以七国之乱规模之大，都无法取胜，凭王芬以冀州之力，要想成功，几率太小，故不宜冒险妄动。
曹操的分析其实是很有道理的。但是，王芬等人既然意向已决，便决不会因曹操的反对而改变主意。至于曹操，已向来使表示，即使王芬等人不听他的劝告，要一意孤行，他曹操也不会去告发他们，装作不知道而已。
后来，事态的发展是这样的：不久，灵帝通知王芬，想到冀州去巡视，王芬认为这是千载难逢的机会，便上书表示，目前黑山贼叛乱攻掠冀州郡县，灵帝前来，正好可提升官兵士气。一方面更公开集结州郡兵力，准备灵帝进入冀州便一举成擒。
正好这个时候，北方出现大片红云，太史官卜了卦表示：“北方有阴谋不宜行。”灵帝乃取消冀州行，并下令王芬集结兵力讨伐黑山贼前，先到京城述职。王芬接到圣旨后大惊，以为阴谋败露，乃举家自杀……
曹操闻知此事，非常惋惜，同时也在心中批评王芬太不冷静。不过由王芬一事，说明当时反朝廷的气氛已相当浓厚了。据曹操所知，自从第二次党锢事件后，朝臣和士族都恨透了宦官，因此对灵帝也相当地失望和反感。在此之前，便有朝中大臣张均、审忠等因公然反抗宦官，指责皇帝而遇害。而且，曹操还知道另一件秘密的事情，就是冀州信都郡令阎忠，游说皇甫嵩军变之事。
皇甫嵩和曹操等人一起大破黄巾起义军以后，一时威震天下。阎忠便对他说：“至难得时运，时运一到，良机便来，所以圣者顺时运而动，智者把握机会发展。现在将军时运当头，若放弃此千载难逢良机，如何享天下之至名呢？”
皇甫嵩对他的话表示不解。
阎忠进而说明道：“天下大势只跟有能力的人走，智者不应受制于昏君。今将军春来出征，晚秋凯旋，有如天降神兵，天下群雄谁不动心，天下百姓谁不爱戴。即使商汤、周武的壮举也不如你，你却依然侍奉昏君，宁不危乎？”
皇甫嵩说：“我日夜为国事操劳，内心一点也不敢忘忠诚，如何会危险呢？”
阎忠说：“从前韩信不忘报一餐之恩，拒绝蒯通劝说，失掉了和项羽、刘邦三分天下的机会，最后才后悔死在吕后之手。当今皇上远不及刘邦、项羽，而将军势力远大于韩信……只要举兵诛除罪恶滔天的宦官，谁也不会和你正面冲突……向衰退的王朝效忠，在昏君底下做事是不能长久的，加上将军功勋盖世，难免有谗臣生忌妨之心……如果不早设法，后悔便来不及了。”
皇甫嵩摇头道：“黄巾贼人怎可比秦末项羽，这次的成功并非是我的才能，而是百姓士兵赤胆报国之故啊，你的建议是逆天而行，计划有如空中楼阁，是会闯出大祸来的。我就算受到谗臣陷害，最多不过辞职返乡而已，仍可拥忠义之名，叛逆之说，绝不敢信从。”
曹操知道，皇甫嵩虽然否决了阎忠的建议，但也没有告发或处罚阎忠。由此也可见，一般朝臣对汉皇室的合法性认同，已相当不稳定了。曹操虽住在极其偏僻的一个小茅屋里，但两耳仍然时闻京城内外的许多事。
后来，曹操听说阎忠参加了凉州韩遂等人的武装叛乱，并继五国之后，被拥立为领袖。不久，却发现自己只是傀儡，遂忧愤以终。
但由凉州叛乱事件，接二连三又牵引出幽州之变，并州南匈奴内侵，以及益州的暴动事件，汉灵帝不得不重新改组朝政及军政，并编组京城的五军团，以随时应付可能出现的混乱局面。
曹操便在这时候又被召进京城，以典军校尉之职，指挥军中第四大的军团。
身在茅庐的曹操，又得到了要急于召他回京的消息，并知道了是任典军校尉。他认为，这是他获得“征西将军”职位的一个大好机会。因此，便毫不犹豫地结束了隐居生活，赶到洛阳报到。
但不久，曹操又发现自己正卷入一场逐渐严重的政治斗争中。
大宦官蹇硕有意以新编的军团来对付何进，但中军校尉袁绍反而靠向何进阵营，助军左校尉赵融及右校尉淳于琼也都倾向袁绍的立场。
身为宦官后代的曹操，面对这场不得不表明立场的抉择，虽然他一再反对盲目的流血政变，但仍义无反顾地站到他的同乡少年伙伴，贵胄子弟袁绍阵营，和宦官在洛阳最寒冷的中秋展开了一场政治斗争。
