（1）科技问题。立体农业最大的特点是两个多：既多个农业生物种共生和多层次利用，这必然带来很多矛盾，因而它的技术问题远比单一种养要复杂，既要研究各个生物种协调矛盾的共生技术，又要研究省工、低耗、高效益的模式，这就离不开科技进步，特别是高新技术的投入。
（2）市场问题。推行立体农业，必须根据市场需求和变化来导向，这样产品多样化了，高产了，农民才能增加收益，社会才能得益。
（3）步骤问题。立体农业有广泛的适应性，在设施栽培中也应该重点研究立体种养模式，使高投入的设施能“物尽其用”，以取得更高的效益。
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